New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4560816 | 50 (1.020) | 5 (0.100) | 5/244 | NT | 9.4% | coding (777/1404 nt) | PP_4048 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 4560831 | 48 (1.000) | coding (762/1404 nt) | PP_4048 | hypothetical protein |
ATGCGCAGCGATTGTCGGCGACGTGGGCACGGGCGGGCCGAGCGCACCCTCGGACCGCTCAAGGTAACGTGGGCGCATGCCGATGCCAGAGGTCACCCGCCCAGCACTCATGGCCATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAGCGCATGCGGGATTTCCCGCAAGGCATGCACCTGCACGGCGTAGAACTGCGCTTCCATGGCCTGCAACCGCACCAAC > NC_002947/4560669‑4560963 | aTGCGCAGAGATTCTAGGCGAGGGGGGCACGGGCGGGCCGACCGCACCCTCGGACCGCTCAAGGTAACGTGGGCGCATGCCGATGCCAGAGGTCACCCGCCCAGCACTCATGGCCATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTg > 2:633597/1‑150 (MQ=255) cGTGGGCACGGGCGGGCCGAGCGCACCCTCGGACCGCTCAAGGTAACGTGGGCGCATGCCGATGCCAGAGGTCACCCGCCCAGCACTCATGGCCATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTc > 1:524148/1‑150 (MQ=255) gTGGGCACGGGCGGGCCGAGCGCACCCTCGGACCGCTCAAGGTAACGTGGGCGCATGCCGATGCCAGAGGTCACCCGCCCAGCACTCATGGCCATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCTGCCCGCGCAGGTTGCGCAggccggggt > 2:1041838‑M2/1‑141 (MQ=255) ggCACGGGCGGGCCGAGCGCACCCTCGGACCGCTCAAGGTAACGTGGGCGCATGCCGATGCCAGAGGTCACCCGCCCAGCACTCATGGCCATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTg < 2:1030102/150‑1 (MQ=255) aCGGGCGGGCCGAGCGCACCCTCGGACCGCTCAAGGTAACGTGGGCGCATGCCGATGCCAGAGGTCACCCGCCCAGCACTCATGGCCATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCACCCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGcc > 2:126367/1‑150 (MQ=255) aCGGGCGGGCCGAGCGCACCCTCGGACCGCTCAAGGTAACGTGGGCGCATGCCGATGCCAGAGGTCACCCGCCCAGCACTCATGGCCATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGcc > 1:278612/1‑150 (MQ=255) ccGAGCGCACCCTCGGACCGCTCAAGGTAACGTGGGCGCATGCCGATGCCAGAGGTCACCCGCCCAGCACTCATGGCCATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCa < 2:268492/148‑1 (MQ=255) ccGAGCGCACCCTCGGACCGCTCAAGGTAACGTGGGCGCATGCCGATGCCAGAGGTCACCCGCCCAGCACTCATGGCCATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCa > 1:268492/1‑148 (MQ=255) ccTCGGACCGCTCAAGGTAACGTGGGCGCATGCCGATGCCAGAGGTCACCCGCCCAGCACTCATGGCCATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGc > 2:761752/1‑140 (MQ=255) ccTCGGACCGCTCAAGGTAACGTGGGCGCATGCCGATGCCAGAGGTCACCCGCCCAGCACTCATGGCCATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGc < 1:761752/140‑1 (MQ=255) cTCGGACCGCTCAAGGTAACGTGGGCGCATGCCGATGCCAGAGGTCACCCGCCCAGCACTCATGGCCATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTGCAGCGCCTTGGCCAg > 1:768448/1‑150 (MQ=255) tCGGACCGCTCAAGGTAACGTGGGCGCATGCCGATGCCAGAGGTCACCCGCCCAGCACTCATGGCCATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGc > 1:225987/1‑150 (MQ=255) acgcgCAAGGTAACGTGGGCGCATGCCGATGCCAGAGGTCACCCGCCCAGCACTTATGGCCATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCGCCAGCGCCTGGGCCAGCCTGGc > 2:500685/2‑150 (MQ=255) gATGCCAGAGGTCACCCGCCCAGCACTCATGGCCATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCa > 1:1201429/1‑73 (MQ=255) gATGCCAGAGGTCACCCGCCCAGCACTCATGGCCATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCa < 2:1201429/73‑1 (MQ=255) gATGCCAGAGGTCACCCGCCCAGCACTCATGGCCATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAGCGCATGCGGGAt > 2:725908/1‑150 (MQ=255) cAGAGGTCACCCGCCCAGCACTCATGGCCATGGGCTCCGGCTTTTTCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTCGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAGCGCATGCGGGATTTccc > 1:1233918/1‑150 (MQ=255) cAGAGGTCACCCGCCCAGCACTCATGGCCATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCCAGTCGCTGGCCTTCTCCAGCACCTTGGTCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAGCGCATGCGGGATTTccc > 2:364059/1‑150 (MQ=255) cAGAGGTCACCCGCCCAGCACTCATGGCCATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAgc > 2:254103/1‑134 (MQ=255) cAGAGGTCACCCGCCCAGCACTCATGGCCATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAgc < 1:254103/134‑1 (MQ=255) gagGTCACCCGCCCAGCACTCATGGCCATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAGCGCATGCGGGATTTCCCGc > 2:230617/1‑150 (MQ=255) ggTCACCCGCCCAGCACTCATGGCCATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAGCGCATGCGGGATTTCCCGCaa < 1:230617/150‑1 (MQ=255) ggTCACCCGCCCAGCACTCATGGCCATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAGCGCATGCGGGATTTCCCGCaa < 2:1027871/150‑1 (MQ=255) cccGCCCAGCACTCATGGCCATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAGCGCATGCGGGATTTCCCGCAAGGCAt > 2:1165382/1‑150 (MQ=255) ccGCCCAGCACTCATGGCCATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCcgcgcaggttgcgcaggccggg > 1:590139‑M1/1‑52 (MQ=255) ccGCCCAGCACTCATGGCCATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCcgcgcaggttgcgcaggccggg < 2:590139‑M1/74‑23 (MQ=255) gCACTCATGGCCATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAGCGCATGCGGGATTTCCCGCAAGGCATGCACCTGc > 2:25777/1‑150 (MQ=255) tCATGGCCATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAGCGCATGCGGGATTTCCCGCAAGGCATGCACCTGCACgg > 1:1156976/1‑150 (MQ=255) tCATGGCCATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAGCGCATGCGGGATTTCCCGCAAGGCATGCACCTGCACgg > 1:821181/1‑150 (MQ=255) tCATGGCCATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAGCGCATGCGGGATTTCCCGCAAGGCATGCACCTGCACgg > 1:389449/1‑150 (MQ=255) aTGGCCATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAgc < 1:957540/111‑1 (MQ=255) aTGGCCATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAgc > 2:957540/1‑111 (MQ=255) aTGGCCATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAGCGCATGCGGGATTTCCCGCAAGGCATGCACCTGCACg < 1:1230371/147‑1 (MQ=255) aTGGCCATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAGCGCATGCGGGATTTCCCGCAAGGCATGCACCTGCACg > 2:1230371/1‑147 (MQ=255) cATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCcgcgcaggttgcgcaggccggggtgc < 2:544674‑M1/60‑27 (MQ=255) cATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCcgcgcaggttgcgcaggccggggtgc > 1:544674‑M1/1‑34 (MQ=255) cATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGc > 2:603857/1‑63 (MQ=255) cATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGc < 1:603857/63‑1 (MQ=255) cATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAGCGCATGCGGGATTTCCCGCAAGGCATGCACCTGCACGGCGTAGaa < 1:510173/150‑1 (MQ=255) aTGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAGCGCATGCGGGATTTCCCGCAAGGCATGCACCTGCACGGCGTAGAAc > 2:909362/1‑150 (MQ=255) gggCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAGCGCATGCGGGATTTCCCGCAAGGCATGCACCTGCACGGCGTAGAACTg > 2:425002/1‑150 (MQ=255) ggCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAGCGCATGCGGGATTTCCCGCAAGGCATGCACCTGCACg < 1:475438/138‑1 (MQ=255) ggCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAGCGCATGCGGGATTTCCCGCAAGGCATGCACCTGCACg > 2:475438/1‑138 (MQ=255) gCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAGCGCATGCGGGATTTCCCGCAAGGCATGCACCTGCACGGCGTAGAACTgcg > 2:959114/1‑150 (MQ=255) cTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAGCGCATGCGGGATTTCCCGCAAGGCATGCACCTGCACGGCGTa > 2:1183445/1‑141 (MQ=255) cTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAGCGCATGCGGGATTTCCCGCAAGGCATGCACCTGCACGGCGTa < 1:1183445/141‑1 (MQ=255) cGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAGCGCATGCGGGATTTCCCGCAAGGCATGCACCTGCACGGCGTAGAACTGCGCTTc > 1:1263891/1‑150 (MQ=255) cGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAGCGCATGCGGGATTTCCCGCAAGGCATGCACCTGCACGGCGTAGAACTGCGCTTc < 1:959114/150‑1 (MQ=255) gCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCTGCGAGCTGCATCAGCGCATGCGGGATTTCCCGCAAGGCATGCACCTGCACGGCGTAGAACTgc > 1:1185603/1‑143 (MQ=255) gCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAGCGCATGCGGGATTTCCCGCAAGGCATGCACCTGCACGGCGTAGAACTgc < 2:1185603/143‑1 (MQ=255) ttttGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAGCGCATGCGGGATTTCCCGCAAGGCATGCACCTGCACGGCGTAGAACTGCGCTTCCATg < 1:1165382/150‑1 (MQ=255) gCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGggccggggtgcatgcgcaaaagccggagcccatg < 2:544674‑M2/60‑35 (MQ=255) gCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGggccggggtgcatgcgcaaaagccggagcccatg > 1:544674‑M2/1‑26 (MQ=255) cACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAGCGCAt > 2:490370/1‑86 (MQ=255) cACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAGCGCAt < 1:490370/86‑1 (MQ=255) aCCCCGGCCtgcgcaacctgcgcgggcaggggtgcatgcgcaaaagccggagcccatggccatgagtgctgggcgggtgacctctggcatcggcatgcgcccacgttaccttgagcggtccgagggtgcgctcggcccgcccgtgcccac > 2:1041838‑M1/1‑9 (MQ=255) ccccGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAGCGCATGCGGGATTTCCCGCaa < 2:545686/100‑1 (MQ=255) ccccGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAGCGCATGCGGGATTTCCCGCaa > 1:545686/1‑100 (MQ=255) cccGGCCTGCGCAACCTGCGCGggccggggtgcatgcgcaaaagccggagcccatggccatgagtgctgggcgg < 2:590139‑M2/74‑53 (MQ=255) cccGGCCTGCGCAACCTGCGCGggccggggtgcatgcgcaaaagccggagcccatggccatgagtgctgggcgg > 1:590139‑M2/1‑22 (MQ=255) ccGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAGCGCATGCGGGATTTCCCGCAAGGCATGCACCTGCACGGCGTAGAACTGCGCTTCCATGGCCTGCAACCGCAcc < 2:1263891/150‑1 (MQ=255) gCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAGCGCATGCGGGATTTCCCGCAAGGCATGCACCTGCACGGCGTAGAACTGCGCTTCCATGGCCTGCAACCGCACCAAc < 2:1233918/150‑1 (MQ=255) | ATGCGCAGCGATTGTCGGCGACGTGGGCACGGGCGGGCCGAGCGCACCCTCGGACCGCTCAAGGTAACGTGGGCGCATGCCGATGCCAGAGGTCACCCGCCCAGCACTCATGGCCATGGGCTCCGGCTTTTGCGCATGCACCCCGGCCTGCGCAACCTGCGCGGGCAGGTCGCTGGCCTGCTCCAGCACCTTGGCCAGCCTGGCATCGAGCTGCATCAGCGCATGCGGGATTTCCCGCAAGGCATGCACCTGCACGGCGTAGAACTGCGCTTCCATGGCCTGCAACCGCACCAAC > NC_002947/4560669‑4560963 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |