| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 4955866 = | 118 (1.330) | 6 (0.070) | 6/234 | NT | 5.1% | coding (934/1374 nt) | fliI | flagellum‑specific ATP synthase |
| ? | NC_002947 | 4955891 = | 112 (1.330) | coding (909/1374 nt) | fliI | flagellum‑specific ATP synthase | |||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
CAGTACAAAGTGGCCGTCAAGCACGCCCCGCGCCGAGTCGGCGATCGGGTCTTGCTGATCGTCGCCTTCAGACAGCACGGTATAGAACGCAGTGATCGAACCACCGCCAGGTTCGCCATTGCC‑TGCCCGCTCCACCAGCTTGGGCAGC‑TTGGCGAACACCGAGGGCGGGTAACCCCGGGTGGCTGGCGGCTCGCCGATGGCCAGGGCAATTTCCCGCTGGGCCTGGGCGAAACGGGTCAACGAGTCCATCAGCAACAGCACATTCTTGCCTTTGTCGCGGAAGTACTCGGCAATGCG > NC_002947/4955744‑4956040 | cAGTACATATTGGCCGTCAAGCACGCCCCGCGCCGGGTCGGCGATCGGGTCTTGCTGATCGTCGCCTTCAGACAGCACGGTATAGAACGCAGTGATCGAACCACCGCCAGGTTCGCCATTGCC‑TGCCCGCTCCACCAGCTTGGGCAGC‑tt < 1:1900404/150‑1 (MQ=255) aGTACAAAGTGGCCGTCAAGCACGCCCCGCGCCGAGTCGGCGATCGGGTCTTGCTGATCGTCGCCTTCAGACAGCACGGTATAGAACGCAGTGATCGAACCACCGCCAGGTTCGCCATTGCC‑TGCCCGCTCCACCAGCTTGGGCAGC‑TTg > 2:1922345/1‑150 (MQ=255) tACAAAGTGGCCGTCAAGCACGCCCCGCGCCGAGTCGGCGATCGGGTCTTGCTGATCGTCGCCTTCAGACAGCACGGTATAGAACGCAGTGATCGAACCACCGCCAGGTTCGCCATTGCC‑TGCCCGCTCCACCAGCTTGGGCAGC‑TTGGc < 1:708704/150‑1 (MQ=255) tACAAAGTGGCCGTCAAGCACGCCCCGCGCCGAGTCGGCGATCGGGTCTTGCTGATCGTCGCCTTCAGACAGCACGGTATAGAACGCAGTGATCGAACCACCGCCAGGTTCGCCATTGCC‑TGCCCGCTCCACCAGCTTGGGCAGC‑TTGGc < 1:2385841/150‑1 (MQ=255) aaaGTGGCCGTCAAGCACGCCTCGCGCCGAGTCGGCGATCGGGTCTTGCTGATCGTCGCCTTCAGACAGCACGGTATAGAACGCAGTGATCGAACCACCGCCAGGTTCGCCATTGCC‑TGCCCGCTCCACCAGCTTGGGCAGC‑TTGGCGaa < 1:1717757/150‑1 (MQ=255) aaaGTGGCCGTCAAGCACGCCCCGCGCCGAGTCGGCGATCGGGTCTTGCTGATCGTCGCCTTCAGACAGCACGGTATAGAACGCAGTGATCGAACCACCGCCAGGTTCGCCATTGCC‑TGCCCGCTCCACCAGCTTGGGCAGC‑TTGGCGaa > 2:2305590/1‑150 (MQ=255) ccGTCAAGCACGCCCCGCGCCGAGTCGGCGATCGGGTCTTGCTGATCGTCGCCTTCAGACAGCACGGTATAGAACGCAGTGATCGAACCACCGCCAGGTTCGCCATTGCC‑TGCCCGCTCCACCAGCTTGGGCAGC‑TTGGCGAACACCGAg < 1:2305590/150‑1 (MQ=255) ccGTCAAGCACGCCCCGCGCCGAGTCGGCGATCGGGTCTTGCTGATCGTCGCCTTCAGACAGCACGGTATAGAACGCAGTGATCGAACCACCGCCAGGTTCGCCATTGCC‑TGCCCGCTCCACCAGCTTGGGCAGC‑TTGGCGAACACCGAg < 2:310059/150‑1 (MQ=255) cGTCAAGCACGCCCCGCGCCGAGTCGGCGATCGGGTCTTGCTGATCGTCGCCTTCAGACAGCACGGTATAGAACGCAGTGATCGAACCACCGCCAGGTTCGCCATTGCC‑TGCCCGCTCCACCAGCTTGGGCAGC‑TTGGCGAACACCGAgg < 1:756521/150‑1 (MQ=255) tCAAGCACGCCCCGCGCCGAGTCGGCGATCGGGTCTTGCTGATCGTAGCCTTCAGACAGCACGGTATAGAACGCAGTGATCTAACCACCGCCAGGTTCGCCATTGCC‑TGCCCGCCCCACCAGCTTGGGCAGC‑TTGGCGAACACCTAGGGc > 2:1007980/1‑150 (MQ=255) cAAGCACGCCCCGCGCCGAGTCGGCGATCGGGTCTTGCTGATCGTCGCCTTCAGACAGCACGGTATAGAACGCAGTGATCGAACCACCGCCAGGTTCGCCATTGCC‑TGCCCGCTCCACCAGCTTGGGCAGC‑TTGGCGAACACCGAGGGCg > 2:1574676/1‑150 (MQ=255) aaGCACGCCCCGCGCCGAGTCGGCGATCGGGTCTTGCTGATCGTCGCCTTCAGACAGCACGGTATAGAACGCAGTGATCGAACCACCGCCAGGTTCGCCATTGCC‑TGCCCGCTCCACCAGCTTGGGCAGC‑TTGGCGAACACCGAGGGCgg < 1:475593/150‑1 (MQ=255) aaGCACGCCCCGCGCCGAGTCGGCGATCGGGTCTTGCTGATCGTCGCCTTCAGACAGCACGGTATAGAACGCAGTGATCGAACCACCGCCAGGTTCGCCATTGCC‑TGCCCGCTCCACCAGCTTGGGCAGC‑TTGGCGAACACCGAGGGCgg < 2:178975/150‑1 (MQ=255) aCGCCCCGCGCCGAGTCGGCGATCGGGTCTTGCTGATCGTCGCCTTCAGACAGCACGGTATAGAACGCAGTGATCGAACCACCGCCAGGTTCGCCATTGCC‑TGCCCGCTCCACCAGCTTGGGCAGC‑TTGGCGAACACCGAGGGCGGGTaa > 1:1239976/1‑150 (MQ=255) tcgttgacccgtttcgcccaggcccagcgggaaattgccctggccatcggcgagccgccagccacccggggttacccgccctcggtgttcgccattgCCTGCCCGCTCCACCAGCTTGGGCAGC‑TTGGCGAACACCGAg > 2:2182833‑M1/98‑139 (MQ=255) tcgttgacccgtttcgcccaggcccagcgggaaattgccctggccatcggcgagccgccagccacccggggttacccgccctcggtgttcgccattgCCTGCCCGCTCCACCAGCTTGGGCAGC‑TTGGCGAACACCGAg < 1:2182833‑M1/42‑1 (MQ=255) cccGCGCCGAGTCGGCGATCGGGTCTTGCTGATCGTCGCCTTAAGACATCACGGTATAGAACGCAGTGATCGAACCACCGCCAGGTTCGCCATTGCC‑TGCCCGCTCCACCAGCTTGGGCAGC‑TTGGCGAACACCGAGGGCGGGTAAcccc > 1:1757918/1‑150 (MQ=255) ccGCGCCGAGTCGGCGATCGGGTCTTGCTGATCGTCGCCTTCAGACAGCACGGTATAGAACGCAGTGATCGAACCACCGCCAGGTTCGCCATTGCC‑TGCCCGCTCCACCAGCTTGGGCAGC‑TTGGCGAACACCGAGGGCGGGaaattgcc > 1:1341882/1‑145 (MQ=255) 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ccaccGCCAGGTTCGCCATTGCC‑TGCCCGCTCCACCAGCTTGGGCAGC‑TTGGCGAACACCGAGGGCGGGTAACCCCGGGTGGCTGGCGGCTCGCCGATGGCCAGGGCAATTTCCCGCTGGGCCTGGGCGAAACGGGTCAACGAGTCCATc < 1:2160683/150‑1 (MQ=255) caccGCCAGGTTCGCCATTGCC‑TGCCCGCTCCACCAGCTTGGGCAGC‑TTGGCGAACACCGAGGGCGGGTAACCCCGGGTGGCTGGCGGCTCGCCGATGGCCAGGGCAATTTCCCGCTGGGCCTGGGCGAAACGGGTCAACGAGTCCATCa < 1:1753033/150‑1 (MQ=255) caccGCCAGGTTCGCCATTGCC‑TGCCCGCTCCACCAGCTTGGGCAGC‑TTGGCGAACACCGAGGGCGGGTAACCCCGGGTGGCTGGCGGCTCGCCGATGGCCAGGGCAATTTCCCGCTGGGCCTGGGCGAAACGGGTCAACGAGTCCATCa < 2:2114163/150‑1 (MQ=255) caccGCCAGGTTCGCCATTGCC‑TGCCCGCTCCACCAGCTTGGGCAGC‑TTGGCGAACACCGAGGGCGGGTAACCCCGCGTGGGTGGCGGCTCGCCGATGGCCAGGGCAATTTCCCGCTGGGCCTGGGCGAAACGGGTCAACGAGTCCATCa < 2:1665471/150‑1 (MQ=255) accGCCAGGTTCGCCATTGCC‑TGCCCGCTCCACCAGCTTGGGCAGC‑TTGGCGAACACCGAGGGCGGGTAACCCCGGGTGGCTGGCGGCTCGCCGATGGCCAGGGCAATTTCCCGCTGGGCCTGGGCGAAACGGGTCAACGAGTCCATCAg > 1:813615/1‑150 (MQ=255) ctcggtgttcgccaagctgcccaagctggtggagcgggcaggCAATGGCGAACACCGAGGGCGGGTAACCCCGGGTGGCTGGCGGCTCGCCGATGGCCAGGGCAATTTCCCGCTGGGCCTGGGCGAAACGGGTCAACGa > 2:2182833‑M2/43‑139 (MQ=255) ctcggtgttcgccaagctgcccaagctggtggagcgggcaggCAATGGCGAACACCGAGGGCGGGTAACCCCGGGTGGCTGGCGGCTCGCCGATGGCCAGGGCAATTTCCCGCTGGGCCTGGGCGAAACGGGTCAACGa < 1:2182833‑M2/97‑1 (MQ=255) gTTCGCCATTGCC‑TGCCCGCTCCACCAGCTTGGGCAGC‑TTGGCGAACACCGAGGGCGGGTAACCCCGGGTGGCTGGCGGCTCGCCGATGGCCAGGGCAATTTCCCGCTGGGCCTGGGCGAAACGGGTCAACGAGTCCATCAGCAACAGca < 1:1047288/150‑1 (MQ=255) tgttcgccaagctgcccaagctggtggagcgggcagC‑TTGGCGAACACCGAGGGCGGGTAACCCCGGGTGGCTGGCGGCTCGCCGATGGCCAGGGCAATTTCCCGctgg > 2:1911599‑M2/37‑109 (MQ=255) tgttcgccaagctgcccaagctggtggagcgggcagC‑TTGGCGAACACCGAGGGCGGGTAACCCCGGGTGGCTGGCGGCTCGCCGATGGCCAGGGCAATTTCCCGctgg < 1:1911599‑M2/73‑1 (MQ=255) tCGCCATTGCC‑TGCCCGCTCCACCAGCTTGGGCAGC‑TTGGCGAACACCGAGGGCGGGTAACCCCGGGTGGCTGGCGGCTCGCCGATGGCCAGGGCAATTTCCCGCTGGGCCTGGGCGAAACGGGTCAACGAGTCCATCAGCAACAGcaca < 1:1659308/150‑1 (MQ=255) ccATTGCC‑TGCCCGCTCCACCAGCTTGGGCAGC‑TTGGCGAACACCGAGGGCGGGTAACCCCGGGTGGCTGGCGGCTCGCCGATGGCCAGGGCAATTTCCCGCTGGGCCTGGGCGAAACGGGTCAACGAGTCCATCAGCAACAGCACATTc < 2:1612641/150‑1 (MQ=255) tgcc‑tgccCGCTCCACCAGCTTGGGCAGC‑TTGGCGAACACCGAGGGCGGGTAACCCCGGGTGGCTGGCGGCTCGCCGATGGCCAGGGCAATTTCCCGCTGGGCCTGGGCGAAACGGGTCAACGAGTCCATCAGCAACAGCACATTCTTGc < 1:2327518/150‑1 (MQ=255) C‑TGCCCGCTCCACCAGCTTGGGCAGC‑TTGGCGAACACCGAGGGCGGGTAACCCCGGGTGGCTGGCGGCTCGCCGATGGCCAGGGCAATTTCCCGCTGGGCCTGGGCGAAACGGGTCAACGAGt < 2:311277‑M1/123‑1 (MQ=255) C‑TGCCCGCTCCACCAGCTTGGGCAGC‑TTGGCGAACACCGAGGGCGGGTAACCCCGGGTGGCTGGCGGCTCGCCGATGGCCAGGGCAATTTCCCGCTGGGCCTGGGCGAAACGGGTCAACGAGTCCATCAGCAACAGCACATTCTTGCCtt < 2:278375‑M1/150‑1 (MQ=255) C‑TGCCCGCTCCACCAGCTTGGGCAGC‑TTGGCGAACACCGAGGGCGGGTAACCACGGGTGGCTGGCGGATCGCCGATGGGCAGGACAATTTACCGCTGGGCGTGGGCGAAACGGGTCAACGAGTGCATAGGCAACAGGACATTCttgcatt < 2:447942‑M1/150‑4 (MQ=255) CCGCTCCACCAGCTTGGGCAGC‑TTGGCGAACACCGAGGGCGGGTAACCCCGGGTGGCTGGCGGCTCGCCGATGGCCAGGGCAATTTCCCGCTGGGCCTGGGCGAAACGGGTCAACGAGTCCATCAGCAACAGCACATTCTTGCCTTTGTc > 2:1501873‑M1/1‑150 (MQ=255) gCTCCACCAGCTTGGGCAGC‑TTGGCGAACACCGAGGGCGGGTAACCCCGGGTGGCTGGCGGCTCGCCGATGGCCAGGGCAATTTCCCGCTGGGCCTGGGCGAAACg > 1:1610011/1‑106 (MQ=255) agctggtggagcgggcagC‑TTGGCGAACACCGAGGGCGGGTAACCCCGGGTGGCTggcgg < 2:223311‑M2/42‑1 (MQ=255) accaGCTTGGGCAGC‑TTGGCGAACACCGAGGGCGGGTAACCCCGGGTGGCTGGCGGCTCGCCGAt < 1:78557/65‑1 (MQ=255) accaGCTTGGGCAGC‑TTGGCGAACACCGAGGGCGGGTAACCCCGGGTGGCTGGCGGCTCGCCGAt > 2:78557/1‑65 (MQ=255) accaGCTTGGGCAGC‑TTGGCGAACACCGAGGGCGGGTAACCCCGGGTGGCTGGCGGCTCGCCGATGGCCAGGGCAATTTCCCGCTGGGCCTGGGCGAAACGGGTCAACGAGTCCATCAGCAACAGCACATTCTTGCCTTTGTCGCGGAAg < 2:2305419/150‑1 (MQ=255) ttGGGCAGC‑TTGGCGAACACCTAGGGCGGGTAACCCCGGGTGGCTGGCGGCTCGCCGATGGCCAGGGCAATTTCCCGCTGGGCCTGGGCGAAACGGGTCAACGAGTCCATCAGCAACAGCACATTCTTGCCTTTGTCGCGGAAGTACTCg < 2:1239976/150‑1 (MQ=255) gcagC‑TTGGCGAACACCGAGGGCGGGTAACCCCGGGTGGCTGGCGGCTCGCCGATGGCCAGGGCAATTTCCCGCTGGGCCTGGGCGAAACGGGTCAACGAGTCCATc > 2:389548‑M2/5‑107 (MQ=255) gcagC‑TTGGCGAACACCGAGGGCGGGTAACCCCGGGTGGCTGGCGGCTCGCCGATGGCCAGGGCAATTTCCCGCTGGGCCTGGGCGAAACGGGTCAACGAGTCCATc < 1:389548‑M2/103‑1 (MQ=255) gcagC‑TTGGCGAACACCGAGGGCGGGTAACCCCGGGTGGCTGGCGGCTCGCCGATGGCCAGGGCAATTTCCCGCTGGGCCTGGGCGAAACGGGTCAACGAGTCCATCAGCAACAGCACATTCTTGCCTTTGTCGCGGAAGTACTCGGCaa < 2:1858817‑M2/146‑1 (MQ=255) gC‑TTGGCGAACACCGAGGGCGGGTAACCCCGGGTGGCTGGCGGCTCGCCGATGGCCAGGGCAATTTCCCGCTGGGCCTGGGCGAAACGGGTCAACGAGTCCATCAGCAACAGCACATTCTTGCCTTTGTCGCGGAAGTACTCGGCAATGc < 1:2249424‑M2/149‑1 (MQ=255) c‑TTGGCGAACACCGAGGGCGGGTAACCCCGGGTGGCTGGCGGCTCGCCGATGGCCAGGGCAATTTCCCGCTGGGCCTGGGCGAAACGGGTCAACGAGTCCATCAGCAACAGCACATTCTTGCCTTTGTCGCGGAAGTACTCGGCAATGCg > 2:1322092/1‑150 (MQ=255) | CAGTACAAAGTGGCCGTCAAGCACGCCCCGCGCCGAGTCGGCGATCGGGTCTTGCTGATCGTCGCCTTCAGACAGCACGGTATAGAACGCAGTGATCGAACCACCGCCAGGTTCGCCATTGCC‑TGCCCGCTCCACCAGCTTGGGCAGC‑TTGGCGAACACCGAGGGCGGGTAACCCCGGGTGGCTGGCGGCTCGCCGATGGCCAGGGCAATTTCCCGCTGGGCCTGGGCGAAACGGGTCAACGAGTCCATCAGCAACAGCACATTCTTGCCTTTGTCGCGGAAGTACTCGGCAATGCG > NC_002947/4955744‑4956040 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |