New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2378516 = | 74 (0.840) | 4 (0.050) | 4/232 | NT | 5.1% | coding (28/273 nt) | PP_2086 | CrfX family protein |
? | NC_002947 | 2378589 = | 80 (0.960) | coding (101/273 nt) | PP_2086 | CrfX family protein |
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
ACCCGTCGCCCGGCCATCTCGTCTCTTGCTGACACTGCGCGAGGTGCCCATGCACGATCCGTTTGAAGAATCCCTGCGCGACCTGCTCAAGGCGTCACCCTCCGGCAATGACCGGGACGACCGGGACGACGCCGCTTGCCTGGGTCGCGTGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGTTGGCGCGGGTGATCTGTTCAGCCTGCTTGGCCGCTGGAGCCAGGCGCTGCTGATTGCCGTGAACAATGGCTCGGCGCATGTTGCGCCGGTGCGTCGACACTCTTCCCGCAACGCTGCCAATGGCA > NC_002947/2378440‑2378738 | aCCCGTCGCCCGGCCATCTCGTCTCTTGCTGACACTGCGCGAGGTGCCCATGCACGATCCGTTTGAAGAATCCCTGCGCGACCTGCTCAAGGCGTCACCCTCCGGCAATGACCGGGACGACCGGGACGACGCCGCTTGCCTGGGTCGCGt > 2:570559/1‑150 (MQ=255) aCCCGTCGCCCGGCCATCTCGTCTCTTGCTGACACTGCGCGAGGTGCCCATGCACGATCCGTTTGAAGAATCCCTGCGCGACCTGCTCAAGGCGTCACCCTCCGGCAATGACCGGGACGACCGGGACGACGCCGCTTGCCTGGGTCGCGt > 2:1012433/1‑150 (MQ=255) gcagcgcctggctccagcggccaagcaggctgaacagatcacccgcgccaacctggcggttggcggttttcagcaCGCGACCTGCTCAAGGCGTCACCCTCCGGCAATGACCGGGACGACCGGGACGACGCCGCTTGCCTGGGTCGCGt < 1:2213313‑M1/74‑1 (MQ=255) ccGTCGCCCGGCCATCTCGTCTCTTGCTGACACTGCGCGAGGTGCCCATGCACGATCCGTTTGAAGAATCCCTGCGCGACCTGCTCAAGGCGTCACCCTCCGGCAATGACCGGGACGACCGGGACGACGCCGCTTGCCTGGGTCGCGTGc > 1:190158/1‑150 (MQ=255) cGTCGCCCGGCCATCTCGTCTCTTGCTGACACTGCGCGAGGTGCCCATGCACGATCCGTTTGAAGAATCCCTGCGCGACCTGCTCAAGGCGTCACCCTCCGGCAATGACCGGGACGACCGGGACGACGCCGCTTGCCTGGGTCGCGTGCt > 2:569879/1‑150 (MQ=255) gCCCGGCCATCTCGTCTCTTGCTGACACTGCGCGAGGTGCCCATGCACGATCCGTTTGAAGAATCCCTGCGCGACCTGCTCAAGGCGTCACCCTCCGGCAATGACCGGGACGACCGGGACGACGCCGCTTGCCTGGGTCGCGTGCTGaaa > 1:2218164/1‑150 (MQ=255) gCCCGGCCATCTCGTCTCTTGCTGACACTGCGCGAGGTGCCCATGCACGATCCGTTTGAAGAATCCCTGCGCGACCTGCTCAAGGCGTCACCCTCCGGCAATGACCGGGACGACCGGGACGACGCCGCTTGCCTGGGTCGCGTGCTGaaa < 1:1012433/150‑1 (MQ=255) ccGGCCATCTCGTCTCTTGCTGACACTGCGCGAGGTGCCCATGCACGATCCGTTTGAAGAATCCCTGCGCGACCTGCTCAAGGCGTCACCCTCCGGCAATGACCGGGACGACCGGGACGACGCCGCTTGCCTGGGTCGCGTGCTGAAaac > 1:1885863/1‑150 (MQ=255) aTCTCGTCTCTTGCTGACACTGCGCGAGGTGCCCATGCACGATCCGTTTGAAGAATCCCTGCGCGACCTGCTCAAGGCGTCACCGTCCGGCAATGACCGGGACGACCGGGACGACGCCGCTTGCCTGGGTCGCGTGCTGAAaaccgccaa > 1:892477/1‑150 (MQ=255) tcGTCTCTTGCTGACACTGCGCGAGGTGCCCATGCACGATCCGTTTGAAGAATCCCTGCGCGACCTGCTCAAGGCGTCACCCTCCGGCAATGACCGGGACGACCGGGACGACGCCGCTTGCCTGGGTCGCGTGCTGAAaaccgccaaccg > 1:2059179/1‑150 (MQ=255) ctTGCTGACACTGCGCGAGGTGCCCATGCCCGATCCGTTTGAAGAATCCCTGCGCGACCTGCTCAAGGCGTCACCCTCCGGCAATGACCGGGACGACCGGGACGACGCCGCTTGCCTGGGTCGCGTGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGt < 2:69633/150‑1 (MQ=255) ctTGCTGACACTGCGCGAGGTGCCCATGCACGATCCGTTTGAAGAATCCCTGCGCGACCTGCTCAAGGCGTCACCCTCCGGCAATGACCGGGACGACCGGGACGACGCCGCTTGCCTGGGTCGCGTGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGt > 2:2155449/1‑150 (MQ=255) ttGCTGACACTGCGCGAGGTGCCCATGCACGATCCGTTTGAAGAATCCCTGCGCTACCTGCTCAAGGCGTCACCCTCCGGCAATGACCGGGACGACCGGGACGACGCCGCTTGCCTGGGTCGCGTGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGtt > 1:783605/1‑150 (MQ=255) ttGCTGACACTGCGCGAGGTGCCCATGCACGATCCGTTTGAAGAATCCCTGCGCGACCTGCTCAAGGCGTCACCCTCAGGCAATGACCGGGACGACCGGGACGACGCCGCTTGCCTGGGTCGCGTGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGtt > 2:1023236/1‑150 (MQ=255) gCTGACACTGCGCGAGGTGCCCATGCACGATCCGTTTGAAGAATCCCTGCGCGACCTGCTCAAGGCGTCACCCTCCGGCAATGACCGGGACGACCGGGACGACGCCGCTTGCCTGGGTCGCGTGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGTTgg < 2:1523123/150‑1 (MQ=255) cacTGCGCGAGGTGCCCATGCACGATCCGTTTGAAGAATCCCTGCGCGACCTGCTCAAGGCGTCACCCTCCGGCAATGACCGGGACGACCGGGACGACGCCGCTTGCCTGGGTCGCGTGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGTTGGCGCgg < 1:570559/150‑1 (MQ=255) cacTGCGCGAGGTGCCCATGCACGATCCGTTTGAAGAATCCCTGCGCGACCTGCTCAAGGCGTCACCCTCCGGCAATGACCGGGACGACCGGGACGACGCCGCTTGCCTGGGTCGCGTGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGTTGGCGCgg > 2:602388/1‑150 (MQ=255) acTGCGCGAGGTGCCCATGCACGATCCGTTTGAAGAATCCCTGCGCGACCTGCTCAAGGCGTCACCCTCCGGCAATGACCGGGACGACCGGGACGACGCCGCTTGCCTGGGTCGCGTGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGTTGGCGCggg < 1:1717451/150‑1 (MQ=255) acTGCGCGAGGTGCCCATGCACGATCCGTTTGAAGAATCCCTGCGCGACCTGCTCAAGGCGTCACCCTCCGGCAATGACCGGGACGACCGGGACGACGCCGCTTGCCTGGGTCGCGTGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGTTGGCGCggg > 1:1734424/1‑150 (MQ=255) acTGCGCGAGGTGCCCATGCACGATCCGTTTGAAGAATCCCTGCGCGACCTGCTCAAGGCGTCACCCTCCGGCAATGACCGGGACGACCGGGACGACGCCGCTTGCCTGGGTCGCGTGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGTTGGCGCggg < 2:892477/150‑1 (MQ=255) acTGCGCGAGGTGCCCATGCACGATCCGTTTGAAGAATCCCTGCGCGACCTGCTCAAGGCGTCACCCTCCGGCAATGACCGGGACGACCGGGACGACGCCGCTTGCCTGGGTCGCGTGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGTTGGCGCggg > 1:1056364/1‑150 (MQ=255) gcgAGGTGCCCATGCACGATCCGTTTGAAGAATCCCTGCGCGACCTGCTCAAGGCGTCACCCTCCGGCAATGACCGGGACGACCGGGACGACGCCGCTTGCCTGGGTCGCGTGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGTTGGCGCGGGTGATc < 2:541374/150‑1 (MQ=255) cgAGGTGCCCATGCACGATCCGTTTGAAGAATCCCTGCGCGACCTGCTCAAGGCGTCACCCTCCGGCAATGACCGGGACGACCGGGACGACGCCGCTTGCCTGGGTCGCGTGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGTTGGCGCGGGTGATCt < 2:1375743/150‑1 (MQ=255) ggTGCCCATGTGCGCGCCGTTTGAAGAATCCCTGCGCGAGCTGCTCAAGGCGTCACCCTCCGGCAATGTCCGGGGCGACCGGGACGGCGCCGCTTGCTTGGGTCGCTTGCTGAATTCCGCCAACCGCCAGGTTGGCGCGGGTGATCTGtt < 2:631159/150‑1 (MQ=255) ggTGCCCATGCACGATCCGTTTGAAGAATCCCTGCGCGACCTGCTCAAGGCGTCACCCTCCGGCAATGACCGGGACGACCGGGACGACGCCGCTTGCCTGGGTCGCGTGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGTTGGCGCGGGTGATCTGtt < 2:1217525/150‑1 (MQ=255) ccATGCACGATCCGTTTGAAGAATCCCTGCGCGACCTGCTCAAGGCGTCACCCTCCGGCAATGACCGGGACGACCGGGACGACGCCGCTTGCCTGGGTCGCGTGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGTTGGCGCGGGTGATCTGTTCAGcc > 1:1350374/1‑150 (MQ=255) ccATGCACGATCCGTTTGAAGAATCCCTGCGCGACCTGCTCAAGGCGTCACCCTCCGGCAATGACCGGGACGACCGGGACGACGCCGCTTGCCTGGGTCGCGTGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGTTGGCGCGGGTGATCTGTTCAGcc > 1:465834/1‑150 (MQ=255) aTGCACGATCCGTTTGAAGAATCCCTGCGCGACCTGCTCAAGGCGTCACCCTCCGGCAATGACCGGGACGACCGGGACGACGCCGCTTGCCTGGGTCGCGTGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGTTGGCGCGGGTGATCTGTTCAGCCTg < 2:1734424/150‑1 (MQ=255) 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cTCCGGCAATGACCGGGACGACCGGGACGACGCCGCTTGCCTGGGTCGCGTGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGTTGGCGCGGGTGa < 2:341615/87‑1 (MQ=255) tCCGGCAATGACCGGGACGACCGGGACGACGCCGCTTGCCTGGGTCGCGTGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGTTGGCGCGGGTGATCTGTTCAGCCTGCTTGGCCGCTGGAGCCAGGCGCTGCTGATTGCCGTGAACAATGGCTCgggg < 1:84657/150‑3 (MQ=255) ggCAATGACCGGGACGACCGGGACGACGCCGCTTGCCTGGGTCGCGTGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGTTGGCGCGGGTGATCTGTTCAGCCTGCTTGGCCGCTGGAGCCAGGCGCTGCTGATTGCCGTGAACAATGGCTCGGCGCAt < 2:1180338/150‑1 (MQ=255) cgtcccggtcattgccggagggtgacgccttgagcaggtcgcgTGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGTTGGCGCGGGTGATCTGTTCAGCCTGCTTGGCCGCTGGAGCCAGGCGCTGCTGATTGCCGTGAACAATGGCTCGGCGCATGtt < 2:321550‑M2/107‑1 (MQ=255) accgggacgaccgggacgACGCCGCTTGCCTGGGTCGCGTGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGTTGGCGCGGGTGATCTGTTCAGCCTGCTTGGCCGCTGGAGCCAGGCGCTGCTGATTGCCGTGAACAATGGCTCGGCGCATGTTgcgc < 1:918609/150‑1 (MQ=255) cccgatacgacaCCGCTTGCCGGGGTGGCGTGCTGAAACCCGCCAACCCGCAAGTTGGCGGGGGTGATTTGTTCAGCCTGCTTGGCCGCTGGAGCCAGGCGCTGCTGATTGCCGTCGACAATGTCTCGTCGCATGTTGCGCCGGTGCGTc < 2:301537/144‑1 (MQ=255) ggacgacGCCGCTTGCCTGGGTCGCGTGCTGAAATCCGCCAACCGCCAGGTTGGCGCGGGTGATCTGTTCAGCCTGCTTGGCCGCTGGAGCCAGGATATCCCGTGCCCCTTGAACAATGGCTCGGCGCATGTTGCGCCGGTGCGTCGaca < 1:1023236/150‑1 (MQ=255) ggacgacGCCGCTTGCCTGGGTCGCGTGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGTTGGCGCGGGTGATCTGTTCAGCCTGCTTGGCCGCTGGAGCCAGGCGCTGCTGATTGCCGTGAACAATGGCTCGGCGCATGTTGCGCCGGTGCGTCGaca < 1:433853/150‑1 (MQ=255) ggacgacGCCGCTTGCCTGGGTCGCGTGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGTTGGCGCGGGTGATCTGTTCAGCCTGCTTGGCCGCTGGAGCCAGGCGCTGCTGATTGCCGTGAACAATGGCTCGGCGCATGTTGCGCCGGTGCGTCGaca < 2:757838/150‑1 (MQ=255) cgccgcTTGCCTGGGTCGCGTGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGTTGGCGCGGGTGATCTGTTCAGCCTGCTTGGCCGCTGGAGCCAGGCGCTGCTGATTGCCGTGAACAATGGCTCGGCGCATGTTGCGCCGGTGCGTCGACACTCTTc < 1:54004/150‑1 (MQ=255) gccgcTTGCCTGGGTCGCGTGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGTTGGCGCGGGTGATCTGTTCAGCCTGCTTGGCCGCTGGAGCCAGGCgctgc > 1:1493784/1‑94 (MQ=255) gccgcTTGCCTGGGTCGCGTGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGTTGGCGCGGGTGATCTGTTCAGCCTGCTTGGCCGCTGGAGCCAGGCgctgc < 2:1493784/94‑1 (MQ=255) gccgcTTGCCTGGGTCGCGTGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGTTGGCGCGGGTGATCTGTTCAGCCTGCTTGGCCGCTGGAGCCAGGCGCTGCTGATTGCCGTGAACAATGGCTCGGCGCATGTTGCGCCGGTGCGTCGACACTCTTcc < 2:810857/150‑1 (MQ=255) cgcTTGCCTGGGTCGCGTGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGTTGGCGCGGGTGATCTGTTCAGCCTGCTTGGCCGCTGGAGCCAGGCGCTGCTGATTGCCGTGAACAATGGCTCGGCGCATGTTGCGcc < 1:1285918/129‑1 (MQ=255) cgcTTGCCTGGGTCGCGTGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGTTGGCGCGGGTGATCTGTTCAGCCTGCTTGGCCGCTGGAGCCAGGCGCTGCTGATTGCCGTGAACAATGGCTCGGCGCATGTTGCGcc > 2:1285918/1‑129 (MQ=255) tGGGTCGCGTGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGTTGGCGCGGGTGATCTGTTCAGCCTGCTTGGCCGCTGGAGCCAGGCGCTGCTGATTGCCGTGAACAATGGCTCCGCGCATGTTGCGCCGCTGCGTCGACACTCTTCCCGCAACGCTg > 2:707755/1‑150 (MQ=255) gggTCGCGTGCTGAAACCCGCCAACCGCCAGGTTGGCGCGGGTGATCTGTTCAGCCTGCTTGGCCGCTGGAGCCAGGCGCTGCTGATTGCCGTGAACAATGGCTCGGCGCATGTTGCGCCGGTGCGTCGACACTCTTCCCGCAACGCTGc < 2:190158/150‑1 (MQ=255) gTGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGTTGGCGCGGGTGATCTGTTCAGCCTGCTTGGCCGCTGGAGCCAGGCGCTGCTGATTGCCGTGAACAATGGCTCGGCGCATGTTGCGCCGGTGCGTCGACACTCTTCCCGCAACGCTGCCAATGGc < 2:2218164‑M2/149‑1 (MQ=255) tGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGTTGGCGCGGGTGATCTGTTCAGCCTGCTTGGCCGCTGGAGCCAGGCGCTGCTGATTGCCGTGAACAATGGCTCGGCGCATGTTGCGCCGGTGCGTCGACACTCTTCCCGCAACGCTGCCAATGgca < 2:1711035/150‑1 (MQ=255) tGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGTTGGCGCGGGTGATCTGTTCAGCCTGCTTGGCCGCTGGAGCCAGGCGCTGCTGATTGCCGTGAACAATGGCTCGGCGCATGTTGCACCGGt < 2:155697/115‑1 (MQ=255) tGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGTTGGCGCGGGTGATCTGTTCAGCCTGCTTGGCCGCTGGAGCCAGGCGATGCTGATTGCCGTGAACAATGGCTCGGCGCATGTTGCACCGGt > 1:155697/1‑115 (MQ=255) tGCTGAAAACAGCCAAACGCCAAGTTGGCGCGGTTGATCTGTTTAGCCTGCTTGGCCGCTGGAGCTAGGCGCTGCTGATTCCCGTGAACATTCGCTCGGTGTATGTTGCGCCGGTGACTCGACACTCTTCCCGCAACGCTGCCAATGgca < 2:48308/150‑1 (MQ=255) | ACCCGTCGCCCGGCCATCTCGTCTCTTGCTGACACTGCGCGAGGTGCCCATGCACGATCCGTTTGAAGAATCCCTGCGCGACCTGCTCAAGGCGTCACCCTCCGGCAATGACCGGGACGACCGGGACGACGCCGCTTGCCTGGGTCGCGTGCTGAAAACCGCCAACCGCCAGGTTGGCGCGGGTGATCTGTTCAGCCTGCTTGGCCGCTGGAGCCAGGCGCTGCTGATTGCCGTGAACAATGGCTCGGCGCATGTTGCGCCGGTGCGTCGACACTCTTCCCGCAACGCTGCCAATGGCA > NC_002947/2378440‑2378738 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |