New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | NC_002947 | = 5796767 | 72 (0.990) | 6 (0.090) | 6/236 | NT | 7.8% | coding (1189/4446 nt) | gltB | L‑glutamate synthase subunit alpha |
? | NC_002947 | = 5796785 | 74 (1.070) | coding (1171/4446 nt) | gltB | L‑glutamate synthase subunit alpha |
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
ACCCTGGTCGTCGGTCAGCGTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGCGCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCC‑C‑GGGCC‑GACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGATAGCCCCATACG‑CCGATTTCCGAGGCGATGGTGATGTAACCATTGGTGGTGGTCACCCAGCGCGCCGGGCGTAGACCGTTACGGTCGAGCAGGCACACCGCGTGGCG > NC_002947/5796621‑5796914 | acCCTGGTCGTCGGTCAGCGTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGCGCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTTTCCACGGCAAGGATCTGGCC‑C‑gg > 2:1700286/1‑150 (MQ=255) ccTGGTCGTCGGTCAGCGTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGCGCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCC‑C‑GGGc > 2:1077293/1‑150 (MQ=255) ccTGGTCGTCGGTCAGCGTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGCGCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCC‑C‑GGGc > 1:303996/1‑150 (MQ=255) ccTGGTCGTCGGTCAGCGTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGCGCGACTCCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCC‑C‑GGGc < 2:1635250/150‑1 (MQ=255) cTGGTCGTCGGTCAGCGTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGCGCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCC‑C‑GGGcc < 2:886924/150‑1 (MQ=255) tGGTCGTCGGTCAGCGTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGCGCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCC‑C‑GGGCC‑g > 1:694445/1‑150 (MQ=255) ggTCGTCGGTCAGCGTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGCGCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCC‑C‑GGGCC‑Ga > 1:1687897/1‑150 (MQ=255) gtcgGTCAGCGTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGCGCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCC‑C‑GGGCC‑GACACg > 2:263668/1‑150 (MQ=255) gtcgGTCAGCGTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGCGCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCC‑C‑GGGCC‑GACACg > 2:599654/1‑150 (MQ=255) gTCAGCGTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGCGCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGAACGGATCTGGCC‑C‑GGGCC‑GACACGGccc < 1:263668/150‑1 (MQ=255) tCAGCGTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGCGCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCC‑C‑GGGCC‑GACACGGCCCt > 1:764763/1‑150 (MQ=255) gCGTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGCGCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCC‑C‑GGGCC‑GACACGGCCCTTgg > 2:527391‑M2/1‑148 (MQ=255) ccTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGCGCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCC‑C‑GGGCC‑GACACGGCCCTTGGCCAGCa < 2:1416789/150‑1 (MQ=255) cTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGCGCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCTAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCC‑C‑GGGCC‑GACACGGCCCTTGGCAAGCAc > 1:125073/1‑150 (MQ=255) cTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGCGCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCC‑C‑GGGCC‑GACACGGCCCTTGGCCAGCAc > 2:945141/1‑150 (MQ=255) gggTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGCGCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCC‑C‑GGGCC‑GACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAg < 2:1161221/150‑1 (MQ=255) gggTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGCGCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCC‑C‑GGGCC‑GACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAg > 2:291820/1‑150 (MQ=255) gTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGCGCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCC‑C‑GGGCC‑GACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGc < 1:548067/150‑1 (MQ=255) 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tCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCC‑C‑GGGCC‑GACACGGCCCTTGGTCAGCTGTTCCTCAGGCTGATAGCCCCATACG‑CCGATTTCCGAGGCGATGGTGATGTAACCATTGGTGGTGGTCACCCAGCGCGCCGGGCGTAGACCGTTACgg < 1:610252/150‑1 (MQ=255) tgtCCACGGCAAGGATCTGGCC‑C‑GGGCC‑GACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCCAGCTAGTAGCCGCA‑ACGAATCGTTGGCAAAGCGAGGGTGATGTAACCATTGGTGGTGGTCACCCAGCGCGCCGGTCGTAGACCGTTACAGTCgg > 1:1690780/1‑149 (MQ=255) gtCCACGGCAAGGATCTGGCC‑C‑GGGCC‑GACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGATAGCCCCATACG‑CCGATTTCCGAGGCGATGGTGATGTAACCATTGGTGGTGGTCACCCAGCGCGCCGGGCGTAGACCGTTACGGTCGAg < 1:1700286/150‑1 (MQ=255) tCCACGGCAAGGATCTGGCCcgggccgacacggcccttggccagatccttgccgtggacaccgaaaccggccagatcctcgacaccgacgccatcgacaaccgcctgaa < 2:1609306‑M1/109‑90 (MQ=255) tCCACGGCAAGGATCTGGCCcgggccgacacggcccgtggccagatccttgccgtggacaccgaaaccggccagatcctcgacaccgacgccatcgacaaccgcctgaa > 1:1609306‑M1/1‑20 (MQ=255) tCCACGGCAAGGATCTGGCC‑C‑GGGCC‑GACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGATAGCCCCATACG‑CCGAttt < 1:826803/79‑1 (MQ=255) tCCACGGCAAGGATCTGGCC‑C‑GGGCC‑GACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGATAGCCCCATACG‑CCGAttt > 2:826803/1‑79 (MQ=255) ccACGGCAAGGATCTGGCC‑C‑GGGCC‑GACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGATAGCCCCATACG‑CCGATTTCCGAGGCGATGGTGATGTAACCATTGGTGGTGGTCACCCAGCGCGCCGGGCGTAGACCGTTACGGTCGAGCa > 2:541225/1‑150 (MQ=255) cACGGCAAGGATCTGGCC‑C‑GGGCC‑GACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGCTAGCCCCATACG‑CCGATTTCCGACGCGATGGTGATGTAACCATTGGTGGTGGTCACCCAGGCCGCCGGGCGTAGACCGTTACGGTCGAGcgg > 2:112670/1‑148 (MQ=255) cACGGCAAGGAGCTGGCC‑C‑GGGCC‑GACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGATAGCCCCATACG‑CCGATTTCCGAGGCGATGGTGATGTAACCATTGGTGGTGGTCACCCAGCGCGCCGGGCGTAGACCGTTACGGTCGAGCAg < 2:371209/150‑1 (MQ=255) aCGGCAAGGATCTGGCC‑C‑GGGCC‑GACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGATAGCCCCATACG‑CCGATTTCCGAGGCGATGGTGATGTAACCATTGGTGGTGGTCACCCAGCGCGCCGGGCGTAGACCGTTACGGTCGAGCAgg > 1:1786021/1‑150 (MQ=255) aCGGCAAGGATCTGGCC‑C‑GGGCC‑GACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGATAGCCCCATACG‑CCGATTTCCGAGGCGATGGTGATGTAACCATTGGTGGTGGTCACCCAGCGCGCCGGGCGTAGACCGTTACGGTCGAGCAgg > 1:1555473/1‑150 (MQ=255) ggCAAGGATCTGGCC‑C‑GGGCC‑GACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGATAGCCCCATACG‑CCGATTTCCGAGGCGATGGTGATGTAACCATTGGTGGTGGTCACCCAGCGCGCCGGGCGTAGACCGTTACGGTCGAGCAGGca > 1:165020/1‑150 (MQ=255) aaGGATCTGGCC‑C‑GGGCC‑GACACGGCCCTTggccagatccttgccgtggacaccgaaaccggcca < 1:1267811‑M2/65‑36 (MQ=255) aaGGATCTGGCC‑C‑GGGCC‑GACACGGCCCTTggccagatccttgccgtggacaccgaaaccggcca > 2:1267811‑M2/1‑30 (MQ=255) aGGATCTGGCC‑C‑GGGCC‑GACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGATAGCCCCATACG‑CCGATTTCCGAGGCGATGGTGATGTAACCATTGGTGGTGGTCACCCAGCGCGCCGGGCGTAGACCGTTACGGTCGAGCAGGCACAcc > 1:419914/1‑150 (MQ=255) ggATCTGGCC‑C‑GGGCC‑GACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGATAGCCCCATACG‑CCGATTTCCGAGGCGATGGTGATGTAACCATtggtggtg < 1:1381428/101‑1 (MQ=255) ggATCTGGCC‑C‑GGGCC‑GACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGATAGCCCCATACG‑CCGATTTCCGAGGCGATGGTGATGTAACCATtggtggtg > 2:1381428/1‑101 (MQ=255) tGGCCaagggccgtgtcggcccgggccagatccttgccgtggacaccgaaaccggccagatcctcgacaccgacgccatcgacaaccgcctgaagccgcgccac > 2:1095920‑M1/1‑5 (MQ=255) tGGCCaagggccgtgtcggcccgggccagatccttgccgtggacaccgaaaccggccagatcctcgacaccgacgccatcgacaaccgcctgaagccgcgccac < 1:1095920‑M1/104‑100 (MQ=255) gCCaagggccgtgtcgggccgggccagatccttgccgtggacaccgaaaccggccagatcctcgacaccgacgccatcgacaaccgcctgaagtcgcgccacccgtacaagcgcagggtccgttagcacgccacccgcatccaggcgacg > 2:990588‑M1/1‑3 (MQ=255) gCCaagggccgtgtcggcccgggccagatccttgccgtggaccccgaaaccggccagatcctcgacaccgacgcgatcgacaaccgcctgaagtcgc > 2:218159‑M1/1‑3 (MQ=255) gCCaagggccgtgtcggcccgggccagatccttgccgtggacaccgaaaccggccagatcctcgacaccgacgccatcgacaaccgcctgaagtcgc < 1:218159‑M1/97‑95 (MQ=255) gCC‑C‑GGGCC‑GACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGATAGCCCCATACG‑CCGATTTCCGAGGCGATGGTGATGTAACCATTGGTGGTGGTCACCCAGCGCGCCGGGCGTAGACCGTTACGGTCGAGCAGGCACACCGCGTggcg < 2:1555473/150‑1 (MQ=255) gCC‑C‑GGGCC‑GACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGATAGCCCAATGTG‑CCGATTTCCGAGGCGATGGTGATGTAACCATTGGTGGTGGTCACCCAGCGCGCCGGGCGTAGACCGTTACGGTCGAGCAGGCACACCGCGTggcg > 1:1108036/1‑150 (MQ=255) ccaagggccgtgtcggcccgggccagatccttgccgtggacaccgaaaccggccagatcctcgacaccgacgccatcgacaaccgcctgaagtcgcgccacccgtacaagcgctggctgcgtcagcacgccacccgcatccaggcgacgc > 2:527391‑M1/1‑2 (MQ=255) | ACCCTGGTCGTCGGTCAGCGTCGCCTGGATGCGGGTGGCGTGCTGACGCAGCCAGCGCTTGTACGGGTGGCGCGACTTCAGGCGGTTGTCGATGGCGTCGGTGTCGAGGATCTGGCCGGTTTCGGTGTCCACGGCAAGGATCTGGCC‑C‑GGGCC‑GACACGGCCCTTGGCCAGCACTTCCTCAGGCTGATAGCCCCATACG‑CCGATTTCCGAGGCGATGGTGATGTAACCATTGGTGGTGGTCACCCAGCGCGCCGGGCGTAGACCGTTACGGTCGAGCAGGCACACCGCGTGGCG > NC_002947/5796621‑5796914 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |