| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 1431721 | 187 (0.950) | 15 (0.080) | 7/264 | NT | 7.1% | coding (158/336 nt) | PP_1253 | ArsR family transcriptional regulator |
| ? | NC_002947 | = 1431746 | 211 (1.120) | coding (133/336 nt) | PP_1253 | ArsR family transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
GCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCATCCAGCTCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGGTGGCGGACGATTTCCAGGCGCACGGGGTCGCTGAGCGCATAGAGCAGGCGTTCAAGAATGAGGTCGTCGGGGTTGGGATGTTTATAGGCTCGCATGGTTGACATGATAACGGGGGTTTCATTA > NC_002947/1431572‑1431870 | cccGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCATCCAGCTCGC‑‑caca > 1:2812599/1‑150 (MQ=255) cccGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCATCCAGCTCGC‑‑caca > 1:2285384/1‑150 (MQ=255) cGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCATCCAGCTCGC‑‑CACAGc > 2:1463344/1‑150 (MQ=255) gggAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCATCCAGCTCGC‑‑CACAGcg > 2:3754318/1‑149 (MQ=255) gggAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCATCCAGCTCGC‑‑CACAGCt > 2:1185595/1‑150 (MQ=255) cGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCATCCAGCTCGC‑‑CACAGCTGGCCTCg < 2:1246368/150‑1 (MQ=255) gCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCATCCAGCTCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCAc > 2:1167480/1‑150 (MQ=255) gCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCATCCAGCTCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCAc > 1:90595/1‑150 (MQ=255) gCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCATCCAGCTCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCAc > 1:1673833/1‑150 (MQ=255) gCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCATCCAGCTCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCAc > 2:2864550/1‑150 (MQ=255) gCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCATCCAGCTCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCAc < 1:1903445/150‑1 (MQ=255) aGCATCTCGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCATCCAGCTCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCACGCCg > 1:3454101/1‑150 (MQ=255) ctcGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCATCCAGCTCGCCACACctggccggcgtggccgaggccag < 2:1618247‑M1/150‑24 (MQ=255) ctcGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCATCCAGCTCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAg < 2:2932815/150‑1 (MQ=255) gCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCATCCAGCTCGCCACACctggccggcgtggccgaggccagctg < 2:1881623‑M1/150‑27 (MQ=255) gCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCATCCAGCTCGC‑‑CACctggccggcgtggccgaggccagctgtg < 2:2358366‑M1/150‑29 (MQ=255) gCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCATCCAGCTCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGgtg > 2:4034842‑M2/1‑147 (MQ=255) tACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCATCCAGCTCGCCACACctggccggcgtggccgaggccagctgtg < 2:826509‑M1/150‑29 (MQ=255) 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cATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCATCCAGCTCGC‑‑CACctggccggcgtggccgaggccagctgtggcgagctggatggag < 1:149558‑M1/150‑44 (MQ=255) atatGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCATCCAGCTCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGGTGGCGGACGATTTCCAgg > 2:3797212/1‑150 (MQ=255) atatGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCATCCAGCTCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGGTGGCGGACGATTTCCAgg > 2:1926503/1‑150 (MQ=255) atatGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCATCCAGCTCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGGTGGCGGACGATTTCCAgg > 1:3988880/1‑150 (MQ=255) atatGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCATCCAGCTCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGGTGGCGGACGATTTCCAgg > 1:2191706/1‑150 (MQ=255) tGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCATCCAGCTCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGGTGGCGGACGATTTCCAGgcgc < 1:3006058/150‑1 (MQ=255) gccccACCGTGCGGGTGTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACCCACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCAGCCAGCTCGC‑‑CACCGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGGTGGCGGACGCGTTCCCGGCGCACGGGGt < 2:528091/149‑1 (MQ=255) cccACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACTGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCATCCAGCTCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGGTGGCGGACGATTTCCAGGCGCACGGGGTCg < 1:3639698/150‑1 (MQ=255) cccACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCATCCAGCTCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGGTGGCGGACGATTTCCAGGCGCACGGGGTCg > 2:3318661/1‑150 (MQ=255) cacaTTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCATCCAGCTCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGGTGGCGGACGATTTCCAGGCGCACGGGGTCGCt < 1:3860863/150‑1 (MQ=255) acaTTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCATCCAGCTCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGGTGGCGGACGATTTCCAGGCGCACGGGGTCGCt > 1:4289307/1‑149 (MQ=255) caTTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCATCCAGCTCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGGTGGCGGACGATTTCCAGGCGCACGGGGTCGCTGa < 2:3454101/150‑1 (MQ=255) caTTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCATCCAGCTCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGGTGGCGGACGATTTCCAGGCGCACGGGGTCGCTGa < 2:3568952/150‑1 (MQ=255) cGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCATCCAGCTCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGTCACGCCGGCCAGGTGGCGGACGATTTCCAGGCGCACGGGGTCGCTGAGCGCa > 2:1882876/1‑150 (MQ=255) gggTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCATCCAGCTCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGGTGGCGGACGATTTCCAGGCGCACGGGGTCGCTGAGCGCAt < 2:2892424/150‑1 (MQ=255) 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ggCCGACCTCCATCCAGCTCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGGTGGCGGACGATTTCCAGGCGCACGGGGTCGCTGAGCGCATAGAGCAGGCGTTCAAGAATGAGGTCGTCGGGGTTGGGATGTTTATAGGCTCGCATGGtt < 1:3241796/150‑1 (MQ=255) gCCGACCTCCATCCAGCTCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGGTGGCGGACGATTTCCAGGCGCACGGGGTCGCTGAGCGCATAGAGCAGGCGTTCAAGAATGAGGTCGTCGGGGTTGGGATGTTTATAGGCTCGCATGGTTg > 1:2631222/1‑150 (MQ=255) cGACCTCCATCCAGCTCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGGTGGCGGACGATTTCCAGGCGCACGGGGTCGCTGAGCGCATAGAGCAGGCGTTCAAGAATGAGGTCGTCGGGGTTGGGATGTTTATAGGCTCGCATGGTTGAc < 1:1263570/150‑1 (MQ=255) gACCTCCATCCAGCTCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGGTGGCGGACGATTTCCAGGCGCACGGGGTCGCTGAGCGCATAGAGCAGGCGTTCAAGAATGAGGTCGTCGGGGTTGGGATGTTTATAGGCTCGCATGGTTGACa < 2:649429/150‑1 (MQ=255) gACCTCCATCCAGCTCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGGTGGCGGACGATTTCCAGGCGCACGGGGTCGCTGAGCGCATAGAGCAGGCGTTCAAGAATGAGGTCGTCGGGGTTGGGATGTTTATAGGCTCGCATGGTTGACa < 2:3774423/150‑1 (MQ=255) aCCTCCATCCAGCTCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGGTGGCGGACGATTTCCAGGCGCACGGGGTCGCTGAGCGCATAGAGCAGGCGTTCAAGAATGAGGTCGTCGGGGTTGGGATGTTTATAGGCTCGCATGGTTGACAt < 2:866487/150‑1 (MQ=255) cTCCATCCAGCTCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGGTGGCGGACGATTTCCAGGCGCACGGGGTCGCTGAGCGCATAGAGCAGGCGTTCAAGAATGAGGTCGTCGGGGTTGGGATGTTTATAGGCTCGCATGGTTGACATGa < 1:4339728/150‑1 (MQ=255) tccaGCTCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGGTGGCGGACGATTTCCAGGCGCACGGGGTCGCTGAGCGCATAGAGCAGGCGTTCAAGAATGAGGTCGTCGGGGTTGGGATGTTTATAGGCTCGCATGGTTGACATGATAACg < 1:3475262/150‑1 (MQ=255) tccaGCTCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGGTGGCGGACGATTTCCAGGCGCACGGGGTCGCTGAGCGCATAGAGCAGGCGTTCAAGAATGAGGTCGTCGGGGTTGGGATGTTTATAGGCTCGCATGGTTGACATGATAACg < 1:1415500/150‑1 (MQ=255) ccaGCTCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGGTGGCGGACGATTTCCAGGCGCACGGGGTCGCTGAGCGCATAGAGCAGGCGTTCAAGAATGAGGTCGTCGGGGTTGGGATGTTTATAGGCTCGCATGGTTGACATGATAACgg > 1:1008283/1‑150 (MQ=255) ccaGCTCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGGTGGCGGACGATTTCCAGGCGCACGGGGTCGCTGAGCGCATAGAGCAGGCGTTCAAGAATGAGGTCGTCGGGGTTGGGATGTTTATAGGCTCGCATGGTTGACATGATAACgg < 2:272651/150‑1 (MQ=255) cTCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGGTGGCGGACGATTTCCAGGCGCACGGGGTCGCTGAGCGCATAGAGCAGGCGTTCAAGAATGAGGTCGTCGGGGTTGGGATGTTTATAGGCTCGCATGGTTGACATGATAACGGGGGt < 1:2044994/150‑1 (MQ=255) tCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGgtggcgagctggatggaggtcggccgaagtcgagcatgtcccaccacttccgtgtgttgcgtgatgcagggctggtgcaaacccgcaatgtggggactacccatatgaattcgctgcg < 1:9904‑M2/150‑119 (MQ=255) tCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGgtggcgagctggatggaggtcggccgaagtcgagcatgtcccaccacttccgt > 2:1774313‑M2/1‑32 (MQ=255) tCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGgtggcgagctggatggaggtcggccgaagtcgagcatgtcccaccacttccgt < 1:1774313‑M2/85‑54 (MQ=255) tCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGGTGGCGGACGATTTCCAGGCGCACGGGGTCGCTGAGCGCATAGAGCAGGCGTTCAAGAATGAGGTCGTCGGGGTTGGGATGTTTATAGGCTCGCATGGTTGACATGATAACGGGGGtt < 2:1946961/150‑1 (MQ=255) cGC‑‑CACctggccggcgtggccgaggccagctgtggcgagctggatggaggtcggccgaagtcgagcatgtcccaccacttccgtgtgttgcgtgatgcagggctggtgcaaacccgcactgtggggactacccatatgaattcgctgcgt > 2:3789014‑M1/1‑6 (MQ=255) gC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGGTGGCGGACGATTTCCAGGCGCACGGGGTCGCTGAGCGCATAGAGCAGGCGTTCAAGAATGAGGTCGTCGGGGTTGGGATGTTTATAGGCTCGCATGGTTGACATGATAACGGGGGTTTc > 1:4084035/1‑150 (MQ=255) gC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGGTGGCGGACGATTTCCAGGCGCACGGGGTCGCTGAGCGCATAGAGCAGGCGTTCAAGAATGAGGTCGTCGGGGTTGGGATGTTTATAGGCTCGCATGGTTGACATGATAACGGGGGTTTc > 2:3633622/1‑150 (MQ=255) c‑‑cACctggccggcgtggccgaggccagctgtggcgagctggatggaggtcggccgaagtcgagcatgtcccaccacttccgtgtgttgcgtgatgcagggctggtgcaaacccgcaatgtggggactacccatatgaattcgctgcgtag > 1:4150528‑M1/1‑4 (MQ=255) c‑‑cACAGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGGTGGCGGACGATTTCCAGGCGCACGGGGTCGCTGAGCGCATAGAGCAGGCGTTCAAGAATGAGGTCGTCGGGGTTGGGATGTTTATAGGCTCGCATGGTTGACATGATAACGGGGGTTTCa < 1:4188167/150‑1 (MQ=255) cacaGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGgtggcgagctggatggaggtcggccgaagtcgagcatgtcccaccacttccgggtgttgcgtgatgcagggctggtgcaaacccgcactgtggggactacccatatgaattcgctgcgtagc < 2:3856798‑M2/150‑123 (MQ=255) cacaGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGgtggcgagctggatggaggtcggccgaagtcgagcatgtcccaccacttccgggtgttgcgtgatgcagggctggtgcaaacccgcaatgtggggactacccatatgaattcgctgcgtagc < 2:1580984‑M2/150‑123 (MQ=255) cacaGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGGTGGCGGACGATTTCCAGGCGCACGGGGTCGCTGAGCGCATAGAGCAGGCGTTCAAGAATGAGGTCGTCGGGGTTGGGATGTTTATAGGCTCGCATGGTTGACATGATAACGGGGGTTTCAt > 1:109973/1‑150 (MQ=255) acaGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGgtgtggcgagctggatggaggtcggctgaagtcgagcatgtcccaccacttccgtgtgttgcgtgatgcagggctggtgcaaacccgcaatgtggggactacccatatgaattcgctgcgtag < 2:2283002‑M2/150‑124 (MQ=255) caGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGgtgtggcgagctggatggaggtcggccgaagtcgagcatgtcccaccacttccgtgtgttgcgtgatgcagggctggtgcaaacccgcaatgtggggactacccatatgaattcgctgcgtagc < 2:792320‑M2/150‑125 (MQ=255) caGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGgtgtggcgagctggatggaggtcggccgaagtcgagcatgtcccaccacttccgtgtgttgcgtgatgcagggctggtgcaaacccgcaatgtggggactacccatatgaattcgctgcgtagc < 2:792738‑M2/150‑125 (MQ=255) | GCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCATCCAGCTCGC‑‑CACAGCTGGCCTCGGCCACGCCGGCCAGGTGGCGGACGATTTCCAGGCGCACGGGGTCGCTGAGCGCATAGAGCAGGCGTTCAAGAATGAGGTCGTCGGGGTTGGGATGTTTATAGGCTCGCATGGTTGACATGATAACGGGGGTTTCATTA > NC_002947/1431572‑1431870 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |