New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4949028 | 88 (0.990) | 9 (0.110) | 9/234 | NT | 10.0% | coding (363/486 nt) | fliN | flagellar basal‑body C‑ring protein |
? | NC_002947 | = 4949050 | 78 (0.930) | coding (341/486 nt) | fliN | flagellar basal‑body C‑ring protein |
TCAGCGCAGCTTCTTGATACGTTCGCTGGGGCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCACGTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCTGGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCACCGGGATGTCCAGGATCACGTCCAGGTTCGGGCCTTCGAGGCTGACATTTTCATTCGGCTTCGGCGAG > NC_002947/4948905‑4949199 | tCAGCGCAGCTTCTTGATACGTTCGCTGGGGCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCACGTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAgctc < 1:192503‑M2/150‑5 (MQ=255) tCAGCGCAGCTTCTTGATACGTTCGCTGGGGCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCACGTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAgctc > 1:248201‑M2/1‑146 (MQ=255) tCAGCGCAGCTTCTTGATACGTTCGCTGGGGCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCACGTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAgctc < 1:1356528‑M2/150‑5 (MQ=255) aGCGCAGCTTCTTGATACGTTCGCTGGGGCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCACGTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAgctcga < 2:724556‑M2/150‑7 (MQ=255) gcAGCTTCTTGATACGTTCGCTGGGGCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCACGTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATcc > 2:322439/1‑149 (MQ=255) gcAGCTTCTTGATACGTTCGCTGGGGCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCACGTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCa < 2:1415066/150‑1 (MQ=255) cAGCTTCTTGATACGTTCGCTGGGGCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCACGTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCAc < 2:1022813/150‑1 (MQ=255) gCTTCTTGATACGTTCGCTGGGGCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCACGTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCg < 2:1812721/150‑1 (MQ=255) cttcttGATACGTTCGCTGGGGCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCACGTCGAGCGGCTCGCCGTCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGa < 2:807754/150‑1 (MQ=255) gATACGTTCGCTGGGGCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCATGCCGTTGACCAGCACGTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCTg > 1:1002505/1‑150 (MQ=255) aTACGTTCGCTGGGGCTGTTCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCCCGACCACTTCGCCATGGTCGATCAGCTTGCCGTTGACCAGCACGTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGTGCTCGATCACCGAGCCCTgg < 2:1664601/150‑1 (MQ=255) aTACGTTCGCTGGGGCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCACGTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCTgg > 2:862153/1‑150 (MQ=255) aTACGTTCGCTGGGGCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCACGTCGAGCGGCTCGACCGCCTGGCCGGCGAgccgctcgacgtgctggtc > 2:1865560‑M2/1‑130 (MQ=255) aTACGTTCGCTGGGGCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCACGTCGAGCGGCTCGACCGCCTGGCCGGCGAgccgctcgacgtgctggtc < 1:1865560‑M2/149‑20 (MQ=255) aCGTTCGCTGGGGCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCACGTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCTGGtt < 1:212351/150‑1 (MQ=255) aCGTTCGCTGGGGCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCACGTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGCCAGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCTGGtt < 1:327622/150‑1 (MQ=255) cGTTCGCTGGGGCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCACGTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCTGGTTg < 2:2365749/150‑1 (MQ=255) gTTCGCTGGGGCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCACGTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCTGGTTGa > 2:1969387/1‑150 (MQ=255) 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tCGATCTGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGTGCCCTGGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCACCGGGATGTCCAGGATCACGTCCAGGTTCGGGCCTTCGAgg < 1:941452/150‑1 (MQ=255) tCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCTGGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCACCGGGATGTCCAGGATCACGTCCAGGTTCGGGCCTTCGAgg < 1:573890/150‑1 (MQ=255) gCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAgccgctcgacgtgctggtcaacggcacgctgatcgcccatggtgaagtggtcgtggtcaacgaaaagttcggcatccgcctgaccgacgtgatcagccccagcgaacgtatcaagaagctgcgctg < 2:2044613‑M2/150‑127 (MQ=255) ggcctgCCGGCCAGGCGGTATAGTTGGATCCCCGAGCCTTGGTTGTGCCGCAGCAGGTTGCGGATGTTGAGCCCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCACCGGGATGTCCAGGATCACGTCCAGGTTCGGGCCTTCGAGGCTGACa < 1:724556/145‑1 (MQ=255) ggCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCTGGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCACCGGGAt < 1:1804655/110‑1 (MQ=255) ggCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCTGGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCACCGGGAt > 2:1804655/1‑110 (MQ=255) gCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCTGGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATg < 1:377078/92‑1 (MQ=255) gCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCTGGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATg > 2:377078/1‑92 (MQ=255) tCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCTGGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGCTGTTGATCTCGGTGGTGCCCGCTTCCATGGAAATGTTCACCGGGATGTCCAGGATCACGTCCAGGTTCGGGCCTTCTGGGCTGACCttt > 2:1414898/1‑150 (MQ=255) tCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCTGGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCACCGGGATGTCCAGGATCACGTCCAGGTTCGGGCCTTCGAGGCTGACAttt > 1:505550/1‑150 (MQ=255) gCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCTGGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCg < 2:2286094/70‑1 (MQ=255) gCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCTGGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCg > 1:2286094/1‑70 (MQ=255) ccGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCTGGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGAAAAAATTCACCGGGGTGACCAGGATAACGTCCATGTTTTGGCCTTCTATTCTGACAGTTTCa > 2:21511/1‑150 (MQ=255) cGGCCAGGCGGGCCCGCTCTTTCACCGACCCCTGGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGACGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCACCGGGATGTCCAGGATCACGTCCAGGTTCGGGCCTTCGAGGCTGACATTTTCAt < 1:276707/150‑1 (MQ=255) gCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCTGGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCACCg < 1:1288651/97‑1 (MQ=255) gCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCTGGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCACCg > 2:1288651/1‑97 (MQ=255) cAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGCGAAATAGGTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCACCGGGATGTCCAGGATCACGTCCAGGTTCGGGCCTTCGAGGCTGACATTTTCAttcgg < 2:1507500/150‑1 (MQ=255) aGCTCGATCACCGAGCCCTGGTTGCGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCACCGGGATGTCCAGGATCACGTCCAGGTTCGGGCCTTCGAGGCTGACATTTTCATTCGGCTTCGGCGAg > 1:1325432/1‑150 (MQ=255) | TCAGCGCAGCTTCTTGATACGTTCGCTGGGGCTGATCACGTCGGTCAGGCGGATGCCGAACTTTTCGTTGACCACGACCACTTCGCCATGGGCGATCAGCGTGCCGTTGACCAGCACGTCGAGCGGCTCGCCGGCCAGGCGGTCGAGCTCGATCACCGAGCCCTGGTTGAGCTGCAGCAGGTTGCGGATGTTGATCTCGGTGCTGCCCACTTCCATGGAAATGTTCACCGGGATGTCCAGGATCACGTCCAGGTTCGGGCCTTCGAGGCTGACATTTTCATTCGGCTTCGGCGAG > NC_002947/4948905‑4949199 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |