New junction evidence | |||||||||||
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? | NC_002947 | = 5292973 | 79 (1.140) | coding (1462/1527 nt) | mmsA‑II | methylmalonate‑semialdehyde dehydrogenase |
AGCACGGCCTTGTTCAGGTCGAACAGGTTCAGCTGATGCCCGGCCTTGATCAGGTTGCGGGCCATGGGCGCGCCCATGTTGCCCAGGCCGATGAATGCGATACGCATGACGTACTCCTTAGCGCAGGCTAATGGTGGTGTTCACACCGTCGTTGACGCTGTCGTCATCGAACCAGCGAGCAGTGACGGTCTTGGTCTGAGTGTAGAACTGCACCACTTGCTTGCCGTACGGCCCCAGGTCACCGAGTTTGGAACCCCGCGAGCCGGTGAAGCTGAAGAACGGTACGGGTACCGGGA > NC_002947/5292791‑5293086 | aGCACGGCCTTGTTCAGGTCGAACAGGTTCAGCTGATGCCCGGCCTTGATCAGGTTGCGGGCCATGGGCGCGCCCATGTTGCCCAGGCCGATGAATGCGATACGCATGACGTACTCCTTAGCGCAGGCTAATGGTGGTGTTCACACCGTC < 1:951829‑M1/150‑1 (MQ=255) ggCCTTGTTCAGGTCGAACAGGTTCAGCTGATGCCCGGCCTTGATCAGGTTGCGGGCCATGGGCGCGCCCATGTTGCCCAGGCCGATGAATGCGATACGCATGACGTACTCCTTAGCGCAGGCTAATGGTGGTGTTCACACCGTCGTTGa < 1:1126946/150‑1 (MQ=255) ggCCTTGTTCAGGTCGAACAGGTTCAGCTGATGCCCGGCCTTGATCAGGTTGCGGGCCATGGGCGCGCCCATGTTGCCCAGGCCGATGAATGCGATACGCATGACGTACTCCTTAGCGCAGGCTAATGGTGGTGTTCACACCGTCGTTGa > 1:953457/1‑150 (MQ=255) 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aaCAGGTTCAGCTGATGCCCGGCCTTGATCAGGTTGCGGGCCATGGGCGCGCCCATGTTGCCCAGGATCATGAATTCGATACGCATGACGTACTCCTTAGCGCAGGCTAATGGTGGTGTTCACACCGTCGTTGACGCTGTCGTCATCGaa < 2:1911426/150‑1 (MQ=255) aaCAGGTTCAGCTGATGCCCGGCCTTGATCAGGTTGCGGGCCATAGGCGCGCCCATGTTGCCCAGGCCGATGAATGCGATACGCATGACGTACTCCTTAGCGCAGGCTAATGGTGGTGTTCACACCGTCGTTGACGCTGTCGTCATCGaa > 1:1902250/1‑150 (MQ=255) ggTTCAGCTGATGCCCGGCCTTGATCAGGTTGCGGGCCATGGGCGCGCCCATGTTGCCCAGGCCGATGAATGCGATACGCATGACGTACTCCGTAGCTCAGGCGAATGGTGGTGTTCACACCGTCGTTGACGCTGTCGTCATCGAACCAg < 1:726825/150‑1 (MQ=255) gTTCAGCTGATGCCCGGCCTTGATCAGGTTGCGGGCCATGGGCGCGCCCATGTTGCCCAGGCCGATGAATGCGATACGCATGACGTACTCCTTAGCGCAGGCTAATGGTGGTGTTCACACCGTCGTTGACGCTGTCGTCATCGAACCa < 1:1530562/148‑1 (MQ=255) gTTCAGCTGATGCCCGGCCTTGATCAGGTTGCGGGCCATGGGCGCGCCCATGTTGCCCAGGCCGATGAATGCGATACGCATGACGTACTCCTTAGCGCAGGCTAATGGTGGTGTTCACACCGTCGTTGACGCTGTCGTCATCGAACCa > 2:1530562/1‑148 (MQ=255) 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acCGTCGTTGACGCTGTCGTCATCGAACCAGCGAGCAGTgacggtgtgaacaccaccattagcctgcgctaaggagtacgtcatgcgtatcgcattcatcggcctgggcaacatgggcgcgcccatggcccgcaacctgatcaaggccgg < 1:505928‑M2/150‑112 (MQ=255) acCGTCGTTGACGCTGTCGTCATCGAACCAGCGAGCAGTGACGGTCTTGGTCTGAGTGTAGAACTGCACCACTTGCTTGCCGTACGGCCCCAGGTCACCGAGTTTGGAACCCCGCGAGCCGGTGAAGCTGAAGAACGGTACGGGTACcgg > 1:1813485/1‑150 (MQ=255) ccGTCactgctcgctggttcgatgacgacagcgtcaacgacggtgtgaacaccaccattagcctgcgctaaggagtacgtcatgcgtatcgcattcatcggcctgggcaacatgggcgcgcccatggcccgcaacctgat < 2:356313‑M1/140‑136 (MQ=255) ccGTCactgctcgctggttcgatgacgacagcgtcaacgacggtgtgaacaccaccattagcctgcgctaaggagtacgtcatgcgtatcgcattcatcggcctgggcaacatgggcgcgcccatggcccgcaacctgat > 1:356313‑M1/1‑5 (MQ=255) cgtcgtTGACGCTGTCGTCATCGAACCAGCGAGCAGTgacggtgtgaacaccaccattagcctgcgctaaggagtac < 1:1552214‑M2/77‑41 (MQ=255) cgtcgtTGACGCTGTCGTCATCGAACCAGCGAGCAGTgacggtgtgaacaccaccattagcctgcgctaaggagtac > 2:1552214‑M2/1‑37 (MQ=255) cGTCactgctcgctggttcgatgacgacagcgtcaacgacggtgtgaacaccaccattagcctgcgctaaggagtacgtcatgtatatcgcattcatcggcctgggcaacatgggcgcgcccatggcccgcaacctgatcaaggccgggc > 2:1727926‑M1/1‑4 (MQ=255) cGTCactgctcgctggttcgatgacgacagcgtcaacgacggtgtgaacaccaccattagcctgcgctaaggagtacgtcatgcgtatcgcattcatcggcctgggcaacatgggcgcgcccatggcccgcaacctgatcaaggccgggc > 1:679478‑M1/1‑4 (MQ=255) cGTCactgctcgctggttcgatgacgacagcgtcaacgacggtgtgaacaccaccattagcctgcgctaaggagtacgtcatgcgtatcgcattcatcggcctgggcaacatgggcgcgcccatggcccgcaacctgatcaaggccgggc > 1:1754967‑M1/1‑4 (MQ=255) tcgtTGACGCTGTCGTCATCGAACCAGCGAGCAGTGACGGTCTTGGTCTGAGTGTAGAACTGCACCACTTGCTTGCCGTACGGCCCCAGGTCACCGAGTTTg < 1:934632/102‑1 (MQ=255) tcgtTGACGCTGTCGTCATCGAACCAGCGAGCAGTGACGGTCTTGGTCTGAGTGTAGAACTGCACCACTTGCTTGCCGTACGGCCCCAGGTCACCGAGTTTg > 2:934632/1‑102 (MQ=255) | AGCACGGCCTTGTTCAGGTCGAACAGGTTCAGCTGATGCCCGGCCTTGATCAGGTTGCGGGCCATGGGCGCGCCCATGTTGCCCAGGCCGATGAATGCGATACGCATGACGTACTCCTTAGCGCAGGCTAATGGTGGTGTTCACACCGTCGTTGACGCTGTCGTCATCGAACCAGCGAGCAGTGACGGTCTTGGTCTGAGTGTAGAACTGCACCACTTGCTTGCCGTACGGCCCCAGGTCACCGAGTTTGGAACCCCGCGAGCCGGTGAAGCTGAAGAACGGTACGGGTACCGGGA > NC_002947/5292791‑5293086 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |