| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_002947 | = 1452371 | 95 (1.120) | coding (526/1542 nt) | PP_1271 | putative Multidrug efflux MFS transporter | |||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
GTACTGCAGGGCTTTGCCGCTGGCGCCTTGCCGCCGATGCTGATGAGCGTGGCCCTGCGCTTTCTGCCGCCAGGTATCAAGGTCTATGGCCTGGCCTGCTACGCCCTGACCGCCACCTTTGGCCCCAACCTCGGCACGCCGCTGGCGGGGTTGTGGACCGAATACGTCGGTTGGCAATGGGCGTTCTGGCAGATCATCCTGCCCTCGCTGCTGGCCATGGTCTGCGTAGGCTGGGGGCTGCCGCAGGACCCGCTGCGCCTGGAGCGTTTCAAACAGTTCGACTGGCGGGGCGTA > NC_002947/1452224‑1452517 | gTACTGCAGGGCTTTGCCGCTGGCGCCTTGCCGCCGATGCTGATGAGCGTGGCCCTGCGCTTTCTGCCGCCAGGTATCAAGGTCTATGGCCTGGCCTGCTACGCCCTGACCGCCACCTTTGGCCCCAACCTCGGCACGCCGCTGGCGGgg < 2:1930824‑M2/150‑3 (MQ=255) tACTGCAGGGCTTTGCCGCTGGCGCCTTGCCGCCGATGCTGATGAGCGTGGCCCTGCGCTTTCTGCCGCCAGGTATCAAGGTCTATGGCCTGGCCTGCTACGCCCTGACCGCCACCTTTGGCCCCAACCTCGGCACGCCGCTGGCGGggt > 1:1608195‑M2/1‑147 (MQ=255) aCTGCAGGGCTTTGCCGCTGGCGCCTTGCCGCCGATGCTGATGAGCGTGGCCCTGCGCTTTCTGCCGCCAGGTATCAAGGTCTATGGCCTGGCCTGCTACGCCCTGACCGCCACCTTTGGCCCCAACCTCGGCACGCCGCTGGCGGggtt < 2:1163397‑M2/150‑5 (MQ=255) 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gCAGGGCTTTGCCGCTGGCGCCTTGCCGCCGATGCTGATGAGCGTGGCCCTGCGCTTTCTGCCGCCAGGTATCAAGGTCTATGGCCTGGCCTGCTACGCCCTGACCGCCACCTTTGGCCCCAACCTCGGCACGCCGCTGGCGGGGTtgtg > 1:1328225/1‑150 (MQ=255) gCAGGGCTTTGCCGCTGGCGCCTTGCCGCCGATGCTGATGAGCGTGGCCCTGCGCTTTCTGCCACCAGGTATCAAGGTCTATGGCCTGGCCTGCTACGCCCTGACCGCCACCTTTGGCCCCAACCTCGGCACGCCGCTGGCGGGGTtgtg < 1:1517590/150‑1 (MQ=255) gggCTTTGCCGCTGGCGCCTTGCCGCCGATGCTGATGAGCGTGGCCCTGCGCTTTCTGCCGCCAGGTATCAAGGTCTATGGCCTGGCCCGCTACGCCCTGACCGCCACCTTTGGCCCCAACCTCGGCACGCCGCTGGCGGGGTTGTGGAc < 1:2395800/150‑1 (MQ=255) ggCTTTGCCGCTGGCGCCTTGCCGCCGATGCTGATGAGCGTGGCCCTGCGCTTTCTGCCGCCAGGTATCAAGGTCTATGGCCTGGCCTGCTACGCCCTGACCGCCACCTTTGGCCCCAACCTCGGCACGCCGCTGGCGGGGTtgt < 1:2072421/145‑1 (MQ=255) ggCTTTGCCGCTGGCGCCTTGCCGCCGATGCTGATGAGCGTGGCCCTGCGCTTTCTGCCGCCAGGTATCAAGGTCTATGGCCTGGCCTGCTACGCCCTGACCGCCACCTTTGGCCCCAACCTCGGCACGCCGCTGGCGGGGTtgt > 2:2072421/1‑145 (MQ=255) ggCTTTGCCGCTGGCGCCTTGCCGCCGATGCTGATGAGCGTGGCCCTGCGCTTTCTGCCGCCAGGTATCAAGGTCTATGGCCTGGCCTGCTACGCCCTGACCGCCACCTTTGGCCCCAACCTCGGCACGCCGCTGGCGGGGTTGTGGAcc > 1:886829/1‑150 (MQ=255) gCTTTGCCGCTGGCGCCTTGCCGCCGATGCTGATGAGCGTGGCCCTGCGCTTTCTGCCGCCAGGTATCAAGGTCTATGGCCTGGCCTGCTACGCCCTGACCGCCACCTTTGGCCCCAACCTCGGCACGCCGCTGGCGGGGTTGTGGACCg > 1:1946161/1‑150 (MQ=255) tttGCCGCTGGCGCCTTGCCGCCGATGCTGATGAGCGTGGCCCTGCGCTTTCTGCCGCCAGGTATCAAGGTCTATGGCCTGGCCTGCTACGCCCTGACCGCCACCTTTGGCCCCAACCTCGGCACGCCGCTGGCGGGGTTGTGGACCGaa < 2:676616/150‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGGCGCCTTGCCGCCGATGCTGATGAGCGTGGCCCTGCGCTTTCTGCCGCCAGGTATCAAGGTCTATGGCCTGGCCTGCTACGCCCTGACCGCCACCTTTGGCCCCAACCTCGGCACGCCGCTGGCGGGGTTGTGGACCGaa < 2:1055772/150‑1 (MQ=255) tGCCGCTGGCGCCTTGCCGCCGATGCTGATGAGCGTGGCCCTGCGCTTTCTGCCGCCAGGTATCAAGGTCTATGGCCTGGCCTGCTACGCCCTGACCGCCACCTTTGGCCCCAACCTCGGCACGCCGCTGGCGGGGTTGTGGACCGAATa < 1:1599421/150‑1 (MQ=255) 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ctgcTGGCGGGGTTGTGGACCGAATACGTCGGTTGGCAATGGGCGTTCTGGCAGATCATCCTGCCCTCGCTGCTGGCCATGGTCTGCGTAGGCTGGGGGCTGCCGCAGGACCCGCTGCGCCTGGAGCGTTTCAAACAGTTCGACTGGCgg < 2:114960/148‑1 (MQ=255) ccgcTGGCGGGGTTGTGGACCGAATACGTCGGTTGGCAATGGGCGTTCTGGCAGATCATCCTGCCCTCGCTGCTGGCCATGGTCTGCGTAGGCTGGGGGCTGCCGCAGGACACGCTGCGCCTGGAGCGTTTCAAACAGTTCGACTGGCgg > 1:1331507/1‑150 (MQ=255) cgcTGGCGGGGTTGTGGACCGAATACGTCGGTTGGCAATGGGCGTTCTGGCAGATCATCCTGCCCTCGCTGCTGGCCATGGTCTGCGTAGGCTGGGGGCTGCCGCAGGACCCGCTGCGCCTGGAGCGTTTCAAACAGTTCGACTGGCggg < 2:848138/150‑1 (MQ=255) cTGGCGGGGTTGTGGACCGAATACGTCGGTTGGCAATGGGCGTTCTGGCAGATCATCCTGCCCTCGCTGCTGGCCATGGTCTGCGTAGGCTGGGGGCTGCCGCAGGACCCGCTGCGCCTGGAGCGTTTGAAACAGTTCGACTGGCGGGGc < 2:1082252/150‑1 (MQ=255) ggCGGGGTTGTGGACCGAATACGTCGGTTGGCAATGGGCGTTCTGGCAGATCATCCTGCCCTCg > 1:1218754/1‑64 (MQ=255) ggCGGGGTTGTGGACCGAATACGTCGGTTGGCAATGGGCGTTCTGGCAGATCATCCTGCCCTCg < 2:1218754/64‑1 (MQ=255) gCGGGGTTGTGGACCGAATACGTCGGTTGGCAATGGGCGTTCTGGCAGATCATCCTGCCCTCGCTGCTGGCCATGGTCTGCGTAGGCTGGGGGCTGCCGCAGGACCCGCTGCGCCTGGAGCGTTTCAAACAGTTCGACTGGCGGGGCGTa > 1:1484181/1‑150 (MQ=255) | GTACTGCAGGGCTTTGCCGCTGGCGCCTTGCCGCCGATGCTGATGAGCGTGGCCCTGCGCTTTCTGCCGCCAGGTATCAAGGTCTATGGCCTGGCCTGCTACGCCCTGACCGCCACCTTTGGCCCCAACCTCGGCACGCCGCTGGCGGGGTTGTGGACCGAATACGTCGGTTGGCAATGGGCGTTCTGGCAGATCATCCTGCCCTCGCTGCTGGCCATGGTCTGCGTAGGCTGGGGGCTGCCGCAGGACCCGCTGCGCCTGGAGCGTTTCAAACAGTTCGACTGGCGGGGCGTA > NC_002947/1452224‑1452517 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |