| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 3057317 = | 94 (1.290) | 6 (0.090) | 5/236 | NT | 6.5% | coding (74/990 nt) | PP_2669 | outer membrane protein |
| ? | NC_002947 | 3057349 = | 83 (1.200) | coding (42/990 nt) | PP_2669 | outer membrane protein | |||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
CAGCAGCTTGCTGTCGTGTGACAGCAGCAAGCCACGCGGGCGCTGGCCCACCGGCAGGGTTTCGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAGGGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGGCGGATTCCTTATTGTTGTGGTTGTCGGGTCAGGGGTAGCTACACGTCACTTCGGGCTTGTCATAGCCCAGG > NC_002947/3057169‑3057463 | cagcagCTTGCTGTCGTGTGACAGCAGCAAGCCACGCGGGCGCTGGCCCACCGGCAGGGTTTCGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGAct > 1:231409/1‑150 (MQ=255)cagcagCTTGCTGTCGTGTGACAGCAGCAAGCCACGCGGGCGCTGGCCCACCGGCAGGGTTTCGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGAct < 1:1354888/150‑1 (MQ=255) ggcttcctgcatcccttcaacgaaatggacagcctgggctatgacaagcccgaagtgacgtgtagctacccctgacccgacaaccacaacaatacagcatttaccgtgcgccgccccctcttccaccgggccctgctttaccccagcctg < 1:435959‑M1/3‑1 (MQ=255) ggcttcctgcatcccttcaacgaaatggacagcctgggctatgacaagcccgaagtgacgtgtagctacccctgacccgacaaccacaacaataaggaatccgccatgcgccgccccctcttccaccgggccctgctttaccccagcctg > 2:1316838‑M1/148‑150 (MQ=255) cagcTTGCTGTCGTGTGACAGCAGCAAGCCACGCGGGCGCTGGCCCACCGGCAGGGTTTCGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGActgct > 2:729735/1‑150 (MQ=255) ttcctgcatcccttcaacgaaatggacagcctgggctatgacaagcccgaagtgacgtgtagctacccctgacccgacaaccacaacaataaggaatccgccatgcgccgccccctcttccaccgggccctgctttaccccagcc > 2:1109398‑M1/145‑145 (MQ=255) ttcctgcatcccttcaacgaaatggacagcctgggctatgacaagcccgaagtgacgtgtagctacccctgacccgacaaccacaacaataaggaatccgccatgcgccgccccctcttccaccgggccctgctttaccccagcc < 1:1109398‑M1/1‑1 (MQ=255) tcctgcatcccttcaacgaaatggacagcctgggctatgacaagcccgaagtgacgtgtagctacccctggaccagcaaccacaacaataaggaatccgccatgcggcgccccctcttcccccgggccctgcttgaccccagcctggtgt < 1:436209‑M1/7‑5 (MQ=255) gcTTGCTGTCGTGTGACAGCAGCAAGCCACGCGGGCGCTGGCCCACCGGCAGGGTTTCGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTgg < 1:1182158/150‑1 (MQ=255) cTGTCGTGTGACAGCAGCAAGCCACGCGGGCGCTGGCCCACCGGCAGGGTTTCGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAg‑‑c > 2:1809413/1‑150 (MQ=255) cttcaacgaaatggacagcctgggctatgacaagcccgaagtgacgtgtagctacccctgacccgacaaccacaacaataaggaatccgccatgcgccgccccctcttccaccgggccctgctttaccccagaCTGCTGGCCAG‑‑CGCCAg > 1:1632426‑M1/134‑150 (MQ=255) agcagcAAGCCACGCGGGCGCTGGCCCACCGGCAGGGTTTCGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTTTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGccc < 1:660591/150‑1 (MQ=255) agcagcAAGCCACGCGGGCGCTGGCCCACCGGCAGGGTTTCGGCGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCCGGCTGAGGCTCTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGCCGGTGGCAGCCCTGCTGTGACTGCTGGCCCG‑‑CGCCAGCGCGccc > 2:729963/1‑150 (MQ=255) agcaAGCCACGCGGGCGCTGGCCCACCGGCAGGGTTTCGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGAc < 1:780186/150‑1 (MQ=255) agcaAGCCACGCGGGCGCTGGCCCACCGGCAGGGTTTCGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTGGGAGGCCCAGGCGGTGGCAGCCATGGGGTTACTGCTGGCCCG‑‑CGTCACGAGGCCCGAc > 2:436209/1‑150 (MQ=255) gCCACGCGGGCGCTGGCCCACCGGCAGGGGTTCGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGAcagcag > 1:1425252/1‑150 (MQ=255) agcctgggctatgacaagcccgaagtgacgtgtagctacccctgacccgacaaccacaacaataaggaatccgccatgcgccgccccctcttccaccgggccctgctttaccccagcCTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAgg > 2:524218‑M1/118‑150 (MQ=255) cACGCGGGCGCTGGCCCACCGGCAGGGTTTCGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGc > 2:1074846/1‑150 (MQ=255) cACGCGGGCGCTGGCCCACCGGCAGGGTTTCGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGCCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCCGGCCAG‑‑CGCCAGGGAGCACGACAGCAggg > 2:244737/1‑149 (MQ=255) gggCGCGGGCCCGCCGGCAGGGTTTCGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTgggg < 1:391553/150‑1 (MQ=255) gcgcTGGCCCACCGGCAGGGTTTCGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTa > 2:1434615/1‑150 (MQ=255) cgcTGGCCCACCGGCAGGGTTTCGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGccc < 1:1455048/132‑1 (MQ=255) cgcTGGCCCACCGGCAGGGTTTCGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGccc > 2:1455048/1‑132 (MQ=255) tGGCCCACCGGCAGGGTTTCGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGcc > 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ttCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAGGGCCCGGTGGAAGAGGGGgcggcg > 1:773266/1‑150 (MQ=255) ttCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGCGGGAGCCATGGGTTGACTGCTGGCCAG‑‑AGAGCGCGCGTCTGACCTCCGGTCCGTGTTAAGCAGGGCTTGGTGGAAGGGGGggcgggg > 1:1886117/1‑148 (MQ=255) ccAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAGGGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCa < 1:1364098/150‑1 (MQ=255) cAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAGGGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCAt < 1:729735/150‑1 (MQ=255) aGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAGGGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATg > 1:617645/1‑150 (MQ=255) cGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAGGGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGGc < 2:1655721/150‑1 (MQ=255) cGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGCCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAGGGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGGc < 1:244737/150‑1 (MQ=255) ttGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAGGGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGGCGGa < 2:773266/150‑1 (MQ=255) tGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTggg > 2:1182637/1‑107 (MQ=255) tGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTggg < 1:1182637/107‑1 (MQ=255) tGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAGGGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGGCGGAt < 1:1818141/150‑1 (MQ=255) 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ttCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAGGGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGGCGGATTCCTTATTGTTGTGGTTGTCGGGTCAgggg > 1:742241/1‑150 (MQ=255) tcGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAGGGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGGCGGATTCCTTATTGTTGTGGTTGTCGGGTCAGGGGTAg < 2:1640278/150‑1 (MQ=255) cGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAGGGCCCGGTgg > 2:677852/1‑92 (MQ=255) cGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAGGGCCCGGTgg < 1:677852/92‑1 (MQ=255) gTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAGGGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGGCGGATTCCTTATTGTTGTGGTTGTCGGGTCAGGGGTAGCt > 1:1053891/1‑150 (MQ=255) ttGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCAAAGGTAAGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAGGGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGGCGGATTCCTTATTGTTGTGGTTGTCGGGTCAGGGGTAGCTa > 1:51130/1‑150 (MQ=255) cccctcttccaccgggccctgctttaccccagcCTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGAcagca < 2:628431‑M1/31‑1 (MQ=255) tGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAGGGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGGCGGATTCCTTATTGTTGTGGTTGTCGGGTCAGGGGTAGCTac < 1:15505/150‑1 (MQ=255) gagaCCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAGGGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGGCGGATTCCTTATTGTTGTGGTTGTCGCATCAGGGGTATCTacac < 2:1928950/150‑1 (MQ=255) gaCCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGTGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAGGGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGGCGGATTCCTTATTGTTGTGGTTGTCGGGTCAGGGGTAGCTACACGt < 1:670343/150‑1 (MQ=255) gaCCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAGGGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGGCGGATTCCTTATTGTTGTGGTTGTCGGGTCAGGGGTAGCTACACGt < 1:1196870/150‑1 (MQ=255) aCCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAGGGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGGCGGATTCCt > 2:794891/1‑112 (MQ=255) aCCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAGGGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGGCGGATTCCt < 1:794891/112‑1 (MQ=255) ccAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAgg < 2:435182/73‑1 (MQ=255) ccAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAgg > 1:435182/1‑73 (MQ=255) ggTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑AGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAGGGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGGCGGATTCCTTATTGTTGTGGTTGTCGGGTCAGGGGTAGCTACACGTCACTTCggg < 1:433883/150‑1 (MQ=255) gCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGgc < 2:333312/35‑1 (MQ=255) gCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAGGGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGGCGGATTc > 2:1426939/1‑98 (MQ=255) gCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAGGGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGGCGGATTc < 1:1426939/98‑1 (MQ=255) aGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAGGGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGGCGGATTCCTTATTGTTGTGGTTGTCGGGTCAGGGGTAGCTACACGTCACTTCGGGCTTGTc > 2:471367/1‑150 (MQ=255) gCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAGGGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGGCGGATTCCTTATTGTTGTGGTTGTCGGGTCAGGGGTAGCTACACGTCACTTCGGGCTTGTCa > 1:702729/1‑150 (MQ=255) gtgtGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAGGGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGGCGGATTCCTTATTGTTGTGGTTGTCGGGTCAGGGGTAGCTACACGTCACTTCGGGCTTGTCATAGccc > 1:1057757/1‑150 (MQ=255) tgACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAGGGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGGCGGATTCCTTATTGTTGTGGTTGTCGGGTCAGGGGTAGCTACACGTCACTTCGGGCTTGTCATAGCCCAgg < 2:741632/150‑1 (MQ=255) aCTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAGGGCCCGGTGGAAGAgggg < 2:539292/66‑1 (MQ=255) aCTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAGGGCCCGGTGGAAGAgggg > 1:539292/1‑66 (MQ=255) | CAGCAGCTTGCTGTCGTGTGACAGCAGCAAGCCACGCGGGCGCTGGCCCACCGGCAGGGTTTCGGTGACTTCCAGCGTTTGCAGGTCGATCAGGCTGAGGCTGTTGTCCTTCTCGTTGGAGACCCAGGCGGTGGCAGCCATGGTGTGACTGCTGGCCAG‑‑CGCCAGGGCGCCCGACAGCAGGCTGGGGTAAAGCAGGGCCCGGTGGAAGAGGGGGCGGCGCATGGCGGATTCCTTATTGTTGTGGTTGTCGGGTCAGGGGTAGCTACACGTCACTTCGGGCTTGTCATAGCCCAGG > NC_002947/3057169‑3057463 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |