New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5820226 = | 127 (1.440) | 6 (0.070) | 6/246 | NT | 5.0% | intergenic (+19/‑81) | PP_5096/metX | shape determination factor/homoserine O‑acetyltransferase |
? | NC_002947 | 5820264 = | 102 (1.170) | intergenic (+57/‑43) | PP_5096/metX | shape determination factor/homoserine O‑acetyltransferase |
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
CCTTCCTGGCGATCCAGGTGGTCCAGTCGTTTGTCATGCCCCCGCTGGCCGCCTACGCCGGCATGCCTCAAGAGCTGTGGCGAATGATCTGAGGCTCGCCAGCGCCAGCTTGCCCCCAGTCGCAAGCCTTTGCTTGCCGCTGGGGGTAGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGTCAAGCGTGAGCAGGGTCGATGTCAACTGTCTTTCCCGAAGATTCCGTCGGTCTGGTAGTACCGCAAACCGCCCGGTTCGATGAACCGCTGGCACTGGCCTGTGGCCGTTCACTGGCCAGTTACG > NC_002947/5820116‑5820412 | gttcatcgaaccgggcggtttgcggtactaccagaccgacggaatcttcgggaaagacagttgacatcgaccctgctcacgcttgacggaggcgtaagtctaaagagcgcTGCCCCCAGTCGCAAGCCTTTGCTTGCCGCTGGGGGTAgc > 2:1723802‑M1/111‑150 (MQ=255) ccTTCCTGGCGATCCAGGTGGTCCAGTCGTTTGTCATGCCCCCGCTGGCCGCCTACGCCGGCATGCCTCAAGAGCTGTGGCGAATGATCTGAGGCTCGCCAGCGCCAGCTTGCCCCCAGTCGCAAGCCTTTGCTTGCCGCTGGGGGTAgc < 2:726252/150‑1 (MQ=255) tCCTGGCGATCCAGGTGGTCCAGTCGTTTGTCATGCCCCCGCTGGCCGCCTACGCCGGCATGCCTCAAGAGCTGTGGCGAATGATCTGAGGCTCGCCAGCGCCAGCTTGCCCCCAGTCGCAAGCCTTTGCTTGCCGCTGGGGGTAGCGct < 1:454188/150‑1 (MQ=255) cTGGCGATCCAGGTGGTCCAGTCGTTTGTCATGCCCCCGCTGGCCGCCTACGCCGGCATGCCTCAAGAGCTGTGGCGAATGATCTGAGGCTCGCCAGCGCCAGCTTGCCCCCAGTCGCAAGCCTTTGCTTGCCGCTGGGGGTAGCGctct > 1:934647/1‑150 (MQ=255) gCGATCCAGGTGGTCCAGTCGTTTGTCATGCCCCCGCTGGCCGCCTACGCCGGCATGCCTCAAGAGCTGTGGCGAATGATCTGAGGCTCGCCAGCGCCAGCTTGCCCCGAGTCGCAAGCCTTTGCTTGGCGCTGGGGGTAGCGCCCtttc > 1:1271940/1‑149 (MQ=255) cGATCCAGGTGGTCCAGTCGTTTGTCATGCCCCCGCTGGCCGCCTACGCCGGCATGCCTCAAGAGCTGTGGCGAATGATCTGAGGCTCGCCAGCGCCAGCTTGCCCCCAGTCGCAAGCCTTTGCTTGCCGCTGGGGGTAGCGCTCTTTAg < 2:82345/150‑1 (MQ=255) gATCCAGGTGGTCCAGTCGTTTGTCATGCCCCCGCTGGCCGCCTACGCCGGCATGCCTCAAGAGCTGTGGCGAATGATCTGAGGCTCGCCAGCGCCAGCTTGCCCCCAGTCGCAAGCCTTTGCTTGCCGCTGGGGGTAGCGCTCTTTAGa < 2:394607/150‑1 (MQ=255) gATCCAGGTGGTCCAGTCGTTTGTCATGCCCCCGCTGGCCGCCTACGCCGGCATGCCTCAAGAGCTGTGGCGAATGATCTGAGGCTCGCCAGCGCCAGCTTGCCCCCAGTCGCAAGCCTTTGCTTGCCGCTGGGGGTAGCGCTCTTTAGa > 1:1254452/1‑150 (MQ=255) aGGTGGTCCAGTCGTTTGTCATGCCCCCGCTGGCCGCCTACGCCGGCATGCCTCAAGAGCTGTGGCGAATGATCTGAGGCTCGCCAGCGCCAGCTTGCCCCCAGTCGCAAGCCTTTGCTTGCCGCTGGGGGTAGCGCTCTTTAGACTTAc < 2:2329361/150‑1 (MQ=255) gtggtCCAGTCGTTTGTCATGCCCCCGCTGGCCGCCTACGCCGGCATGCCTCAAGAGCTGTGGCGAACGATCTGAGGCTCTCCAGCGCCAGCTTGCCCCCAGTCGCAAGCCTTTGCTTGCCGCTGGGGGTAGCGCTCTTTAGACTTACGc > 2:2199849/1‑150 (MQ=255) cAGTCGTTTGTCATGCCCCCGCTGGCCGCCTACGCCGGCATGCCTCAAGAGCTGTGGCGAATGATCTGAGGCTCGTCAGCGCCAGCTTGCCCCCAGTCGCAAGCCTTTGCTTGCCGCTGGGGGTAGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGt > 1:1195566/1‑150 (MQ=255) cAGTCGTTTGTCATGCCCCCGCTGGCCGCCTACGCCGGCATGCCTCAAGAGCTGTGGCGAATGATCTGAGGCTCGCCAGCGCCAGCTTGCCCCCAGTCGCAAGCCTTTGCTTGCCGCTGGGGGTAGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGt > 1:2281721/1‑150 (MQ=255) cAGTCGTTTGTCATGCCCCCGCTGGCCGCCTACGCCGGCATGCCTCAAGAGCTGTGGCGAATGATCTGAGGCTCGCCAGCGCCAGCTTGCCCCCAGTCGCAAGCCTTTGCTTGCCGCTGGGGGTAGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGt > 2:636703/1‑150 (MQ=255) cAGTCGTTTGTCATGCCCCCGCTGGCCGCCTACGCCGGCATGCCTCAAGAGCTGTGGCGAATGATCTGAGGCTCGCCAGCGCCAGCTTGCCCCCAGTCGCAAGCCTTTGCTTGCCGCTGGGGGTAGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGt > 2:2207293/1‑150 (MQ=255) tCGTTTGTCATGCCCCCGCTGGCCGCCTACGCCGGCATGCCTCAAGAGCTGTGGCGAATGATCTGAGGCTCGCCAGCGCCAGCTTGCCCCCAGTCGCAAGCCTTTGCTTGCCGCTGGGGGTAGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGTCaa < 1:1433913/150‑1 (MQ=255) ttGTCATGCCCCCGCTGGCCGCCTACGCCGGCATGCCTCAAGAGCTGTGGCGAATGATCTGAGGCTCGCCAGCGCCAGCTTGCCCCCAGTCGCAAGCCTTTGCTTGCCGCTGGGGGTAGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGTCAAGCGt < 1:2012373/150‑1 (MQ=255) ttGTCATGCCCCCGCTGGCCGCCTACGCCGGCATGCCTCAAGAGCTGTGGCGAATGATCTGAGGCTCGCCAGCGCCAGCTTGCCCCCAGTCGCAAGCCTTTGCTTGCCGCTGGGGGTAGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGTCAAGCGt < 2:1267415/150‑1 (MQ=255) ttGTCATGCCCACGCTGGCCGCCTACGCCGGCATGCCTCAAGAGCTGTGGCGAATGATCTGAGGCTCGCCAGCGCCAGCTTGCCCCCAGTCGCAAGCCTTTGCTTGCCGCTGGGGGTAGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGTCAAGCGt < 2:1888015/150‑1 (MQ=255) 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gCCGGCATGCCTCAAGAGCTGTGGCGAATGATCTGAGGCTCGCCAGCGCCAGCTTGCCCCCAGTCGCAAGCCTTTGCTTGCCGCTGGGGGTAGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGTCAAGCGTGAGCAGGGTCGATGTCAACTGTCttt < 1:1018308/150‑1 (MQ=255) cGGCATGCCTCAAGAGCTGTGGCGAATGATCTGAGGCTCGCCAGCGCCAGCTTGCCCCCAGTCGCAAGCCTTTGCTTGCCGCTGGGGGTAGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGTCAAGCGTGAGCAGGGTCGATGTCAACTGTCTTccc < 2:569691/150‑1 (MQ=255) cGGCATGCCTCAAGAGCTGTGGCGAATGATCTGAGGCTCGCCAGCGCCAGCTTGCCCCCAGTCGCAAGCCTTTGCTTGCCGCTGGGGGTAGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGTCAAGCGTGAGCAGGGTCGATGTCAACTGTCTTTcc < 1:641008/150‑1 (MQ=255) gCATGCCTCAAGAGCTGTGGCGAATGATCTGAGGCTCGCCAGCGCCAGCTTGCCCCCAGTCGCAAGCCTTTGCTTGCCGCTGGGGGTAGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGTCAAGCGTGAGCAGGGTCGATGTCAACTGTCTTTCCCg > 1:1507611/1‑150 (MQ=255) cATGCCTCAAGAGCTGTGGCGAATGATCTGAGGCTCGCCAGCGCCAGCTTGCCCCCAGTCGCAAGCCTTTGCTTGCCGCTGGGGGTAGCGCTCTTTa > 1:1201602/1‑97 (MQ=255) cATGCCTCAAGAGCTGTGGCGAATGATCTGAGGCTCGCCAGCGCCAGCTTGCCCCCAGTCGCAAGCCTTTGCTTGCCGCTGGGGGTAGCGCTCTTTa < 2:1201602/97‑1 (MQ=255) 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tacccccagcggcaagcaaaggcttgcgactgggggtaGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGTCAAGCGTGa > 2:480409‑M2/39‑72 (MQ=255) cccagcggcaagcaaaggcttgcgactgggggcaGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGTCAAGCGTGAGCAGGGTCGATGTCAACTGTCTTTCCCGaa > 1:2077674‑M2/35‑98 (MQ=255) cccagcggcaagcaaaggcttgcgactgggggcaGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGTCAAGCGTGAGCAGGGTCGATGTCAACTGTCTTTCCCGaa < 2:2077674‑M2/64‑1 (MQ=255) ccAGTCGCAAGCCTTTGCTTGCCACTGGGGGTAGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGTCAAGCGTGAGCAGGGTCGATGTCAACTGTCTTTCCCGAAGATTCCGTCGGTCTGGTAGTACCGCAAACCGCCCGGTTCGATGAACCGCTGGc > 2:210530/1‑150 (MQ=255) cAAGCCTTTGCTTGCCGCTGGGGGTAGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGTCAAGCGTGAGCAGGGTCGATGTCAACTGTCTTTCCCGAAGATTCCGTCGGTCTGGTAGTACCGCAAACCGCCCGGTTCGATGAACCGCTGGCACTGGcc > 1:1811533/1‑150 (MQ=255) cAAGCCTTTGCTTGCCGCTGGGGGTAGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGTCAAGCATGAGCAGGGTCGATGTCAACTGTCTTTCCCGAAGATTCCGTCGGTCTGGTAGTACCGCAAACCGCCCGGTTCGATGAACCGCTGGCACTGGcc > 2:1517255/1‑150 (MQ=255) gCCTTTGCTTGCCGCTGGGGGTAGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGTCAAGCGTGAGCAGGGTCGATGTCAACTGTCTTTCCCGAAGa > 1:1055405/1‑89 (MQ=255) ccTTTGCTTGCCGCTGGGGGTAGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGTCAAGCGTGAGCAGGGTCGATGTCAACTGTCTTTCCCGAAGATTCCGTCGGTCTGGTAGTACCGCAAACCGCCCGGTTCGATGAACCGCTGGCACTGGCCagtg > 1:36424/1‑150 (MQ=255) cTTTGCTTGCCGCTGGGGGTAGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGTCAAGCGTGAGCAGGGTCGATGTCAACTGTCTTTCCCGAAGATTCCGTCGGTCTGGTAGTACCGCAAACCGCCCGGTTCGATGAACCGCTGGCACTGGCCTGTgg > 2:1451550/1‑150 (MQ=255) ttgcttgcCGCTGGGGGTAGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGTCAAGCGTGAGCAGGGTCGATGTCAACTGTCTTTCCCGAAGATTCCGTCGGTCTGGTAGTACCGCAAACCGCCCGGTTCGATGAACCGCTGGCACTGGCCTGTGGcc < 2:1152016/150‑1 (MQ=255) gcttgcCGCTGGGGGTAGCGCTCTTTAGACTTAAGCCTCCGTCAAGCGTGAGCAGGGTCGATGTCAACTGTCTTTCCCGAAGATTCCGTCGGTCTGGTAGTACCGCAAACCGCCCGGTTCGATGAACCGCTGGCACTGGCCTGTGGCCGt < 2:1911178/150‑1 (MQ=255) ttgcgactgggggcaGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGTCAAGCGTGAGCAGGGTCGATGTCAACTGTCTTTCCCGAAGATTCCGTCGGTCTGGTAGTACCGCAAACCGCCCGGTTCGATGAACCGCTGGCACTGGCCTGTGGCCGTTc < 1:1723802‑M2/135‑1 (MQ=255) ttgcCGCTGGGGGTAGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGTCAAGCGTGAGCAGGGTCGATGTCAACTGTCTTTCCCGAAGATTCCGTCGGTCTGGTAGTACCGCAAACCGCCCGGTTCGATGAACCGCTGGCACTGGCCtgt > 2:290220/1‑142 (MQ=255) ttgcCGCTGGGGGTAGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGTCAAGCGTGAGCAGGGTCGATGTCAACTGTCTTTCCCGAAGATTCCGTCGGTCTGGTAGTACCGCAAACCGCCCGGTTCGATGAACCGCTGGCACTGGCCtgt < 1:290220/142‑1 (MQ=255) gcCGCTGGGGGTAGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGTCAAGCGTGAGCAGGGTCGATGTCAACTGTCTTTCCCGAAGATTCCGTCGGTCTGGTAGTACCGCAAACCGCCCGGTTCGATGAACCGCTGGCACTGGCCTGTGGCCGTTCAc < 2:1077601/150‑1 (MQ=255) gcCGCTGGGGGTAGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGTCAAGCGTGAGCAGGGTCGATGTCAACTGTCTTTCCCGAAGATTCCGTCGGTCTGGTAGTACCGCAAACCGCCCGGTTCGATGAACCGCTGGCACTGGCCTGTGGCCGTTCAc < 2:580181/150‑1 (MQ=255) gCTGGTGGTAGCGCTCTTTAGACTTACGCCGCCGTCAAGCGTGAGCAGGGTCGATGTCAACTGTCTTTCCCGAAGATTCCGTCGGTCTGGTAGTACCGCAAACCGCCCGGTTCGATGAACCGCTGGCACTGGCCTGTGGCCGTTCACTga < 1:439586/150‑2 (MQ=255) gCTGGGGGTAGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGTCAAGCGTGAGCAGGGTCGATGTCAACTGTCTTTCCCGAAGATTCCGTCgg < 1:511551/85‑1 (MQ=255) gCTGGGGGTAGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGTCAAGCGTGAGCAGGGTCGATGTCAACTGTCTTTCCCGAAGATTCCGTCgg > 2:511551/1‑85 (MQ=255) cTGGGGGTAGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGTCAAGCGTGAGCAGGGTCGATGTCAACTGTCTTTCCCGAAGATTCCGTCGGTCTGGTAGTACCGCAAACCGCCCGGTTCGATGAACCGCTGGCACTGGCCTGTGGCCGTTCACTGGc < 2:1811533/150‑1 (MQ=255) ggggTAGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGTCAAGCGTGAGCAGGGTCGATGTCAACTGTCTTTCCCGAAGATTCCGTCGGTc > 1:1402685/1‑83 (MQ=255) gggTAGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGTCAAGCGTGAGCAGGGTCGATGTCAACTGTCTTTCCCGAAGATTCCGTCGGTCTGGTAGTACCGCAAACCGCCCGGTTCGATGAACCGCTGGCACTGGCCAGTGAACGGCCACAGGCCAGt < 2:1507611/150‑1 (MQ=255) ggTAGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGTCAAGCGTGAGCAGGGTCGATGTCAACTGTCTTTCCCGAAGATTCCGTCGGTCTGGTAGTACCGCAAACCGCCCGGTTCGATGAACCGCTGGCACTGGCCTGTGGCCGTTCACTGGCCAGtt < 1:587469/150‑1 (MQ=255) ggTAGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGTCAAGCGTGAGCAGGGTCGATGTCAACTGTCTTTCCCGAAGATTCCGTCGGTCTGGTAGTACCGCAAACCGACCGGTTCGATGAACCGCTGGCACTGGCCTGTGGCCGTTCACTGGCCAGtt < 2:1189346/150‑1 (MQ=255) aGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGTCAAGCGTGAGCAGGGTCGATGTCAACTGTCTTTCCCGAAGATTCCGTCGGTCTGGTAGTACCGCAAACCGCCCGGTTCGATGAACCGCTGGCACTGGCCTGTGGCCGTTCACTGGCCAGTTACg < 1:1977409‑M2/149‑1 (MQ=255) aGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGTCAAGCGTGAGCAGGGTCGATGTCAACTGTCTTTCCCGAAGATTCCGTCGGTCTGGTAGTACCGCAAACCGCCCGGTTCGATGAACCGCTGGCACTGGCCTGTGGCCGTTCACTGGCCAGTTACg > 1:109685‑M2/2‑150 (MQ=255) | CCTTCCTGGCGATCCAGGTGGTCCAGTCGTTTGTCATGCCCCCGCTGGCCGCCTACGCCGGCATGCCTCAAGAGCTGTGGCGAATGATCTGAGGCTCGCCAGCGCCAGCTTGCCCCCAGTCGCAAGCCTTTGCTTGCCGCTGGGGGTAGCGCTCTTTAGACTTACGCCTCCGTCAAGCGTGAGCAGGGTCGATGTCAACTGTCTTTCCCGAAGATTCCGTCGGTCTGGTAGTACCGCAAACCGCCCGGTTCGATGAACCGCTGGCACTGGCCTGTGGCCGTTCACTGGCCAGTTACG > NC_002947/5820116‑5820412 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |