| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 1976254 | 122 (1.670) | 7 (0.110) | 7/222 | NT | 5.7% | intergenic (+39/‑126) | pheA/PP_1770 | bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase/3‑phosphoshikimate 1‑carboxyvinyltransferase |
| ? | NC_002947 | = 1976306 | 121 (1.850) | intergenic (+91/‑74) | pheA/PP_1770 | bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase/3‑phosphoshikimate 1‑carboxyvinyltransferase | |||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
TCAGCCAGGAGGCTGTGGCGCTGAAGGTGCTGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCGACCGCCTGGTCGTGGTCGGTCTAGGCCTGATCGGC > NC_002947/1976157‑1976454 | tCAGCCAGGAGGCTGTGGCGCTGAAGGTGCTGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTa < 1:1912919/150‑1 (MQ=255) aGCCAGGAGGCTGTGGCGCTGAAGGTGCTGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAgc > 1:1797977‑M2/1‑148 (MQ=255) gCCAGGAGGCTGTGGCGCTGAAGGTGCTGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAgcc < 2:1312943‑M2/150‑4 (MQ=255) gtgGCGCTGAAGGTGCTGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGgcc < 1:1312943/150‑1 (MQ=255) cgcTGAAGGTGCTGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGgccgcgc < 1:457035/150‑1 (MQ=255) gcTGAAGGTGCTGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGgccgcgcc > 1:1830794/1‑150 (MQ=255) gcTGAAGGTGCTGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGgccgcgcc > 2:1609642/1‑150 (MQ=255) gcTGAAGGTGCTGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGgccgcgcc < 2:1280653/150‑1 (MQ=255) aaGGTGCTGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCCTGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCgg < 1:541952/150‑1 (MQ=255) tGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAAt < 2:547968/150‑1 (MQ=255) ggCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGTCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATgg < 1:828354/150‑1 (MQ=255) ggCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCaa > 1:1034816/1‑147 (MQ=255) ggCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCaa < 2:1034816/147‑1 (MQ=255) ggCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATgg < 1:1130070/150‑1 (MQ=255) ggCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATgg < 2:1830794/150‑1 (MQ=255) ctctTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCACCCCTACGCGAACATGCCCGGCGGCTGGGTGAGCATGGGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGcc > 1:1691137/1‑150 (MQ=255) ctTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCt < 2:577395/150‑1 (MQ=255) ttATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGCTTTTTGCCCGGACTGGCTAGCCCGCGGAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTc > 2:542533/1‑150 (MQ=38) ttATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTc > 1:397224/1‑150 (MQ=255) ttATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGAGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTc > 1:725710/1‑150 (MQ=255) tATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTca > 1:1350237/1‑150 (MQ=255) tATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGAAGCGGGCTGGGCAGCGAAGGGCCGCGCCGCGCCCCCAATGGCGCTca > 2:16444/1‑150 (MQ=39) tCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTcaca > 2:782367/1‑150 (MQ=255) ggCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTAc > 1:1012393/1‑150 (MQ=255) gCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTAcc < 2:725710/150‑1 (MQ=255) ggTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTa < 2:586083/150‑1 (MQ=255) ggTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTa < 1:897815/150‑1 (MQ=255) tGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGTTGCTACAGTTAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCGAAAAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCt < 1:1320933/150‑1 (MQ=38) ttCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGaa > 2:1636901/1‑150 (MQ=255) cAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACa < 1:594591/150‑1 (MQ=255) aGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAgcccg < 1:960530‑M2/93‑6 (MQ=255) aGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAgcccg > 2:960530‑M2/1‑88 (MQ=255) aGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTcaca < 2:1257404/128‑1 (MQ=255) aGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTcaca > 1:1257404/1‑128 (MQ=255) aGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGaa < 2:605235/147‑1 (MQ=255) ggggCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACCgg > 2:785158/1‑150 (MQ=255) gggCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAggg < 1:782367/150‑1 (MQ=255) gggCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCAATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAggg > 2:1111258/1‑150 (MQ=255) gCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGtt > 2:1066917/1‑150 (MQ=255) 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1:654694/1‑150 (MQ=255) cGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCcgcc > 1:481683/1‑149 (MQ=255) gCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCgcgc < 1:1195529/150‑1 (MQ=255) cccACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATTGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGtt < 1:576616/109‑1 (MQ=255) cccACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATTGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGtt > 2:576616/1‑109 (MQ=255) ccACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTg > 2:985318/1‑118 (MQ=255) ccACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTg < 1:985318/118‑1 (MQ=255) 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gtgATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCGACCGCCtg < 1:1066917/150‑1 (MQ=255) tGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAgcccgcgaagggccgcaaggcagccccaaggcccctgaatcaaagcaccgccttcggataagagcccagcaccttcagcgccacagcctcctggctgatctgctcgagcaccgccttgatcagcg > 1:908978‑M2/1‑25 (MQ=255) ccGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCGACCTCCtggtcgtg < 2:1196800/150‑1 (MQ=255) ccGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCGACCGCCtggtcgtg < 2:563654/150‑1 (MQ=255) cGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCGACCGCCtggtcgtgg > 1:1481293/1‑150 (MQ=255) 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ggCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCGACCGCCTGGTCGTGGTCGGTCTAGGCCTGATc < 1:805289/150‑1 (MQ=255) tAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCGAACTCGACCGCCTGGTCGTGGTCGGTCTAGGCCTGATcggc > 1:990962/1‑150 (MQ=255) tAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCGACCGCCTGGTCGTGGTCGGTCTAGGCCTGATcggc < 2:1432029/150‑1 (MQ=255) | TCAGCCAGGAGGCTGTGGCGCTGAAGGTGCTGGGCTCTTATCCGAAGGCGGTGCTTTGATTCAGGGGCCTTGGGGCTGCCTTGCAGCCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTGAGCATGTGATGCCGATCTCTGTGGGAGCGGGCTAGCCCGCGAAGGGCCGCGCCGCGGCCCCAATGGCCCTCACAGGCTACCTAGATTTCTGAACAGGGTTCGCACCAGTGGTAAATGCAGCAAAAACCAAACCCGCGCCCATCATCGACCGCCTGGTCGTGGTCGGTCTAGGCCTGATCGGC > NC_002947/1976157‑1976454 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |