| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 5903827 = | 59 (0.810) | 21 (0.330) | 15/216 | NT | 28.3% | intergenic (+27/+80) | PP_5176/spuH | hypothetical protein/spermidine/putrescine ABC transporter permease |
| ? | NC_002947 | 5903887 = | 55 (0.870) | intergenic (+87/+20) | PP_5176/spuH | hypothetical protein/spermidine/putrescine ABC transporter permease | |||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
CGCTGCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCA > NC_002947/5903682‑5903967 | gtacttcagccgccaggccgaagagcgtcgtcgcaaggcgattcagcaggcgatcgaagagggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcacGcc < 2:1764644‑M1/3‑1 (MQ=255) tacttcagccgccaggccgaagagcgtcgtcgcaaggcgattcagcaggcgatcgaagagggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcacGccc > 1:457601‑M1/147‑150 (MQ=255) gcTGCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGC > 2:770096‑M1/1‑150 (MQ=255) ttcagccgccaggccgaagagcgtcgtcgcaaggcgattcagcaggcgatcgaagcgggtgcggcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcacGCCCGCt < 2:752184‑M1/7‑1 (MQ=255) ttcagccgccaggccgaagagcgtcgtcgcaaggcgattcagcaggcgatcgaagagggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtgagcgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcacGCCCGCt < 1:1475078‑M1/7‑1 (MQ=255) cagccgccaggccgaagagcgtcgtcgcaaggcgattcagcaggcgatcgaagagggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcacGCCCGCTcc > 2:942166‑M1/142‑150 (MQ=255) cagccgccaggccgaagagcgtcgtcgcaaggcgattcagcaggcgatcgaagagggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagagcgcgtcgccggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcacGCCCGCTcc > 2:663218‑M1/142‑150 (MQ=255) gccgccaggccgaagagcgtcgtcgcaaggcgattcagcaggcgatcgaagagggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcacGCCCGCTCCca < 1:832370‑M1/11‑1 (MQ=255) aGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAG > 1:1310910‑M1/1‑150 (MQ=255) ggAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGAGCATGCCCGCTCACACAGG > 2:919255‑M1/1‑150 (MQ=255) gccaggccgaagagcgtcgtcgcaaggcgattcagcaggcgatcgaagagggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcacGCCCGCTCCCACAg < 2:843812‑M1/14‑1 (MQ=255) gAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGG > 2:1511460‑M1/1‑150 (MQ=255) gAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGG < 2:674920‑M1/150‑1 (MQ=255) 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gTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAAcc > 2:963485/1‑150 (MQ=255) gTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAAcc > 2:265926/1‑150 (MQ=255) tCATGTAGCCCTGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCt < 2:725973/150‑1 (MQ=255) tcgtcgcaaggcgattcagcaggcgatcgaagagggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcatGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCt < 2:1269097‑M1/30‑1 (MQ=255) tGTAGCCCTCTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGTTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGaa < 2:804142/150‑1 (MQ=255) 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ttgCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTccctgt < 2:1815824‑M2/150‑7 (MQ=255) gcaggcgatcgaagagggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcacGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCt > 2:1525857‑M1/103‑150 (MQ=255) tgCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTccctgtg > 2:1168410‑M2/1‑143 (MQ=255) tgCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTccctgtg > 2:674469‑M2/1‑143 (MQ=255) gCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTccctgtgg > 1:1815824‑M2/1‑142 (MQ=255) gCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTccctgtgg < 1:1072432‑M2/150‑9 (MQ=255) gCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTccctgtgg > 1:1511460‑M2/1‑142 (MQ=255) aggcgatcgaagagggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcacGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCtgt > 2:6433‑M1/101‑150 (MQ=255) cAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTccctgtggga < 2:1892779‑M2/150‑11 (MQ=255) cAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTccctgtggga < 2:308266‑M2/150‑11 (MQ=255) cAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAG < 2:1160322‑M1/110‑1 (MQ=255) gatcgaagagggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcatGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGa > 1:1686877‑M1/97‑150 (MQ=255) cccTTGAGGGCTGGATTCGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTccctgtgggagcgg > 2:145924‑M2/1‑136 (MQ=255) acttgcaggCAGGATTGCGCAGTAATATCAGGGACTAGCCACATTGTGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGCGCCTTCG‑‑CGCGCATGCACGTCCTCAGAGTGGCCACCACAACCCGTAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCggg > 2:1390872/8‑150 (MQ=255) ttGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGc < 1:1689642/125‑1 (MQ=255) ttGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGc > 2:1689642/1‑125 (MQ=255) ttGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCg > 2:790560/1‑150 (MQ=255) gggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcatGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTg > 1:1269097‑M1/88‑150 (MQ=255) ggCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGccc > 2:1566997/1‑150 (MQ=255) ccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcacGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGACCGCGAAAgg > 1:752184‑M1/77‑150 (MQ=255) caacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcacGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCtg > 1:417168‑M1/76‑124 (MQ=255) 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ggAGCCTTCG‑‑CGGGCGTGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTTCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGt > 2:180243/1‑150 (MQ=255) ggAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGt < 1:1268947/150‑1 (MQ=255) gAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTccctgtgggagc < 1:1340775‑M2/72‑13 (MQ=255) gAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTccctgtgggagc > 2:1340775‑M2/1‑60 (MQ=255) gAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGtt < 1:827459/150‑1 (MQ=255) ggccctttcgcgggcacGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCtgtg > 2:619062‑M1/18‑68 (MQ=255) ggccctttcgcgggcacGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCtgtg < 1:619062‑M1/51‑1 (MQ=255) aGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTg < 2:1157374/150‑1 (MQ=255) gccctttcgcgggcatGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCtgtg > 2:713324‑M1/17‑67 (MQ=255) gccctttcgcgggcatGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCtgtg < 1:713324‑M1/51‑1 (MQ=255) ggag‑‑cgGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAg > 2:45797/4‑84 (MQ=255) ggag‑‑cgGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAg < 1:45797/81‑1 (MQ=255) tCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTgc < 1:790560/150‑1 (MQ=255) ccctgccATGCCCGCTCCCACAGGGCCCACCACAACCATAAAGGCTGTGAGCTCCCTTTGGGAGCGGGCGTGCCCATCAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTgca < 1:919255/144‑1 (MQ=255) | CGCTGCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCG‑‑CGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCA > NC_002947/5903682‑5903967 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |