New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2871070 | 53 (0.890) | 5 (0.090) | 5/226 | NT | 9.4% | intergenic (+334/‑196) | PP_2522/PP_2524 | transposase/HD domain‑containing protein |
? | NC_002947 | = 2871087 | 47 (0.830) | intergenic (+351/‑179) | PP_2522/PP_2524 | transposase/HD domain‑containing protein |
AGCGAACTCAGGGGCAATCAGGCGTCGCCTTGGCGGGTCAGAACGCGTATACCAACGTGGCCGTGGCGCTGCGTGGGCTGCCATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTCCTGCCAGTGCTGTACAGGCGTTGAAACCGACATGCAGGCTCTCTGTACTTGCCCAGGCAGTGTCCGGA > NC_002947/2870924‑2871218 | aGCGAACTCAGGGGCAATCAGGCGTCGCCTTGGCGGGTCAGAACGCGTATACCAACGTGGCCGTGGCGCTGCGTGGGCTGCCATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCg > 2:486683/1‑150 (MQ=255) gCGAACTCAGGGGCAATCAGGCGTCGCCTTGGCGGGTCAGAACGCGTATACCAACGTGGCCGTGGCGCTGCGTGGGCTGCCATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCgg < 1:486683/150‑1 (MQ=255) cGAACTCAGGGGCAATCAGGCGTCGCCTTGGCGGGTCAGAACGCGTATACCAACGTGGCCGTGGCGCTGCGTGGGCTGCCATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGt < 1:910928/150‑1 (MQ=255) aCTCAGGGGCAATCAGGCGTCGCCTTGGCGGGTCAGAACGCGTATACCAACGTGGCCGTGGCGCTGCGTGGGCTGCCATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGAt < 2:172479/150‑1 (MQ=255) cTCAGGGGCAATCAGGCGTCGCCTTGGCGGGTCAGAACGCGTATACCAACGTGGCCGTGGCGCTGCGTGGGCTGCCATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATg < 1:906700/150‑1 (MQ=255) gggCAATCAGGCGTCGCCTTGGCGGGTCAGAACGCGTATACCAACGTGGCCGTGGCGCTGCGTGGGCTGCCATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCa > 1:597090/1‑150 (MQ=255) ggCAATCAGGCGTCGCCTTGGCGGGTCAGAACGCGTATACCAACGTGGCCGTGGTGCTGCGTGGGCTGCCATACCAGCGGGTATCAGGAGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCAc > 2:462891/1‑150 (MQ=255) ggCAATCAGGCGTCGCCTTGGCGGGTCAGAACGCGTATACCAACGTGGCCGTGGTGCTGCGTGGGATGCCATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTCCTTTCAGCAAGCTGCTGTCGGTGATGtctccc > 2:462821/1‑148 (MQ=255) ggCGTCGCCTTGGCGGGTCAGAACGCGTATACCAACGTGGCCGTGGCGCTGCGTGGGCTGCCATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGgggtgagacatcaccgacagcac < 2:874780‑M1/150‑24 (MQ=255) gTCGCCGTGGCGGGTCAGAACGCGTATAACAACTTGGCCGTGGCGCGGCGTGGGCTGCTATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGACCATTTTCTGATATCTGGCACCTGCTGTCAGCACGGTGCTCTCGGCGCTATTTCACCACAGCAccac > 1:442154/1‑148 (MQ=255) gCCTTGGCGGGTCAGAACGCGTATACCAACGTGGCCGTGGCGCTGCGTGGGCTGCCATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATa > 2:209033/1‑150 (MQ=255) cTTGGCGGGTCAGAACGCGTATACCAACGTGGCCGTGGCGCTGCGTGGGCTGCCATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAgg < 1:1100324/150‑1 (MQ=255) cAGAACGCGTATACCAACGTGGCCGTGGCGCTGCGTGGGCTGCCATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCAGTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACAt < 2:442154/150‑1 (MQ=255) aGAACGCGTATACCAACGTGGCCGTGGCGCTGCGTGGGCTGCCATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATg > 2:981788/1‑150 (MQ=255) aaCGCGTATACCAACGTGGCCGTGGCGCTGCGTGGGCTGCCATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCgg < 2:487292/110‑1 (MQ=255) aaCGCGTATACCAACGTGGCCGTGGCGCTGCGTGGGCTGCCATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCgg > 1:487292/1‑110 (MQ=255) tataCCAACGTGGCCGTGGCGCTGCGTGGGCTGCCATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCa < 1:1062500/150‑1 (MQ=255) taCCAACGTGGCCGTGGCGCTGCGTGGGCTGCCATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGt > 2:648632/1‑150 (MQ=255) cAACGTGGCCGTGGCGCTGCGTGGGCTGCCATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCa > 1:1465078/1‑109 (MQ=255) cAACGTGGCCGTGGCGCTGCGTGGGCTGCCATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCa < 2:1465078/109‑1 (MQ=255) cgtggccgtggcGCTGCGTGGGCTGCCATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGTCAATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATTTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATc < 1:255167/150‑1 (MQ=255) gccgtggcGCTGCGTGGGCTGCCATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATa < 1:893460/117‑1 (MQ=255) gccgtggcGCTGCGTGGGCTGCCATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATa > 2:893460/1‑117 (MQ=255) ggCTGCCATACCAGCGGGTATCCGGCGCTGTCACCTTTATGATAGCGAACACGTGCGGGCAGCAAGGTGCTCAGGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGgctgc < 1:1600164/150‑1 (MQ=255) gCTGCCATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGgctgct > 2:1342137/1‑150 (MQ=255) tGCCATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCAc < 1:896780/84‑1 (MQ=255) tGCCATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCAc > 2:896780/1‑84 (MQ=255) tGCCATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTcc > 1:1130521/1‑150 (MQ=255) ccATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCtt < 2:189549/113‑1 (MQ=255) ccATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCtt > 1:189549/1‑113 (MQ=255) cATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGcaca < 1:1636874/135‑1 (MQ=255) cATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGcaca > 2:1636874/1‑135 (MQ=255) ccAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGgggtgagacatcaccgacag < 1:1054372‑M1/82‑21 (MQ=255) ccAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGgggtgagacatcaccgacag > 2:1054372‑M1/1‑62 (MQ=255) aGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCa > 1:1326715/1‑87 (MQ=255) aGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCa < 2:1326715/87‑1 (MQ=255) aGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGa > 2:61083/1‑98 (MQ=255) aGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGa < 1:61083/98‑1 (MQ=255) gCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGgggtgagacatcaccgacagcaccttg < 1:955426‑M1/86‑28 (MQ=255) gCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGgggtgagacatcaccgacagcaccttg > 2:955426‑M1/1‑59 (MQ=255) ggTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTCCTGCCAGTGCTGTa < 1:105833/150‑1 (MQ=255) aTCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTCCTGCCAGTGCTGTACAg < 1:981788/150‑1 (MQ=255) ccGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTCCTGCCAGTGCTGTACAGGc < 1:1342137/150‑1 (MQ=255) cGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTCCTGCCAGTGCTGTACAGGCg > 2:196440/1‑150 (MQ=255) ggCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACAGAAGGCGGGTGCTGCCAGTGCTGTACAGGCGt > 1:520673/1‑150 (MQ=255) tCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCACCGGCCAGCGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTCCTGCCAGTGCTGTACAGGCGTTGAAAcc < 2:1290913/150‑1 (MQ=255) ttttCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTCCTGCCAGTGCTGTACAGGCGTTGAAACCGACa > 1:1046036/1‑150 (MQ=255) ttttCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTCCTGCCAGTGCTGTACAGGCGTTGAAACCGACa < 1:648632/150‑1 (MQ=255) ttCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTCCTGCCAGTGCTGTACAGGCGTTGAAACCGACATg < 2:354821/150‑1 (MQ=255) tGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTCCTGCCAGTGCTGTACAGGCGTTGAAACCGACATGCAg > 2:1525015/1‑150 (MQ=255) tGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTCCTGCCAGTGCTGTACAGGCGTTGAAACCGACATGCAg > 2:1204322/1‑150 (MQ=255) tGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTCCTGCCAGTGCTGTACAGGCGTTGAAACCGACATGCAg < 1:1525015/150‑1 (MQ=255) tatCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTCCTGCCAGTGCTGTACAGGCGTTGAAACCGACATGCAGGct > 1:321197/1‑150 (MQ=255) tctcGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTc > 2:1511432/1‑108 (MQ=255) tctcGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTc < 1:1511432/108‑1 (MQ=255) tctcGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTCCTGCCAGTGCTGTACAGGCGTTGAAACCGACATGCAGGctct < 1:209033/150‑1 (MQ=255) tcGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTg < 2:1062622/73‑1 (MQ=255) tcGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTg > 1:1062622/1‑73 (MQ=255) ccTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTCCTGCCAGTGCTGTACAGGCGTTGAAACCGACATGCAGGCTCTCTGTACt > 1:805924/1‑150 (MQ=255) tgTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTCCTGCCAGTGCTGTACAGGCGTTGAAACCGACATGCAg < 1:153342/133‑1 (MQ=255) tgTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTCCTGCCAGTGCTGTACAGGCGTTGAAACCGACATGCAg > 2:153342/1‑133 (MQ=255) gTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTCCTGCCAGTGCTGTACAGGCGTTGAAACCGACATGCAGGctctc < 1:216568/138‑1 (MQ=255) gTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTCCTGCCAGTGCTGTACAGGCGTTGAAACCGACATGCAGGctctc > 2:216568/1‑138 (MQ=255) cAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCcagcaccttgctgacagcaggtgcgagatatcagaaaatggacaacgccggatacccgc > 2:955426‑M2/1‑27 (MQ=255) cAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCcagcaccttgctgacagcaggtgcgagatatcagaaaatggacaacgccggatacccgc < 1:955426‑M2/86‑60 (MQ=255) gTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCcagcaccttgctgacagcaggtgcgagatatcagaaaatggacaacgccggatacccgctggtatggcagcccacgcagcgccacggccacgttggtatacgcgttctgacccgccaaggcgacgcc < 2:874780‑M2/150‑128 (MQ=255) cTGTCGGTGATGTCTCACCCcagcaccttgctgacagcaggtgcgagatatcagaaaatggacaacgccggatacccgctgg < 1:1054372‑M2/82‑63 (MQ=255) cTGTCGGTGATGTCTCACCCcagcaccttgctgacagcaggtgcgagatatcagaaaatggacaacgccggatacccgctgg > 2:1054372‑M2/1‑20 (MQ=255) tGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTCCTGCCAGTGCTTTACAGGCGTTGAAACCGACATGCAGGTTCTCTGTACTTGCCCAGGCAGTGTCCGGa < 2:597090/150‑1 (MQ=255) | AGCGAACTCAGGGGCAATCAGGCGTCGCCTTGGCGGGTCAGAACGCGTATACCAACGTGGCCGTGGCGCTGCGTGGGCTGCCATACCAGCGGGTATCCGGCGTTGTCCATTTTCTGATATCTCGCACCTGCTGTCAGCAAGGTGCTGTCGGTGATGTCTCACCCCAGCACCCCATAGGCTGAAGACATGCCTTGGCAGTAACATCCCCATCGCACACAAGGCTGCTCCTGCCAGTGCTGTACAGGCGTTGAAACCGACATGCAGGCTCTCTGTACTTGCCCAGGCAGTGTCCGGA > NC_002947/2870924‑2871218 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |