New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 458787 = | 3 (0.040) | 49 (0.730) | 36/278 | 1.0 | 94.3% | intergenic (+87/‑101) | clpX/lon | ATPase and specificity subunit of ClpX‑ClpP ATP‑dependent serine protease/DNA‑binding ATP‑dependent protease La |
? | NC_000913 | 608011 = | NA (NA) | intergenic (+23/‑54) | hokE/insL1 | toxic polypeptide, small/IS186 transposase |
TTTAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAAT > NC_000913/607877‑608145 | tttAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGGAGGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGACGTAGACGCTGTGCGGGGAGTCATGCCATACACGCt > 2:74866/1‑143 (MQ=255) tttAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCt > 1:1050166/1‑143 (MQ=255) ggTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTa < 1:1158955/143‑1 (MQ=255) tGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAg < 1:1021158/143‑1 (MQ=255) cTGGGGTTTACGCGTCGGGCTGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTTCGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAggg < 2:311601/143‑1 (MQ=255) gATTTACGATTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGATTACGGTGAAGAAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTtgt < 1:96274/143‑1 (MQ=255) acttACGCTCCTGGTCGGAGACTCGCTTGGTGAGTTTCCGGGGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTATGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTtgtg < 1:159310/141‑1 (MQ=39) tctACGCGTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTgg < 1:314131/141‑1 (MQ=255) aCGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGtgt > 1:736857/1‑141 (MQ=255) gCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTa > 1:681701/1‑143 (MQ=255) cTTGTGGTCGGAGACTGTGTGTGGGACTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCGTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTAc < 2:545258/143‑1 (MQ=38) tCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGc > 1:488748/1‑143 (MQ=255) ggAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGGGTGATCGCGTGCGCTCTAACTTAAGGGTTGTGGAAAAAAACCTGatat > 1:76356/1‑143 (MQ=255) gagaCTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTATGCCTGAtgtg > 2:953950/1‑143 (MQ=255) tCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTa > 1:154749/1‑143 (MQ=255) cTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGGATTACGCCTGATATGATTTAACg > 2:1067178/1‑143 (MQ=255) gtgtgAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCAGGGAGTAATCCCATCAGCGCTAACTTACGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTg > 2:1142923/1‑143 (MQ=255) tgtgATTTTGCGGTGAAGGAACGGAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGc < 2:273185/143‑1 (MQ=255) tttACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGa > 1:94342/1‑143 (MQ=255) tACGCTGAACGAACGTAATATTCAGTTCAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAAt < 1:1047079/143‑1 (MQ=255) cGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTa < 1:209832/143‑1 (MQ=255) ggTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTAGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGGATTACGCGTGCTAGGACTTAACGTCCCACTGAATTat > 1:774090/1‑142 (MQ=37) ggaGGAACGTAGTATGGAGTGTAGGGCTGGTGTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGGGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCATGACGTGATTTAGTGTGCCGATGAATTActct < 2:729264/141‑1 (MQ=21) gAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTACATCGCGAGCGTGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTActat > 1:223896/1‑141 (MQ=21) gAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACg > 1:313793/1‑143 (MQ=255) aCGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGAt > 1:621781/1‑143 (MQ=255) gTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTTTTACGCCTGATGTGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATaa > 1:67959/1‑143 (MQ=255) tAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAAc < 2:449095/143‑1 (MQ=255) caaTATTGAGTGTGAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAAc < 2:71126/142‑1 (MQ=255) aaTAGTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAAACGAAGAAGTAGCCGTAGTGCGGGGAGTAATCCCATCAGAGCCAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCATCAAACAATCTAACGGGCCGAGAAAGTACTCGCACGATAACt > 2:311431/1‑143 (MQ=21) acatTGAGTGTAAGGCTGTGCCCGCTCACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATACGCGCGAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTg < 1:398397/141‑1 (MQ=21) ctggggtgtgggggtgtgCTGGCGTAGGAAACGAAGAAGTAGCGGTGGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAAGTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACTATAACTGGt < 2:947310/129‑1 (MQ=17) atTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGt > 1:903155/1‑143 (MQ=255) atTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGGTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCCCGCTAACCggc > 2:829681/1‑142 (MQ=255) ttGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATCAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGta > 1:944418/1‑142 (MQ=255) ttGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTc > 1:890491/1‑143 (MQ=255) gAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAg > 1:834290/1‑143 (MQ=255) tttAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCaa > 1:650677/1‑143 (MQ=255) ggCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTg > 1:945209/1‑143 (MQ=255) ggCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTg < 1:914738/143‑1 (MQ=255) gCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCCCGTTAACTGGTCAGCAAATccag > 1:440685/1‑140 (MQ=255) cTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGc < 2:94342/143‑1 (MQ=255) gcgtACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAAGTGAGGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTg < 2:522722/140‑1 (MQ=255) gCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTg < 1:180733/143‑1 (MQ=255) ttACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCTATCTTGGt > 1:1192738/1‑143 (MQ=255) ttACGAACCGAAGAAGTAGCCGTGGTGCGGGGAGTAACCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGGATTGCGCCGGATAGGATTTAACGTGCCGATGAAGTACTCTCACGATACATGGGCGGAAAATCTGGCCGATAATggc > 2:392639/1‑142 (MQ=17) ttACGAACCGAAGAAGCAGCCGCTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGCACGTGGTATTACACCTGCTATCATTTAACGTGCCGACGAACTACCGTCACGCTAACTCGTCAGCAAATCTGTCCCatgccggt > 2:387958/1‑137 (MQ=17) accaaCCGGAGAAGTGGGCGTTGTGCGGGGAGTAACCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTaa < 2:332770/140‑1 (MQ=14) aaCCGAAGGAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATAGGATTACGCGTGCTTATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGcc < 2:1168381/143‑1 (MQ=17) cGAAGAAGTAGCCGTGGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCga < 2:263030/143‑1 (MQ=255) aagTAGCCGTGGTGCGGGGAGTAATCCCATCAGCGCTAACGTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAAc < 2:352679/143‑1 (MQ=255) ttAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCTATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTg < 2:508720/142‑1 (MQ=255) gTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGTTGTGTTTGATGCACAAAAAATGGTAACCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCAAAGAACTg > 1:550663/1‑143 (MQ=17) gTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACATGCCGATGAATTACTCTCACGAGAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCAGCTTGGTAAGCCCGAAGGACTg > 1:610572/1‑143 (MQ=14) gTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGGTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTg < 1:319365/143‑1 (MQ=255) gCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGAt > 1:1168680/1‑143 (MQ=255) ctgtggtgCGGAGTTTAACCCGATAAGCGCTATCTTAAGCGTTGTGGTATTACTCCTGATATGATTTAACGCGCCGTTGCACACCTCTCACGATAACTAGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAACCCCGAAGAACTGGATa < 2:77237/138‑1 (MQ=11) ccGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATCGGTACGCCCGAAGAACTGGATa > 1:1107490/1‑143 (MQ=255) cGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGCTTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGCCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAATAACCGGCTAc > 2:828196/1‑143 (MQ=14) cGTAGTGCGGGGAGGAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGCATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATAc < 1:648093/143‑1 (MQ=255) tgtgCGGGGAGTAATCCCGTAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTc < 1:856550/143‑1 (MQ=255) gggAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGCAGAACTGGATACTTCGGCACg > 1:307194/1‑143 (MQ=25) gTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTCAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAAt < 2:1050166/143‑1 (MQ=17) | TTTAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAAT > NC_000913/607877‑608145 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |