| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 86765 | 156 (0.650) | 8 (0.030) +GC |
3/270 | NT | 7.0% | intergenic (‑48/+97) | PP_0075/PP_0076 | choline sulfate transporter/choline betaine‑binding protein |
| ? | NC_002947 | = 1504460 | 59 (0.240) | intergenic (+81/‑85) | trpS/zapE | tryptophan‑‑tRNA ligase/nucleoside triphosphate hydrolase domain‑containing protein | |||||
CAACGCTGAAGCCCGTGATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑ACAGGCGCCGC‑GGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGATCTGAAACGTCCCGACTTCTTCCATGA > NC_002947/1504313‑1504600 | gggagtcatgattcgttagcgaggcaacaaaaaccgggccgtcactgtagcgataggcccgcttaatggcaatcagtctGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGACCACCGGCAAAGCCGGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGc > 2:2283763‑M1/80‑150 (MQ=255)gggagtcatgattcgttagcgaggcaacaaaaaacgggccgtcactgtagcgataggcccgcttaatggcaatcagtctGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑ACAGGCGCCGC‑GGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCAc > 1:1161839‑M1/80‑150 (MQ=255)gggagtcatgattcgttagcgaggcaacaaaaaacgggccgtcactgtagcgataggcccgcttaatggcaatcagtctGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑ACAGGCGCCGC‑GGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCAc > 1:1161838‑M1/80‑150 (MQ=255)gggagtcatgattcgttagcgaggcaacaaaaaacgggccgtcactgtagcgataggcccgcttaatggcaatcagtctGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑ACAGGCGCCGC‑GGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCAc > 1:3990320‑M1/80‑150 (MQ=255) tGAAGCCCGTGATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGGGGGGCCCCCAA‑AAAAGCCCCGC‑CGGGCAAGGCCCCCGCGTTGGCGGGGGTAGCGGGCcccccccc > 2:937902/1‑148 (MQ=255) gAAGCCCGTGATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAA‑ACACGCGCCGC‑GGGGCATGGCCCCCGCGTTGCCGGTGTTCGCGGGCCCCCCCCCt > 2:3415188/1‑150 (MQ=255) gTGATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCCCGAA‑ACAGGCGCCGC‑GGGGCCTGGCCCCGGCGTTGCCGGTGGTAGCGGGCccgcccgcgcccacag < 2:1071045‑M2/150‑17 (MQ=255) tGATGCGGCCATTAAGAGCCTGAACGAAGCCTGGGCACCACAGCTGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGGGGGCGTGCCGGCGAA‑ACCGGCGCGGC‑GGTGCATGGCCCCGGCTTTGCGGGTGTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGa < 1:5614535/150‑1 (MQ=37) ggCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑ACAGGCGCCGC‑GGTGCATGGCACCCGCTTTTCCCGGGTTCGCCGGCCCCCCCGCGCCCCCACACTGAtt > 2:2976221/1‑150 (MQ=37) ccATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑ACAGGCGCCGC‑GGTGCATGGCCACGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACCGACTGATTGc > 2:3142838/1‑150 (MQ=255) agagCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGCA‑ACAGGCGCCGC‑GGTGCATGGCACCGGCGTTGCCGGTGTTCGCGGGCCCGCCCGCGCCCACAGACTGATTGCCCTTaa > 2:354858/1‑150 (MQ=37) gagCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGGCCGCGAA‑AAAGGCGCCGC‑GGTGCAGGGCACCGGCTTTTCCGGTGTTCGCGGGCACGCCCCCTCCCACAGACTGCTTGCCATTAAg > 2:2212914/1‑150 (MQ=38) agCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACCGCAGGACTGAGGCTGCCAACCGGGGGGAGCGGGCGTGCCCGCTAA‑ACAGGCGCCGC‑GGTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGc < 2:334228/150‑1 (MQ=37) ccTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAA‑ACAGGCGCCGC‑GGTGCATGGCACCCGCGTTGCCGGTGTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACCGACGGATTGCCATTAAGccg > 1:3480938/1‑148 (MQ=37) cTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑ACAGGCGCCGC‑GGGGCATGGCACCGGCGTTGCCGGTGTTCGCGGGCACGCCCGCGCCCCCCGACGGGTTGCCATTAAGCggg > 2:4132724/1‑150 (MQ=37) cTTGGCACCACCGCCGGACTGCGGCTGCCAAACGGTGGGCGCGGGGGGGCCCGCGAA‑ACAGGCGCCGC‑GGTGCATGGCCCCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTAc < 1:2805110/150‑1 (MQ=37) ggCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGTGCGGGCGTGCCCGCGAA‑ACAGGCGCCGC‑GGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGt < 2:1305284/150‑1 (MQ=255) cgcagGCCTGAGGCTGCCAAAGGGGGGGCGCGGGCGGGCCCGCGAC‑ACAGGCGCCGC‑GGTGCTTGGCACGGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGccc < 2:35044/149‑1 (MQ=37) 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gggAGCGGGCATGCCCGCGAA‑AAAGCCAACGC‑GTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCgcgcccgctcccacagggcgtggcgaccccttaaggattgtggataacccctgcctcgccgcgctttactgctgcccgtcctc < 1:5211600‑M2/150‑84 (MQ=255) cggGGGGGTGCCCGCGAC‑ACCGGCGCCGC‑GGTGCATGGCCCCGGCTTGGCCGGTGGGCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCAt > 2:3917319‑M1/4‑150 (MQ=255) AGCGGGCGTGCCCGCGAA‑ACAGGCGCCGC‑GGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCAt > 1:4624183‑M1/1‑150 (MQ=255) GCGGGCTGGCCCGCTAA‑ACCGCCGCCGC‑GGTGCATGGCACCGGCTTGGCCGGTGTTCGCGGCCCCCCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATg > 1:4013256‑M1/1‑150 (MQ=255) ggggggggCCCGCTAA‑ACCGGCGCCGG‑GGTGCATGGCACGGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGa < 1:4123018/143‑1 (MQ=38) 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GCGGGCCCGCGAA‑ACTGGCGCCGC‑GGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTc > 2:234020‑M1/1‑150 (MQ=255) TGCCCGCGAA‑ACAGGCGCCGC‑GGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCt < 1:1697509‑M1/150‑1 (MQ=255) TGCCCGCGAA‑ACAGGCGCCGC‑GGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCt < 1:2426067‑M1/150‑1 (MQ=255) CCCGCGAA‑ACAGGCGCCGC‑GGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTa < 2:2024844‑M1/150‑1 (MQ=255) CCCGCGAA‑ACAGGCGCCGC‑GGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTa < 2:1457078‑M1/150‑1 (MQ=255) CCCGCGAA‑ACAGGCGCCGC‑GGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTa < 2:2283774‑M1/150‑1 (MQ=255) ccGCGAA‑AAAGCCAACGC‑GTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCgcgcccgctcccacagggcttggcgaccccttaaggattgtggataacccatgcatcgcctctctttactgctgcccttcctcacctggcttccccg < 2:5289874‑M2/150‑98 (MQ=255) ccGCGAA‑AAAGCCAACGC‑GTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCgcgcccgctcccacagggcttggcgaccccttaaggattgtggataacccatgcatcgcctctctttactgctgcccttcctcacctggcttccccg < 1:3287787‑M2/150‑98 (MQ=255) ccGCGAA‑AAAGCCAACGC‑GTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCgcgcccgctcccacagggcttggcgaccccttaaggattgtggataacccatgcatcgcctctctttactgctgcccttcctcacctggcttccccg < 1:798406‑M2/150‑98 (MQ=255) ccGCGAA‑AAAGCCAACGC‑GTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCgcgcccgctcccacagggcttggcgaccccttaaggattgtggataacccatgcatcgcctctctttaatgctgcccttcctcacctggcttccccg < 1:1779065‑M2/150‑98 (MQ=255) CCGCGAA‑ACAGGCGCCGC‑GGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAg < 2:4074992‑M1/150‑1 (MQ=255) CCGCGAA‑ACAGGCGCCGC‑GGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAg < 2:1683838‑M1/150‑1 (MQ=255) CCGCGAA‑ACAGGCGCCGC‑GGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGACTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAg < 1:3682855‑M1/150‑1 (MQ=255) CCGCGAA‑ACAGGCGCCGC‑GGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTGTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAg < 2:776453‑M1/150‑1 (MQ=255) CCGCGAA‑ACAGGCGCCGC‑GGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCAGTAAGCGGGCCTATCGCTCCAGTGACGGCCCGTTTTGTGTTGCCTCGCGAACGAATCATGACTCCCTTAg < 1:4914067‑M1/150‑1 (MQ=255) 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GAA‑ACAGGCGCCGC‑GGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACg < 1:2214161‑M1/150‑1 (MQ=255) aGGCGCCGC‑GGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATc > 2:5070055/1‑150 (MQ=255) aGGCGCCGC‑GGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACGGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGGTTTGTGTTGCCTCGCTCACGAATCATGACTCCCTGAGAACGCTATc > 2:5070069/1‑150 (MQ=38) ggCGCCGC‑GGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCa > 1:1298279/1‑150 (MQ=255) ggCGCCGC‑GGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCa > 1:1298280/1‑150 (MQ=255) 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2:391613/1‑150 (MQ=255) tGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGATCTGAAAc < 2:4270493/150‑1 (MQ=255) gaacACCGGCAAAGCCGGTGTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGATCTGAAAc > 2:3910673/4‑150 (MQ=255) aCCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGATCTGAAACGTcc > 1:2549211/1‑150 (MQ=255) aCCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGATCTGAAACGTcc > 1:4617986/1‑150 (MQ=255) aCCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGATCTGAAACGTcc > 1:435522/1‑150 (MQ=255) 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gtTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGATCTGAAACGTCCCGACTTCTTCCATGa > 2:1975138/1‑150 (MQ=255) | CAACGCTGAAGCCCGTGATGCGGCCATTCAGAGCCTGAACGAAGCCTTGGCACCACAGCAGGACTGAGGCTGCCAAACGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑ACAGGCGCCGC‑GGTGCATGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGACTGATTGCCATTAAGCGGGCCTATCGCTACAGTGACGGCCCGTTTTTTGTTGCCTCGCTAACGAATCATGACTCCCTTAGAACGCTATCAAGCAGATCTGAAACGTCCCGACTTCTTCCATGA > NC_002947/1504313‑1504600 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |