New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2974781 = | 42 (0.860) | 4 (0.090) | 4/236 | NT | 8.8% | coding (671/777 nt) | PP_2601 | IclR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 2974820 = | 43 (0.930) | coding (710/777 nt) | PP_2601 | IclR family transcriptional regulator |
ACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTATTGTTGTCGGCGGCAGAAGAGCTGTCGGCGGCCAGTCCCGCCAGCGAGCTGTTTGCCTGAGGGAATATTCCGGTCGATTACCGCACAGTCTGTT > NC_002947/2974634‑2974921 | acgaGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCa > 1:1026647/1‑150 (MQ=255) acgaGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCa < 1:219430/150‑1 (MQ=255) gCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTg > 2:109385/1‑150 (MQ=255) cTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGc > 1:1234145/1‑150 (MQ=255) tACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGca < 1:770036/150‑1 (MQ=255) cTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACag < 2:249008/150‑1 (MQ=255) tGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACaga < 1:463756/150‑1 (MQ=255) gcCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTc < 2:1026647/150‑1 (MQ=255) agaacgggcgcaacagactgtgcggtaatcgaccggaatattccctcaggcaaacagctcgctggcgggactggccgccgacagctcttctgccgccgacaacaatagcggtgCCAGCGCTGCGCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAgc > 2:1235374‑M1/114‑150 (MQ=255) cTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTAtt > 1:1110137/1‑150 (MQ=255) cTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTAtt < 1:568145/150‑1 (MQ=255) ggTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTAttgtt < 1:951811/150‑1 (MQ=255) gactgtgcggtaatcgaccggaatattccctcaggcaaacagctcgctggcgggactggccgccgacagctcttctgccgccgacaacaatagcggtgCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTAttgtt > 2:866487‑M1/99‑150 (MQ=255) gTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTAttgttg < 2:277860/150‑1 (MQ=255) tCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTATtgttgt < 1:431057/150‑1 (MQ=255) tCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTATtgttgt < 2:1198000/150‑1 (MQ=255) aCCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTATTGTTGTCGGCGGCa < 1:569607/150‑1 (MQ=255) cTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGACTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTATTGTTGTCGGCGGCaga > 1:833360/1‑150 (MQ=255) cTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGAAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCAATTGTTGTCGGCGGCaga > 1:500749/1‑150 (MQ=255) gCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTATTGTTGTCGGCGGCAGAAGAGCTGTcgg > 2:181829/1‑150 (MQ=255) ccGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGACTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTATTGTTGTCGGCGGCAGAAGAGCTGTCGGCGGCCAGTCCCGCCa < 2:833360/150‑1 (MQ=255) aGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTATTGTTGTCGGCGGCa > 2:800291/1‑118 (MQ=255) aGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTATTGTTGTCGGCGGCa < 1:800291/118‑1 (MQ=255) ctggcgggactggccgccgacagctcttctgccgccgacaacaatagcggtgCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCt < 2:909290‑M1/37‑1 (MQ=255) ctggcgggactggccgccgacagctcttctgccgccgacaacaatagcggtgCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCt > 1:909290‑M1/53‑89 (MQ=255) tgCGCCCCCCGCAAAGTGACGACGTGATTGTCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTATTGTTGTCGGCGGCAGAAGAGCTGTCGGCGGCCAGTCCCGCCAGCGAGCTGt > 2:1114683/1‑150 (MQ=255) cgccgcCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTATTGTTGTCGGCGGCAGAAGAGCTGTCGGCGGCCAGTccc < 1:42145/135‑1 (MQ=255) cgccgcCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTATTGTTGTCGGCGGCAGAAGAGCTGTCGGCGGCCAGTccc > 2:42145/1‑135 (MQ=255) ccgcccgcAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTATTGTTGTCGGCGGCAGAAGAGCTGTCGGCGGCCAGTCCCGCCAGCGAGCTGTTTGc < 2:1234145/150‑1 (MQ=255) gcccgcAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTATTGTTGTCGGCGGCAGAAGAGCTGTCGGCGGCCAGTCCCGCCAGCGAGCTGTTTGCCt < 2:709064/150‑1 (MQ=255) gcAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTATTGTTGTCGGCGGCAGAAGAGCTGTCGGCGGCCAGTCCCGCCAGCGAGCTGTTTGCCTGAgg < 2:554114/150‑1 (MQ=255) cAAAGTGACGCGCTGAGTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCCCAG‑GCAGAGAGGTCAGCGCTGGCCCAGCTATTGTTGTCGGCGGCAGAAGAGCTGTCGGCGGCCAGTCCCGCCAGCGAGCTGTTTGCCTGAggg < 1:415201/150‑1 (MQ=255) aCGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTATTGTTGTCGGCGGCAGAAGAGCTGTCGGCGGCCAGTCCCGCCAGCGAGCTGTTTGCCTGAGGGAATATTc < 1:715011/150‑1 (MQ=255) aGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTATTGTTGTCGGCGGCAGAAGAGCTGTCGGCGGCCAGTCCCGCCAGCGAGCTGTTTGCCTGAGGGAATATTCCgg > 1:823577/1‑150 (MQ=255) ttGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTATTGTTGTCGGCGGCAGAAGAGCTGTCGGCGGCCAGTCCCGCCAGCGAGCTGTTTGCCTGAGGGAATATTCCg < 1:294139/143‑1 (MQ=255) ttGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTATTGTTGTCGGCGGCAGAAGAGCTGTCGGCGGCCAGTCCCGCCAGCGAGCTGTTTGCCTGAGGGAATATTCCg > 2:294139/1‑143 (MQ=255) gCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTATTGTTGTCGGCGTCAGAAGAGCTGTCGGCGGCCAGTCCCGCCAGCGAGCTGTTTGCCTGAGGGAata < 2:467055/135‑1 (MQ=255) gCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTATTGTTGTCGGCGGCAGAAGAGCTGTCGGCGGCCAGTCCCGCCAGCGAGCTGTTTGCCTGAGGGAata > 1:467055/1‑135 (MQ=255) tGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTATTGTTGTCGGCGGCAGAAGAGCTGTCGGCGGCCAGTCCCGCCAGCGAGCTGTTTGCCTGAGGGAATATTCCGGTCGATTACCGca > 1:400403/1‑150 (MQ=255) gAGCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTATTGTTGTCGGCGGCAGAAGAGCTGTCGGCGGCCAGTCCCGCCAGCGAGCTGTTTGCCTGAGGGAATATTCCGGTCGATTACCGCACAGt < 2:400403/150‑1 (MQ=255) gCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTATTGTTGTCGGCGGCAGAAGAGCTGTCGGCGGCCAGTCCCGCCAGCGAGCTGTTTGCCTGAGGGAATATTCCGGTCGATTACCGCACAGTCt > 2:444452/1‑150 (MQ=255) cATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTAttg < 2:1212387/61‑1 (MQ=255) cATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTAttg > 1:1212387/1‑61 (MQ=255) aTCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTATTGTTGTCGGCGGCAGAAGAGCTGTCGGCGGCCAGTCCCGCCAGCGAGCTGTTTGCCTGAGGGAATATTCCGGTCGATTACCGCACAGTCTGt > 1:524156/1‑150 (MQ=255) tCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTATTGTTGTCGGCGGCAGAAGAGCTGTCGGCGGCCAGTCCCGCCAGCGAGCTGTTTGCCTGAGGGAATATTCCGGt > 2:737400/1‑130 (MQ=255) tCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTATTGTTGTCGGCGGCAGAAGAGCTGTCGGCGGCCAGTCCCGCCAGCGAGCTGTTTGCCTGAGGGAATATTCCGGt < 1:737400/130‑1 (MQ=255) tCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTATTGTTGTCGGCGGCAGAAGAGCTGTCGGCGGCCAGTCCCGCCAGCGAGCTGTTTGCCTGAGGGAATATTCCGGTCGATTACCGCACAGTCTGtt < 2:524156/150‑1 (MQ=255) tCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTATTGTTGTCGGCGGCAGAAGAGCTGTCGGCGGCCAGTCCCGCCAGCGAGCTGTTTGCCTGAGGGAATATTCCGGTCGATTACCGCACAGTCTGtt < 1:109385/150‑1 (MQ=255) | ACGAGCTGCTCGCCTACCTGCACCGCGCCCGCGAGCGTGGTTATGCCTGGGTCGAGGAAACCTCCGCCATCGGCACCTCAGCCCTGGCCGCAGTGGTGCGCCGCCCGCAAAGTGACGAGGTGATTGGCGTGCTGAGCATCGCCGGGCCCAGCGC‑‑‑GCGGCTGGCACAGAGCCGCCTCG‑CAGCGCTGGCACCGCTATTGTTGTCGGCGGCAGAAGAGCTGTCGGCGGCCAGTCCCGCCAGCGAGCTGTTTGCCTGAGGGAATATTCCGGTCGATTACCGCACAGTCTGTT > NC_002947/2974634‑2974921 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |