New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1551361 = | 107 (1.210) | 11 (0.130) | 11/242 | NT | 9.8% | intergenic (+78/+48) | groL/pykA | chaperonin GroEL/pyruvate kinase II |
? | NC_002947 | 1551400 = | 97 (1.130) | intergenic (+117/+9) | groL/pykA | chaperonin GroEL/pyruvate kinase II |
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
CATGGGTGGCATGGGCGGCATGATGTAAGCCAGCCTTACCCCCCTGCACCATCAAAAAGCCCCGGTTCGCGAGAACCGGGGCTTTTTTATTGCTGTCGGGGCCTCTTCGCAGCACAAGGCT‑‑‑GC‑GCTTGAGCCTTGTGCTGTGAAACGAGTGGATCAACCGACCAGCGG‑ATCACCGACGTGCAGGATCTTCATGCCATTGGTGCCACCGATGGTGTGGTAGCTGTCACCCTTGGTCAGGATCACCCAGTCACCTTGCTCCACCAGGCCACGTTTGAGCAGTTCGTCGACCGCCGC > NC_002947/1551256‑1551549 | catgggtggcatgggCGGCATGATGTAAGCCAGCCTTACCCCCCTGCACCATCAAAAAGCCCCGGTTCGCGAGAACCGGGGCTTTTTTATTGCTGTCGGGGCCTCTTCGCAGCACAAGGCT‑‑‑GC‑GCTTGAGCCTTGTGCTGTGAAACGAGt < 2:1218654/150‑1 (MQ=255) catgggtggcatgggCGGCATGATGTAAGCCAGCCTTACCCCCCTGCACCATCAAAAAGCCCCGGTTCGCCACATCAGGGGCTTTTTTATTGCTGGCGTGGCCTCTTCTCAGCACAAGGCT‑‑‑GC‑GCTTGAGCCTTGTGCTGTGAAACGAGt < 1:870884/150‑1 (MQ=255) tgggtggcatgggCGGCATGATGTAAGCCAGCCTTACCCCCCTGCACCATCAAAAAGCCCCGGTTCGCGAGAACCGGGGCTTTTTTATTGCTGTCGGGGCCTCTTCGCAGCACAAGGCT‑‑‑GC‑GCTTGAGCCTTGTGCTGTGAAACGAGTgg < 2:1151001/150‑1 (MQ=255) gggtgatcctgaccaagggtgacagctaccacaccatcggtggcaccaatggcatgaagatcctgcacgtcggtgatccgctggtcggttgatccactcgtttcgcagcacaaggctgcgcttgagccttgtgctgtgaaACGAGTGGAt < 1:1462484‑M2/10‑1 (MQ=255) atgggCGGCATGATGTAAGCCAGCCTTACCCCCCTGCACCATCAAAAAGCCCCGGTTCGCGAGAACCGGGGCTTTTTTATTGCTGTCGGGGCCTCTTCGCAGCACAAGGCT‑‑‑GC‑GCTTGAGCCTTGTGCTGTGAAACGAGTGGATCAACCg > 1:686059/1‑150 (MQ=255) gTAAGCCAGCCTTACCCCCCTGCACCATCAAAAAGCCCCGGTTCGCGAGAACCGGGGCTTTTTTATTGCTGTCGGGGCCTCTTCGCAGCACAAGGCT‑‑‑GC‑GCTTGAGCCTTGTGCTGTGAAACGAGTGGATCAACCGACCAGCGG‑ATCAcc > 2:2272817/1‑150 (MQ=255) acagctaccacaccatcggtggcaccaatggcatgaagatcctgcacgtcggtgatccgctggtcggttgatccactcgtTTCGCAGCACAAGGCT‑‑‑GC‑GCTTGAGCCTTGTGCTGTGAAACGAg < 2:2229423‑M1/44‑1 (MQ=255) gccagccTTACCCCCCTGCACCATCAAAAAGCCCCGGTTCGCGAGAACCGGGGCTTTTTTATTGCTGTCGGGGCCTCTTCGCAGCACAAGGCT‑‑‑GC‑GCTTGAGCCTTGTGCTGTGAAACGAGTGGATCAACCGACCAGCGG‑ATCACCGACg > 2:1891032/1‑150 (MQ=255) gccagccTTACCCCCCTGCACCATCAAAAAGCCCCGGTTCGCGAGAACCGGGGCTTTTTTATTGCTGTCGGGGCCTCTTCGCAGCACAAGGCT‑‑‑GC‑GCTTGAGCCTTGTGCTGTGAAACGAGTGGATCAACCGACCAGCGG‑ATCACCGACg > 1:1711976/1‑150 (MQ=255) cagccTTACCCCCCTGCACCATCAAAAAGCCCCGGTTCGCGAGAACCGGGGCTTTTTTATTGCTGTCGGGGCCTCTTCGCAGCACAAGGCT‑‑‑GC‑GCTTGAGCCTTGTGCTGTGAAACGAGTGGATCAACCGACCAGCGG‑ATCACCGACGTg > 2:1509195/1‑150 (MQ=255) cccccTGCACCATCAAAAAGCCCCGGTTCGCGAGAACCGGGGCTTTTTTATTGCTGTCGGGGCCTCTTCGCAGCACAAGGCT‑‑‑GC‑GCTTGAGCCTTGTGCTGTGAAACGAGt < 1:1396222/111‑1 (MQ=255) cccccTGCACCATCAAAAAGCCCCGGTTCGCGAGAACCGGGGCTTTTTTATTGCTGTCGGGGCCTCTTCGCAGCACAAGGCT‑‑‑GC‑GCTTGAGCCTTGTGCTGTGAAACGAGt > 2:1396222/1‑111 (MQ=255) cccccTGCACCATCAAAAAGCCCCGGTTCGCGAGAACCGGGGCTTTTTTATTGCTGTCGGGGCCTCTTCGCAGCACAAGGCT‑‑‑GC‑GCTTGAGCCTTGTGCTGTGAAACGAGTGGATCAACCGACCAGCGG‑ATCACCGACGTGCAGGATCtt > 1:2188090/1‑150 (MQ=255) ccTGCACCATCAAAAAGCCCCGGTTCGCGAGAACCGGGGCTTTTTTATTGCTGTCGGGGCCTCTTCGCAGCACAAGGCT‑‑‑GC‑GCTTGAGCCTTGTGCTGTGAAACGAGTGGATCAACCGACCAGCGG‑ATCACCGACGTGCa < 2:640057/140‑1 (MQ=255) gtggcaccaatggcatgaagatcctgcacgtcggtgatccgctggtcggttgatccactcgtTTCGCAGCACAAGGCT‑‑‑GC‑GCTTGAGCCTTGTGCTGTGAAACGAGTGGa < 2:1275747‑M1/48‑1 (MQ=255) cTGCACCATCAAAAAGCCCCGGTTCGCGAGAACCGGGGCTTTTTTATTGCTGTCGGGGCCTCTTCGCAGCACAAGGCT‑‑‑GC‑GCTTGAGCCTTGTGCTGTGAAACGAGTGGATCAACCGACCAGCGG‑ATCACCGACGTGCAGGATCTTCATg < 2:1386427/150‑1 (MQ=255) tGCACCATCAAAAAGCCCCGGTTCGCGAGAACCGGGGCTTTTTTATTGCTGTCGGGGCCTCTTCGCAGCACAAGGCT‑‑‑GC‑GCTTGAGCCTTGTGCTGTGAAACGAGTGGATCAACCGACCAGCGG‑ATCACCGACGTGCAGGATCTTCATGc < 1:335077/150‑1 (MQ=255) gCACCATCAAAAAGCCCCGGTTCGCGAGAACCGGGGCTTTTTTATTGCTGTCGGGGCCTCTTCGCAGCACAAGGCT‑‑‑GC‑GCTTGAGCCTTGTGCTGTGAAACGAGTGGCTAAACGTACCAACGG‑ATCACCGACGTGCAGGATCTTCATGcc > 2:1133109/1‑150 (MQ=255) cACCATCAAAAAGCCCCGGTTCGCGACAACCGGGGCTTTTTAATTGCTGTCGGGGCCTCTTCGCAGCACAAGGCT‑‑‑GC‑GCTTGAGCCTTGTGCTGTGAAACGAGTGGATCAACCGACCAGCGG‑ATCACCGACGTGCAGGATCTTCATGCCa < 1:1904628/150‑1 (MQ=255) gtggcaccaatggcatgaagatcctgcacgtcggtgatccgctggtcggttgatccactcgtttcgcagcacaaggctgcgcttgagccttgtgctgtgaaACGAGTGGa < 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tCAAAAAGCCCCGGTTCGCGAGAACCGGGGCTTTTTTATTGCTGTCGGGGCCTCTTCGCAGCACAAGGCT‑‑‑GC‑GCTTGAGCCTTGTGCTGTGAAACGAGTGGATCAACCGACCAGCGG‑ATCACCGACGTGCAGGATCTTCATGCCATTGGt > 1:2307248/1‑150 (MQ=255) aaaaaGCCCCGGTTCGCGAGAACCGGGGCTTTTTTATTGCTGTCGGGGCCTCTTCGCAGCACAAGGCT‑‑‑GC‑GCTTGAGCCTTGTGCTGTGAAACGAGt < 1:831854/97‑1 (MQ=255) aaaaaGCCCCGGTTCGCGAGAACCGGGGCTTTTTTATTGCTGTCGGGGCCTCTTCGCAGCACAAGGCT‑‑‑GC‑GCTTGAGCCTTGTGCTGTGAAACGAGt > 2:831854/1‑97 (MQ=255) aaaaGCCCCGGTTCGCGAGAACCGGGGCTTTTTTATTGCTGTCGGGGCCTCTTCGCAGCACAAGGCT‑‑‑GC‑GCTTGAGCCTTGTGCTGTGAAACGAGTGGATCAACCGACCAGCGG‑ATCACCGACGTGCAGGATCTTCATGc > 2:1569629/1‑140 (MQ=255) aaaaGCCCCGGTTCGCGAGAACCGGGGCTTTTTTATTGCTGTCGGGGCCTCTTCGCAGCACAAGGCT‑‑‑GC‑GCTTGAGCCTTGTGCTGTGAAACGAGTGGATCAACCGACCAGCGG‑ATCACCGACGTGCAGGATCTTCATGCCATTGGTGcc > 2:1765028/1‑150 (MQ=255) aaaGCCCCGGTTCGCGAGAACCGGGGCTTTTTTATTGCTGTCGGGGCCTCTTCGCAGCACAAGGCT‑‑‑GC‑GCTTGAGCCTTGTGCTGTGAAACGAGTgg < 1:339717/97‑1 (MQ=255) 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ccccGGTTCGCGAGAACCGGGGCTTTTTTATTGCTGTCGGGGCCTCTTCGCAGCACAAGGCT‑‑‑GC‑GCTTGAGCCTTGTGCTGTGAAACGAGTGGATCAACCGACCAGCGG‑ATCACCGACGTGCAGGATCTTCAt < 2:2291596/133‑1 (MQ=255) ccGGTTCGCGAGAACCGGGGCTTTTTTATTGCTGTCGGGGCCTCTTCGCCGCCACCGTAC‑‑‑GC‑GCTTGAGCCTTGTGCTGTGAAACGAGTGGATCAACCGACCAGCGG‑ATCACCGACGTGCAGGATCTTCATGCCATTGGTGCCACCGATg > 2:1374825/1‑150 (MQ=255) ggTTCGCGAGAACCGGGGCTTTTTTATTGCTGTCGGGGCCTCTTCGCAGCACAAGGCT‑‑‑GC‑GCTTGAGCCTTGTGCTGTGAAACGAGTGGATCAACCGACCAGCGG‑ATCACCGACGTGCAGGATCTTCATGCCATTGGTGCCACCGATGgt < 1:1509195/150‑1 (MQ=255) gTTCGCGAGAACCGGGGCTTTTTTATTGCTGTCGGGGCCTCTTCGCAGCACAAGGCT‑‑‑GC‑GCTTGAGCCTTGTGCTGTGaaa > 2:518205/1‑81 (MQ=255) gTTCGCGAGAACCGGGGCTTTTTTATTGCTGTCGGGGCCTCTTCGCAGCACAAGGCT‑‑‑GC‑GCTTGAGCCTTGTGCTGTGaaa < 1:518205/81‑1 (MQ=255) gTTCGCGAGAACCGGGGCTTTTTTATTGCTGTCGGGGCCTCTTCGCAGCACAAGGCT‑‑‑GC‑GCTTGAGCCTTGTGCTGTGAAACGAGTGGATCAACCGACCAGCGG‑ATCACCGACGTGCAGGATCTTCATGCCATTGGTGCCACCGATGgtg < 2:522621/150‑1 (MQ=255) 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acaaggctcaagcgcagccttgtgctgtgaaACGAGTGGATCAACCGACCAGCGG‑ATCACCGACGTGCAGGATCTTCATGCCATTGGTGCCACCGATGGTGTGGTAGCTGTCACCCTTGGTCAGGATCACCCAGTCACCTTg < 1:2099233‑M2/111‑1 (MQ=255) gCT‑‑‑GC‑GCTTGAGCCTTGTGCTGTGAAACGAGTGGATCAACCGACCAGCGG‑ATCACCGACGTGCAGGATCTTGATGCCATTGGTGCCACCGATGGTGTGGTAGCTGTCACCCTTGGTCAGGATCACCCAGTCACCTTGCTCCACCAGGCCa > 1:1351417/1‑150 (MQ=255) gCT‑‑‑GC‑GCTTGAGCCTTGTGCTGTGAAACGAGTGGATCAACCGACCAGCGG‑ATCACCGACGTGCAGGATCTTCATGCCATTGGTGCCACCGATGGTGTGGTAGCTGTCACCCTTGGTCAGGATCACCCAGTCACCTTGCTCCACCAGGCCa > 1:923758/1‑150 (MQ=255) aagcgcagccttgtgctgtgaaACGAGTGGATCAACCGACCAGCGG‑ATCACCGACGTGCAGGATCTTCATGCCATTGGTGCCACCGATGGTGTGGTAGCTGTCACCCTTGGTCAGGATCACCCAGTCACCTTGCTccacca > 1:1322878‑M2/23‑141 (MQ=255) aagcgcagccttgtgctgtgaaACGAGTGGATCAACCGACCAGCGG‑ATCACCGACGTGCAGGATCTTCATGCCATTGGTGCCACCGATGGTGTGGTAGCTGTCACCCTTGGTCAGGATCACCCAGTCACCTTGCTccacca < 2:1322878‑M2/119‑1 (MQ=255) 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ccTTGTGCTGTGAAACGAGTGGATCAACCGACCAGCGG‑ATCACCGACGTGCAGGATCTTCATGCCATTGGTGCCACCGATGGTGTGGTAGCTGTCACCCTTGGTCAGGATCACCCAGTCACCTTGCTCCACCAGGCCACGTTTGAGCa > 1:1004857/1‑148 (MQ=255) ccTTGTGCTGTGAAACGAGTGGATCAACCGACCAGCGG‑ATCACCGACGTGCAGGATCTTCATGCCATTGGTGCCACCGATGGTGTGGTAGCTGTCACCCTTGGTCAGGATCACCCAGTCACCTTGCTCCACCAGGCCACGTTTGAGCAGt > 2:739172/1‑150 (MQ=255) ttgtgctgcgaaACGAGTGGATCAACCGACCAGCGG‑ATCACCGACGTGCAGGATCTTCATGCCATTGGTGCCACCGATGGTGTGGTAGCTGTCACCCTTGGTCAGGATCAcc > 2:1124183‑M2/13‑112 (MQ=255) ttgtgctgcgaaACGAGTGGATCAACCGACCAGCGG‑ATCACCGACGTGCAGGATCTTCATGCCATTGGTGCCACCGATGGTGTGGTAGCTGTCACCCTTGGTCAGGATCAcc < 1:1124183‑M2/100‑1 (MQ=255) ttGTGCTGTGAAACGAGTGGATCAACCGACCAGCGG‑ATCACCGACGTGCAGGATCTTCATGCCATTGGTGCCACCGATGGTGTGGTAGCTGTCACCCTTGGTCAGGATCACCCAGTCACCTTGCTCCACCAGGCCACGTTTGAGCAGTtc > 1:2332279/1‑150 (MQ=255) tgCTGTGAAACGAGTGGATCAACCGACCAGCGG‑ATCACCGACGTGCAGGATCTTCATGCCATTGGTGCCACCGATGGTGTGGTAGCTGTCACCCTTGGTCAGGATCACCCAGTCACCTTGCTCCACCAGGCCACGTTTGAGCAGTtcgtc < 1:739172/150‑1 (MQ=255) gCTGTGAAACGAGTGGATCAACCGACCAGCGG‑ATCACCGACGTGCAGGATCTTCATGCCATTGGTGCCACCGATGGTGTGGTAGCTGTCACCCTTGGTCAGGATCACCCAGTCACCTTGCTCCACCAGGCCACGTTTGAGCAGTtcgtcg < 2:2208376/150‑1 (MQ=255) tgtgAAACGAGTGGATCAACCGACCAGCGG‑ATCACCGACGTGCAGGATCTTCATGCCATTGGTGCCACCGATGGTGTGGTAGCTGTCACCCTTGGTCAGGATCACCCAGTCACCTTGCTcc < 2:1170562/121‑1 (MQ=255) tgtgAAACGAGTGGATCAACCGACCAGCGG‑ATCACCGACGTGCAGGATCTTCATGCCATTGGTGCCACCGATGGTGTGGTAGCTGTCACCCTTGGTCAGGATCACCCAGTCACCTTGATcc > 1:1170562/1‑121 (MQ=255) aACGAGTGGATCAACCGACCAGCGG‑ATCACCGACGTGCAGGATCTTCATGCCATTGGTGCCACCGATGGTGTGGTAGCTGTCACCCTTGGTCAGGATCACCCAGTCACCTTGCTCCACCAGGc < 2:478008‑M2/122‑1 (MQ=255) aCGAGTGGATCAACCGACCAGCGG‑ATCACCGACGTGCAGGATCTTCATGCCATTGGTGCCACCGATGGTGTGGTAGCTGTCACCCTTGGTCAGGATCACCCAGTCCCCTTGCTCCACCCGGCCACGTTTGAGCAGTTCGTCGACcgccgc > 2:649107/1‑150 (MQ=255) | CATGGGTGGCATGGGCGGCATGATGTAAGCCAGCCTTACCCCCCTGCACCATCAAAAAGCCCCGGTTCGCGAGAACCGGGGCTTTTTTATTGCTGTCGGGGCCTCTTCGCAGCACAAGGCT‑‑‑GC‑GCTTGAGCCTTGTGCTGTGAAACGAGTGGATCAACCGACCAGCGG‑ATCACCGACGTGCAGGATCTTCATGCCATTGGTGCCACCGATGGTGTGGTAGCTGTCACCCTTGGTCAGGATCACCCAGTCACCTTGCTCCACCAGGCCACGTTTGAGCAGTTCGTCGACCGCCGC > NC_002947/1551256‑1551549 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |