New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3059570 = | 59 (0.810) | 4 (0.060) | 4/234 | NT | 7.2% | coding (806/1275 nt) | PP_2671 | sensor histidine kinase |
? | NC_002947 | 3059604 = | 47 (0.680) | coding (840/1275 nt) | PP_2671 | sensor histidine kinase |
AGCTGGCGCAGACCCTGCACGATGATCTTGGGCAATACCTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGGGCTGTTGGTGAGCCAGTGGCAGGCCAGCCAGGGCATCGAATGCCGGCTGCGGGTTGGCGAGCACTT > NC_002947/3059459‑3059744 | aGCTGGCGCAGACCCTGCACGATGATCTTGGGCAATACCTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAg > 2:736587/1‑150 (MQ=255) aGCTGGCGCAGACCCTGCACGATGATCTTGGGCAATACCTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAg > 1:1346172/1‑150 (MQ=255) cTGGCGCAGACCCTGCACGATGATCTTGGGCAATACCTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGt < 2:39130/150‑1 (MQ=255) cTGGCGCAGACCCTGCACGATGATCTTGGGCAATACCTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGt > 2:1818393/1‑150 (MQ=255) gcgcAGACCCTGCACGATGATCTAGGGCAATACCTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGtttt < 2:1771176/150‑1 (MQ=255) cgcAGACCCTGCACGATGATCTTGGGCAATACCTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTc < 1:1649221/150‑1 (MQ=255) cccTGCACGATGATCTTGGGCAATACCTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCgcgcgc < 2:1346172/150‑1 (MQ=255) gCACGATGATCTTGGGCAATACCTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGt < 1:1818393/150‑1 (MQ=255) tCTTGGGCAATACCTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTACTGCATATGGTAGCAGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCACGCCCTTGAACTCAACTGCGTGCGCCTGCAGCAAGATTTTCGCGCGCTGGTGCACAACtt < 2:683128/150‑1 (MQ=255) aTACCTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGt > 1:1871974/1‑150 (MQ=255) tACCTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTg > 2:455993/1‑150 (MQ=255) tACCTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTg < 2:452591/150‑1 (MQ=255) tACCTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTg < 2:1338268/150‑1 (MQ=255) tACCTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTg < 2:1803146/150‑1 (MQ=255) ctccTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTg < 1:700778/148‑1 (MQ=255) cTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGt > 1:1603883/1‑128 (MQ=255) cTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGt < 2:1603883/128‑1 (MQ=255) ctcggccagcggcatgtagtgcagcgccaccggatacaagttgtgcaccagcgcgcgaaaaccttgcTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAg < 1:1536278‑M1/39‑1 (MQ=255) ctcggccagcggcatgtagtgcagcgccaccggatacaagttgtgcaccagcgcgcgaaaaccttgcTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAg > 2:1536278‑M1/68‑106 (MQ=255) aTGCGTGCCCAGCCATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTAc > 2:1275861/1‑150 (MQ=255) ccaTGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGcc < 1:1275861/148‑1 (MQ=255) gCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAgg > 1:1693970/1‑150 (MQ=255) ccTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGc > 1:1431462/1‑150 (MQ=255) gctgcGTATCGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCtt < 2:601778/150‑1 (MQ=255) ctgcGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTc < 2:1871974/150‑1 (MQ=255) tgcGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGGCGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCg < 2:961701/150‑1 (MQ=255) gTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAACAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGGGc < 1:623128/150‑1 (MQ=255) ggtggCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGGGCTGtt < 1:1382280/150‑1 (MQ=255) gCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGACGAGGCCTTCGGGCTGTTGGTg > 1:1527531/1‑150 (MQ=255) cGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGGGCTGTTGGTGAg > 1:502551/1‑150 (MQ=255) gAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTc < 2:1487659/135‑1 (MQ=255) gAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTc > 1:1487659/1‑135 (MQ=255) gAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGGGCTGTTGGTGAGc > 1:1803784/1‑150 (MQ=255) gAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTAACGGCCGGTGGCCGAGGCCTTCGGGCTGTTGGTGAGc > 2:1609303/1‑150 (MQ=255) cAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAg < 1:232093/64‑1 (MQ=255) cAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAg > 2:232093/1‑64 (MQ=255) gCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGTTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGGGCTGTTGGTg < 1:438348/142‑1 (MQ=255) gCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGTTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGGGCTGTTGGTg > 2:438348/1‑142 (MQ=255) ggAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGGGCTGTTGGTGAGCCAGTGGCa < 1:1699746/150‑1 (MQ=255) gAAATGGTGACGCAGATGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGGGCTGTTGGTGAGCCAGTGGCAg < 1:1327090/150‑1 (MQ=255) aCGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCAGTCGCGTTCGGGCTGTTGGTGAGCCAGTGGCAGGccagccag > 1:1070078/1‑150 (MQ=255) cGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGGGCTGTTGGTGAGCCAGTGGCAGGCCAGCCAgg < 2:553414/150‑1 (MQ=255) cGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGCGCTGTCGGTGCGCCAGTGGCCGGccagccagc > 2:1642772/1‑149 (MQ=255) gCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGGGCTGTTGGTGAGCCAGTGGCAGGCCAGCCAggg > 2:1576651/1‑150 (MQ=255) cttgctgcaggcgctcgcagttgagttcaagggcctgcaGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAg > 2:1536278‑M2/40‑106 (MQ=255) cttgctgcaggcgctcgcagttgagttcaagggcctgcaGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAg < 1:1536278‑M2/67‑1 (MQ=255) aCGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGGGCTGTTGGTGAGCCAGTGGCAGGCCAGCCAGGGCATc < 1:1224968/150‑1 (MQ=255) aCGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGACGAGGCCTTCGGGCTGTTGGTGAGCCAGTGGCAGGCCAGCCAGGGCATc < 2:1527531/150‑1 (MQ=255) tgcaggcgctcgcagttgagttcaagggcctgcaGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGGGCTGTTGGTGAGCCAGTg > 1:1799055‑M2/35‑127 (MQ=255) tgcaggcgctcgcagttgagttcaagggcctgcaGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGGGCTGTTGGTGAGCCAGTg < 2:1799055‑M2/93‑1 (MQ=255) AGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGGGCTGTTGGTGAGCCAGTGGCAGGCCAGCCAGGGCATCGAATGcc < 2:92876‑M1/150‑1 (MQ=255) GCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGGGCTGTTGGTGAGCCAGTGGCAGGCCAGCCAGGGCATCGAATGCCgg > 2:1693970‑M1/1‑150 (MQ=255) ttGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGGGCTGTTGGTGAGCCAGTGGCAGGCCAGCCAGGGCATCGAATGCCGGCTGc < 2:1431462/150‑1 (MQ=255) tCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGGGCTGTTGGTGAGCCAGTGGCAGGCCAGCCAGGGCATCGAATGCCGGCTGCGGGTTg > 1:1430215/1‑150 (MQ=255) tCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGGGCTGTTGGTGAGCCAGTGGCAGGCCAGCCAGGGCATCGAATGCCGGCTGCGGGTTg > 2:1601696/1‑150 (MQ=255) aaCTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGGGCTGTTGGTGAGCCAGTGGCAGGCCAGCCAGGGCATCGAATGCCGGCTGCGGGTTGGc < 2:681576/150‑1 (MQ=255) aCTGCGAGCTCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGGGCTGTTGGTGAGCCAGTGGCAGGCCAGCCAGGGCATCGAATGCCGGCTGCGGGTTGGCg > 2:520136/1‑150 (MQ=255) aCTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGGGCTGTTGGTGAGCCAGTGGCAGGCCAGCCAGGGCATCGAATGCCGGCTGCGGGTTGGCg > 2:4696/1‑150 (MQ=255) cTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGGGCTGTTGGTGAGCCAGTGGCAGGCCAGCCAGGGCATCGAATGCCGGCTGCGGGTTGGCGa > 2:1690641/1‑150 (MQ=255) gcgcCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGGGCTGTTGGTGAGCCAGTGGCAGGCCAGCCAGGGCATCGAATGCCGGCTGCGGGTTGGCGAGCACtt > 2:198579/1‑150 (MQ=255) gcgcCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCAGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGGGCTGTTGGTGAGCCAGTGGCAGGCCAGCCAGGGCATCGAATGCCGGCTGCGGGTTGGCGAGCACtt > 1:1494659/1‑150 (MQ=255) | AGCTGGCGCAGACCCTGCACGATGATCTTGGGCAATACCTGGCAGGCATGCGTGCCCAGCTATGCCTGCTGCGTATGGTGGCCGAACAGCCGGAAATGGTGACGCAGACGGTGCAGGCCCTTGAACTCAACTGCGAGCGCCTGCAGCAAGGTTTTCGCGCGCTGGTGCACAACTTGTATCCGGTGGCGCTGCACTACATGCCGCTGGCCGAGGCCTTCGGGCTGTTGGTGAGCCAGTGGCAGGCCAGCCAGGGCATCGAATGCCGGCTGCGGGTTGGCGAGCACTT > NC_002947/3059459‑3059744 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |