New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | NC_002947 | 227306 = | 110 (1.280) | coding (132/2088 nt) | PP_0176 | putative efflux transporter |
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
CGCAGGCGGGGTGGCATGAACGGTTTCTTCAGCTCTGTCCCTCCGGCCCGTGACTGGTTCTACGGCGTGCGCACCTTCGGCGCGTCCATGATTGCCCTGTACATTGCCCTGCTCATGCAACTGCCGCGTCCCTACTGGGCCATGGCGACGGTGTACATCGTCTCCAGCCCCTTCGTCGGCCCGACCAGCTCCAAGGCGTTGTACCGTGCCGTCGGCACGTTGCTCGGCGCTGGCGGGGCAATCTTCCTGGTGCCGCCGCTGGTGCAGTCACCGTTGCTGCTGAGCATCGCCGTTGC > NC_002947/227160‑227455 | cAGGCGGGGTGGCATGAACGGTTTCTTCAGCTCTGTCCCTCCGGCCCGTGACTGGTTCTACGGCGTGCGCACCTTCGGCGCGTCCATGATTGCCCTGTACATTGCCCTGCTCATGCAACTGCCGCGTCCCTACTGGGTCATGGCGACGgt > 2:67941/1‑150 (MQ=255) cAGGCGGGGTGGCATGAACGGTTTCTTCAGCTCTGTCCCTCCGGCCCGTGACTGGTTCTACGGCGTGCGCACCTTCGGCGCGTCCATGATTGCCCTGTACATTGCCCTGCTCATGCAACTGCCGCGTCCCTACTGGGCCATGGCGACGgt < 2:667359/150‑1 (MQ=255) gggTGGCATGAACGGTTTCTTCAGCTCTGTCCCTCAGGCTCGAGGCTGTTTCTACGGCGTGCGCACCTTACGTGCTGCCATGATTGCCCTGTACATTGCCCTGCTCATGCAACTGCCGCGTCCCTACTGGGCCATGGCGACGGTGTACAt < 1:1684597/150‑1 (MQ=255) 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ggTTTCTTCAGCTCTGTCCCTCCGGCCCGTGACTGGTTCTACGGCGTGCGCACCTTCGGCGCGTCCATGATTGCCCTGTACATTGCCCTGCTCATGCAACTGCCGCGTCCCTACTGGGCCATGGCGACGGTGTACATCGTCTCCAGcccc < 2:1383315/150‑1 (MQ=255) aGCTCTGTCCCTCCGGCCCGTGACTGGTTCTACGGCGTGCGCACCTTCGGCGCGTCCATGATTGCCCTGTACATTGCCCTGCTCATGCAACTGCCGCGTCCCTACTGGGCCATGGCGACGGTGTACATCGTCTCCAGCCCCTTCGTCGGc > 2:1909103/1‑150 (MQ=255) tctGTCCCTCCGGCCCGTGACTGGTTCTACGGCGTGCGCCCCTTCGGCGCGTCCATGATTGCCCTGTACATTGCCCTGCTCATGCAACTGCCGCGTCCCTACTGGGCCATGGCGACGGTGTACATCGTCTCCAGCCCCTTCGTCGGCCCg > 2:221652/1‑150 (MQ=255) tctGTCCCTCCGGCCCGTGACTGGTTCTACGGCGTGCGCACCTTCGGCGCGTCCATGATTGCCCTGTACATTGCCCTGCTCATGCAACTGCCGCGTCCCTACTGGGCCATGGCGACGGTGTACATCGTCTCCAGCCCCTtc > 1:2153728/1‑141 (MQ=255) tctGTCCCTCCGGCCCGTGACTGGTTCTACGGCGTGCGCACCTTCGGCGCGTCCATGATTGCCCTGTACATTGCCCTGCTCATGCAACTGCCGCGTCCCTACTGGGCCATGGCGACGGTGTACATCGTCTCCAGCCCCTtc < 2:2153728/141‑1 (MQ=255) 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gcgTCCCTACTGGGCCATGGCGACGGTGTACATCGTCTCCAGCCCCTTCGTCGGCCCGACCAGCTCCAAGGCGTTGTACCGTGCCGTCGGCACGTTGCTc > 2:464015/1‑100 (MQ=255) tCCCTACTGGGCCATGGCGACGGTGTACATCGTCTCCAGCCCCTTCGTCGGCCCGACCAGCTCCAAGGCGTTGTACCGTGCCGTCGGCACGTTGCTCGGCGCTGGCGGGGCAATCTTCCTGGTGCCGCCGCTGGTGCAGTCACCGTtgct < 1:838220/150‑1 (MQ=255) cccTACTGGGCCATGGCGACGGTGTACATCGTCTCCAGCCCCTTCGTCGGCCCGACCAGCTCCAAGGCGTTGTACCGTGCCGTCGGCACGTTGCTCGGCGCTGGCGGGGCAATCTTCCTGGTGCCGCCGCTGGTGCAGTCACCGTtgctg > 2:2053342/1‑150 (MQ=255) ccTACTGGGCCATGGCGACGGTGTACATCGTCTCCAGCCCCTTCGTCGGCCCGACCAGCTCCAAGGCGTTGTACCGTGCCGTCGGCACGTTGCTCGGCGCTGGCGGGGCAATCTTCCTGGTGCCGCCGCTGGTGCAGTCACCGTtgctgc > 2:2025397/1‑150 (MQ=255) ccTACTGGGCCATGGCGACGGTGTACATCGTCTCCAGCCCCTTCGTCGGCCCGACCAGCTCCAAGGCGTTGTACCGTGCCGTCGGCACGTTGCTCGGCGCTGGCGGGGCAATCTTCCTGGTGCCGCCGCTGGTGCAGTCACCGTtgctg < 2:561066/149‑1 (MQ=255) ccTACTGGGCCATGGCGACGGTGTACATCGTCTCCAGCCCCTTCGTCGGCCCGACCAGCTCCAAGGCGTTGTACCGTGCCGTCGGCACGTTGCTCGGCGCTGGCGGGGCAATCTTCCTGGTGCCGCCGCTGGTGCAGTCACCGTtgctg > 1:561066/1‑149 (MQ=255) aCTGGGCCATGGCGACGGTGTACATCGTCTCCAGCCCCTTCGTCGGCCCGACCAGCTCCAAGGCGTTGTACCGTGCCGTCGGCACGTTGCTCGGCGCTGGCGGGGCAATCTTCCTGGTGCCGCCGCTGGTGCAGTCACCGTTGCTGCTGa < 1:265589/150‑1 (MQ=255) aCTGGGCCATGGCGACGGTGTACATCGTCTCCAGCCCCTTCGTCGGCCCGACCAGCTCCAAGGCGTTGTACCGTGCCGTCGGCACGTTGCTCGGCGCTGGCGGGGCAATCTTCCTGGTGCCGCCGCTGGTGCAGTCACCGTTGCTGCTGa < 1:2025397/150‑1 (MQ=255) aCTGGGCCATGGCGACGGTGTACATCGTCTCCAGCCCCTTCGTCGGCCCGACCAGCTCCAAGGCGTTGTACCGTGCCGTCGGCACGTTGCTCGGCGCTGGCGGGGCAATCTTCCTGGTGCCGCCGCTGGTGCAGTCACCGTTGCTGCTGa < 1:797058/150‑1 (MQ=255) aCTGGGCCATGGCGACGGTGTACATCGTCTCCAGCCCCTTCGTCGGCCCGACCAGCTCCAAGGCGTTGTACCGTGCCGTCGGCACGTTGCTCGGCGCTGGCGGGGCAATCTTCCTGGTGCCGCCGCTGGTGCAGTCACCGTTGCTGCTGa < 1:1819035/150‑1 (MQ=255) tGGGCCATGGCGACGGTGTACATCGTCTCCAGCCCCTTCGTCGGCCCGACCAGCTCCAAGGCGTTGTACCGTGCCGTCGGCACGTTGCTCGGCGCTGGCGGGGCAATCTTCCTGGTGCCGCCGCTGGTGCAGTCACCGTTGCTGCTGAGc > 1:1146862/1‑150 (MQ=255) tGGGCCATGGCGACGGTGTACATCGTCTCCAGCCCCTTCGTCGGCCCGACCAGCTCCAAGGCGTTGTACCGTGCCGTCGGCACGTTGCTCGGCGCTGGCGGGGCAATCTTCCTGGTGCCGCCGCTGGTGCAGTCACCGTTGCTGCTGAGc > 1:1456502/1‑150 (MQ=255) gggCCATGGCGACGGTGTACATCGTCTCCAGCCCCTTCGTCGGCCCGACCAGCTCCAAGGCGTTGTACCGTGCCGTCGGCACGTTGCTCGGCGCTGGCgggg > 1:548871/1‑102 (MQ=255) ggCCATGGCGACGGTGTACATCGTCTCCAGCCCCTTCGTCGGCCCGACCAGCTCCAAGGCGTTGTACCGTGCCGTCGGCACGTTGCTCGGCGCTGGCGGGGCAATCTTCCTGGTGCCGCCGCTGGTGCAGTCACCGTTGCTGCTGAGCAt > 1:901080/1‑150 (MQ=255) cATGGCGACGGTGTACATCGTCTCCAGCCCCTTCGTCGGCCCGACCAGCTCCAAGGCGTTGTACCGTGCCGTCGGCACGTTGCTCGGCGCTGGCGGGGCAATCTTCCTGGTGCCGCCGCTGGTGCAGTCACCGTTGCTGCTGAGCATCGc < 1:1595820/150‑1 (MQ=255) cATGGCGACGGTGTACATCGTCTCCAGCCCCGTCGTCGGCCCGACCAGCTACAAGGCGTCGCTCTACGCCAGCGCCACGTTGCTCGGCGCTGGCGGGGCAATCTTCCTGGTGCCGCCGCTGGTGCAGTCACCGTTGCTGCTGAGCATCGc < 1:1211718/150‑1 (MQ=255) | CGCAGGCGGGGTGGCATGAACGGTTTCTTCAGCTCTGTCCCTCCGGCCCGTGACTGGTTCTACGGCGTGCGCACCTTCGGCGCGTCCATGATTGCCCTGTACATTGCCCTGCTCATGCAACTGCCGCGTCCCTACTGGGCCATGGCGACGGTGTACATCGTCTCCAGCCCCTTCGTCGGCCCGACCAGCTCCAAGGCGTTGTACCGTGCCGTCGGCACGTTGCTCGGCGCTGGCGGGGCAATCTTCCTGGTGCCGCCGCTGGTGCAGTCACCGTTGCTGCTGAGCATCGCCGTTGC > NC_002947/227160‑227455 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |