| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1651548 | NA (NA) | 53 (0.970) | 42/284 | 0.2 | 98.2% | intergenic (+11/‑3) | insD1/intQ | IS2 transposase TnpB,IS, phage, Tn, Transposon‑related functions, extrachromosomal, transposon related/pseudogene, Qin prophage, phage integrase family,Phage or Prophage Related |
| ? | NC_000913 | = 1937140 | 1 (0.020) | coding (489/870 nt) | yebK | putative DNA‑binding transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
CCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAAAACGACGCCATGGTGATTGCCCTCACCTCTG > NC_000913/1937001‑1937282 | gtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatctaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctcATATCGttctg < 1:24865‑M1/11‑1 (MQ=255) acctcggttgcgactggctcaCGCAGGCAAAAAATATCGCCTGTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgc > 1:755868‑M2/11‑134 (MQ=255) gccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAAc > 2:515813‑M1/129‑143 (MQ=255) ccGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGAGTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcc < 2:457198‑M2/143‑11 (MQ=255) gcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAg > 2:77367‑M1/122‑143 (MQ=255) gcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggacagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAg < 2:849169‑M1/22‑1 (MQ=255) gTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggctttgcccctatat < 1:252821‑M2/143‑18 (MQ=255) gACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttc < 2:654654‑M2/143‑21 (MQ=255) gACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGACGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGGTGATATCtggatttgcccctatatttc < 2:220965‑M2/143‑21 (MQ=255) cTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttcca > 1:612577‑M2/1‑121 (MQ=255) cTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttcca < 2:23836‑M2/143‑23 (MQ=255) cggcgctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGaa > 1:413580‑M1/113‑143 (MQ=255) actcaGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatct < 2:508523‑M2/143‑30 (MQ=255) cctaatacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGt > 1:503875‑M1/109‑143 (MQ=255) taagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAg > 2:464311‑M1/107‑143 (MQ=255) caGGCAAAAAAACTCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgtt > 1:438317‑M2/1‑111 (MQ=255) caGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgtt > 2:591527‑M2/1‑111 (MQ=255) ggtaaatgacatcgccctttcCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGAGGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctggtat > 2:453778‑M2/11‑109 (MQ=255) cAAAAAACACCGCCTTTGTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatca > 1:449211‑M2/1‑107 (MQ=255) aaaaagaaGCGGCGTTGTCGGGTTGGGGTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGCTGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTAGTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcac > 2:853010‑M2/1‑106 (MQ=255) aaaaaaaaTCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGAGGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTGCTCCGATGGTATCtggatttgcgcctgtagttgcggacgtcagttatccc < 1:322301‑M2/143‑38 (MQ=255) atcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACgg < 2:278683‑M1/43‑1 (MQ=255) aaaaaaTCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcactt < 2:317383‑M2/143‑40 (MQ=255) atcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGAc < 2:23403‑M1/47‑1 (MQ=255) atcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGAc > 2:399156‑M1/97‑143 (MQ=255) tcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACg < 2:206604‑M1/48‑1 (MQ=255) tCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaaccca > 2:540682‑M2/1‑98 (MQ=255) gCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTACCCACGATGCGATGAAAAAGTTCTTGCGTTTCAATGTTCAGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcccttaacccatt < 2:778395‑M2/143‑48 (MQ=255) tgttctccaatgactagtctaaaagctagtgttaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACgtggtg > 1:419090‑M1/91‑143 (MQ=255) cTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatgtttccagacatctcttatcacttaactcattac < 2:113027‑M2/143‑50 (MQ=255) ttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACgtggtggt < 1:289471‑M1/55‑1 (MQ=255) ttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACgtggtggt > 2:761310‑M1/89‑143 (MQ=255) tctccgatgactagtctaaacactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACgtggtggtg > 2:898190‑M1/88‑143 (MQ=255) tggttagtttaaaaactattattaagactatcagttatttcagtgatattggttgtctggagattcaggggggcagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGAttt > 1:595535‑M1/81‑143 (MQ=255) tgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGAttt > 1:435559‑M1/81‑143 (MQ=255) tgacgagtctaaaaactagtattaggactagcacttgtttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGGttt > 1:590628‑M1/81‑143 (MQ=255) aTTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgct > 2:776242‑M2/1‑85 (MQ=255) aTTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgct > 2:683574‑M2/1‑85 (MQ=255) actagtctaaaggctagtattaagactatcacttagttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATCTCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTtct > 1:548386‑M1/79‑143 (MQ=255) tagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTca < 2:415176‑M1/67‑1 (MQ=255) tagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGAAGACGAAGTGATGCTGAtttctaa < 1:229735‑M1/67‑3 (MQ=255) tagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatactggttgtctgtagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTca > 2:596979‑M1/77‑143 (MQ=255) gCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGACTAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatctttccagacatctgttatcacttaacccattacacccccgctgccgc < 2:403677‑M2/143‑64 (MQ=255) cctcttCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAGTGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgc > 1:741097‑M2/2‑80 (MQ=255) 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tagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGCGCTGATTTCACCCACGGGAGGAAc < 1:942918‑M1/79‑1 (MQ=255) ccgTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggctttgcccctatatttccagacacctgctatcacctaacccactccaagccagctgccgcagatcttcccgt < 2:172970‑M2/143‑76 (MQ=255) gttaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACaaaa > 1:559329‑M1/61‑143 (MQ=255) ttaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACaaaaa < 1:23987‑M1/84‑1 (MQ=255) ccACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgtgatcacttaacccattacaagcccgcaacctcatggattcccgtggccagc < 1:710980‑M2/143‑83 (MQ=255) 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tcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACCTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCATCTGGCACGCAAaaacgccgcgac > 1:389812‑M1/17‑140 (MQ=255) cagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAAAACGACGCCATg < 1:696531‑M1/128‑1 (MQ=255) agggggccagtctaATATCGGGCTGCAAGGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGCATACGCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAAAACGACGCCATgg > 1:240267‑M1/15‑143 (MQ=255) gtgtACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattgcaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcgctatgcggacgccattcgttataatgctc < 1:69442‑M2/143‑126 (MQ=255) tgtACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcg > 1:508523‑M2/1‑17 (MQ=255) tCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgc < 1:954751‑M2/143‑132 (MQ=255) agtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAAAACGACGCCATGGTGATTGcc > 1:23403‑M1/7‑143 (MQ=255) agtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAAAACGACGCCATGGTGATTGcc > 1:912097‑M1/7‑143 (MQ=255) gtctgatATCGTGCTGCAACGCATGGGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAAAACGACGCCATGGTGATTGccc < 2:83976/140‑1 (MQ=255) tctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGAGAAAACGACGCCACGGTGAttgcact < 1:795618‑M1/139‑4 (MQ=255) 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CCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAAAACGACGCCATGGTGATTGCCCTCACCTCTG > NC_000913/1937001‑1937282 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |