| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 4049912 = | 7 (0.130) | 74 (1.350) | 51/284 | 0.1 | 91.4% | noncoding (15/109 nt) | spf | Spot 42 sRNA antisense regulator of galK translation, Hfq‑dependent |
| ? | NC_000913 | 4498182 = | NA (NA) | intergenic (+241/‑91) | intB/insC1 | pseudogene, integrase homology,IS, phage, Tn, Phage‑related functions and prophages, KpLE2 phage‑like element, P4‑like integrase/IS2 repressor TnpA | |||||
GCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACCTCATAAAAA‑ATCCTGTACTCACAGGGTGATGCGGGATAACTGACGTAAGGAGTGCTGCAGGGATTTGATGGTCCCTTGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCAGACAACCAATATCACTTAAATAAGTGATAGTCTTAATACTAGTTTTTAGACTAGTCATTGGAGAACAGATGATTGATGTCTTAGGGCCGGAGAAACGCAGACGGCGTACCACACAG > NC_000913/4498040‑4498320 | gCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTTATATACATTCACTAAACAAGGAACCTCATAAAAA‑ATACTGTACTCATAGGGTGATGCGGGATAACTGACGGAAGGAGTGCTGCAGGGTGTTGATGGTCGCTTGt > 1:138817/1‑143 (MQ=255) ctgtgtggATTATCAGAATCCGAGGTTATTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACCTCATATAAA‑AGCCTGTACTTACAGGGTGATGCGGGATAACTGACGTAAGGAGTGCTGCAGGGACTTGATGGTCCCTTGTa < 2:731736/137‑1 (MQ=255) gggggATTATCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACCTCATAAAAA‑ATCCTGTACTCACAGGGTGATGCGGGATAACTGACGTAAGGAGTGCTGCAGGGATTTGATGGTCCCTTGTAGAc < 2:893326/143‑1 (MQ=255) gaggattctctgtctCCGCCGTTATTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACCTCATAAAAA‑ATCCTGTCCTCACAGGGTGATGCGGGATAACTGACGTAAGGAGTGCTGCAGGGATTTGATGGTCCCTTGTAGACt < 2:477679/129‑1 (MQ=255) gggATTATCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACCTCATAAAAA‑ATCCTGTACTCACAGGGTGATGCGGGATAACTGACGTAAGGAGTGCTGCAGGGATTTGATGGTCCCTTGTAGACTg < 2:438377/143‑1 (MQ=255) tATCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACCTCATAAAAA‑ATCCTGTACTCACAGGGTGATGCGGGATAACTGACGTAAGGAGTGCTGCAGGGATTTGATGGTCCCTTGTAGAGCGGcccc > 1:858793/1‑143 (MQ=255) tATCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACCTCATAAAAA‑ATCCTGTACTCACAGGGTGATGCGGGATAACTGACGTAAGGAGTGCTGCAGGGATTTGATGGTCCCTTGTAGACTGGcccc < 2:686234/143‑1 (MQ=255) tCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACCTCATAAAAA‑ATCCTGTACTCACAGGGTGATGCGGGATAACTGACGTAAGGCGTGCTGCAGGGCTTTGATGGTCCCTTGTAAACTGGCCCCCt > 1:148581/1‑143 (MQ=255) cAGAATCCGCGGTTATTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACCTCATAAAAA‑ATCCTGTACTCACAGGGTGATGCGGGATAACTGACGTAAGGAGTGCTGCAGGGATTTGATGGTCCCTTGTAGACTGGCCCCCTg < 1:511536/143‑1 (MQ=255) aGAATCCGCGGTTATTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACCTCATAAAAA‑ATCCTGTACTCACAGGGTGATGCGGGATAACTGACGTAAGGAGTGCTGCAGGGATTTGATGGTCCCTTGTAGACTGGCCCCCTGa 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cgcgGTTATTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACCTCATAAAAA‑ATCCTGTACTCACAGGGTGATGCGGGATAACTGACGTAAGGAGTGCTGCAGGGATTTGATGGTCCCTTGTAGACTGGCCCCCTGAATCTcc < 2:231346/143‑1 (MQ=255) gcgGTTATTCATTATTTATATAAATTCCATAAAAAAGTAACCTCATAAAAACATCCGG‑CGTCATAATCAAAAGATAGATAAGTGACGTAAGGAGTGCGGCAGGGGTTTGATGGTGCCTTGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCa > 1:678168/1‑143 (MQ=255) cgGTTATTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACCTCATAAAAA‑ATCCTGTACTCACAGGGTGATGCGGGATAACTGACGTAAGGAGTGCTGCAGGGATTTGATGGTCCCTTGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCAg < 2:555395/143‑1 (MQ=255) ggTTATTCATTATTTCTCTACCTTCAATAAAAAAGTAACCTCATAAAAA‑ATCCTGTACTCACAGGGTGATGCGGGATAACTGACGTAAGGAGTGCTGCAGGGATTTGATGGTCCCTTGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCAGa < 1:619129/143‑1 (MQ=255) aTTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACCTCATAAAGA‑ATCCTGTACTCACAGGGTGATGAGGGATAACTGACGTAAGGAGTGCTGCAGGGATTTGATGGTCCCTTGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCAGACAAc > 1:120971/1‑143 (MQ=255) ttCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACCTCATAAAAA‑ATCCTGTACTCACAGGGTGATGCGGGATAACTGACGTAAGGAGTGCTGCAGGGATTTGATGGTCCCTTGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCCGACAAcc 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1:442999/1‑143 (MQ=255) aaaaaGTAACCTCATAAAAA‑ATCCTGTACTCACAGGGTGATGCGGGATAACTGACGTAAGGAGTGCTGCAGGGATTTGATGGTCCCTTGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCAGACAACCAATATCACTTATTTAAGTGATatt < 1:13601/143‑3 (MQ=255) taaccttcccTCATCAAAA‑TTCCTGTACTTGCAGGGTGATGCGGGATCACTGACGTAAGGAGTGCTGCAGGGATTTGATGTTCCCTTGTAGACTGGCCTCCTGAATTTCCAGACCACCAATATCACTTATTTATGTGATattg < 1:554512/135‑4 (MQ=255) gTAACCTGATAAAAA‑AGCCTGTACTCACAGGGTGATGCGGGATAACTGACGTAAGGAGTGCTGCAGGGATTTGATGGTCCCTTGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCAGACAACCAATATCACTTAAATAAGTGATAGTCTTaa < 2:581077/143‑1 (MQ=255) tAAAAA‑ATCCTGTACTCACAGGGTGATGCGGGATAACTGACGTAAGGAGTGCTGCAGGGATTTGATGGTCCCTTGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCAGACAACCAATATCACTTAAATAAGTGATAGTCTTAATACTAGttt < 2:674297/143‑1 (MQ=255) aaaaa‑aTCCTGTACGCACAGGGTGATGCGGGATAACTGACGTAAGGAGTGCTGCAGGGATTTGATGGTCCCTTGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCAGACAACCAATATCACTTAAATAAGTGATAGTCTTAATACTAGtttt < 1:312612/143‑1 (MQ=255) 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1:375883/143‑1 (MQ=255) gTACTCACAGGGTGATGCGGGATAACTGACGTAAGGAGTGCTGCAGGGATTTGATGGTCCCTTGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCAGACAACCAATATCACTTAAATAAGTGATAGTCTTAATACTAGTTTTTAGACTAGta > 1:342991/1‑142 (MQ=255) tCACAGGGTGATGCGGGATAACTGACGTAAGGAGTGCTGCAGGGATTTGATGGTCCCTTGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCAGACAACCAATATCACTTAAATAAGTGATAGTCTTAATACTAGTTTTTAGACTAGTCATTg < 2:317481/143‑1 (MQ=255) acaGGGTGATGCGGGATAACTGACGTAAGGAGTGCTGCAGGGATTTGATGGTCCCTTGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCAGACAACCAATATCACTTAAATAAGTGATAGTCTTAATACTAGTTTTTAGACTAGTCATTGga < 1:750416/143‑1 (MQ=255) ggTGATGCGGGATAACTGACGTAAGGAGTGCTGCAGGGACTTGATGGTCCCTTGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCAGACAACCAATACCACCCCAATAAGTGATAGTCTTAATACTAGTTTTTAGACTAGTCATTGgagacc > 2:215877/1‑141 (MQ=21) gtgttcaCTGACGTAAGGAGTGCTGCAGGGATTTGATGGTCCCTTGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCAGACAACCAATATCACTTAAATAAGTGATAGTCTTAATACTACTTTTTAGACTAGTCATTGGAGAACAGAtgatt < 1:498799/137‑1 (MQ=255) ggATAACTGACGTAAGGAGTGCTGCAGGGATTTGATGGTCCCTTGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCAGACAACCAATATCACTTAAATAAGTGATAGTCTTAATACTAGTTTTTAGACTAGTCATTGGAGAACAGAtgattg > 2:299182/1‑143 (MQ=255) agaaCTGGCGTAAGGGGTGCTGCAGGGATTTGATGGTCCCTGGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCAGAGAATCTATATCACTTAAATAAGTGATAGTCTTAATACGAGTTTTTAGACTAGTCATTGGAGAACAGAtgattggt < 1:72434/141‑3 (MQ=17) aTAACTGACGTAAGGAGTGCTGCAGGGATTTGATGGTTCCTGGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCAGACAACCAATATCACTTAAATAAGTGATAGTCTTAATACTAGTTTTTAGACTAGTCATTGGAGAACAGAtgattgat < 2:485430/143‑1 (MQ=255) aTAACTGACGTAAGGAGTGCTGCAGGGATTTGATGGTCCCTTGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCAGACAACCAATATCACTTAAATAAGTGATAGTCTTAATACTAGTTTTTAGACTAGTCATTGGAGAACAGAtgattgat < 2:580058/143‑1 (MQ=255) aTAACTGACGTAAGGAGTGCTGCAGGGATTTGATGGTCCCTTGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCAGACAACCAATATCACTTAAATAAGTGATAGTCTTAATACTAGTTTTTAGACTAGTCATTGGAGAACAGAtgattgat < 1:917115/143‑1 (MQ=255) tGACGTAAGGAGTGCTGCAGGGATTTGATGGTCCCTTGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCAGACAACCAATATCGCTTAAATAAGTGATAGTCTGAATACTAGTTTTTAGACTAGTCATTGGGGCACAGATGATTGCTGCCtt > 2:836091/1‑143 (MQ=18) tGACGTAAGGAGTGCTGCAGGGATTTGATGGTCCCTTGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCAGACAACCAATATCACTTAAATAAGTGATAGTCTTAATACTAGTTTTTAGACTAGTCATTGGAGAACAGATGATTGATGTCtt > 2:123505/1‑143 (MQ=255) gcGTGAGGAGGGCTGCAGGCATTTGATCGTCCCTTGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCAGACAACCAATATCACTTAAATAAGTGATAGTCTTAATACTAGTTTTTAGACTAGTCATTGGAGAACAGATGATTGATGTCTTAg < 1:29898/142‑1 (MQ=255) aCGTAAGGAGTGCTGCAGGGATTTGATGGTCCCTTGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCAGACAACCAATATCACTTAAATAAGTGATAGTCTTAATACTAGTTTTTAGACTAGTCATTGGAGAACAGATGATTGATGTCTTAg < 2:785788/143‑1 (MQ=255) cGTAAGGAGTGCTGCAGGGATTTGATGGTCCCTTGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCAGACAACCAATATCACTTAAATAAGTGATAGTCTTAATACTAGTTTTTAGACTAGTCATTGGAGAACAGATGATTGATGTCTTAgg < 2:103054/143‑1 (MQ=255) aGGAGTGCTGCAGGGATTTGATGGTCCCTTGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCGGACACCCAATATCACTTAACTAAGTGATAGTCTTAATACTAGTTTTTAGCCTAGTCATTGGCGAACAGATGATTGATGTCTTAGGGCCg > 2:53373/1‑143 (MQ=17) 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1:259840/1‑143 (MQ=255) cAGGGATTTGATGGTCCCTTGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCa < 2:94103/44‑1 (MQ=255) cAGGGATTTGATGGTCCCTTGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCa > 1:94103/1‑44 (MQ=255) gggATTTGATGGTCCCTTGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCAGACAACCAATATCACTTAAATAAGTGATAGTCTTAATACTAGTTTTTAGACTAGTCATTGGAGAACAGATGCTTGATGTCTTAGGGCCGGAGACACGCAGa > 2:794712/1‑143 (MQ=255) gggATTTGATGGTCCCTTGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCAGACAACCAATATCACTTAAATAAGTGATAGTCTTAATACTAGTTTTTAGACTAGTCATTGGAGAACAGATGATTGATGTCTTAGGGCCGGAGAAACGCAGa > 2:553441/1‑143 (MQ=255) tttGATGGTCCCTTGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCAGACAACCAATATCACTTAAATAAGTGATAGTCTTAATACTAGTTTTTAGACTAGTCATTGGAGAACAGATGATTGATGTCTTAGGGCCGGCGAAACGCAGACGGc > 2:199916/1‑143 (MQ=255) ttggagggccccTTGTAGACTGTCCCCCTGAATCTCCAGACAACCAATATCACTTAAATAAGTGATAGTCTTAATACTAGTTTTTAGACTAGTCATTGGGGAACAGATGATTGATGTCTTAGGGCCGGAGAAACGCAGACGGc < 2:907390/134‑1 (MQ=11) cttGATGGGCGCTGGTAGACTGGCCCCCTGCATCTCCAGACAACCAATATCACTTAAATAAGTGATAGTCTTAATACTAGTTTTTAGACTAGTCATTGGAGAACAGATGATTGATGTCTTAGGGCCGGAGAAACGCAGACGGc < 2:349075/142‑1 (MQ=255) tGGTCCCTTGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCAGACAACCAATATCACTTAAATACGTGATAGTCTTAATACTAGTTTTTAGACTAGTCATTGGCGCACAGATGATTGATGTCTTAGGGCCGAAGCAACGCAGACGGCggccc > 1:491739/1‑139 (MQ=11) tGGTCCCTTGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCAGACAACCAATATCACTTAAATAAGTGATAGTCTTAATACTAGTTTTTAGACTAGTCATTGGAGAACAGATGATTGATGTCTTAGGGCCGGAGCAACGCAGACGGCGTAcc > 1:695501/1‑143 (MQ=38) ccTTGTAGACTGGCCCCCTGTATCTCCAGACAACCAGTATCACTTAAATAAGTGATAGTCTTAATACTAGTTTTTAGACTAGTCATTGGAGAACAGATGATTGATGTCTTAGGGCCGGAGAAACGCAGACGGCGTACcacaca < 1:214941/143‑1 (MQ=18) ccTTGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCAGACAACCAATATCACTTAAATAAGTGATAGTCTTAATACTAGTTTTTAGACTAGTCATTGGAGAACAGATGATTGATGTCTTAGGGCCGGAGAAACGCAGACGGCGTCCcgcaca > 1:728967/1‑143 (MQ=18) ttagTAGACTGGCCCCCTGAAGCTCCAGACAACCAATATCACTTAAATAAGTGATAGTCTTAATACTAGTTTTTAGACTAGTCATTGGAGAACAGATGATTGATGTCTTAGGGCCGGAGAAACGCAGACGGCGTACCACACAg < 2:459199/140‑1 (MQ=1) | GCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACCTCATAAAAA‑ATCCTGTACTCACAGGGTGATGCGGGATAACTGACGTAAGGAGTGCTGCAGGGATTTGATGGTCCCTTGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCAGACAACCAATATCACTTAAATAAGTGATAGTCTTAATACTAGTTTTTAGACTAGTCATTGGAGAACAGATGATTGATGTCTTAGGGCCGGAGAAACGCAGACGGCGTACCACACAG > NC_000913/4498040‑4498320 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |