New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1221410 | 91 (1.250) | 8 (0.110) | 7/244 | NT | 8.4% | coding (1806/1908 nt) | PP_1067 | sensor histidine kinase |
? | NC_002947 | = 1221433 | 84 (1.170) | coding (1783/1908 nt) | PP_1067 | sensor histidine kinase |
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
CACATGCGGGTCGTCTTCGACGATCAGGACGGTAAGAGGCGCTTGGTTCATGGATGCTCTGCCGATTCGCTAGGGGGTGAAACCAGAGGCAGGGCCAGGACGAAGGCCGTGCCGCCTGTGACGGGATGCTCGACGTTCAGGCTTCCCTTGGCGGCGGCGGCAAGGCTCGCCGACAGGGTCAGGCCCAGGCCCAGGCCATGCTCGCCCGGTTTGGTGGTAAAGAAAGGTTCGAACAGGTGCTTGCGCGCTTCGGGGTCGATACCGTGGCCGTTGTCGCGCACCTGCAAACGGTACTTGT > NC_002947/1221261‑1221558 | ccaatgcGGGTCGTCTTCGACTATCAGGACGGTAAGAGGCGCTTGGTTCATGGATGCTCTGCCGAGTCGCTAGGGGGTGAAACCAGAGGCAGGGCCAGGACGAAGGCCGTGCCGCCTGTGACGGGATGCTCGACGTTCAGGCTTCCCTTG > 2:1392472‑M1/4‑150 (MQ=255) cacaTGCGGGTCGTCTTCGACGATCAGGACGGTAAGAGGCGCTTGGTTCATGGATGCTCTGCCGATTCGCTAGGGGGTGAAACCAGAGGCAGGGCCAGGACGAAGGCCGTGCCGCCTGTGACGGGATGCTCGACGTTCAGGCTTCCCTTG < 1:411948‑M1/150‑1 (MQ=255) acaTGCGGGTCGTCTTCGACGATCAGGACGGTAAGAGGCGCTTGGTTCATGGATGCTCTGCCGATTCGCTAGGGGGTGAAACCAGAGGCAGGGCCAGGACGAAGGCCGTGCCGCCTGTGACGGGATGCTCGACGTTCAGGCTTCCCTTgg < 1:1890650/150‑1 (MQ=255) aTGCGGGTCGTCTTCGACGATCAGGACGGTAAGAGGCGCTTGGTTCATGGATGCTCTGCCGATTCGCTAGGGGGTGAAACCAGAGGCAGGGCCAGGACGAAGGCCGTGCCGCCTGTGACGGGATGCTCGACGTTCAGGCTTCCCTTggcg > 1:597311/1‑150 (MQ=255) aTGCGGGTCGTCTTCGACGATCAGGACGGTAAGAGGCGCTTGGTTCATGGATGCTCTGCCGATTCGCTAGGGGGTGAAACCAGAGGCAGGGCCAGGACGAAGGCCGTGCCGCCTGTGACGGGATGCTCGACGTTCAGGCTTCCCTTggcg > 1:560787/1‑150 (MQ=255) gggTCGTCTTCGACGATCAGGACGGTAAGAGGCGCTTGGTTCATGGATGCTCTGCCGATTCGCTAGGGGGTGAAACCAGAGGCAGGGCCAGGACGAAGGCCGTGCCGCCTGTGACGGGATGCTCGACGTTCAGGCTTCCCTTggcggcgg < 1:448444/150‑1 (MQ=255) ggTCGTCTTCGACGATCAGGACGGTAAGAGGCGCTTGGTTCATGGATGCTCTGCCGATTCGCTAGGGGGTGAAACCAGAGGCAGGGCCAGGACGAAGGCCGTGCCGCCTGTGACGGGATGCTCGACGTTCAGGCTTCCCTTggcggcggc < 1:1035517/150‑1 (MQ=255) ggTCGTCTTCGACGATCAGGACGGTAAGAGGCGCTTGGTTCATGGATGCTCTGCCGATTCGCTAGGGGGTGAAACCAGAGGCAGGGCCAGGACGAAGGCCGTGCCGCCTGTGACGGGATGCTCGACGTTCAGGCTTCCCTTggcggcggc > 2:1457025/1‑150 (MQ=255) gtcgtcTTCGACGATCAGGACGGTAAGAGGCGCTTGGTTCATGGATGCTCTGCCGATTCGCTAGGGGGTGAAACCAGAGGCAGGGCCAGGACGAAGGCCGTGCCGCCTGTGACGGGATGCTCGACGTTCAGGCTTCCCTTggcggcggcg > 1:800184/1‑150 (MQ=255) gtcgtcTTCGACGATCAGGACGGTAAGAGGCGCTTGGTCCATGGATGCTTGGCCGACTCGCTAGGGGGTGAAACCAGAGGCAGGGCCAGGACGAAGGACGTGCCGCCTGTGACGGGAGGCTCGACGATCAGGCTTCCCTTggcggcggcg > 1:800176/1‑150 (MQ=255) tcgtcTTCGACGATCAGGACGGTAAGAGGCGCTTGGTTCATGGATGCTCTGCCGATTCGCTAGGGGGTGAAACCAGAGGCAGGGCCAGGACGAAGGCCGTGCCGCCTGTGACGGGATGCTCGACGTTCAGGCTTCCCTTggcggcggcgg > 1:854641/1‑150 (MQ=255) cgtcTTCGACGATCAGGACGGTAAGAGGCGCTTGGTTCATGGATGCTCTGCCGATTCGCTAGGGGGTGAAGCCAGAGGCAGGGCCAGGACGAAGGCCGTGCCGCCTGTGACGGGATGCTCGACGTTCAGGCTTCCCTTggcggcggcggc < 2:1067866/150‑1 (MQ=255) tcTTCGACGATCAGGACGGTAAGAGGCGCTTGGTTCATGGATGCTCTGCCGATTCGCTAGGGGGTGAAACCAGAGGCAGGGCCAGGACGAAGGCCGTGCCGCCTGTGACGGGATGCTCGACGTTCAGGCTTCCCTTGGCGGCGGCGGCaa > 2:410770/1‑150 (MQ=255) tcTTCGACGATCAGGACGGTAAGAGGCGCTTGGTTCATGGATGCTCTGCCGATTCGCTAGGGGGTGAAACCAGAGGCAGGGCCAGGACGAAGGCCGTGCCGCCTGTGACGGGATGCTCGACGTTCAGGCTTCCCTTGGCGGCGGCGGCaa < 2:1469822/150‑1 (MQ=255) ttCGACGATCAGGACGCTAAGAGGCGCGTGGTTCATGGATGCTCTGCCGATTCGCTAGGGGGTGAAACCAGAGGCAGGGCCAGGACGAAGGCCGTGCCGCCTGTGACGGGATGCTCGACGTTCAGGCTTCCCTTGGCGGCGGCGGCAAgg > 2:172212/1‑150 (MQ=255) cgacgaTCAGGACGGTAAGAGGCGCTTGGTTCATGGATGCTCTGCCGATTCGCTAGGGGGTGAAACCAGAGGCAGGGCCAGGACGAAGGCCGTGCCGCCTGTGACGGGATGCTCGACGTTCAGGCTTCCCTTGGCGGCGGCGGCAAGGCt > 1:716001/1‑150 (MQ=255) aGGACGGTAAGAGGCGCTTGGTTCATGGATGCTCTGCCGATTCGCTAGGGGGTGAAACCAGAGGCAGGGCCAGGACGAAGGCCGTGCCGCCTGTGACGGGATGCTCGACGTTCAGGCTTCCCTTGGCGGCGGCGGCAAGGCTCGCCGAca < 2:1084584‑M2/150‑3 (MQ=255) ggTAAGAGGCGCTTGGTTCATGGATGCTCTGCCGATTCGCTAGGGGGTGAAACCAGAGGCAGGGCCAGGACGAAGGCCGTGCCGCCTGTGACGGGATGCTCGACGTTCAGGCTTCCCTTGGCGGCGGCGGCAAGGCTCGCCGACAGGGTc < 1:410770/150‑1 (MQ=255) 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ggtggCGCTTGGTTCATGGCTGCTCTGCCGATTTGCTAGGGGGTGAAACCAGAGGCAGGGCCAGGACGAAGGCCGTGCCGCCTGTGACGGGATGCTCGACGTTCAGGCTTCCCTTGGCGGCGGCGGCAAGGGTCGCCGACAGGGTcaggc < 2:800176/147‑1 (MQ=255) gagGCGCTTGGTTCATGGATGCTCTGCCGATTCGCTAGGGGGTGAAACCAGAGGCAGGGCCAGGACGAAGGCCGTGCCGCCTGTGACGGGATGCTCGACGTTCAGGCTTCCCTTGGCGGCGGCGGCAAGGCTCGCCGACAGGGTcaggcc > 2:1699534/1‑150 (MQ=255) agGCGCTTGGTTCATGGATGCTCTGCCGATTCGCTAGGGGGTGAAACCAGAGGCAGGGCCAGGACGAAGGCCGTGCCGCCTGTGACGGGATGCTCGACGTTCAGGCTTCCCTTGGCGGCGGCGGCAAGGCTCGCCGACAGGGTcaggccc < 2:680352/150‑1 (MQ=255) ggCGCTTGGTTCATGGATGCTCTGCCGATTCGCTAGGGGGTGAAACCAGAGGCAGGGCCAGGACGAAGGCCGTGCCGCCTGTGACGGGATGCTCGACGTTCAGGCTTCCCTTGGCGGCGGCGGCAAGGCTCGCCGACAGGGTcaggccca < 1:244112/150‑1 (MQ=255) gcgcTTGGTTCATGGATGCTCTGCCGATTCGCTAGGGGGTGAAACCAGAGGCAGGGCCAGGACGAAGGCCGTGCCGCCTGTGACGGGATGCTCGACGTTCAGGCTTCCCTTGGCGGCGGCGGCAAGGCTCGCCGACAGGGTcaggcccag < 1:602006/150‑1 (MQ=255) gcTTGGTTCATGGATGCTCTGCCGATTCGCTAGGGGGTGAAACCAGAGGCAGGGCCAGGACGAAGGCCGTGCCGCCTGTGACGGGATGCTCGACGTTCAGGCTTCCCTTGGCGGCGGCGGCAAGGCTCGCCGACAGGGTcaggcccaggc < 2:1827460/150‑1 (MQ=255) gcTTGGTTCATGGATGCTCTGCCGATTCGCTAGGGGGTGAAACCAGAGGCAGGGCCAGGACGAAGGCCGTGCCGCCTGTGACGGGATGCTCGACGTTCAGGCTTCCCTTGGCGGCGGCGGCAAGGCTCGCCGACAGGGTcaggcccaggc < 1:933956/150‑1 (MQ=255) gcTTGGTTCATGGATGCTCTGCCGATTCGCTAGGGGGTGAAACCAGAGGCAGGGCCAGGACGAAGGCCGTGCCGCCTGTGACGGGATGCTCGACGTTCAGGCTTCCCTTGGCGGCGGCGGCAAGGCTCGCCGACAGGGTcaggcccaggc < 2:560787/150‑1 (MQ=255) ttCATGGATGCTCTGCCGATTCGCTAGGGGGTGAAACCAGAGGCAGGGCCAGGACGAAGGCCGTGCCGCCTGTGACGGGATGCTCGACGTTCAGGCTTCCCTTGtcggcgagccttgccgccgccgccaagggaagcctgaa > 1:1009695‑M1/1‑104 (MQ=255) ttCATGGATGCTCTGCCGATTCGCTAGGGGGTGAAACCAGAGGCAGGGCCAGGACGAAGGCCGTGCCGCCTGTGACGGGATGCTCGACGTTCAGGCTTCCCTTGGCGGCGGCGGCAAGGCTCGCCGACAGGGTcaggcccaggcccaggc > 1:1829833/1‑150 (MQ=255) cATGGATGCTCTGCCGATTCGCTAGGGGGTGAAACCAGAGGCAGGGCCAGGACGAAGGCCGTGCCGCCTGTGACGGGATGCTCGACGTTCAGGCTTCCCTTGGCGGCGGCGGCAAGGCTCGCCGACAGGGTCAGGCCCAGGCCCAGGCCa < 1:1699534/150‑1 (MQ=255) ctctGCCGATTCGCTAGGGGGTGAAACCAGAGGCAGGGCCAGGACGAAGGCCGTGCCGCCTGTGACGGGATGCTCGACGTTCAGGCTTCCCTTGGCGGCGGCGGCAAGGCTCGCCGACAGGGTCAGGCCCAGGCCCAGGCCATGCTCGcc < 1:1558825/150‑1 (MQ=255) ctGCCGATTCGCTAGGGGGTGAAACCAGAGGCAGGGCCAGGACGAAGGCCGTGCCGCCTGTGACGGGATGCTCGACGTTCAGGCTTCCCTTGGCGGCGGCGGCAAGGCTCGCCGACAGGGTCAGGCCCAGGCCCAGGCCATGCTCGCCCg > 1:908996/1‑150 (MQ=255) gCCGATTCGCTAGGGGGTGAAACCAGAGGCAGGGCCAGGACGAAGGCCGTGCCGCCTGTGACGGGATGCTCGACGTTCAGGCTTCCCTTGGCGGCGGCGGCAAGGCTCGCCGACAGGGTCAGGCCCAGGCCCAGGCCATGCTCGCCCGGt < 1:286247/150‑1 (MQ=255) ccGATTCGCTAGGGGGTGAAACCAGAGGCAGGGCCAGGACGAAGGCCGTGCCGCCTGTGACGGGATGCTCGACGTTCAGGCTTCCCTTGGCGGCGGCGGCAAGGCTCGCCGACAGGGTCAGGCCCAGGCCCAGGCCATGCTCGCCCGGtt > 2:225938/1‑150 (MQ=255) 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ggATGCTCGACGTTCAGGCTTCCCTTGGCGGCGGCGGCAAGGCTCGCCGACAGGGTCAGGCCCAGGCCCAGGCCATGCTCGCCCGGTTTGGTGGTAAAGAAAGGTTCGAACAGGTGCTTGCGCGCTTCGGGGTCGATACCGTGGCCGTTg < 1:1768244/150‑1 (MQ=255) gCTCGACGTTCAGGCTTCCCTTGGCGGCGGCGGCAAGGCTCGCCGACAGGGTCAGGCCCAGGCCCAGGCCATGCTCGCCCGGTTTGGTGGTAAAGAAAGGTTCGAACAGGTGCTTGCGCGCTTCGGGGTCGATACCGTGGCCGTTGTcgc < 2:260595/150‑1 (MQ=255) tCGACGTTCAGGCTTCCCTTGGCGGCGGCGGCAAGGCTCGCCGACAGGGTCAGGCCCAGGCCCAGGCCATGCTCGCCCGGTTTGGTGGTAAAGAAAGGTTCGAACAGGTGCTTGCGCGCTTCGGGGTCGATACCGTGGCCGTTGTCgcgc > 1:1519123/1‑150 (MQ=255) ttCAGGCTTCCCTTGGCGGCGGCGGCAAGGCTCGCCGAcaagggaagcctgaacgtcgagcatcccgtcacaggcggcacggccttcgtcctggccctgcctctggtttcaccccctagcgaatcggcagagcatccatgaa < 2:1009695‑M2/142‑105 (MQ=255) ttCAGGCTTCCCTTGGCGGCGGCGGCAAGGCTCGCCGAcaagggaagcctgaacgtcgagcatcccgtcacaggcggcacggccttcgtcctggccctgcctctggtttcaccccctagcgaatcggcagagcatccatgaa > 1:1009695‑M2/1‑38 (MQ=255) aGGCTTCCCGCGGCGGCGGGGGCAAGGCCCGCCGACAGGGTCAGGCCCAAGCCCAGGCCATGCTCGCCCGGTTTGGTTGTAAATAAAGGTTCGATCAGGTGCTTGCGCGCTTCGGCGTCGATACCGTGGCCGTTGTGGCGCACCTGCaaa < 2:478399/150‑1 (MQ=255) ggCTTCCCTTGGCGGCGGCGGCAAGGCTCGCCGACAGGGTCAGGCCCAGGCCCAGGCCATGCTCGCCCGGTTTGGTGGTAAAGAAGGCTGCGAGCAGGTGCGTGCACGCTTCGGGGTCGATACCGTGGCCCTTGTCTCGCACCTGCAAAc > 2:366936/1‑150 (MQ=255) gCTTCCCTTGGCGGCGGCGGCAAGGCTCGCCGAcaagggaagcctgaacgtcgagcatcccgtcacaggcggcacggccttcgtcctggccctgcctctgg < 2:1239153‑M2/101‑69 (MQ=255) gCTTCCCTTGGCGGCGGCGGCAAGGCTCGCCGAcaagggaagcctgaacgtcgagcatcccgtcacaggcggcacggccttcgtcctggccctgcctctgg > 1:1239153‑M2/1‑33 (MQ=255) gCTTCCCTTGGCGGCGGCGGCAAGGCTCGCCGACAGGGTCAGGCCCAGGCCCAGGCCATGCTCGCCCGGTTTGGTGGTAAAGAAAGGTTCGAACAGGTGCTTgcgc > 1:1084063/1‑106 (MQ=255) tCCCTTGGCGGCGGCGGCAAGGCTCGCCGACAGGGTCAGGCCCAGGCCCAGGCCATGCTCGCCCGGTTTGGTGGTAAAGAAAGGTTCGAACAGGTGCTTGCGCGCTTCGGGGTCGATACCGTGGCCGTTGTCGCGCACCTGCAAACGGTa < 1:1665376/150‑1 (MQ=255) tCCCGTGGCGGCGGCGGCAAGGCTCGCCGACAGGGTCAGGCCCAGGCCCAGGCCATGCTCGCCCGGTTTGGTGGTAAAGAAAGGTTCGAACAGGTGCTTGCGCGCTTCGGGGTCGATACCGTGGCCGTTGTCGCGCACCTGCAAACGGTa < 1:1457025/150‑1 (MQ=255) ccTTGGCGGCGGCGGCAAGGCTCGCCGACAGGGTCAGGCCCAGGCCCAGGCCATGCTCGCCCGGTTTGGTGGTAAAGAAAGGTTCGAACAg > 2:61184/1‑91 (MQ=255) ttGGCGGCGGCGGCAAGGCTCGCCGAcaagggaagcctgaacgtcgagcatcccgtcacaggcggcacggccttcgtcctggccctgcctctgg > 2:1428563‑M2/1‑26 (MQ=255) ttGGCGGCGGCGGCAAGGCTCGCCGACAGGGTCAGGCCCAGGCCCAGGCCATGCTCGCCCGGTTTGGTGGTAAAGAAAGGTTCGAACAGGTGCTTGCGCGCTTCGGGGTCGAt > 2:1709445/1‑113 (MQ=255) ttGGCGGCGGCGGCAAGGCTCGCCGACAGGGTCAGGCCCAGGCCCAGGCCATGCTCGCCCGGTTTGGTGGTAAAGAAAGGTTCGAACAGGTGCTTGCGCGCTTCGGGGTCGAt < 1:1709445/113‑1 (MQ=255) ttGGCGGCGGCGGCAAGGCTCGCCGACAGGGTCAGGCCCAGGCCCAGGCCATGCTCGCCCGGTTTGGTGGTAAAGAAAGGTTCGAACAGGTGCTTGCGCGCTTCGGGGTCGATACCGTGGCCGTTGTCGCGCACCTGCAAACGGTACTTg > 1:144608/1‑150 (MQ=255) ttGGCGGCGGCGGCAAGGCTCGCCGAAAAGGTCAGGCCCAGGCCCAGGCCATGCTCGCCCGGTTTGGTGGTAAAGAAAGGTTCGAACAGGTGCTTGCGCGCTTCGGGGTCGATACCGTGGCCGTTGTCGCGCACCTGCAAACGGTACTTg > 1:356724/1‑150 (MQ=255) tGtcggcgagccttgccgccgccgccaagggaagcctgaacgtcgagcatcccgtcacaggcggcacggccttcgtcctggccctgcctctggtttcaccccctagcgaatcggcagagcatccatgaaccaagcgcctcttaccgtcct < 2:1084584‑M1/150‑149 (MQ=255) | CACATGCGGGTCGTCTTCGACGATCAGGACGGTAAGAGGCGCTTGGTTCATGGATGCTCTGCCGATTCGCTAGGGGGTGAAACCAGAGGCAGGGCCAGGACGAAGGCCGTGCCGCCTGTGACGGGATGCTCGACGTTCAGGCTTCCCTTGGCGGCGGCGGCAAGGCTCGCCGACAGGGTCAGGCCCAGGCCCAGGCCATGCTCGCCCGGTTTGGTGGTAAAGAAAGGTTCGAACAGGTGCTTGCGCGCTTCGGGGTCGATACCGTGGCCGTTGTCGCGCACCTGCAAACGGTACTTGT > NC_002947/1221261‑1221558 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |