| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 4,049,990 | Δ12 bp | noncoding (93‑104/109 nt) | spf → | Spot 42 sRNA antisense regulator of galK translation, Hfq‑dependent |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 4049990 | 4050001 | 12 | 60 [0] | [0] 60 | spf | Spot 42 sRNA antisense regulator of galK translation, Hfq‑dependent |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 4049989 | 0 (0.000) | 58 (0.810) | 45/282 | 0.6 | 100% | noncoding (92/109 nt) | spf | Spot 42 sRNA antisense regulator of galK translation, Hfq‑dependent |
| ? | NC_000913 | 4050002 = | NA (NA) | noncoding (105/109 nt) | spf | Spot 42 sRNA antisense regulator of galK translation, Hfq‑dependent | |||||
TTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/4049849‑4049989‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAGGCCAACGGTAGAATTGTAATCTATTGAATTTACGGGCCGGATACGCCACATCCGGCACAAGCATTAAGGCAAGAAAATTATTCGCCGTC > NC_000913/4050002‑4050143 TTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTT > 1:325467/1‑143 TACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTTGCTGAATATTTTAGCCTCCCCAGTCCATAATTTT > 2:433991/1‑143 CAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTATTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTA > 2:1242654/1‑143 AAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCCGTCAGTAATTTTTAT > 1:397078/1‑143 AAAAAGTACTTGCTCAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCATAGAGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGTCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTAT < 1:33708/143‑1 AAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATT < 2:826152/143‑1 AAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTAACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCACCAGTGAGTAATTTgtcat > 1:995939/1‑138 AAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGG < 2:837794/143‑1 TCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGGAATTTTTATTGGGCGAAAGg > 2:323614/1‑142 GAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGTTGGTCTATCTTTCGGATGTGTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGAAAA < 2:464569/143‑1 GAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGAAAA < 2:313627/143‑1 GAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCAGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGAAAA < 2:49984/143‑1 GAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAAAGTTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGAAAA < 2:1183384/143‑1 TGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGCAAAGATC > 2:84505/1‑143 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TCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTCTTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGct > 1:28985/1‑141 TCGCGTAGGGGACAGAGGTAAGATGTTCTATCTATCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTT < 2:993731/143‑1 CGTAGGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGAAACGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTAT > 2:150904/1‑143 CGTAGGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTAT < 1:693858/143‑1 CGTAGGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTCTAT > 1:916513/1‑143 TAGGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGGGGGAAAGATAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCA < 2:530683/143‑1 GGTACAGAGGTAAGATGTTGTATCTTTCAGACCTTCTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGCAAAGTTTCGCAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAGGC < 1:92162/143‑1 GAGGTAAGAGGTTCTATCTTTCAGACCTTTCACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAGGCCAACGG < 1:693868/143‑1 GTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGGGCGAACGAAAAGATCCGTAATACCTGATACGCTATGTTGATCAGTCCAACGGTAc > 1:255475/1‑142 TATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAGGCCAACGGTAGAATTGTAATCT > 1:1947/1‑143 CTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAGGCCAACGGTAGAATTGTAATCTATT < 2:644199/143‑1 TTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAGTATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAGGCCAACGGTAGAATTGTAATCTATTGA > 2:1048926/1‑143 ACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGCTGCGCTATGTTTATCAGGCCAACGGTAGAACTGTAATCTATTGAATTTc > 1:911392/1‑142 ACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAGGCAAACGGTAAAATTGTAATCTCTTGAATTTA > 1:669048/1‑143 TTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATTCCTGATGCGCTATGTTTATCAGGCCAACGGTAGAATTGTAATCTATGGAATTTCCGG > 1:681524/1‑143 CTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAGGCCAACGGTAGAATTGTAATCTATTGAATTTACGGGCCGG < 2:834102/143‑1 TTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAGGCCAACGGTAGAATTGTAATCTATTGAATTTACGGGCCGGA > 2:663993/1‑143 TTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAGGCCAACGGTAGAATTGTAATCTATTGAATTTACGGGCCGGA > 2:439078/1‑143 TAAGCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAGGCCAACGGTAGAATTGTAATCTATTGAATTTACGGGCCGGATACGCC < 2:660328/143‑1 tATTTGGCTGTATATTTTAGACGCCCCAGTCAGTAATTTATAGTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAGGCCAACGGTAGAATTGTAATCTATTGAATTTACGGGCCGGATACGCCACATCC < 2:1048994/142‑1 GATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTAGCAGGCCAACGGTAGAATTGTAGTCTAGTGAATTTACGTGCCGGATACGCGACATtc > 2:1222345/1‑141 TTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAGGCCAACGGTAGAATTGTAATCTATTGAATTTACGGGCCGGATACGCCACATCCGGC < 1:972858/143‑1 tTGAATATTTTAGCCGCTCCAGTCAGGAATTTATATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAGGCCAACGGTAGAATTGTAATCTATTGAATTTACGGGCCGGATACGCCACATCCGGCACAA < 2:270057/142‑1 aTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAGGCCAACGGTAGAATTGTAATCTATTGAATTTACGGGCCGGATACGCCACATCCGGCACAA > 1:217895/2‑143 CTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAGGCCAACGGTAGAATTGTAATCTATTGAATTTACGGGCCGGATACGCCACATCCGGCACAA > 2:434692/1‑143 CTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAGGCCAACGGTAGAATTGTAATCTATTGAATTTACGGGCCGGATACGCCACATCCGGCACAA < 2:325467/143‑1 TGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAGGCCAACGGTAGAATTGTAATCTATTGAATTTACGGGCCGGATACGCCACATCCGGCACAAG > 1:1045121/1‑143 TGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATAAGGTCATCCTCATTATTGTAATCTATTGAATTTACGGGCCGGATACGCCACATCCGGCAAAAG > 2:284647/1‑143 TGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGAAAAAATCCATAGTGCCTGCTGCGCTCCGCTTATCAGGCCAACGGTAGAATTGTAATCTATTGACTTTACGGGCCGGATACGCCACATCCGGCACccg > 2:409065/1‑140 GAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAGGCCAACGGTAGAATTGTAATCTATTGAATTTACGGGCCGGATACGCCACATCCGGCACCAGC > 1:173179/1‑143 AATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAGGCCAACGGTAGAATTGTAATCTATTGAATTTACGGGCCGGATACGCCACATCCGGCACAAGCA > 1:214643/1‑143 ATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAGGCCAACGGTAGAATTGTAATCTATTGAATTTACGGGCCGGATACGCCACATCCGGCACAAGCAT < 1:900126/143‑1 TTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAGGCCAACGGTAGAATTGTAATCTATTGAATTTACGGGCCGGATACGCCACATCCGGCACAAGCATTAA < 2:770536/143‑1 TTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAGGCCAACGGTAGAATTGTAATCTATTGAATTTACGGGCCGGATACGCCACATCCGGCACAAGCATTAA < 2:418608/143‑1 ggCAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAGGCCAACGGTAGAATTGTAATCTATTGAATTTACGGGCCGGATACGCCACATCCGGCACAAGCATTAAGGCAAGAAAATTAT < 2:198729/141‑1 TCAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAGGCCAACGGTAGAATTGTAATCTATTGAATTTCCGGGCCGCATACGCCACATCCGGCACAAGCATTAAGGCAAGAAAATTATT > 1:936292/1‑143 CAGTAATTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAGGCCAACGGTAGAATTGTAATCTATTGAATTTACGGGCCGGATACGCCACATCCGGCACAAGCATTAAGGCAAGAAAATTATTC < 1:1048926/143‑1 AGTAATTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAGGCCAACGGTAGAATTGTAATCTATTGAATTTACGTTCCGGATACGCCACATCCGGCACAAGCATTAAGGCAAGAAAATAATTCG > 1:747629/1‑143 TTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAGGCCAACGGTAGAATTGTAATCTATTGAATTTACGGGCCGGATACGCGCCATCCGGCACATGCAGTAAGGCAAGAAAATTATTCGCCGTC > 1:163047/1‑143 TTTTTAGTGGGCGAAAGAAAAGATCCTTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAGGCCAACGGTAGAAGTGTAATCTATTGAATTTACGGGCCGGATACGCCACATCCGGCACAAGCATTAAGGCAAGAAAATTATTCGCCGTC < 2:397078/143‑1 TTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/4049849‑4049989‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAGGCCAACGGTAGAATTGTAATCTATTGAATTTACGGGCCGGATACGCCACATCCGGCACAAGCATTAAGGCAAGAAAATTATTCGCCGTC > NC_000913/4050002‑4050143 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |