| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 1797361 = | 86 (0.970) | 5 (0.060) | 5/236 | NT | 5.7% | coding (20/777 nt) | lpxA | acyl‑[acyl‑carrier‑protein]‑‑UDP‑N‑ acetylglucosamine O‑acyltransferase |
| ? | NC_002947 | 1797413 = | 82 (0.970) | coding (72/777 nt) | lpxA | acyl‑[acyl‑carrier‑protein]‑‑UDP‑N‑ acetylglucosamine O‑acyltransferase | |||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
CGGGTGACCAGCTTGTGCTGGAAGCCAAGTTCCTCAGCCGTAAAAG‑CATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCGGCAAGCAC > NC_002947/1797212‑1797506 | cGGGTGACCAGCTTGTGCTGGAAGCCAAGTTCCTCAGCCGTAACAGTCCTGAGC‑GCAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCg < 2:1269728/150‑1 (MQ=255) acttaaggtccggggtgtcttcaccgatcgaggaaaactgaaagatacggttgtgcttgccgatgcgggtcgggcctttgagcacaacatgcgggccgataacggtgccctccccgatttctacatcagggccaacgatcgaccaaGGGc > 2:1102531‑M1/147‑150 (MQ=255) cttaaggtccggggtgtcttcaccgatcgaggaaaactgaaagatacggttgtgcttgccgatgcgggtcgggcctttgagcacaacatgcgggccgataacggtgccctccccgatttctacatcagggccaacgatcgaccaaGGGcc < 1:390580‑M1/5‑1 (MQ=255) cttaaggtccggggtgtcttcaccgatcgaggaaaactgaaagatacggttgtgcttgccgatgcgggtcgggcctttgagcacaacatgcgggccgataacggtgccctccccgatttctacatcagggccaacgatcgaccaaGGGcc < 2:511369‑M1/5‑1 (MQ=255) aCCAGCTTGTGCTGGAAGCCAAGTTCCTCAGCCGTAAAAG‑CATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCAt > 2:936881/1‑150 (MQ=255) cAGCTTGTGCTGGAAGCCAAGTTCCTCAGCCGTAAAAG‑CATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGGCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTa > 1:1373730/1‑150 (MQ=255) aGCTTGTGCTGGAAGCCAAGTTCCTCAGCCGTAAAAG‑CATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTAt < 2:2303932/150‑1 (MQ=255) cTTGTGCTGGAAGCCAAGTTCCTCAGCCGTAAAAG‑CATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTAGATTGATCCTCGGGCCATTATCg > 2:2376019/1‑150 (MQ=255) gCTGGAAGCCAAGTTCCTCAGCCGTAAAAG‑CATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTGGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCg > 1:1101644/1‑150 (MQ=255) aGCCAAGTTCCTCAGCCGTAAAAG‑CATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCgg < 1:755488/129‑1 (MQ=255) aGCCAAGTTCCTCAGCCGTAAAAG‑CATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCgg > 2:755488/1‑129 (MQ=255) cAAGTTCCTCAGCCGTAAAAG‑CATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTAt < 2:176484/134‑1 (MQ=255) cAAGTTCCTCAGCCGTAAAAG‑CATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTAt > 1:176484/1‑134 (MQ=255) aaGTTCCTCAGCCGTAAAAG‑CATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCagct > 1:2337162/1‑147 (MQ=255) tttCCTCAGCCGTAAAAG‑CATGATCTGGAAGTTCGAACGTTTTTCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑Tg < 1:1833607/149‑1 (MQ=255) cTCAGCCGTAAAAG‑CATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCg > 2:805612/1‑150 (MQ=255) cAGCCGTAAAAG‑CATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAGCT‑TGGCCGAc < 2:2337162/150‑1 (MQ=255) cAGCCGTAAAAG‑CATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGAc < 2:1394703/150‑1 (MQ=255) ggaaaactgaaagatacggttgtgcttgccgatgcgggtcgggcctttgagcacaacatgcgggccgataacggtgccctccccgatttctacatcagggccaacgatcgaccaagg > 1:110006‑M1/116‑117 (MQ=255) ggaaaactgaaagatacggttgtgcttgccgatgcgggtcgggcctttgagcacaacatgcgggccgataacggtgccctccccgatttctacatcagggccaacgatcgaccaagg < 2:110006‑M1/2‑1 (MQ=255) ccGTAAAAG‑CATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTTCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGc > 1:2005691/1‑150 (MQ=255) cGTAAAAG‑CATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCC‑AGCTTGGCCGACggat < 1:936881/150‑3 (MQ=255) aaaG‑CATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAg < 1:563005/133‑1 (MQ=255) aaaG‑CATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAg > 2:563005/1‑133 (MQ=255) aaaG‑CATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑Tgg < 1:1823932/137‑1 (MQ=255) aaaG‑CATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑Tgg > 2:1823932/1‑137 (MQ=255) aaG‑CATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAg < 1:805612/150‑1 (MQ=255) cTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCt > 1:2215025/1‑150 (MQ=255) ggAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTg < 2:2271934/150‑1 (MQ=255) ggAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCAGTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTg < 1:2363197/150‑1 (MQ=255) gggcgtgccgatgcgggtcgggcctgtgagcacaacatgcgggccgataacggtgccctccccgatttctacatcagggccaacgatcgacgaaGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGGCGGCGTCGAGGTCGGCCCTTgg > 2:662435‑M1/95‑150 (MQ=255) aaGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGt < 2:1282219/150‑1 (MQ=255) aaGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGt < 1:1570403/150‑1 (MQ=255) gTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑Tgg < 1:2096211/121‑1 (MQ=255) gTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑Tgg > 2:2096211/1‑121 (MQ=255) gTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCg > 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cctccccgatttctacatcagggccaacgatcgaccaaGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTc < 2:589048‑M1/58‑1 (MQ=255) cTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCAtgtt > 2:98075/1‑150 (MQ=255) gcgcGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCAtgttgt < 1:1651217/150‑1 (MQ=255) gcgGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGc > 2:786175/1‑150 (MQ=255) aaCGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCt < 2:970311/147‑1 (MQ=255) aaCGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCt > 1:970311/1‑147 (MQ=255) aaCGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCaa < 2:1101644/150‑1 (MQ=255) cGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAg < 1:2367508/150‑1 (MQ=255) gCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTAt < 2:292233/126‑1 (MQ=255) gCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTAt > 1:292233/1‑126 (MQ=255) cgaTGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGACGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGCCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATCTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCAGCCCGCATGTTATCCTCAAAGGccaca > 1:1668490/3‑147 (MQ=255) tGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCAtgtt < 2:750785/131‑1 (MQ=255) tGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCAtgtt > 1:750785/1‑131 (MQ=255) tGAATTCGATTGATCATCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGAccc > 1:1288023/1‑150 (MQ=255) ttCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCAt > 1:511369/1‑150 (MQ=255) tCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATc < 1:1457883/150‑1 (MQ=255) tGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCGGCaa < 2:168674/150‑1 (MQ=255) gATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCGGCAAg < 1:786175/150‑1 (MQ=255) aTCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCggg > 1:1669452/1‑92 (MQ=255) aTCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCggg < 2:1669452/92‑1 (MQ=255) ccTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCgggcctttg < 2:1262756/150‑8 (MQ=255) tCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGc < 1:2188292/119‑1 (MQ=255) tCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGc > 2:2188292/1‑119 (MQ=255) GGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGa < 2:1032590‑M1/88‑1 (MQ=255) GGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGa > 1:1032590‑M1/1‑88 (MQ=255) | CGGGTGACCAGCTTGTGCTGGAAGCCAAGTTCCTCAGCCGTAAAAG‑CATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGC‑TGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCGGCAAGCAC > NC_002947/1797212‑1797506 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |