New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3878328 | 70 (0.790) | 5 (0.060) | 5/236 | NT | 6.8% | coding (119/3180 nt) | mexF | multidrug RND transporter MexF |
? | NC_002947 | = 3878357 | 69 (0.810) | coding (148/3180 nt) | mexF | multidrug RND transporter MexF |
ATGAACTTCTCGAAATTCTTCATTACCCGGCCGATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCATTACCGGTGTGGAGAACATGCTGTACATGTCCTCCCAGTCCACTGCGGACGGCAAGCTGACGCTGACCATCACCTTCGCCCTGGG > NC_002947/3878210‑3878505 | aTGAACTTCTCGAAATTCTTCATTACCCGGCCGATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCAGCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAac > 2:437388‑M2/1‑148 (MQ=255) cTTCTCGAAATTCTTCATTACCCGGCCGATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTccc < 2:1824211/150‑1 (MQ=255) cTTCTCGAAATTCTTCATTACCCGGCCGATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTccc < 1:178428/150‑1 (MQ=255) ttcttcATTACCCGGCCGATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAAc < 2:1423715/150‑1 (MQ=255) ttcATTACCCGGCCGATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAAcccc > 1:400821/1‑150 (MQ=255) aTTACCCGGCCGATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAg < 2:1713401/150‑1 (MQ=255) ttAACCGGCCGATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGTTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAgg > 2:890060/1‑150 (MQ=255) tACCCGGCCGATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGt < 2:1737652/150‑1 (MQ=255) cGGCCGATCTGCGCCGCGATGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCGCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGCGGGGGTGCGCGCCCACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATc < 2:2127998/150‑1 (MQ=255) ccGATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCTCCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGc < 1:2351961/150‑1 (MQ=255) ccGATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGc > 2:478829/1‑150 (MQ=255) gATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGa > 2:1258531/1‑150 (MQ=255) gccgcGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGtt < 1:1313051/150‑1 (MQ=255) gccgcGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGtt < 1:1208119/150‑1 (MQ=255) ccgcGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTg > 1:2060708/1‑150 (MQ=255) gCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGaaa < 2:859487/137‑1 (MQ=255) gCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGaaa > 1:859487/1‑137 (MQ=255) gCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGa < 1:1248431/150‑1 (MQ=255) 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ttCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCATTACCGGTGTGga < 1:179686/150‑1 (MQ=255) cATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCATTACCGGTGTGGAGaa > 1:694364/1‑150 (MQ=255) aTCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCATTACCGGTGTGGAGAAc > 2:1440199/1‑150 (MQ=255) tcGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCAtt > 2:2398887/1‑132 (MQ=255) tcGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCAtt < 1:2398887/132‑1 (MQ=255) tcGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCATTACCGGTGTGGAGAACATg < 2:694364/150‑1 (MQ=255) cGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCATTACCGGTGTGGAGAACATGc < 2:2396413/150‑1 (MQ=255) gCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGcc > 2:1512918/1‑127 (MQ=255) gCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGcc < 1:1512918/127‑1 (MQ=255) tGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCATTACCGGTGTGGAGAACATGCTGt > 1:1760600/1‑150 (MQ=255) tGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCATTACCGGTGTGGAGAACATGCTGt < 1:492767/150‑1 (MQ=255) cAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCt > 2:1154490/1‑110 (MQ=255) cAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCt < 1:1154490/110‑1 (MQ=255) cAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCATTACCg > 2:1379497/1‑127 (MQ=255) cAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCATTACCg < 1:1379497/127‑1 (MQ=255) aGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCCAACCCAAGGTCATCGGCGAAACAGCTCGTATGCCGTTTTATGATTCCATTACCGGTGTGGAGAACATGCTGTACATGt > 1:541443/1‑150 (MQ=255) aGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCATTACCGGTGTGGAGAACATGCTGTACATGt > 1:2204391/1‑150 (MQ=255) 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cccGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCa > 2:1719553/1‑95 (MQ=255) cccGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCATTACCGGTGTGGAGAACATGCTGTACATGTCCTCCCAGTCCACTGCGGAc > 1:402828/1‑150 (MQ=255) ccGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAacttcggggtattcgctgatcggcagctggaacagcgagatggaacccgcgatcagcagcaccagcgacagcaccgcggcgaagatcggccgggtaatgaagaatttc > 2:1844910‑M2/1‑36 (MQ=255) ccGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAacttcggggtattcgctgatcggcagctggaacagcgagatggaacccgcgatcagcagcaccagcgacagcaccgcggcgaagatcggccgggtaatgaagaatttc < 1:1844910‑M2/144‑109 (MQ=255) ccGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAGCGCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCATTACCGGTGTGGAGAACATGCTGTACATGTCCTCCCAGTCCACTGCGGACg > 1:1266742/1‑150 (MQ=255) ccGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCATTACCGGTGTGGAGAACATGCTGTa < 2:697594/124‑1 (MQ=255) ccGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCATTACCGGTGTGGAGAACATGCTGTa > 1:697594/1‑124 (MQ=255) ccGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCATTACCGGTGTGGAGAACATGCTGTACATGTCCTCCCAGTCCACTGCgaaca > 1:1714631/1‑146 (MQ=255) gAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAacttcggggtattcgctgatcggcagctggaacagcgagatggaacccgcgatcagcagcaccagcgacagcaccgcggcgaagatcggccgggtaatgaaga < 2:159827‑M2/137‑104 (MQ=255) gAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAacttcggggtattcgctgatcggcagctggaacagcgagatggaacccgcgatcagcagcaccagcgacagcaccgcggcgaagatcggccgggtaatgaaga > 1:159827‑M2/1‑34 (MQ=255) gAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCATTACCGGTGTGGAGAACATGCTGTACATGTCCTCCCAGTCCACTGCGGACGGc < 1:1440199/150‑1 (MQ=255) aGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCATTACCGGTGTGGAGAACATGCTGTACATGTCCTCCCAGTCCACTGCGGACGGCaa < 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cACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCATTACCGGTGTGGAGAACATGCTGTACATGTCCTCCCAGTCCACTGCGGACGGCAAgctgacgctgac > 1:118849/1‑150 (MQ=255) cACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCATTACCGGTGTGGAGAACATGCTGTACATGTCCTCCCAGTCCACTGCGGACGGCAAgctgacgctgac < 1:239881/150‑1 (MQ=255) aCCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCATTACCGGTGTGGAGAACATGCTGTACATGTCCTCCCAGTCCACTGCGGACGGCAAGCTGACGCTGAcc < 2:400821/150‑1 (MQ=255) gtggtggtgCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCATTACCGGTGTGGAGAACATGCTGTACATGTCCTCCCAGTCCACTGCGGACGGCAAGCTGACGCTGACCATc > 1:1522176/1‑150 (MQ=255) tggtggtgCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCATTACCGGTGTGGAGAACATGCTGTACATGTCCTCCCAGTCCACTGCGGACGGCAAGCTGACGCTGACCATCa < 2:123565/150‑1 (MQ=255) ggtggtgCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCTATTACCGGTGTGGAGAACATGCTGTACATGTCCTCCCAGTCCACTGCGGACGGCAAGCTGACGCTGACCATCAc > 1:628347/1‑150 (MQ=255) tgCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCATTACCGGTGTGGAGAACATGCTGTACATGTCCTCCCAGTCCACTGCGGACGGCAAgctgacgctga > 2:749334/1‑138 (MQ=255) tgCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCATTACCGGTGTGGAGAACATGCTGTACATGTCCTCCCAGTCCACTGCGGACGGCAAgctgacgctga < 1:749334/138‑1 (MQ=255) tccAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCATTACCGGTGTGTAGAACATGCTGTACATGTCCTCCCAGTCCACTGCGGACGGCAAGCTGACGCTGACCATCACCTTCGCCCTg > 2:1243845/2‑150 (MQ=255) gcCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCATTACCGGTGTGGAGAACATGCTGTACATGTCCTTCCCGTCCACTGCGGACTTCAAGCCGACGCTCACCATCACCTTCCCCCTg > 2:1232180/1‑150 (MQ=255) 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ATGAACTTCTCGAAATTCTTCATTACCCGGCCGATCTTCGCCGCGGTGCTGTCGCTGGTGCTGCTGATCGCGGGTTCCATCTCGCTGTTCCAGCTGCCGATCAGCGAATACCCCGAAGTGGTGCCGCCCACCGTGGTGGTGCGCGCCAACTTCCCCGGCGCCAACCCCAAGGTCATCGGCGAAACCGTTGCCGCGCCGCTGGAGCAGGCCATTACCGGTGTGGAGAACATGCTGTACATGTCCTCCCAGTCCACTGCGGACGGCAAGCTGACGCTGACCATCACCTTCGCCCTGGG > NC_002947/3878210‑3878505 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |