New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1798193 = | 84 (0.950) | 5 (0.060) | 5/244 | NT | 5.8% | coding (74/1128 nt) | lpxB | lipid‑A‑disaccharide synthase |
? | NC_002947 | 1798250 = | 80 (0.920) | coding (131/1128 nt) | lpxB | lipid‑A‑disaccharide synthase |
GGCCACGCAACACCCTGAGGTCGAGCTGTTCCGTCAGTCGATCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGG‑‑CGCGC‑CACCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTGCAATCCTATTTCCCCATGGAGCGCCTGGCCGTCATGGGGCTAGTCGAGGTACTGGGGCGCCTGCGCGAACTGCTC > NC_002947/1798046‑1798338 | ggCCACGCAACACCCTGAGGTCGAGCTGTTCCGTCAGTCGATCCTGAGCTCAGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGccc > 1:645756/1‑150 (MQ=255) gCAACACCCTGAGGTCGAGCTGTTCCGTCAGTCGATCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAgg > 2:48298/1‑150 (MQ=255) cAACACCCTGAGGTCGAGCTGTTCCGTCAGTCGATCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGg‑‑c < 1:5375/150‑1 (MQ=255) cAACACCCTGAGGTCGAGCTGTTCCGTCAGTCGATCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCGCAAGg‑‑c < 2:495267/150‑1 (MQ=255) acacCCTGAGGTCGAGCTGTTCCGTCAGTCGATCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGg‑‑cgc < 1:820912/150‑1 (MQ=255) acacCCTGAGGTCGAGCTGTTCCGTCAGTCGATCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGg‑‑cgc < 2:1723854/150‑1 (MQ=255) acacCCTGAGGTCGAGCTGTTCCGTCAGTCGATCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGg‑‑cgc < 1:1934214/150‑1 (MQ=255) gtcgggcttttcttcgatcagggtctggatcagcagcttgcggcgcttgagcagttcgcgcaggcgccccagtacctcgactagccccatgacggccaggcgctccatggggaaataggattgcaggccctcggcctCCCTCAAGg‑‑cgcg < 1:588808‑M1/13‑1 (MQ=255) catcTGAGCTCGATCTGTCCCGTCAGTCGATCCTCGGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATTGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGACGCTGAGGCCAATGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGg‑‑cgcgc < 2:325578/147‑1 (MQ=255) acCCTGAGGTCGAGCTGTTCCGTCAGTCGATCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGg‑‑cgcgc > 2:2123477/1‑150 (MQ=255) acCCTGAGGTCGAGCTGTTCCGTCAGTCGATCCTGAGCTCCGCTCGAAGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGg‑‑cgcgc < 1:141649/150‑1 (MQ=255) cccTGAGGTCGAGCTGTTCCGTCAGTCGATCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGG‑‑CGCGc‑c > 1:1843894/1‑150 (MQ=255) cTGAGGTCGAGCTGTTCCGTCAGTCGATCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAg < 1:1047759/141‑1 (MQ=255) cTGAGGTCGAGCTGTTCCGTCAGTCGATCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAg > 2:1047759/1‑141 (MQ=255) aGGTCGAGCTGTTCCGTCAGTCGATCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTAATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGG‑‑CGCGC‑CAcccc < 2:772239/150‑1 (MQ=255) gTCGAGCTGTTCCGTCAGTCGATCCCGAGCTCCGCTCGCCGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGG‑‑CGCGC‑CACCCCGa > 2:398337/1‑150 (MQ=255) tCGAGCTGTTCCGTCAGTCGATCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGg‑‑cgcgc < 1:1234830/141‑1 (MQ=255) tCGAGCTGTTCCGTCAGTCGATCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGg‑‑cgcgc > 2:1234830/1‑141 (MQ=255) 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gTCGATCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGG‑‑CGCGC‑CACCCCGACGTGCGTTTCATCgggg > 1:1281695/1‑150 (MQ=255) tCGATCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGG‑‑CGCGC‑CACCCCGACGTGAGTTTCATGGGGGt > 1:382995/1‑150 (MQ=255) tcagcagcttgcggcgcttgagcagttcgcgcaggcgccccagtacctcgactagccccatgacggccaggcgctccatggggaaataggattgcaggccctcggcctCCCTCAAGG‑‑CGCGC‑CACCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTg > 2:588808‑M1/109‑150 (MQ=255) aTCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGG‑‑CGCGC‑CACCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTgg > 2:866204/1‑150 (MQ=255) tCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGG‑‑CGCGC‑CACCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTggc > 1:589001/1‑150 (MQ=255) tCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGG‑‑CGCGC‑CACCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTggc < 1:48298/150‑1 (MQ=255) gcagcttgcggcgcttgagcagttcgcgcaggcgccccagtacctcgactagccccatgacggccaggcgctccatggggaaataggattgcaggccctcggcctCCATCAAGGGGCGCGC‑CACCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTgg > 1:1069556‑M1/106‑150 (MQ=255) gCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGG‑‑CGCGC‑CACCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGcccc < 1:1108583/150‑1 (MQ=255) cGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGG‑‑CGCGC‑CACCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGa < 2:589001/150‑1 (MQ=255) cGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGG‑‑CGCGC‑CACCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGa > 1:88139/1‑150 (MQ=255) 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tGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGG‑‑CGCGC‑CACCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTGCAATCCTATTTCCCCATGGAGCGCCTGGCCGTCATGGGGCTAGTCGa < 2:659693/150‑1 (MQ=255) tGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGG‑‑CACGC‑TACCTTGACGTGGGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTGCAATCGTATTTCCACATGGGGCGCCTGGCCGTCATGGGGGTAGTAGa > 1:1120719/1‑150 (MQ=255) ggCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGG‑‑CGCGC‑CACCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTGCAATCCTATTTCCCCATGGAGCGCCTGGCCGTCATGGGGCTAGTCGAg < 2:1986577/150‑1 (MQ=255) ggCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGG‑‑CGCGC‑CACCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTGCAATCCTATTTCCCCATGGAGCGCCTGGCCGTCATGGGGCTAGTCGAg < 2:1546585/150‑1 (MQ=255) tatCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGG‑‑CGCGC‑CACCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAg > 1:987301/1‑85 (MQ=255) tatCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGG‑‑CGCGC‑CACCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAg < 2:987301/85‑1 (MQ=255) ctttGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGG‑‑CGCGC‑CACCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTGCAATCCTATTTCCCCATGGAGCGCCTGGCCGTCATGGGGCTAGTCGAGGTACTggg < 2:1145846/148‑1 (MQ=255) ccTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGG‑‑CGCGC‑CACCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTGCAATCCTATTTCCCCATGGa < 1:90013/114‑1 (MQ=255) ccTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGG‑‑CGCGC‑CACCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTGCAATCCTATTTCCCCATGGa > 2:90013/1‑114 (MQ=255) ccTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGG‑‑CGCGC‑CACCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTGCAATCCTATTTCCCCATGGAGCGCCTGGCCGTCATGGGGCTAGTCGAGGTACTggg > 2:1089205/1‑150 (MQ=255) cTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGG‑‑CGCGC‑CACCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTGCAATCCTATTTCCCCATGGAGCGCCTGGCCGTCATGGGGCTAGTCGAGGTACTgggg > 1:899594/1‑150 (MQ=255) ttCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGG‑‑CGCGC‑CACCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTGCAATCCTATTTCCCCATGGAGCGCCTGGCCGTCATGGGGCTAGTCGAGGTACTGGGgc > 1:431216/1‑146 (MQ=255) ttCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGG‑‑CGCGC‑CACCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTGCAATCCTATTTCCCCATGGAGCGCCTGGCCGTCATGGGGCTAGTCGAGGTACTGGGgc < 2:431216/146‑1 (MQ=255) gCTTGATGCGTGCCCTCAAGG‑‑CGCGC‑CACCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTGCAATCCTATTTCCCCATGGAGCGCCTGGCCGTCATGGGGCTAGTCGAGGTACTGGGGCGCCTGcgcg > 2:1236343/1‑150 (MQ=255) cGTGCCCTCGCGG‑‑GGCGC‑GACCCCGACGTGCGTTTCAGCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGAAGGGCTTCTGCAATCCTATTTCCCCATGGAGCGCCTGGCCGTCATGGGGCTAGTCGAGGTACTGGGGCGCCTGCGCGAACTGCTc < 1:735006/150‑1 (MQ=255) tGCCCTCAAGG‑‑CGCGC‑CACCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTGCAATCCTATTTCCCCATGGAGCGCCTGGCCGTCATGGGGc > 1:116328/1‑113 (MQ=255) tGCCCTCAAGG‑‑CGCGC‑CACCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTGCAATCCTATTTCCCCATGGAGCGCCTGGCCGTCATGGGGc < 2:116328/113‑1 (MQ=255) ctCCATCAAGG‑‑CGCGC‑CACCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTGCGATCCTATTTCCCCATGGAGCGCCTGGCCGTCATGGGGCTAGTCGAGGTACTggg > 1:2094254‑M1/3‑129 (MQ=255) ctCCATCAAGG‑‑CGCGC‑CACCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTGCGATCCTATTTCCCCATGGAGCGCCTGGCCGTCATGGGGCTAGTCGAGGTACTggg < 2:2094254‑M1/127‑1 (MQ=255) | GGCCACGCAACACCCTGAGGTCGAGCTGTTCCGTCAGTCGATCCTGAGCTCCGCTCGCGGCATCACGCGCTGATATGGCCCAGCTTTGCGTAGCGCTGGTCGCCGGTGAGGCCAGTGGCGATATCCTTGGTTCAGGCTTGATGCGTGCCCTCAAGG‑‑CGCGC‑CACCCCGACGTGCGTTTCATCGGGGTTGGCGGCCCCTTGATGGAGGCCGAGGGCCTGCAATCCTATTTCCCCATGGAGCGCCTGGCCGTCATGGGGCTAGTCGAGGTACTGGGGCGCCTGCGCGAACTGCTC > NC_002947/1798046‑1798338 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |