| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 5159824 | 49 (0.560) | 9 (0.140) | 7/186 | NT | 17.4% | intergenic (+39/+67) | PP_4542/PP_4543 | ABC transporter ATP‑binding protein/permease/hypothetical protein |
| ? | NC_002947 | = 5159839 | 49 (0.740) | intergenic (+54/+52) | PP_4542/PP_4543 | ABC transporter ATP‑binding protein/permease/hypothetical protein | |||||
GCCCGTATGGACCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/5159648‑5159824‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cggccttttcgcgggtaaacccgctcctacaACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGCGCAGGTGTCAATCGACCCCGACAAAACCTCCGGTCTGGTGGTGCCACAACCGGGCATACAGCCCTTGCTGCTCCAGCAACTCACTGTGGCTGCCACTCTCGA < NC_002947/5159839‑5159691 GCCCGTATGGACCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGC < 1:1527305/150‑1 CCCGTATGGACCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCC > 1:685484/1‑150 CGTATGGACCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTT < 2:331482/150‑1 TATGGCCCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTT > 1:1761585/1‑150 TATGGACCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTT > 1:373427/1‑150 ACCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGG > 2:1061993/1‑150 ACCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGG < 1:1089407/150‑1 ACCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGG < 2:1771026/150‑1 TGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCGAGGTTGTGGCACCACAAGACCGGAGGGTTTGTCGGTGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA < 2:264393/150‑1 GACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA > 2:218207/1‑150 GGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGC < 2:2115653/137‑1 GGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGC > 1:2115653/1‑137 TTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGC > 2:1278828/1‑118 TTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGC < 1:1278828/118‑1 CAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGCGG < 2:2209986/150‑1 AGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGCGGG < 1:1429918/150‑1 GCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGCGGGT < 1:215656/150‑1 GCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGC < 2:475500/133‑1 GCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGC > 1:475500/1‑133 AAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGTGG > 1:1677787/1‑81 AAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGTGG < 2:1677787/81‑1 TATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGCGG < 2:855794/116‑1 TATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGCGG > 1:855794/1‑116 TTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGCGGGT > 2:1296666/1‑86 TTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGCGGGT < 1:1296666/86‑1 GGCCTTTTCGCGGGTACACCCGCTTCTACAACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGCGCAGGTGTCAATCGACCCCGACAAAACCTCCGGTCTGGTGGTGCCACAACCGGGCATACAGCCCTTGCTGCTC < 2:54707/150‑1 GGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGCGCAGGTGTCAATCGGCTTGGACAAAACCTCCGGTCTGGTGGTGCCACAACCGGGCATACAGCCCTTGCTGCTC > 1:614267/1‑150 CTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGCGCAGGTGTCAATCGACCCCGACAAAACCTCCGGTCTGGTGGTGCCACAACCGGGCATACAGCCCTTGCTGCTCCAG > 1:1475295/1‑150 TTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGCGCAGGTGTCAATCGACCCCGACAAAACCTCCGGTCTGGTGGTGCCACAACCGGGCATACAGCCCTTGCTGCTCCAGC > 1:1972936/1‑150 TTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGCGCAGGTGTCAATCGACCCCGACAAAACCTCCGGTCTGGTGGTGCCACAACCGGGCATACAGCCCTTGCTGCTCCAGC > 1:1002749/1‑150 TTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGCGCAGGTGTCAATCGACCCCGACAAAACCTCCGGTCTGGTGGTGCCACAACCGGGCATACAGCCCTTGCTGCTCCAGC > 1:1585188/1‑150 TCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGCGCAGGTGTCAATCGACCCCGACAAAACCTCCGGTCTGGTGGTGCCACAACCGGGCATACAGCCCTTGCTGCTCCAGCAAC < 2:1585188/150‑1 GCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGCGCAGGTGTCAATCGACCCCGACAAAACCTCCGGTATGGTGGTGCCACAACCGGGCATACAGCCCTTGCTGCTCCAGCAACTC > 2:870434/1‑150 CGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGCGCAGGTGTCAATCGACCCCGACAAAACCTCCGGTCTGGTGGTGCCACAACCGGGCATACAGCCCTTGCTGCTCCAGCAACTCA > 1:1061993/1‑150 CGGGTAAACCCGCTCCTACAACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGCGCAGGTGTCAATCGACCCCGACAAAACCTCCGGTCTGGTGGTGCCACAACCGGGCAGTCAGCCCTTGCTGCTCCAGCAACTCA < 1:1815350/150‑1 GGGTAAACCCGCTCCTACAACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGCGCAGGTGTCAATCGACCCCGACAAAACCTCCGGTCTGGTGGTGCCACAACCGGGCATACAGCCCTTGCTGCTCCAGCAACTCAC > 1:718540/1‑150 GGTAAACCCGCTCCTACAACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGCGCAGGTGTCAATCGACCCCTACAAAACCTCCGGTCTGGTGGTGCCACAACCGGGCATACAGCCCTTGCTGCTCCAGCAACTCACT > 1:281514/1‑150 AAACCCGCTCCTACAACGATAGCGAACCTGTGTACGAGCGCGTCTCCCCGCGAAACGGCCGCGCAGGTGTCAATCGACCCCGACAAAACCTCCGGTCTGGTGGTGCCACAACCGGGCATACAGCCCTTGCTGCTCCAGCAACTCACTGTG < 2:1429317/150‑1 AACCCGCTCCTACAACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGCGCAGGTGTCAATCGACCCCGACAAAACCTCCGGTCTGGTGGTGCCACAACCGGGCATACAGCCCTTGCTGCTCCAGCAACTCACTGTGG < 2:1002749/150‑1 AACCCGCTCCTACAACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGCGCAGGTGTCAATCGACCCCGACAAAACCTCCGGTCTGGTGGTGCCACAACCGGGCATACAGCCCTTGCTGCTCCAGCAACTCACTGTGG > 1:1979359/1‑150 ACCCGCTCCTACAACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGCGCAGGTGTCAATCGACCCCGACAAAACCTCCGGTCTGGTGGTGCCACAACCGGGCATACAGCCCTTGCTGCTCCAGCAACTCACTGTGGC > 1:2312062/1‑150 ACCCGCTCCTACAACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGCGCAGGTGTCAATCGACCCCGACAAAACCTCCGGTCTGGTGGTGCCACAACCGGGCATACAGCCCTTGCTGCTCCAGCAACTCACTGT > 2:1362541/1‑147 ACCCGCTCCTACAACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGCGCAGGTGTCAATCGACCCCGACAAAACCTCCGGTCTGGTGGTGCCACAACCGGGCATACAGCCCTTGCTGCTCCAGCAACTCACTGT < 1:1362541/147‑1 CCGCTCCTACAACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGCGCAGGTGTCAATCGACCCCGACAAAACCTCCGGTCTGGTGGTGCCACAACCGGGCATACAGCCCTTGCTGCTCCAGCAACTCACTGTGGCTG > 1:218207/1‑150 CTACAACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGCGCAGGTGTCAATCGACCCCGACAAAACCTCCGGTCTGGTGGTGCCACAACCGGGCATACAGCCCTTGCTGCTCCAGCAACTCACTGTGGCTGCCACTC > 2:1761585/1‑150 CTACAACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGCGCAGGTGTCAATCGACCCCGACAAAACCTCCGGTCTGGTGGTGCCACAACCGGGCATACAGCCCTTGCTGCTCCAGCAACTCACTGTGGCTGCCACTC > 2:1251466/1‑150 ACAACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGCGCAGGTGTCAATCGACCCCGACAAAACCTCCGGTCTGGTGGTGCCACAACCGGGCATACAGCCCTTGCTGCTCCAGCAACTCACTGTGGCTGCCACTCTC > 2:1363154/1‑150 ACAACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGCGCAGGTGTCAATCGACCCCGACAAAACCTCCGGTCTGGTGGTGCCACAACCGGGCATACAGCCCTTGCTGCTCCA > 2:2299132/1‑125 ACAACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGCGCAGGTGTCAATCGACCCCGACAAAACCTCCGGTCTGGTGGTGCCACAACCGGGCATACAGCCCTTGCTGCTCCA < 1:2299132/125‑1 CAACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGCGCAGGTGTCAATCGACCCCGACAAAACCTCCGGTCTGGTGGTGCCACAACCGGGCATACAGCCCTTGCTGCTCCAGCAACTCACTGTGGCTGCCACTCTCG > 1:1936093/1‑150 AACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGCGCAGGTGTCAATCGACCCCGACAAAACCTCCGGTCTGGTGGTGCCACAACCGGGCATACAGCCCTTGCTGCTCCAGCAACTCACTGTGGCTGCCACTCTCGA > 1:2222391/1‑150 GCCCGTATGGACCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/5159648‑5159824‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cggccttttcgcgggtaaacccgctcctacaACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGCGCAGGTGTCAATCGACCCCGACAAAACCTCCGGTCTGGTGGTGCCACAACCGGGCATACAGCCCTTGCTGCTCCAGCAACTCACTGTGGCTGCCACTCTCGA < NC_002947/5159839‑5159691 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |