New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5477496 | 44 (0.900) | 4 (0.080) | 4/240 | NT | 8.9% | coding (345/594 nt) | PP_4814 | ATP‑dependent protease La domain‑containing protein |
? | NC_002947 | = 5477510 | 40 (0.850) | coding (331/594 nt) | PP_4814 | ATP‑dependent protease La domain‑containing protein |
ATGAACGGCAACAGGTACGCCAGCTGATTGGCCAGCGCCTGACGCCCGTCCACCGGCCGCGGCATGCCCAGCGCTTCGACCATGGGGTGCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCTGGCCCACCAGCAACTGGTCCTTCTGCACCTCGGAGCTTTCCAGATTGAAGCGCCGCACGCCCTCGACGCGGATACCCAGCAAGCCGTTATCCTGCTGCACGAAGTCGCGGATCACCGCT > NC_002947/5477350‑5477643 | aTGAACGGCAACAGGTACGCCAGCTGATTGGCCAGCGCCTGACGCCCGTCCACCGGCCGCGGCATGCCCAGCGCTTCGACCATGGGGTGCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCg > 2:872947/1‑150 (MQ=255) tGAACGGCAACAGGTACGCCAGCTGATTGGCCAGCGCCTGACGCCCGTCCACCGGCCGCGGCATGCCCAGCGCTTCGACCATGGGGTGCTCACCCAGGGCCNCNANCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGAGCTGTCgg < 1:709925/150‑1 (MQ=255) tGAACGGCAACAGGTACGCCAGCTGATTGGCCAGCGCCTGACGCCCGTCCACCGGCCGCGGCATGCCCAGCGCTTCGACCATGGGGTGCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCgg > 1:26700/1‑150 (MQ=255) ggCAACAGGTACGCCAGCTGATTGGCCAGCGCCTGACGCCCGTCCACCGGCCGCGGCATGCCCAGCGCTTCGACCATGGGGTGCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGc < 1:6123/150‑1 (MQ=255) gttgctggTACGCCAGCTGATTGGCCAGCGCCTGACGCCCGTCCACCGGCCGCGGCATGCCCAGCGCTTCGACCATGGGGTGCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCt > 2:1081118/7‑150 (MQ=255) aaCAGGTACGCCAGCTGATTGGCCAGCGCCTGACGCCCGTCCACCGGCCGCGGCATGCCCAGCGCTTCGACCATGGGGTGCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑Ct > 1:1167309/1‑145 (MQ=255) aaCAGGTACGCCAGCTGATTGGCCAGCGCCTGACGCCCGTCCACCGGCCGCGGCATGCCCAGCGCTTCGACCATGGGGTGCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑Ct < 2:1167309/145‑1 (MQ=255) aaCAGGTACGCCAGCTGATTGGCCAGCGCCTGACGCCCGTCCACCGGCCGCGGCATGCCCAGCGCTTCGACCATGGGGTGCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTcc > 1:1234668/1‑150 (MQ=255) cAGGTACGCCAGCTGATTGGCCAGCGCCTGACGCCCGTCCACCGGCCGCGGCATGCCCAGCGCTTCGACCATGGGGTGCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCgg > 2:1151632/1‑150 (MQ=255) ggTACGCCAGCTGATTGGCCAGCGCCTGACGCCCGTCCACCGGCCGCGGCATGCCCAGCGCTTCGACCATGGGGTGCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGca > 2:547652‑M2/1‑148 (MQ=255) gTACGCCAGCTGATTGGCCAGCGCCTGACGCCCGTCCACCGGCCGCGGCATGCCCAGCGCTTCGACCATGGGGTGCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGcag < 1:735845‑M2/150‑4 (MQ=255) ccAGCTGATTGGCCAGCGCCTGACGCCCGTCCACCGGCCGCGGCATGCCCAGCGCTTCGACCATGGGGTGCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCAtt > 1:1230049/1‑150 (MQ=255) gATTGGCCAGCGCCTGACGCCCGTCCACCGGCCGCGGCATGCCCAGCGCTTCGACCATGGGGTGCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCgg < 2:77217/136‑1 (MQ=255) gATTGGCCAGCGCCTGACGCCCGTCCACCGGCCGCGGCATGCCCAGCGCTTCGACCATGGGGTGCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCgg > 1:77217/1‑136 (MQ=255) gATTGGCCAGCGCCTGACGCCCGTCCACCGGCCGCGGCATGCCCAGCGCTTCGACCATGGGGTGCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCt > 2:176098/1‑150 (MQ=255) ccAGCGCCTGACGCCCGTCCACCGGCCGCGGCATGCCCAGCGCTTCGACCATGGGGTGCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTACGGCAGCCATTGCACCTGGCcca < 1:693073/150‑1 (MQ=255) aGCGCCTGACGCCCGTCCACCGGCCGCGGCATGCCCAGCGCTTCGACCATGGGGTGCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCTGGCccacc > 2:793203/1‑150 (MQ=255) aGCGCCTGACGCCCGTCCACCGGCCGCGGCATGCCCAGCGCTTCGACCATGGGGTGCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCTGGCccacc > 1:918408/1‑150 (MQ=255) tGACGCCCGTCCACCGGCCGCGGCATGCCCAGCGCTTCGACCATGGGGTGCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCTGGCCCACCAGCAAc < 1:1081118/150‑1 (MQ=255) gCCCGTCCACCGGCCGCGGCATGCCCAGCGCTTCGACCATGGGGTGCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCTGGCCCACCAGCAACTGGt < 1:1151632/150‑1 (MQ=255) cccGTCCACCGGCCGCGGCATGCCCAGCGCTTCGACCATGGGGTGCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCTGGCCCACCAGCAACTGGTc < 2:126810/150‑1 (MQ=255) ccGTCCACCGGCCGCGGCATGCCCAGCGCTTCGACCATGGGGTGCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCTGGCCCACCAGCAACTGGTcc > 1:179077/1‑150 (MQ=255) ccGTCCACCGGCCGCGGCATGCCCAGCGCTTCGACCATGGGGTGCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCTGGCCCACCAGCAACTGGTcc < 2:763053/150‑1 (MQ=255) cACCGGCCGCGGCATGCCCAGCGCTTCGACCATGGGGTGCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCTGGCCCACCAGCAACTGGTCCTTCTg < 1:176098/150‑1 (MQ=255) cACCGGCCGCGGCATGCCCAGCGCTTCGACCATGGGGTGCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGCCGGAGCAGG‑CCGAcagcccgttgctggaggccgat > 1:562199‑M2/1‑111 (MQ=255) cACCGGCCGCGGCATGCCCAGCGCTTCGACCATGGGGTGCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGCCGGAGCAGG‑CCGAcagcccgttgctggaggccgat < 2:562199‑M2/133‑23 (MQ=255) ccGGCAGCGGCATGCCCAGCGCTTCGACCATGGGGTGCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCTGGCCCACCAGCAACTGGTCCTTCTGCa < 2:527123/150‑1 (MQ=255) cgcgGCATGCCCAGCGCTTCGACCATGGGGTGCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCTGGCCCACCAGCAACTGGTCCTTCTGCACCTCg < 2:26700/150‑1 (MQ=255) cgGCATTCCCAGGGCTTCGACCATGGGGTGCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCTGGCCCACCAGCAACTGGTCCTTCTGCACCTCGGa < 2:556478/150‑1 (MQ=255) cgGCATGCCCAGCGCTTCGACCATGGGGTGCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGTAGCCATTGCACCTGGCCCACCAGCAACTGGTCCTTCTGCACCTCGGa < 1:872947/150‑1 (MQ=255) gCATGCCCAGCGCTTCGACCATGGGGTGCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCTGGCCCACCAGCAACTGGTCCTTCTGCACCTCGGAGc > 2:52388/1‑150 (MQ=255) aGCGCTTCGACCATGGGGTGCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCATCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCTGGCCCACCAGCAACTGGTCCTTCTGCACCTCGGAGCTTTCCAGa < 2:1003176/150‑1 (MQ=255) cgcTTCGACCATGGGGTGCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCTGGCCCACCAGCAACTGGTCCTTCTGCACCTCGGAGCTTTCCAGAtt < 1:52388/150‑1 (MQ=255) cATGGGGTGCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCTGGCCCACCAGCAACTGGTCCTTCTGCACCTCGGAGCTTTCCAGATTGAAGcgccg < 2:1234668/150‑1 (MQ=255) ggggTGCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCTGGCCCACCAGCAACTCCTCCTTCTGCACCTCGGAGCTTTCCAGATTGAAGCGCCGCAc > 2:611798/1‑150 (MQ=255) ggCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCTGGCCCACCAGCAACTGGTCCTTCTGCACCTCGGAGCTTTCCAGATTGAAGCGCCGCACGccc < 1:1113732/149‑1 (MQ=255) cAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCTGGCCCACCAGCAACTGGTCCTTCTGCACCTCGGAGCTTTCCAGATTGAAGCGCCGCACGCCCTCGAcgcg < 2:200040/150‑1 (MQ=255) cAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCTGGCCCACCAGCAACTGGTCCTTCTGCACCTCGGAGCTTTCCAGATTGAAGCGCCGCACGCCCTCGAcgcg > 1:1087969/1‑150 (MQ=255) aGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCTGGCCCACCAGCAACTGGTCCTTCTGCACCTCGGAGCTTTCCAGATTGAAGCGCCGCACGCCCTCGACGCgg > 2:751413/1‑150 (MQ=255) ccaGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCTGGCCCACCAGCAACTGGTCCTTCTGCACCTCGGAGCTTTCCAGATTGAAGCGCCGCACGCCCTCGACGCGGATACCCa > 1:704130/1‑150 (MQ=255) gcagcGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCTGGCCCCCCAGCAACTGGTCCTTCTGCACCTCGGAGCTTTCCAGATTGAAg < 1:886913/119‑1 (MQ=255) gcagcGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCTGGCCCACCAGCAACTGGTCCTTCTGCACCTCGGAGCTTTCCAGATTGAAg > 2:886913/1‑119 (MQ=255) gcagcGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCTGGCCCACCAGCAACTGGTCCTTCTGCACCTCGGAGCTTTCCAGATTGAAGCGCCGCACGCCCTCGACGCGGATACCCAGCa < 2:918408/150‑1 (MQ=255) cAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCTGGCCCACCAGCAACTGGTCCTTCTGCACCTCGGAGCTTTCCAGATTGAAGCGCCGCACGCCCTCGACGCGGATACCCAGCAAGCCGtt < 2:549180/150‑1 (MQ=255) gtcgtcATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGccggagcaggccgacag > 2:1222531‑M1/1‑28 (MQ=255) gtcgtcATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGccggagcaggccgacag < 1:1222531‑M1/45‑18 (MQ=255) cgtcATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCTGGCCCACCAGCAACTGGTCCTTCTGCACCTCGGAGCTTTCCAGATTGAAGCGCCGCACGCCCTCGACGCGGATACCCAGCAAGCCGTTATCctgct > 1:355767/1‑150 (MQ=255) aTCGGCCTCCAGCAACGGGCTGtcggcctgctccggcagcccgttgctggaggccgatgacgacctattggcgctgctggtggccctgggtgagcaccccatggtcgaagcgctgggcatgccgcggccggtg < 2:562199‑M1/133‑112 (MQ=255) aTCGGCCTCCAGCAACGGGCTGtcggcctgctccggcagcccgttgctggaggccgatgacgacctattggcgctgctggtggccctgggtgagcaccccatggtcgaagcgctgggcatgccgcggccggtg > 1:562199‑M1/1‑22 (MQ=255) aTCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCTGGCCCACCAGCAACTGGTCCTTCTGCACCTCGGAGCTTTCCAGATTGAAGCGCCGCACGCCCTCGACGCGGATACCCAGCAAGCCGTTATCCTGCTGCAc > 2:883630/1‑150 (MQ=255) ccAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCTGGCCCACCAGCAACTGGTCCTTCTGCACCTCGGAGCTTTCCAGATTGAAGCGCCGCACGCCCTCGACGCGGATACCCAGCAAGCCGTTATCCTGCTGCACGAAGTcgc < 1:751413/150‑1 (MQ=255) ccAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCTGGCCCACCAGCAACTGGTCCTTCTGCACCTCGGAGCTTTCCAGATTGAAGCGCCGCACGCCCTCGACGCGGATACCCAGCAAGCCGTTATCCTGCTGCACGAAGTcgc < 2:1230049/150‑1 (MQ=255) cAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCTGGCCCACCAGCAACTGGTCCTTCTGCACCTCGGAGCTTTCCAGATTGAAGCGCCGCACGCCCTCGACGCGGATACCCAGCAAGCCGTTATcc < 1:777978/133‑1 (MQ=255) cAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCTGGCCCACCAGCAACTGGTCCTTCTGCACCTCGGAGCTTTCCAGATTGAAGCGCCGCACGCCCTCGACGCGGATACCCAGCAAGCCGTTATcc > 2:777978/1‑133 (MQ=255) cAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCTGGCCCACCAGCAACTGGTCCTTCTGCACCTCGGAGCTTTCCAGATTGAAGCGCCGCACGCCCTCGACGCGGATACCCAGCAAGCCGTTATCCTGCTGCACGAAGTcgcg > 2:589699/1‑150 (MQ=255) cTGccggagcaggccgacagcccgttgctggaggccgatgacgacctattggcgctgctggtggccctgggtgagcaccccatggtcgaagcgctgggcatgccgcggccggtggacgggcgtcaggcgctggccaatcagctggcgtac < 1:735845‑M1/150‑148 (MQ=255) cTGTCGGC‑CTGCTCCGGcagcccgttgctggaggccgatgacgac < 1:1222531‑M2/45‑29 (MQ=255) cTGTCGGC‑CTGCTCCGGcagcccgttgctggaggccgatgacgac > 2:1222531‑M2/1‑17 (MQ=255) tGccggagcaggccgacagcccgttgctggaggccgatgacgacctattggcgctgctggtggccctgggtgagcaccccatggtcgaagcgctgggcatgccgcggccggtggacgggcgtcaggcgctggccaatcagctggcgtacc > 2:547652‑M1/1‑2 (MQ=255) tGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCTGGCCCACCAGCAACTGGTCCTTCTGCACCTCGGAGCTTTCCAGATTGAAGcgccgc > 2:770440/1‑86 (MQ=255) tGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCTGGCCCACCAGCAACTGGTCCTTCTGCACCTCGGAGCTTTCCAGATTGAAGcgccgc < 1:770440/86‑1 (MQ=255) | ATGAACGGCAACAGGTACGCCAGCTGATTGGCCAGCGCCTGACGCCCGTCCACCGGCCGCGGCATGCCCAGCGCTTCGACCATGGGGTGCTCACCCAGGGCCACCAGCAGCGCCAATAGGTCGTCATCGGCCTCCAGCAACGGGCTGTCGGC‑CTGCTCCGGCAGCCATTGCACCTGGCCCACCAGCAACTGGTCCTTCTGCACCTCGGAGCTTTCCAGATTGAAGCGCCGCACGCCCTCGACGCGGATACCCAGCAAGCCGTTATCCTGCTGCACGAAGTCGCGGATCACCGCT > NC_002947/5477350‑5477643 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |