New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4700803 | 73 (0.830) | 10 (0.130) | 7/220 | NT | 11.6% | intergenic (‑70/+80) | kdpD/kdpC | sensor protein/potassium‑transporting ATPase subunit C |
? | NC_002947 | = 4700847 | 87 (1.110) | intergenic (‑114/+36) | kdpD/kdpC | sensor protein/potassium‑transporting ATPase subunit C |
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
CAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTC‑CGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGTGGCCTGTTCCAGCAAGGCTTGCAAGCGCTC > NC_002947/4700701‑4700996 | cAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTC‑CGCCGCTTCAGGGACCGCAGCAGGTCCGTGTATGAGCGGGGTTACCCGCGACTACGTCAGTGGC‑ACTACCACTGCATTCGCGGGTGaac < 1:42582‑M2/150‑4 (MQ=255) aaCCGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTACTCCTTTACTTTGTCCAACAGTC‑CGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGaacc > 1:489720‑M2/1‑146 (MQ=255) aGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTC‑CGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGaacccgt < 1:1045008‑M2/150‑8 (MQ=255) cgcATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCCTCCTTTACTTTGTCCAACAGCCACGCC‑CTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGaacccgctc > 1:1779091‑M2/1‑141 (MQ=255) gcATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTC‑CGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGaacccgctcc > 1:1664003‑M2/1‑140 (MQ=255) aggcGCAGGCGGAGGCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTC‑CGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGaacccgctcctaca > 2:133516‑M2/2‑136 (MQ=255) gcgcGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTC‑CGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAgg > 1:1544213/1‑150 (MQ=255) cgcgGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTC‑CGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGc < 2:1262172/150‑1 (MQ=255) ggAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCCACAGTC‑CGCCGCTTCAGGGGAAGCACCCTTAACGTTTAGGAGCGCGTTTCCCCGCGCATACG‑ATGTACCTGCTACTACAGCATTCGCGTGTGAACCCGCTCCTACCTGCTTCCTGc > 2:652352/1‑150 (MQ=255) gTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTC‑CGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAg < 1:2026476/150‑1 (MQ=255) gTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTC‑CGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAg > 2:103787/1‑150 (MQ=255) tCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTC‑CGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAgc > 1:1149707/1‑150 (MQ=255) aCTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTC‑CGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGC‑ACCACCACCGTTCACGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAgcgc > 1:1193783/1‑150 (MQ=255) aCTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTC‑CGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAgcgc > 1:2198564/1‑150 (MQ=255) aCTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTC‑CGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAgcgc > 2:1833015/1‑150 (MQ=255) aCTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTC‑CGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAgcgc > 1:1760201/1‑150 (MQ=255) tCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTC‑CGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCtt > 2:1712690/1‑150 (MQ=255) tCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTC‑CGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCtt > 2:2082317/1‑150 (MQ=255) tCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTC‑CGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCtt > 1:1710613/1‑150 (MQ=255) aTGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTC‑CGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGaacccgc > 1:250528‑M2/1‑116 (MQ=255) cATCCTTTACTTTGTCCAACAGTC‑CGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTAcc > 1:678095/1‑150 (MQ=255) aggccttggaaaagctcgccattgtcaggtaatcgaagcgctggcaggaagccTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGAAc < 2:160727‑M1/61‑1 (MQ=255) aggccttggaaaagctcgccattgtcaggtaatcgaagcgctggcaggaagccTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGAAc > 1:160727‑M1/54‑114 (MQ=255) ccTTTACTTTGTCCAACAGTC‑CGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAAGCTTCATGCCAGCGCTTAGAATAACTGa > 2:132100/1‑150 (MQ=38) cTTTACTTTGTCCAACAGTC‑CGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGAc < 1:1044655/150‑1 (MQ=255) cTTTACTTTGTCCAACAGTC‑CGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGC‑ACCACAACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGAc > 1:25209/1‑150 (MQ=255) tttACTTTGTCCAACAGTC‑CGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTcc > 1:888693/1‑126 (MQ=255) tttACTTTGTCCAACAGTC‑CGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTcc < 2:888693/126‑1 (MQ=255) tttACTTTGTCCAACAGTC‑CGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGa > 2:1730987/1‑148 (MQ=255) tttACTTTGTCCAACAGTC‑CGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACa > 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aCAGTC‑CGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCtttt < 2:1149707/150‑1 (MQ=255) aCAGTC‑CGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCtttt < 2:632619/150‑1 (MQ=255) tC‑CGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGaacccgctccta < 1:1107050‑M2/100‑13 (MQ=255) cgccgcTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAgg > 2:528317/1‑150 (MQ=255) gccgcTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGc > 2:203996/1‑150 (MQ=255) ccgcTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGaacccgctcctaca > 2:260769‑M2/1‑84 (MQ=255) 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gTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTAcc > 2:373747/1‑71 (MQ=255) gTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTAcc < 1:373747/71‑1 (MQ=255) gTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAAt > 2:1909400/1‑139 (MQ=255) gTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTAaacccgctcctacacgttaagggggctttccctgaagcggcggactgttg > 2:2304715‑M2/1‑31 (MQ=255) gTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTAaacccgctcctacacgttaagggggctttccctgaagcggcggactgttg < 1:2304715‑M2/81‑51 (MQ=255) ggC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGTGGCCTg < 1:600343/150‑1 (MQ=255) gC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTATCGTCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGTGGCCTGt < 1:489857/150‑1 (MQ=255) gC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGTGGCCTGt > 1:428715/1‑150 (MQ=255) gC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGTGGCCTGt > 2:1671314/1‑150 (MQ=255) accaccaccGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTAcc < 2:1891443/62‑1 (MQ=255) accaccaccGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTAcc > 1:1891443/1‑62 (MQ=255) ccaccaccGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGTGGCCTGTTcc > 1:2276935/1‑150 (MQ=255) caccaccGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGATTGCTGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGTGGCCTGTTCCa > 1:613754/1‑150 (MQ=255) caccaccGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGTGGCCTGTTCCa < 1:2296265/150‑1 (MQ=255) caccGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCa < 1:1303270/96‑1 (MQ=255) accGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCCCCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGTGGCCTGTTCCAGCaa < 1:1363964/150‑1 (MQ=255) ccGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGTGGCCTGTTCCAGCAAg > 2:1823035/1‑150 (MQ=255) ccGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGTGGCCTGTTCCAGCAAg < 2:25209/150‑1 (MQ=255) ggCATTCGCGGGTGAAGCCGCGCCTACAGGCTTCCGGCCGGGGCTTCGATTACCGGACAATGGCGAGCTTTTCCGAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCGCCGGGGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGTGGCCTGTTCCAGCAAgg < 1:495428/149‑1 (MQ=255) ttCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGTGGCCTGTTCCAGCAAGGCTTg > 2:1404079/1‑150 (MQ=255) tcccgGGTGACCCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGTGGCCTGTTCCAGCAAGGCTTGc < 1:1564018/147‑1 (MQ=255) gcgGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGTGGCCTGTTCCAGCAAGGCTTGCaa < 2:2047612/150‑1 (MQ=255) ggTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGTGGCCTGTTCCAGCAAGGCTTGCAAgcg < 1:1404079/150‑1 (MQ=255) gAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGTGGCCTGTTCCAGCAAGGCTTGCAAGCGCTc < 2:531864/150‑1 (MQ=255) | CAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTC‑CGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGC‑ACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGTGGCCTGTTCCAGCAAGGCTTGCAAGCGCTC > NC_002947/4700701‑4700996 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |