New junction evidence | |||||||||||
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* | ? | NC_002947 | = 3878328 | 70 (0.790) | 5 (0.060) | 5/236 | NT | 6.8% | coding (119/3180 nt) | mexF | multidrug RND transporter MexF |
? | NC_002947 | = 3878357 | 69 (0.810) | coding (148/3180 nt) | mexF | multidrug RND transporter MexF |
CAGGCGCCACGCGGTTAAGGGACCCTACCGATGAACTTCTCGAAATTCTTCATTACCCGGCCGATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCATTACCGGTGTGGAGAACATGCTGTACATGTCCTCCCAGTCCACTGCGGACGGCAAG > NC_002947/3878180‑3878476 | cAGGCGCCACGCGGTTAAGGGACCCTACCGATGAACTTCTCGAAATTCTTCATTACCCGGCCGATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAgtg < 1:350725/150‑1 (MQ=255) cAGGCGCCACGCGGTTAAGGGACCCTACCGATGAACTTCTCGAAATTCTTCATTACCCGGCCGATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAgtg < 2:772487/150‑1 (MQ=255) ggCGCCACGCGGTTAAGGGACCCTACCGATGAACTTCTCGAAATTCTTCATTACCCGGCCGATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAgtggt < 1:1357964/150‑1 (MQ=255) cACGCGGTTAAGGGACCCTACCGATGAACTTCTCGAAATTCTTCATTACCCGGCCGATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTgccgc > 2:7117/1‑150 (MQ=255) cACGCGGTTAAGGGACCCTACCGATGAACTTCTCGAAATTCTTCATTACCCGGCCGATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTgccgc > 2:1237037/1‑150 (MQ=255) gggACCCTACCGATGAACTTCTCGAAATTCTTCATTACCCGGCCGATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCgtggtg < 2:2352666/150‑1 (MQ=255) gggACCCTACCGATGAACTTCTCGAAATTCTTCATTACCCGGCCGATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCgtggtg > 2:1248431/1‑150 (MQ=255) ggACCCTACCGATGAACTTCTCGAAATTCTTCATTACCCGGCCGATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCgtggtgg > 1:1824211/1‑150 (MQ=255) ccTACCGATGAACTTCTCGAAATTCTTCATTACCCGGCCGATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCgtgg < 2:1597700/143‑1 (MQ=255) ccTACCGATGAACTTCTCGAAATTCTTCATTACCCGGCCGATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCgtgg > 1:1597700/1‑143 (MQ=255) ccTACCGATGAACTTCTCGAAATTCTTCATTACCCGGCCGATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTgcg > 1:1713401/1‑150 (MQ=255) cTACCGATGAACTTCTCGAAATTCTTCATTACCCGGCCGATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTgcgc < 1:1428226/150‑1 (MQ=255) cTACCGATGAACTTCTCGAAATTCTTCATTACCCGGCCGATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTgcgc < 2:1766494/150‑1 (MQ=255) aCCGATGAACTTCTCGAAAGTCTTCATTACCCGGCCGATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCAGCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGggcgcgcaccaccacggtgggcggcac < 2:214263‑M1/150‑28 (MQ=255) aTGAACTTCTCGAAATTCTTCATTACCCGGCCGATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCAGCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAac > 2:437388‑M2/1‑148 (MQ=255) cTTCTCGAAATTCTTCATTACCCGGCCGATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTccc < 2:1824211/150‑1 (MQ=255) cTTCTCGAAATTCTTCATTACCCGGCCGATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTccc < 1:178428/150‑1 (MQ=255) tcGAAATTCTTCATTACCCGGCCGATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCgtggtggt > 1:910463/1‑131 (MQ=255) 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1:159827‑M1/1‑103 (MQ=255) ttcATTACCCGGCCGATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAAcccc > 1:400821/1‑150 (MQ=255) aTTACCCGGCCGATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAg < 2:1713401/150‑1 (MQ=255) ttAACCGGCCGATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGTTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAgg > 2:890060/1‑150 (MQ=255) tACCCGGCCGATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGt < 2:1737652/150‑1 (MQ=255) cGGCCGATCTGCGCCGCGATGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCGCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGCGGGGGTGCGCGCCCACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATc < 2:2127998/150‑1 (MQ=255) 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ccgcGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTg > 1:2060708/1‑150 (MQ=255) gCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGaaa < 2:859487/137‑1 (MQ=255) gCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGaaa > 1:859487/1‑137 (MQ=255) gCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGa < 1:1248431/150‑1 (MQ=255) ctgATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCAtt > 2:239881/1‑150 (MQ=255) gcgGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCa > 1:469935/1‑61 (MQ=255) 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cccGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCATTACCGGTGTGGAGAACATGCTGTACATGTCCTCCCAGTCCACTGCGGAc > 1:402828/1‑150 (MQ=255) ccGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAacttcggggtattcgctgatcggcagctggaacagcgagatggaacccgcgatcagcagcaccagcgacagcaccgcggcgaagatcggccgggtaatgaagaatttc > 2:1844910‑M2/1‑36 (MQ=255) ccGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAacttcggggtattcgctgatcggcagctggaacagcgagatggaacccgcgatcagcagcaccagcgacagcaccgcggcgaagatcggccgggtaatgaagaatttc < 1:1844910‑M2/144‑109 (MQ=255) ccGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAGCGCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCATTACCGGTGTGGAGAACATGCTGTACATGTCCTCCCAGTCCACTGCGGACg > 1:1266742/1‑150 (MQ=255) ccGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCATTACCGGTGTGGAGAACATGCTGTa > 1:697594/1‑124 (MQ=255) ccGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCATTACCGGTGTGGAGAACATGCTGTa < 2:697594/124‑1 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gTtggcgcgcaccaccacggtgggcggcaccacttcggggtattcgctgatcggcagctggaacagcgagctggaacccgcgatcagcagcaccagcgacagcaccgcggcgaagatcggccgggtaatgaagaatttcgagaagttcat > 2:437388‑M1/1‑2 (MQ=255) | CAGGCGCCACGCGGTTAAGGGACCCTACCGATGAACTTCTCGAAATTCTTCATTACCCGGCCGATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCATTACCGGTGTGGAGAACATGCTGTACATGTCCTCCCAGTCCACTGCGGACGGCAAG > NC_002947/3878180‑3878476 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |