| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 458787 = | 4 (0.100) | 34 (0.860) | 31/278 | 0.2 | 89.7% | intergenic (+87/‑101) | clpX/lon | ATPase and specificity subunit of ClpX‑ClpP ATP‑dependent serine protease/DNA‑binding ATP‑dependent protease La |
| ? | NC_000913 | 608011 = | NA (NA) | intergenic (+23/‑54) | hokE/insL1 | toxic polypeptide, small/IS186 transposase | |||||
CAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTGAACGCATTGAAATCCCCGTATTG > NC_000913/458646‑458929 | gccggcagtgtgggccgaagtatgcagtgcttcgggatgaccaatatgggcgagaattgctgaccagttacggtgagagtaattcatgggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacatcccttaagttagcgcttatgg > 1:362012‑M1/142‑143 (MQ=255)cccgggattaagtgccgaagtatgcagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg > 1:459366‑M1/142‑143 (MQ=255)cccggcattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg > 1:367962‑M1/142‑143 (MQ=255) aCCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGa > 1:487037/1‑143 (MQ=255) cGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGaaa < 2:518092/143‑1 (MQ=255) gTTGCTGATTTATGGCAAGCCAGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAAc < 2:228298/143‑1 (MQ=255) aggacgggcggaaggatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctcaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGGAAAc > 2:653821‑M1/136‑143 (MQ=255) cTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAACAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTCTTCCCGCCGTTGAATGTGCGGGAAACATaa > 2:637916‑M1/1‑141 (MQ=255) gtggtgaattatcgagttcttcgtgcttaccaatatgggccagtattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacatcccttaagttagcgcttatGGGGAAACATccc > 1:424530‑M1/131‑143 (MQ=255) tgccgcagtatccatgtctgcgggcttaccaatttgggccagaattgctgaccagttatcgggagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcttaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATcccc > 1:85796‑M1/130‑143 (MQ=255) tcctggcAAGGCGGATGCGCAACAGGCATCTGGTGCATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTATCCAAAAAGGGTGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataa < 1:200981‑M1/140‑5 (MQ=255) cAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTGACCAAAACGGGGGGGTTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCTTCTATTTTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACAtacattaagcacta > 2:240699/1‑130 (MQ=255) aGCCGGAAGCGCAACAGGTATCTTGTAAATAATCAACCATGCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGCGATTTTATCTCCCCTTTAATCTGTCCTCCATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaac < 1:715400‑M1/143‑13 (MQ=255) ccGGAAGCGCAACAGGCAGCTGGTGAAGAATTAGCCATTTCCATACGATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCACCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaactt < 1:525354‑M1/143‑15 (MQ=255) 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ccATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCatacgcgctgccttacgggttgacccatttgaagaaagcgaaacatagaagaaa > 2:313518‑M1/1‑89 (MQ=255) agttattatgagattaattcatcggcacgataaatcataacaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGa > 2:145274‑M1/77‑143 (MQ=255) agttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatttcagttgtaataccacaactagtaagtaagcgcggagGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGa > 2:25911‑M1/77‑143 (MQ=255) aTACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcg > 1:313055‑M1/1‑87 (MQ=255) atcgtgagagtaattcagcggcattttaaatcctctcagccgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTAc > 1:506518‑M1/73‑143 (MQ=255) 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NC_000913/458646‑458929 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |