New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5899429 = | 48 (0.980) | 5 (0.110) | 4/236 | NT | 10.8% | coding (1515/3054 nt) | PP_5173 | RND family transporter |
? | NC_002947 | 5899449 = | 37 (0.800) | coding (1495/3054 nt) | PP_5173 | RND family transporter |
GCGGTCCGAGGACGGGAAGAACTGGTTCTGCACAAAACGCATGCAGAAGATCGCCAGGGCGAACAGCACCACGGTGCCGATGATGGTCAACCAGCGGTTGCGCATGCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGAGAATATGCACGCCAAGCACCGGCGCGAAGAACACAGCCACCACCCACGACACGATCAGGGCCACGGCAATCACCGCGAACAGGGTGAAGGTGTATTCACCCGCAGAAC > NC_002947/5899282‑5899574 | gCGGTCCGAGGACGGGAAGAACTGGTTCTGCACAAAACGCATGCAGAAGATCGCCAGGGCGAACAGCACCACGGTGCCGATGATGGTCAACCAGCGGTTGCGCATGCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAgg > 1:901354/1‑150 (MQ=255) ctatcggcctcaacgccagttctgcgggtgaatacaccttcaccctgttcgcggtgattgccgtggccctgatcgtgtcgtgggtggtggctgtgttcttcgcgccggtgcttggcgtgcatattctcaaaggcgacaagctcaAGGCTc < 1:413788‑M1/6‑1 (MQ=255) tatcggcctcaacgccaggtctccgggtgaatccaccttcaccctgttcgcggtgattgccgtggccctgatcgtgtcgtgggtggtggctgtgttcttcgcgccggtgcttggcgtgcatattctcaaaggcgacaagctcaAGGCTCa > 2:612609‑M1/144‑150 (MQ=255) cGAGGACGGGAAGAACTGGTTCTGCACAAAACGCATGCAGAAGATCGCCAGGGCGAACAGCACCACGGTGCCGATGATGGTCAACCAGCGGTTGCGCATGCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑Gc > 1:1023036/1‑150 (MQ=255) cGAGGACGGGAAGAACTGGTTCTGCACAAAACGCATGCAGAAGATCGCCAGGGCGAACAGCACCACGGTGCCGATGATGGTCAACCAGCGGTTGCGCATGCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑Gc > 1:1022689/1‑150 (MQ=255) cGAGGACGGGAAGAACTGGTTCTGCACAAAACGCATGCAGAAGATCGCCAGGGCGAACAGCACCACGGTGCCGATGATGGTCAACCAGCGGTTGCGCATGCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑Gc < 2:492145/150‑1 (MQ=255) aCGGGAAGAACTGGTTCTGCACAAAACGCATGCAGAAGATCGCCAGGGCGAACAGCACCACGGTGCCGATGATGGTCAACCAGCGGTTGCGCATGCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGt < 2:980858/150‑1 (MQ=255) cGGGAAGAACTGGTTCTGCACAAAACGCATGCAGAAGATCGCCAGGGCGAACAGCACCACGGTGCCGATGATGGTCAACCAGCGGTTGCGCATGCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTg > 1:227470/1‑150 (MQ=255) gaagaaCTGGTTCTGCACAAAACGCATGCAGAAGATCGCCAGGGCGAACAGCACCACGGTGCCGATGATGGTCAACCAGCGGTTGCGCATGCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGa > 2:562813/1‑148 (MQ=255) gaagaaCTGGTTCTGCACAAAACGCATGCAGAAGATCGCCAGGGCGAACAGCACCACGGTGCCGATGATGGTCAACCAGCGGTTGCGCATGCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGa < 1:562813/148‑1 (MQ=255) gaagaaCTGGTTCTGCACAAAACGCATGCAGAAGATCGCCAGGGCGAACAGCACCACGGTGCCGATGATGGTCAACCAGCGGTTGCGCATGCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGc < 2:976096/150‑1 (MQ=255) agaaCTTGGTCTGCACAAAACGCATGCAGAAGATCGCCAGGGCGAACAGCACCACGGTGCCGATGATGGTCAACCAGCGGTTGCGCATGCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCt < 2:1103357/150‑1 (MQ=255) tgttctgcgggtgaatacaccttcaccctgttcgccgtgattgccgtggccctgatcgtgtcgtgggtggtggctgtgttcttcgcgccggtgcttggcgtgcatattctcaaaggcgacaagctcaAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGa > 2:685795‑M1/128‑150 (MQ=255) tGGTTCTGCACAAAACGCATGCAGAAGATCGCCAGGGCGAACAGCACCACGGTGCCGATGATGGTCAACCAGCGGTTGCGCATGCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGc < 1:189151/150‑1 (MQ=255) atcagcgggtgaatacaccttcaccctgttcgcggtgattgccgtggccctgatcgtgtcgtgggtggtggctgtgttcttcgcgccggtgcttggcgtgcatattctccaaggcgacaagctcaAGGCTGG‑GCCTCGTGAGCCTTGaga < 1:685795‑M1/25‑2 (MQ=255) tCTGCACAAAACGCATGCAGAAGATCGCCAGGGCGAACAGCACCACGGTGCCGATGATGGTCAACCAGCGGTTGCGCATGCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGGCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGt > 1:596918/1‑150 (MQ=255) acaAAACGCATGCAGAAGATCGCCAGGGCGAACAGCACCACGGTGCCGATGATGGTCAACCAGCGGTTGCGCATGCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCt > 2:1171165/1‑150 (MQ=255) acaAAACGCATGCAGAAGATCGCCAGGGCGAACAGCACCACGGTGCCGATGATGGTCAACCAGCGGTTGCGCATGCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCt > 1:722684/1‑150 (MQ=255) caAAACGCATGCAGAAGATCGCCAGGGCGAACAGCACCACGGTGCCGATGATGGTCAACCAGCGGTTGCGCATGCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCtt < 2:773735/150‑1 (MQ=255) aaaaCGCATGCAGAAGATCGCCAGGGCGAACAGCACCACGGTGCCGAAGATGGCCAACCAGCGGTAGCGCATGCACCACAGCAACCCGCCTTCAAGTGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCttt > 2:186609/1‑150 (MQ=255) cATGCAGAAGATCGCCAGGGCGAACAGCACCACGGTGCCGATGATGGTCAACCAGCGGTTGCGCATGCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGAGAat < 2:1023036/150‑1 (MQ=255) cATGCAGAAGATCGCCAGGGCGAACAGCACCACGGTGCCGATGATGGTCAACCAGCGGTTGCGCATGCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGAGAat < 2:1022689/150‑1 (MQ=255) tGCAGAAGATCGCCAGGGCGAACAGCACCACGGTGCCGATGATGGTCAACCATCGGTTGCGCATGCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGAGAatat < 2:1201934/150‑1 (MQ=255) cGAACAGCACCACGGTGCCGATGATGGTCAACCAGCGGTTGCGCATGCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGAGAatat < 1:376760/132‑1 (MQ=255) cGAACAGCACCACGGTGCCGATGATGGTCAACCAGCGGTTGCGCATGCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGAGAatat > 2:376760/1‑132 (MQ=255) caccacGGTGCCAATGATGGTCAACCAGCGGTTGCGCATGCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGAGAATATGCACGCCAAGCACCGGCGCgaagaa < 1:142371/150‑1 (MQ=255) ccacGGTGCCGATGATGGTCAACCAGCGGTTGCGCATGCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGAGAATATGCACGCCAAGCACCGGCGCGAAGAaca < 1:1278769/150‑1 (MQ=255) gTGCCGATGATGGTCAACCAGCGGTTGCGCATGCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGAGAATATGCACGCCAAGCACCGGCGCGAAGAACACAGcc > 2:1187107/1‑150 (MQ=255) atgGTCAACCAGCGGTTGCGCATGCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGAGAATATGCACGCCAAGCACCGGCGCGAAGAACACAGCCAccacccac < 1:1171165/150‑1 (MQ=255) gTCAACCAGCGGTTGCGCATGCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGAGAata > 1:199596/1‑105 (MQ=255) gTCAACCAGCGGTTGCGCATGCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGAGAata < 2:199596/105‑1 (MQ=255) gTCAACCAGCGGTTGCGCATGCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGAGAATATGCACGCCAAGCACCGGCGCGAAGAACACAGCCACCACCcacgac > 1:728087/1‑150 (MQ=255) tCAACCAGCGGTTGCGCATGCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGAGAATATGCACGCCAAGCACCGGCGCGAAGAACACAGCCACCACCcacgaca > 2:1218943/1‑150 (MQ=255) aaCCAGCGGTTGCGCATGCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTc > 1:549305/1‑71 (MQ=255) aaCCAGCGGTTGCGCATGCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTc < 2:549305/71‑1 (MQ=255) cGGTTGCGCATGCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGAGAATATGCACGCCAAGCACCGGCGCGAAGAACACAGCCACCACCCACGACACGATCAgg < 2:227470/150‑1 (MQ=255) gcATGCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGAGAATATGCACGCCAAGCACCGGCGCGAAGAACACAGCCACCACCCACGACACGATCAGGGCCACgg < 2:855008/150‑1 (MQ=255) tGCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGAGAATATGCACGCCAAGCACCGGCGCGAAGAACACAGCCACCACCCACGACACGATCAGGGCCACGGCaa < 2:728087/150‑1 (MQ=255) gCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGAGAATATGCACGCCAAGCACCGGCGCGAAGAACACAGCCACCACCCACGACACGATCa > 2:510535/1‑137 (MQ=255) gCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGAGAATATGCACGCCAAGCACCGGCGCGAAGAACACAGCCACCACCCACGACACGATCa < 1:510535/137‑1 (MQ=255) accacAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGAGAATATGCACGCCAAGCACCGGCGCGAAGAACACAGCCACCACCCACGACACGATCAGGGCCACGGCAATCa > 1:341742/1‑150 (MQ=255) caGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGAGAATATGCACGCCAAGCACCGGCGCGAAGAACACAGCCACCACCCACGACACGATCAGGGCCACGGCAATCACcgc < 2:722684/150‑1 (MQ=255) ccGCCTTCACATGCCCGCACGACCCGCCCATGCTCA‑GCCGCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGACAACATGCATCCCACCCACCGGCGCGCATTACCCAGCCACCACCCCCGACACGATCATGGCCACGGCAATCACCGCGAACacg < 2:596918/150‑3 (MQ=255) ccGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGAGAATATGCACGCCAAGCACCGGCGCGAAGAACACAGCCACCACCCACGACACGATCAgg > 2:369768/1‑126 (MQ=255) ccGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGAGAATATGCACGCCAAGCACCGGCGCGAAGAACACAGCCACCACCCACGACACGATCAgc < 1:369768/126‑2 (MQ=255) gtgcatattctcaaaggcgacaagctcaAGGCTCACGAGGC‑TGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGAGAATATGCACGCCAAGCACCGGCGCGAAGAACACAGCCACCACCCACGACACGATCAGGGCCACGGCAATCACCGCGAACAggg < 2:706653‑M1/122‑1 (MQ=255) cGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGAGAATATGCACGCCAAGCACCGGCGCGAAGAACACAGCCACCACCCACGACACGATCAGGGCCACGGCAATCACCGCGAACAggg > 2:84084/1‑150 (MQ=255) cGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGAGAATATGCACGCCAAGCACCGGCGCGAAGAACACAGCCACCACCCACGACACGATCAGGGCCACGGCAATCACCGCGAACAggg > 2:1074631/1‑150 (MQ=255) aaTGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGAGAATATGCACGCCAAGCACCGGCGCGAAGAACACAGCCACCACCCACGACACGATCAGGGCCACGGCAATCACCGCGAACAGGGTGAAGgtg > 2:794390/1‑150 (MQ=255) aaTGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGAGAATATGCACGCCAAGCACCGGCGCGAAGAACACAGCCACCACCCACGAAACGGACAAAGCCACGGCAATCACCGCGAACAGGGTGAAGgtg > 2:426601/1‑150 (MQ=255) aTGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGAGAATATGCACGCCAAGCACCGGCGCGAAGAACACAGCCACCACCCACGACACGATCCGTGCCACGGCAATCACCGCGAACAGGGTGAAGgtgt < 1:426601/150‑1 (MQ=255) tcaaaggcgacaagctcaAGGCTCACGAGGC‑TGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGAGAATATGCACGCCAAGCACCGGCGCGAAGAACACAGCCAccacccac > 1:951226‑M1/19‑103 (MQ=255) tcaaaggcgacaagctcaAGGCTCACGAGGC‑TGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGAGAATATGCACGCCAAGCACCGGCGCGAAGAACACAGCCAccacccac < 2:951226‑M1/85‑1 (MQ=255) cccgcccgACCCGTCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGAGAATATGCACGCCAAGCACCGGCGCGAAGAACACAGCCACCACCCACGACACGATCAGGGCCACGGCAATCACCGCGAACAGGGTGAAGGTGTAtt > 1:328171/1‑150 (MQ=255) ccgcccgACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGAGAATATGCACGCCAAGCACCGGCGCGAAGAACACAGCCACCACCCACGACACGATCAGGGCCACGGCAATCACCGCGAACAGGGTGAAGGTGTATTc > 2:413788/1‑150 (MQ=255) ccGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGAGAATATGCACGCCAAGCACCGGCGCGAAGAACACAGCCACCACCCACGACACGATCAGGGCCACGGCACTCACCGCGCACAGGGTGAAGGTGTATTCACCCGCAgc > 2:176033/1‑149 (MQ=255) ggCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGAGAATATGCACGCCAAGCACCGGCGCGAAGAACACAGCCACCACCCACGACACGATCAGGGCCTCGGCAATCACCGCGAACAGGGTGAAGGTGTATTCACCCGCAGAAc > 2:1137667/1‑150 (MQ=255) | GCGGTCCGAGGACGGGAAGAACTGGTTCTGCACAAAACGCATGCAGAAGATCGCCAGGGCGAACAGCACCACGGTGCCGATGATGGTCAACCAGCGGTTGCGCATGCACCACAGCAACCCGCCTTCAAATGCCCGCCCGACCCGGCCAGGCTCA‑GCCTCGTGAGCCTTGAGCTTGTCGCCTTTGAGAATATGCACGCCAAGCACCGGCGCGAAGAACACAGCCACCACCCACGACACGATCAGGGCCACGGCAATCACCGCGAACAGGGTGAAGGTGTATTCACCCGCAGAAC > NC_002947/5899282‑5899574 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |