| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 3,815,859 | Δ82 bp | [rph]–[rph] | [rph], [rph] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 3815859 | 3815940 | 82 | 65 [0] | [0] 65 | [rph]–[rph] | [rph],[rph] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3815858 | 0 (0.000) | 62 (1.030) | 53/264 | 0.1 | 100% | pseudogene (24/48 nt) | rph | ribonuclease PH (defective);enzyme; Degradation of RNA; RNase PH |
| ? | NC_000913 | 3815941 = | 0 (0.000) | pseudogene (609/669 nt) | rph | ribonuclease PH (defective);enzyme; Degradation of RNA; RNase PH | |||||
ACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTACCATCCCT > NC_000913/3815799‑3816082 | acccctgtttgctaagcgcaaatgcaataacctggcgctgatatggtttcatgctttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgcccgcgccgccttctgcc < 2:580937‑M2/1‑1 (MQ=255)acacctgcttgctaagcgcaaattcaataacctggcggtgatatggtttcaggcgttcgctcctcatcttacgtttccacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagttggccagcgccgccttctgcc < 1:394799‑M2/1‑1 (MQ=255) cctgcttgctaagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTc < 1:574065‑M2/4‑1 (MQ=255) acctgcttgctaagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttactttctacagacaaaaagaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTc > 1:982873‑M2/140‑143 (MQ=255) ctgcttgctaagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaacaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccctctgcCGTcc > 2:430223‑M2/139‑143 (MQ=255) tgctcgccaagcgcaaattcaataacctggcgctgatatggtatcgcgccttcgcccctcaccttactttccgacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttccgcCGTccc < 1:320901‑M2/6‑1 (MQ=255) gcttgctaagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttcaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTcccc > 1:367847‑M2/137‑143 (MQ=255) gcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaagacgactcatcagtcgccttaaaaaccagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCa > 2:948711‑M2/128‑143 (MQ=255) gcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccaacgccgccttctgcCGTCCACAGCACTTCAat > 2:198710‑M2/126‑143 (MQ=255) aaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAatga > 1:54587‑M2/124‑143 (MQ=255) aattcaataaacgggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttatcagaacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAatgat < 1:1169484‑M2/21‑1 (MQ=255) aactcaataacccggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAatgat < 1:157046‑M2/21‑1 (MQ=255) tcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATgcg < 1:193516‑M2/24‑1 (MQ=255) caataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATgcgc < 2:54587‑M2/25‑1 (MQ=255) ctggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagaccaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgtcttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCtt < 1:278497‑M2/32‑1 (MQ=255) ggcgctgacatggtttcacgccttcgcgcctcatcttacttctcgacagacaaaaaaaaggcgcctcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttccgcCGTCCGCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCg < 2:301216‑M2/34‑1 (MQ=255) gctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtc < 1:633351‑M2/37‑1 (MQ=255) ctgatatggtttcatgccttcgcacctcgtcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtca < 1:160312‑M2/38‑1 (MQ=255) tctggtctcatgcctgcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgacttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcAGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCAc < 2:199302‑M2/42‑1 (MQ=255) atggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACt > 2:256102‑M2/101‑143 (MQ=255) tttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGt > 1:421968‑M2/97‑143 (MQ=255) tttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGGCATCACTACGt > 1:562163‑M2/97‑143 (MQ=255) tcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTc > 1:385557‑M2/95‑143 (MQ=255) tcatgccttcgctcctcatcttactccacccctaacagaataaatgcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTc < 1:796617‑M2/49‑1 (MQ=255) atgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgtcagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTGATCACTACGTTCAt > 1:148138‑M2/93‑143 (MQ=255) atgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTGCAt > 2:148481‑M2/93‑143 (MQ=255) gccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGt < 1:1073225‑M2/53‑1 (MQ=255) cttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCg > 1:1085449‑M2/89‑143 (MQ=255) tcgctcctgatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGt < 2:1106800‑M2/57‑1 (MQ=255) tcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTctct > 1:1093090‑M2/83‑143 (MQ=255) tcctcaccttactttccttcagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACATCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTctct < 1:1062350‑M2/61‑1 (MQ=255) ccctcacctcactttgctacagacaaaaaaacggcgactcaccagccgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACATCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTctct < 1:1062675‑M2/61‑1 (MQ=255) ctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATTTCGGTCTCTGc > 2:838569‑M2/81‑143 (MQ=255) catcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCgg < 1:873016‑M2/65‑1 (MQ=255) tcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCa > 1:148341‑M2/77‑143 (MQ=255) tcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTGCATGTCGGTCTCTGCGGCa > 1:212274‑M2/77‑143 (MQ=255) tcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgacgcatcagtcgccttaaaaagcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATATCGATCtctgcaaca > 2:615851‑M2/77‑139 (MQ=255) ttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCt > 2:595076‑M2/71‑143 (MQ=255) ctacagccaaaacaacggcgacgcatcagtcgccttaaaactccgtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACATTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCaa < 2:865952‑M2/77‑1 (MQ=255) acaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTAtt < 2:787808‑M2/83‑1 (MQ=255) aaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTAATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCGGTGTCTTCAACGTATTcc > 1:905159‑M2/59‑143 (MQ=255) aaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAg > 1:832282‑M2/57‑143 (MQ=255) aaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgcagccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGGCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAg > 1:311953‑M2/57‑143 (MQ=255) aaaaaggcgactcatctgtcgccgtaaaactcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGa < 1:135116‑M2/88‑1 (MQ=255) ggcgactcatcagtcgccttaaaagtcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCTCCTGCTTTTCAATGTTTCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCa < 2:705645‑M2/93‑1 (MQ=255) cgtcgcatccgtccccgtaacaaccagttcgcgtgcgccgccttctgcCGCTCCCTGCACTTCAATTATGCGTCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCaaa < 2:1124395‑M2/95‑1 (MQ=255) atcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATACGCCCGTCTTCGGCCATCACTACGTTCACAACAGTCTATTTTGCAGAGACTTCACCGTATTCCCGATCGCAAACCGctc > 2:517994‑M2/43‑142 (MQ=255) tcactcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTCCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTc < 1:838569‑M2/102‑1 (MQ=255) agtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTTTTCCAGATCGCAAACCGCTTCGc > 1:950121‑M2/40‑143 (MQ=255) agacgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGc < 1:123939‑M2/104‑1 (MQ=255) gtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGCCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGcc < 1:284392‑M2/105‑1 (MQ=255) cttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCACCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTca < 1:736623‑M2/110‑1 (MQ=255) ttcaaactcaggttgccagctccgcctcctccCGTCCCCTGCACTTCATAACTACGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCGCTGCCGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTcac < 2:191708‑M2/111‑1 (MQ=255) ttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCCCTCCGGCAGAGTCTTCAACGTATCCCAGATCGCAACCCGCTCCCCCGCTcac > 1:810031‑M2/33‑143 (MQ=255) aatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGGCTTCAACGGATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTc > 2:948689‑M2/28‑143 (MQ=255) cagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCTCTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACTTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGa < 2:90266‑M2/119‑1 (MQ=255) cagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGa < 1:256102‑M2/119‑1 (MQ=255) gtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTGCGCCGAGCACACTCCCGacc > 2:805587‑M2/23‑142 (MQ=255) gccagcgccgccttctgcCGTCCCCTTCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTCCGCCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCCCACTtccgaccgccc > 1:398386‑M2/19‑138 (MQ=255) cagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTGCAACGTAGTCCACATCGCAAACCCCCTCGCCGCCCCCACTTCCGACACAAacc > 2:1036360‑M2/17‑142 (MQ=255) agcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTg < 2:148341‑M2/128‑1 (MQ=255) cgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGCTCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAGCTGCg > 1:1016728‑M2/14‑143 (MQ=255) gccttctgcCGTCCCCTGCACTTCCATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACGACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTa < 1:1005839‑M2/134‑1 (MQ=255) ccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACCATTCCGACAGAAACTGCGGCTAc > 1:207481‑M2/9‑143 (MQ=255) cCGTCCCCTGCCCTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTACCATCCCt < 2:922226‑M2/142‑1 (MQ=255) | ACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTACCATCCCT > NC_000913/3815799‑3816082 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |