| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1651548 | NA (NA) | 50 (1.120) | 43/284 | 0.1 | 96.2% | intergenic (+11/‑3) | insD1/intQ | IS2 transposase TnpB,IS, phage, Tn, Transposon‑related functions, extrachromosomal, transposon related/pseudogene, Qin prophage, phage integrase family,Phage or Prophage Related |
| ? | NC_000913 | = 1937140 | 2 (0.040) | coding (489/870 nt) | yebK | putative DNA‑binding transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
CCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAAAACGACGCCATGGTGATTGCCCTCACCTCT > NC_000913/1937001‑1937281 | gtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGtg < 2:742091‑M1/8‑1 (MQ=255)gtggtacgccggctgcgtttctccggctcgaagacatcgatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGtg > 2:193311‑M1/136‑143 (MQ=255) aTCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggat < 1:458238‑M2/143‑6 (MQ=255) gtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactcgtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGtgctg < 1:279963‑M1/11‑1 (MQ=255) gtacgccgtctgcgtttctcccgcccgaggacgtcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagactcagggggccagtctcatatcgccccg < 2:278801‑M1/11‑6 (MQ=255) gttttttttttttttccttccttaagacatcaatcatctgtgcaccgatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAAc > 1:38555‑M1/129‑143 (MQ=255) gccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAAc > 1:251960‑M1/129‑143 (MQ=255) cgggcccgccgactcgCTCACTCCGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcc > 1:121942‑M2/6‑133 (MQ=255) cgcgCCATCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgccc > 1:780837‑M2/1‑132 (MQ=255) cgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagaatatcacttatttaagtgatattagttgtctggagattcaaggggccaagcgaatatcgtgtggaatggc < 2:260404‑M1/17‑10 (MQ=255) gtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCa > 1:249954‑M1/126‑143 (MQ=255) cgcCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccct > 2:108665‑M2/1‑130 (MQ=255) tctgcgtttctccggccctaatacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCAt > 2:653932‑M1/125‑143 (MQ=255) gcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaACAtcgtcctgcagatcatgag < 2:304017‑M1/22‑10 (MQ=255) gtttctccggccctaagacatcaatcgtctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGtt > 2:464810‑M1/120‑143 (MQ=255) gtttctccggccctaagacatcaatcagctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTACAACGCATGAGtt > 1:198481‑M1/120‑143 (MQ=255) ttctccggtcctaacacattactcatctgtcctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGt > 1:18900‑M1/118‑143 (MQ=255) tctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTgtc < 1:151141‑M1/27‑2 (MQ=255) ttGCTCCCTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTGTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccag > 1:110893‑M2/1‑120 (MQ=255) cggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGaa < 1:666805‑M1/31‑1 (MQ=255) cggccctaagacatcaatcatctattctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagactaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGaa < 2:773868‑M1/31‑1 (MQ=255) tcactcaGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTAGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttcgagacat < 2:65020‑M2/143‑28 (MQ=255) ctaagacatcagtcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTa > 2:690441‑M1/108‑143 (MQ=255) aGGCGTAAGAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgtta > 2:783321‑M2/1‑110 (MQ=255) ccatcaatcacctgttccccaatgactagtctaaaaatgattattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcatggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATTAGTTGTATGAATTGTAGCGAc > 2:742454‑M1/103‑143 (MQ=255) aaaaaaaaTCGCCTTGTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcac > 2:429740‑M2/1‑106 (MQ=255) caatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGgag < 2:218616‑M1/45‑1 (MQ=255) caatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGgag < 1:434918‑M1/45‑1 (MQ=255) aatcatctcttcgccgagatcgagtctaaaaactgttattaagactatcacttatttacgtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGgaga > 2:719771‑M1/98‑143 (MQ=255) atcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGAc > 2:347016‑M1/97‑143 (MQ=255) aaCCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacc > 1:454064‑M2/1‑100 (MQ=255) atctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACgtg < 1:643271‑M1/50‑1 (MQ=255) atctgttcgccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACgtg > 1:275381‑M1/94‑143 (MQ=255) gttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACgtggtgg < 1:442799‑M1/54‑1 (MQ=255) cTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgctcctatatttccagacatctgttttcacttaacccattat < 1:107718‑M2/143‑50 (MQ=255) tttttCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattaca < 1:411597‑M2/143‑51 (MQ=255) ggATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatctttccaggcttctgttatctcttcacccttttccatcctg < 1:202775‑M2/143‑57 (MQ=255) aatgactagtctaaacactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGAt > 1:128068‑M1/83‑143 (MQ=255) aatgactagcctaaaaactagtattaagactatcacttagttaacagaacttgccattgtgtttattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGAt > 1:177201‑M1/83‑143 (MQ=255) gATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACGCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgc < 1:409040‑M2/143‑58 (MQ=255) ctagtctaacaactagtattaagactatcacttatttaagtggtattggttgtcgggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTATCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTtctc > 1:338287‑M1/78‑143 (MQ=255) ctagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTtctc < 1:607558‑M1/66‑1 (MQ=255) tagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTca < 2:451336‑M1/67‑1 (MQ=255) ggCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattccaagcccgctgccg < 1:581143‑M2/143‑63 (MQ=255) 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cgccgTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcccttaacccattacaagaccgctgccgcagatattccc < 2:429020‑M2/143‑74 (MQ=255) gtattaagactatcgcttatttaagggatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTAGAAGAACaa > 1:720999‑M1/63‑143 (MQ=255) cgTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtg < 1:441106‑M2/143‑77 (MQ=255) cgTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTGTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtg > 1:515387‑M2/1‑67 (MQ=255) ttCCCCACGATGCGATGAATAACTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatctgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggc > 1:287124‑M2/1‑65 (MQ=255) 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ttttAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagccagctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcgctaggaggatgcc < 2:139723‑M2/143‑110 (MQ=255) ttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGa < 1:568481‑M1/115‑1 (MQ=255) tctggagcttcagggggccagtccaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGaaaa > 1:444696‑M1/26‑143 (MQ=255) tctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCGTGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGaaaa > 2:151141‑M1/26‑143 (MQ=255) ggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACCCAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCCGCTGGCACGCGCAAccga < 1:145595‑M1/121‑1 (MQ=255) ccGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttata > 2:552011‑M2/1‑24 (MQ=255) gtACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcga > 1:467353‑M2/1‑16 (MQ=255) tACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaa > 1:98360‑M2/1‑15 (MQ=255) gccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAACACGACgccatggaggtt < 1:20896‑M1/134‑6 (MQ=255) aCTCCGAGGATATCtggatttgcccctctttatccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaac > 2:585722‑M2/1‑14 (MQ=255) tCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaaccccgctgccgcagatcttcccgtggcgggcgataaccccgcgcactgtgcgcatgccactcgtcacaacccccgaacgc < 2:292802‑M2/143‑132 (MQ=255) cagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAAAACGCCGCCATGGTGATTGc < 1:753282‑M1/136‑1 (MQ=255) gtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCgaaaacgacgccagggcgaggggcc < 2:486986‑M1/138‑13 (MQ=255) ctaATTTCGTGCTGCAAAGCATGAGTTGTATGTATTGTAGCGACGGAGACGGGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAAAACGACGCCATGGTGATTGCCCTc > 1:774007‑M1/4‑143 (MQ=255) atgatATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaaccccttacaagcccgctgccgcagatattcccgtagcgagcaataacccagcgcactatgcggatgctattggtcttactgcttgaactgctct < 1:214557‑M2/143‑136 (MQ=255) atgatATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctct < 1:710732‑M2/143‑136 (MQ=255) aATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAAAACGACGCCATGGTGATTGCCctccc < 1:595491‑M1/142‑3 (MQ=255) aATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAAAACGACGCCATGGGGATTGCCCTCAc < 1:293586‑M1/142‑1 (MQ=255) tatCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAAAACGACGCCATGGAGATTGCCCTCACct > 1:414206/1‑143 (MQ=255) tatCGTGCTACAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTAGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTCGCACGCGAAAACGACGCCATGGGGATTGCCCTCACct > 2:520056/1‑143 (MQ=255) cctggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttctaatgctcgaacgcccctgcacgg < 1:544291‑M2/142‑142 (MQ=255) | CCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAAAACGACGCCATGGTGATTGCCCTCACCTCT > NC_000913/1937001‑1937281 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |