| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 4049912 = | 7 (0.130) | 74 (1.350) | 51/284 | 0.1 | 91.4% | noncoding (15/109 nt) | spf | Spot 42 sRNA antisense regulator of galK translation, Hfq‑dependent |
| ? | NC_000913 | 4498182 = | NA (NA) | intergenic (+241/‑91) | intB/insC1 | pseudogene, integrase homology,IS, phage, Tn, Phage‑related functions and prophages, KpLE2 phage‑like element, P4‑like integrase/IS2 repressor TnpA | |||||
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TTTTTTCGTAAGTAAGCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAG > NC_000913/4049770‑4050054 | ttttttCGTAAGTACGCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTGTTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACACCAAGTGCTTTCTGAACTGGACAAAAAAGAGGAAAGTTACACGCGTAGGGTGCAGCGGt > 2:625803/1‑143 (MQ=255)ttttttCGTAAGTAAGCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGAGGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGt < 2:916680/143‑1 (MQ=255) ttttCGTAAGTAAGCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTaa < 2:578292/143‑1 (MQ=255) ttaataaggaagCAACATAAGCTATCACGTTATGTGATGACTATTAAAAATTACTATAAAACAACAGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGa < 1:102320/139‑1 (MQ=255) 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gtgagtcagggggccagtctaTAAGATGTGCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATGTGGCTCAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGc > 1:721147‑M1/22‑143 (MQ=255) aGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatatccccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggctgccattcggtat > 1:777892‑M1/1‑27 (MQ=255) gcgTAGGGTACAGAGGTAAGATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattaccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgtcataatg > 1:405686‑M1/1‑23 (MQ=255) gTAGGGTACAGAGGTAAGATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgct < 1:398611‑M1/143‑123 (MQ=255) tacggtacACAGGTAAGATCgatttgcccctatctctccagacctctgttatcacttaacccattacaatcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctc < 2:190062‑M1/140‑124 (MQ=255) ggTACAGAGGTAAGATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaa < 2:734235‑M1/143‑127 (MQ=255) gTACAGAGGTAAGATGgattggcccgtatatttccagacatctgttatcactcaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaac < 1:658598‑M1/143‑128 (MQ=255) gtctaTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTCTATTTTTTCGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGttt > 1:923726‑M1/6‑143 (MQ=255) agagGTAAGATGgatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatcctcgaacgcct > 1:387551‑M1/1‑12 (MQ=255) aTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTCTTTTTTGTTGGGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCa < 2:216863‑M1/142‑1 (MQ=255) tAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCAGAATATTTTAGTCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAg > 2:651973/1‑143 (MQ=255) | TTTTTTCGTAAGTAAGCAACATAAGCTGTCACGTTTTGTGATGGCTATTAGAAATTCCTATGCAACAACTGAAAAAAAATTACAAAAAGTGCTTTCTGAACTGAACAAAAAAGAGTAAAGTTAGTCGCGTAGGGTACAGAGGTAAGATGTTCTATCTTTCAGACCTTTTACTTCACGTAATCGGATTTGGCTGAATATTTTAGCCGCCCCAGTCAGTAATGACTGGGGCGTTTTTTATTGGGCGAAAGAAAAGATCCGTAATGCCTGATGCGCTATGTTTATCAG > NC_000913/4049770‑4050054 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |