| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1341858 = | 14 (0.540) | 5 (0.210) | 4/124 | 2.0 | 24.9% | intergenic (+131/‑63) | yciM/pyrF | LPS regulatory protein; putative modulator of LpxC proteolysis/orotidine‑5'‑phosphate decarboxylase |
| ? | NC_000913 | 1341945 = | 17 (0.700) | coding (25/738 nt) | pyrF | orotidine‑5'‑phosphate decarboxylase | |||||
TTCGCGCCACTTCCGGTGCCCATCATCAAGAAGGTCTGGTCATGACGTTAACTGCTTCATCTTCTTCCCGCGCTGTTACGAATTCTCCTGTGGTTGTTGCCCTTGATTATCATAATCGTGATGACGCGCTGG > NC_000913/1341880‑1342011 | ttCGCGCCACTACAGGTGCCCAACATCAAGAAGGTCTGGTCATGACGATAACTGCTACTAATTCTTcc > 2:325724/1‑68 (MQ=255) gaccagaccttcttgatgatgggcaccggaagtggcgcgaaacaggtaaacggcgagcattctTCCcg > 1:745998‑M2/64‑68 (MQ=255) gaccagaccttcttgatgatgggcaccggaagtggcgcgaaacaggtaaacggcgagcattctTCAcg > 2:307850‑M2/64‑68 (MQ=255) accagaccttcttgatgatgggcaccggaagtggcgagaaacaggtaaacggcgagcattctTCCcgc > 2:972201‑M2/63‑68 (MQ=255) gcCACTTCCGGTGCCCATCATCAAGAAGGTCTGGTCATGACGTTAACTGCTTCATCTTCTTCCCgcgc > 2:232292/1‑68 (MQ=255) gatgggcaccggaagtggcgcgaaacaggtaaacggcgagcattctTCCCGCGCTGTTACGAATtctc < 1:972204‑M2/22‑1 (MQ=255) atgggcaccggaagtggcgcgaaacaggtaaacggcgagcattctTCCCGCGCTGTTACGAATTCTcc < 2:745996‑M2/23‑1 (MQ=255) tcaAGAAGGTCTGGTCATGACGTTAACTGCTTCATCTTCTTCCCGCGCTGTTACGAATTCTCCTGTgg < 1:535464/68‑1 (MQ=255) caAGAAGGTCTGGTCATGACGTTAACTGCTTCATCTTCTTCCCGCGCTGTTACGAATTCTCCTGTGgt < 1:623261/68‑1 (MQ=255) ggTCATGACGTTAACTGCTTCATCTTCTTCCCGCGCTGTTACGAATTCTCCTGTGGTTGTTGCCCTTg < 1:561886/68‑1 (MQ=255) cATGACGTTAACTGCTTCATCTTCTTCCCGCGCAGTTACGAATTCTCCTGTGGTTGATGCCCTTGAtt > 2:432355/1‑68 (MQ=255) aTGACGTTAACTGCTTCATCTTCTTCCCGCGCTGTTACGAACTCTCCTGTGGTTGTTGCCCTTGATTa < 2:960865/68‑1 (MQ=255) gACGTTAACTGCTTCATCTTCTTCCCGCGCTGTTACGAATTCTCCTGTGGTTGTTGCCCTTGATTATc < 1:330438/68‑1 (MQ=255) gACGTTAACTGCTTCATCTTCTTCCCGCGCTGTTACGAATTCTCCTGTGGTTGTTGCCCTTGATTATc < 2:561008/68‑1 (MQ=255) gACGTTAACTGCTTCATCTTCTTCCCGCGCTGTTACGAATTCTCCTGTGGTTGTTGCCCTTGATTATc < 1:688534/68‑1 (MQ=255) gACGTTAACTGCTTCATCTTCTTCCCGCGCTGTTACGAATTCTCCTGTGGTTGTTGCCCTTGATTATc < 1:608219/68‑1 (MQ=255) ttAACTGCTTCATCTTCTTCCCGCGCTGTTACGAATTCTCCTTTGGTTGTTGCCCTTGATTATCATaa < 1:325724/68‑1 (MQ=255) taCTGCTTCATCTTCTTCCCGCGCTGTTACGAATTCTCCTGTGTTTGTTGCCCTTGATTATCATAATc < 1:694879/67‑1 (MQ=255) aaCTGCTTCATCTTCTTCCCGCGCTGTTACGAATTCTCCTGTGGTTGTTGCCCTTGATTATCATAATc > 1:468355/1‑68 (MQ=255) aCTGCTTCATCTTCTTCCCGCGCTGTTACGAATTCTCCTGTGGTTGTTGCCCTTGATTATCATAATCg < 2:468355/68‑1 (MQ=255) tGCTTCATCTTCTTCCCGCGCTGTTACGAATTCTCCTGTGGTTGTTGCCCTTGATTATCATAATCGtg > 2:609602/1‑68 (MQ=255) aTCTTCTTCCCGCGCTGTTACGAATTCTCCTGTGGTTGTTGCCCTTGATTATCATAATCGTGATGAcg > 2:474490/1‑68 (MQ=255) tcCCGCGCTGTTACGAATTCTCCTGTGGTTGTTGCCCTTGATTATCATAATCGTGATGACGCGCTgg < 1:450268/67‑1 (MQ=255) tcCCGCGCTGTTACGAATTCTCCTGTGGTTGTTGCCCTTGATTATCATAATCGTGATGACGCGCTgg < 1:450266/67‑1 (MQ=255) tcCCGCGCTGTTACGAATTCTCCTGTGGTTGTTGCCCTTGATTATCATAATCGTGATGACGCGCTgg > 2:450266/1‑67 (MQ=255) tcCCGCGCTGTTACGAATTCTCCTGTGGTTGTTGCCCTTGATTATCATAATCGTGATGACGCGCTgg > 2:450268/1‑67 (MQ=255) | TTCGCGCCACTTCCGGTGCCCATCATCAAGAAGGTCTGGTCATGACGTTAACTGCTTCATCTTCTTCCCGCGCTGTTACGAATTCTCCTGTGGTTGTTGCCCTTGATTATCATAATCGTGATGACGCGCTGG > NC_000913/1341880‑1342011 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |