New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2344206 | 51 (0.700) | 4 (0.060) | 4/234 | NT | 7.8% | coding (143/456 nt) | soxR | DNA‑binding transcriptional regulator |
? | NC_002947 | = 2344217 | 47 (0.680) | coding (132/456 nt) | soxR | DNA‑binding transcriptional regulator |
GTGGACATCTCGCTCCATTGTGCGGCCGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTGCGCTTGGCCACTTCACCCACTGTGAGCATCCGTGTGTTGTCCGCTGCCATATATGTTCGACCTAAAG > NC_002947/2344071‑2344365 | gTGGACATCTCGCTCCATTGTGCGGCCGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGcgc < 1:585702‑M2/150‑4 (MQ=255) ggACATCTCGCTCCATTGTGCGGCCGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGcgctg < 1:1512997‑M2/150‑6 (MQ=255) cATCTCGCTCCATTGTGCGGCCGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGtt < 1:146639/150‑1 (MQ=255) tcGCTCCATTGTGCGGCCGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCa < 1:955630/150‑1 (MQ=255) tcGCTCCATTGTGCGGCCGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCa < 2:337422/150‑1 (MQ=255) cGCTCCATTGTGCGGCCGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAg < 2:1350984/150‑1 (MQ=255) gCTCCATTGTGCGGCCGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGAGAGCGGCGCTGGTTGCCAGc > 1:1512762/1‑150 (MQ=255) aTTGTGCGGCCGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGc < 1:1865243/150‑1 (MQ=255) aTTGTGCGGCCGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGc < 2:1787262/150‑1 (MQ=255) cGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGc < 1:1272924/150‑1 (MQ=255) cGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGc < 2:585702/150‑1 (MQ=255) gTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCg < 2:1457064/150‑1 (MQ=255) gCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGTAGCACGAGCCAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCa < 2:739463/150‑1 (MQ=255) cTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAg < 2:88484/150‑1 (MQ=255) cTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGGTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAg > 1:1200212/1‑150 (MQ=255) gTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCCCCtt < 1:583498/150‑1 (MQ=255) ggggCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGtt > 2:71198/1‑150 (MQ=255) gggCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGttt > 2:966309/1‑150 (MQ=255) ggCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTc < 1:966309/150‑1 (MQ=255) aGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGc < 2:419328/99‑1 (MQ=255) aGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGc > 1:419328/1‑99 (MQ=255) gCTTGTTTGATGTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATTATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCa < 1:815533/150‑1 (MQ=255) ttGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGa < 1:125487/150‑1 (MQ=255) tttGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCCACTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGacac > 2:1156311/1‑150 (MQ=255) cTCAAGAGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCAcgcc > 2:1444399/1‑150 (MQ=255) aGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTCGAAGTGCAGCGCa > 2:16460/1‑132 (MQ=255) aGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCa < 1:16460/132‑1 (MQ=255) aGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTg < 2:1512997/150‑1 (MQ=255) aGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGAGAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTg > 2:749016/1‑150 (MQ=255) cGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCCCCTTg < 1:1534316/109‑1 (MQ=255) cGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCCCCTTg > 2:1534316/1‑109 (MQ=255) aaTTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTGCGCtt > 1:825101/1‑150 (MQ=255) tCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTGCGCTTGGc < 2:382471/150‑1 (MQ=255) cGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGGCAGGGTACGCAGCACCAGAGAGGGCTAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTGCGCTTGGCCAc > 1:931843/1‑150 (MQ=255) tGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGGAGCGCAGACACCGCCACGCAGCTGCGCTTTGCCACTTCAccc > 2:1766241/1‑150 (MQ=255) tACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCCGCGAGGGATAGGGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCTCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGACGCGCTTGGCCGCTTCACCCACtgt < 2:119622/150‑1 (MQ=255) tACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTGCGCTTGGCCACTTCACCCACtgt < 1:1444399/150‑1 (MQ=255) ccTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTGCGCTTGGCCACTTCACCCACTGTGa < 1:1350903/150‑1 (MQ=255) cTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTGCGCTTGGCCACTTCACCCACTGTGAg > 1:1119450/1‑150 (MQ=255) cTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTGCGCTTGGCCACTTCACCCACTGTGAg > 1:192447/1‑150 (MQ=255) gatCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTGCGCTTGGCCACTTCACCCACTGTGAGCATCCg > 2:935520/1‑150 (MQ=255) tCGCCAGGGGACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑AAGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTGCGCTTGGCCACTTCACCCACTGTGAGCATCCgtg > 1:409493/1‑150 (MQ=255) cAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTGCGCTTGGCCACTTCACCCACTGTGAGCATCCGTGtgtt < 2:825101/150‑1 (MQ=255) aCGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTGCGCTTGGCCACTTCACCCACTGTGAGCATCCGTGTGTTGTCCGc < 2:1119450/150‑1 (MQ=255) aCGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTGCGCTTGGCCACTTCACCCACTGTGAGCATCCGTGTGTTGTCCGc > 1:1680451/1‑150 (MQ=255) cGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGcgctggtgctgcgtaccctggcgatcatcaaggtagcccagcgcacgggaattccgcttgaggaaatcaaacaagccttcagccgttat > 2:1924408‑M2/1‑24 (MQ=255) cGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGcgctggtgctgcgtaccctggcgatcatcaaggtagcccagcgcacgggaattccgcttgaggaaatcaaacaagccttcagccgttat < 1:1924408‑M2/113‑90 (MQ=255) cGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACATCGCCACGCCGCTGCGCTTGGCCACTTCACCCACTGTGAGCATCCGTGTGTTGTCCGCt < 2:822652/150‑1 (MQ=255) gcagcaCCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCCGCGGTGGGGTGCTCCGGCG‑TTAGCCCCTTGGTTTCTCGGAAGTGCAGCGCAGACATCGCCACGCCGCTGCGCTTGGCCACTTCACCCACTGTGAGCATCCGTGTGTTGTCCGCTg > 1:822652/1‑150 (MQ=255) gcagcaCCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTGCGCTTGGCCAc > 2:1416425/1‑115 (MQ=255) gcagcaCCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTGCGCTTGGCCAc < 1:1416425/115‑1 (MQ=255) agcaCCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTTCGG‑ACGCCGGACATTATCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTGCGCTTGGCCACTTCACCCACTGTGAGCATCCGTGTGTTGTCCGCTGcc < 1:1877501/150‑1 (MQ=255) gcaCCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTGCGCTTGGCCACTTCACCCACTGTGAGCATCCGTGTGTTGTCCGCTGCCa < 2:192447/150‑1 (MQ=255) caCCAGCGAGGGATAGCGGcgctggtgctgcgtaccctggcgatcatcaaggtagcccagcgcacgggaattccgcttgaggaaat > 2:1061889‑M2/1‑19 (MQ=255) caCCAGCGAGGGATAGCGGcgctggtgctgcgtaccctggcgatcatcaaggtagcccagcgcacgggaattccgcttgaggaaat < 1:1061889‑M2/86‑68 (MQ=255) caCCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAgcgc > 1:247221/1‑81 (MQ=255) caCCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAgcgc < 2:247221/81‑1 (MQ=255) tAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTGCGCTTGGCCACTTCACCCACTGTGAGCATCCGTGTGTTGTCCGCTGCCATATATGTTCGACCt < 2:1680451/150‑1 (MQ=255) ggcgCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTGCGCTTGGCCACTCCACCCACTGTGAGCATGCGTGTGTTGGCCGCTGCCATATATGTTCGACCTGaag < 2:1200212/150‑1 (MQ=255) | GTGGACATCTCGCTCCATTGTGCGGCCGTGAGCTTGCTGTTGGGGGCATAACGGCTGAAGGCTTGTTTGATTTCCTCAAGCGGAATTCCCGTGCGCTGGGCTACCTTGATGATCGCCAGGGTACGCAGCACCAGCGAGGGATAGCGGCGCTGGTTGCCAGCCGTGCGG‑ACGCTGGCGATCAGCCCCTTGGTTTCGTAGAAGTGCAGCGCAGACACCGCCACGCCGCTGCGCTTGGCCACTTCACCCACTGTGAGCATCCGTGTGTTGTCCGCTGCCATATATGTTCGACCTAAAG > NC_002947/2344071‑2344365 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |