| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3419891 = | 39 (1.510) | 6 (0.300) | 3/104 | 2.0 | 20.5% | pseudogene (785/960 nt) | yhdW | pseudogene, ABC transporter periplasmic binding protein family;putative transport; Not classified; putative periplasmic binding transport protein; periplasmic‑binding component of ABC superfamily |
| ? | NC_000913 | 3420220 = | 16 (0.790) | coding (87/1182 nt) | yhdX | putative amino acid ABC transporter permease | |||||
TAAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCA > NC_000913/3420157‑3420275 | agttacccacctgtttgatgatgttataggcccatttattatccagcttcagatccttgccgttgttg < 1:497328‑M2/5‑1 (MQ=255) aaGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCt > 2:802927/1‑68 (MQ=255) tttGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGCTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCAttgt < 2:644526/68‑1 (MQ=255) gatgatgttataggcccatttattatccagcttcagatccttgccgtTGTTGCTGTTGTCGGCAttgt > 2:220271‑M2/48‑68 (MQ=255) gatgatgttataggcccatttattatccagcttcagatccttgccgtTGTTGCTGTTGTCGGCAttgt > 2:787472‑M2/48‑68 (MQ=255) ttGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCAttgtt > 1:390768/1‑68 (MQ=255) gatgttataggcccatttattatccagcttcagatccttgccgtTGTTGCTGTTGTCGGCATTgttgg > 2:529869‑M2/45‑68 (MQ=255) gatgttataggcccatttattatccagcttcagatccttgccgtTGTTGCTGTTGTCGGCATTgttgg > 1:226869‑M2/45‑68 (MQ=255) gatgttataggcccatttattatccagcttcagatccttgccgtTGTTGCTGTTGTCGGCATTgttgg > 1:545195‑M2/45‑68 (MQ=255) gCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTgttgg > 1:396642/1‑68 (MQ=255) cAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTgttggtt > 2:586520/1‑68 (MQ=255) cAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTgttggtg > 2:727829/1‑67 (MQ=255) cGGTACGCGCCAGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTAttt > 1:602331/1‑68 (MQ=255) ggTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTc > 2:694404/1‑68 (MQ=255) ggTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTc > 2:766909/1‑68 (MQ=255) gTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGATGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTca > 2:925385/1‑68 (MQ=255) gcgcCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGCTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTCGGTTATTTCacaac < 2:680219/68‑1 (MQ=255) ccTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCTTTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACt > 1:730488/1‑68 (MQ=255) ccTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACt > 2:743449/1‑68 (MQ=255) ccTGGTTACTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGTCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACt < 1:573591/68‑1 (MQ=255) tgTTATTCCTGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTa < 1:909764/67‑1 (MQ=255) ccAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAAtc > 2:38157/1‑68 (MQ=255) tccttgccgtTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCa < 2:93957‑M2/56‑1 (MQ=255) tccttgccgtTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCa > 2:357545‑M2/11‑66 (MQ=255) tccttgccgtTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCa > 1:93957‑M2/11‑66 (MQ=255) tccttgccgtTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCa < 1:357545‑M2/56‑1 (MQ=255) | TAAAGGCTCACTCTCTTTTGCCAACCCTACGGTTCGCGCCTGGTTATTCCAGATCCTTGCCGTTGTTGCTGTTGTCGGCATTGTTGGTTGGTTATTTCACAACACTGTAACGAATCTCA > NC_000913/3420157‑3420275 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |