New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5818832 = | 44 (0.270) | 18 (0.130) | 10/232 | NT | 29.2% | intergenic (+40/+89) | PP_5092/pilT | NLP/P60 protein/twitching motility protein |
? | NC_002947 | 5818895 = | 49 (0.340) | intergenic (+103/+26) | PP_5092/pilT | NLP/P60 protein/twitching motility protein |
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
AAGCGGGTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCA > NC_002947/5818685‑5818979 | aaGCGGGTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGC < 1:4863717‑M1/150‑1 (MQ=255) aaGCGGGTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGC < 1:2368014‑M1/150‑1 (MQ=255) gTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCTGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTC < 2:3921772‑M1/150‑1 (MQ=255) 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tGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCC < 1:564345‑M1/150‑1 (MQ=255) gggcggttggcgctgttgtcttcagtgatgcagggcggggcggcggaggggatgctgacgatggagggggcgttgcggaggctgagggagcgagggttgatcaaaggcttgtagtacctgcaaaggccctttcgcgggcgCGCCCGCTcc > 2:4271895‑M1/141‑150 (MQ=255) gggcggttggcgcagttgtcttcagtgatgcagggcggggcggcggaggggatgctgacgatggagggggcgttgcggaggctgagggagcgagggttgatcaaaggcttgtagtacctgcaaaggccctttcgcgggcgcgc > 1:1597582‑M1/141‑143 (MQ=255) gggcggttggcgcagttgtcttcagtgatgcagggcggggcggcggaggggatgctgacgatggagggggcgttgcggaggctgagggagcgagggttgatcaaaggcttgtagtacctgcaaaggccctttcgcgggcgCGCCCGCTcc < 1:3989073‑M1/10‑1 (MQ=255) ggcggttggcgcagttgtcttcagtgatgcagggcggggcggcggaggggatgctgacgatggagggggcgttgcggaggctgagggagcgagggttgatcaaaggcttgtagtacctgcaaaggccctttcgcgggcgCGCCCGCTccc < 1:1135351‑M1/11‑1 (MQ=255) 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gCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACAtacctgtgggagcgg > 2:4071032‑M2/1‑135 (MQ=255) cAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCCCAGGTAGCGCCGCGCGCGCCCGCGCACCGCCCAtaccagtgggtgcgggc < 1:4363963‑M2/150‑18 (MQ=255) aGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGgcgc < 2:3048279/150‑1 (MQ=255) ggTGCTGCCTAAAGAGCAGCTGCTGAGTCTGGCAAAGCTTTAAGCTTATGGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGGGGGCACGCCCGCTCCCACTGGTAGCGGGTGGCTCTCGGGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGGGGGCGCGccc < 1:1438722/150‑1 (MQ=255) ggTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCATGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCTTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTAtgtgagctgcgcgcgagagcgacgcgctacctttgggagcgggcgtgccc < 2:265493‑M1/150‑51 (MQ=255) ggctgcCGAAAGAGCCGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGCGCGGGCGCGCCcgc < 2:1834416/149‑1 (MQ=255) tgcCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACAtacctgt < 1:3291057‑M2/129‑8 (MQ=255) gcCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGaaa > 2:3989073/1‑150 (MQ=255) cTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGtac < 2:2023365/150‑1 (MQ=255) gAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCCCGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCACGCGCGCCGCTCACCTACCGGTGGGCGCGGGCCCGCCCGCGACAGGGCCTGTGCAGGtacag > 2:3435627/1‑148 (MQ=255) tCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACCGGTAGCGCGGCGCACGCGCGCGCAGCACACCGACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCATTGCAGGTACTaaaa > 2:1176458/1‑150 (MQ=38) ccAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCtt < 2:5217521/150‑1 (MQ=255) cAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTAtgtgagctgcgcgcgagagcgacgcgctacctgtgg < 1:4999268‑M1/103‑37 (MQ=255) cAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTAtgtgagctgcgcgcgagagcgacgcgctacctgtgg > 2:4999268‑M1/1‑67 (MQ=255) cAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCGTTGCAGGTACTACAAGCCttt > 2:4034887/1‑150 (MQ=255) aaGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCCCCCCCGCGCCCACCCGTAGCGCGTCGCGCGCGCGCGCCGCTCACCAACCGGGGGGGGCGGGCGCGCCCGCGCAAGGGCCTGTGGGGGTACAACAAGCCTTTGATCAAcc > 2:4590653/1‑150 (MQ=255) tGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACCCCCGCTCCCACAGGTAGCCCGTCGCTCTCGCGCGCAGATAACCTAACTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAACGGCCTTTTCCTGTACTACAACCCAGTGAACAACCCACg > 2:2698499/1‑150 (MQ=37) aaggcttgtagtacctgcaaaggccctttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCtgtg < 2:3306795‑M1/53‑1 (MQ=255) ccGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAAc < 1:4034887/150‑1 (MQ=255) cGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACACGTAGCGCGTCGCTCGCGCGCCCCGCGCACATACCGGGGGGCGCGGGCGCGCCCGCCAAAGGGCCGTTGCCGGGACTACAAGCCGTTGTTCAACCCGCGCGCCCTCAGCCACCGCAACg > 2:1179131/1‑150 (MQ=255) gCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGGGCGGGCGCGCCCCCGAAAGGGCCATTGCAGGTACTACAACCCGTTGATCAAACCGCGCCCCCACCGCCGCCGCACCGcc > 2:5193370/1‑150 (MQ=37) ttCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAg < 1:3481361/85‑1 (MQ=255) ttCGCGGGCACGCCCGCTCCCACACGTATCGCGTCGCTCACGCGCGCAGCGCACAAAACGGTGGGGGCGGGCGCCCCCGCCAAAGGGCCGTTTCAGGGACAACAACCCGTTTATAAACCCACGCTCCCAAACCCACCGCAACGcccccgc > 1:4374145/1‑148 (MQ=255) gCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTc < 2:2343669/150‑1 (MQ=255) cACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCa < 1:5235491/150‑1 (MQ=255) cACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCa < 2:4574248/150‑1 (MQ=255) cACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCa < 1:3463920/150‑1 (MQ=255) | AAGCGGGTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCA > NC_002947/5818685‑5818979 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |