| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1979486 = | 0 (0.000) | 40 (0.980) | 34/284 | 0.2 | 100% | intergenic (‑271/‑267) | insA/uspC | IS1 repressor TnpA/universal stress protein |
| ? | NC_000913 | 2101749 = | NA (NA) | intergenic (‑5/+146) | wbbL/insH1 | pseudogene, lipopolysaccharide biosynthesis protein/IS5 transposase and trans‑activator | |||||
CACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAG‑TGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/1979624‑1979486‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTT > NC_000913/2101749‑2101883 ctgtctCGGTGGTCATGTAATTTCAAATGTAGTTATAAGATAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAG‑TGGTTAATATCTGTATAACATTTCATTAATATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAA < 1:275256/137‑1 TCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAG‑TGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGT > 2:273195/1‑143 CGGTGATCATATACTTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAG‑TGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCG < 1:292511/143‑1 GTGAGCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAG‑TGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAA > 1:478207/1‑143 ATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAG‑TGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGTATATGCG > 2:472670/1‑143 AATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACACG‑TGGTAAAGATGTGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTGTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGA > 2:451061/1‑143 TTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAG‑TGGTTAATATATGTAAAACCTTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAA < 2:268807/143‑1 TTATAAGAGAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAG‑TGGGTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAATGTGCGAATAAGCGGGGAGCTTCGTCTCAGCT > 1:530098/1‑143 ACTGATTCTCCGCATTAAACAAG‑TGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACGCAGTCATTTCATT > 2:155924/1‑143 GATTCTCCGCATTAAACAAG‑TGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCTAATAAGCGGGGCAATTCTTCGCGGCTGACTTAGTCATTTCATTTCT > 1:144870/1‑143 ATTCTCCGCATTAAACAAG‑TGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAACGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTT > 2:259755/1‑143 TTCTCCGCATTAAACAAG‑TGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTC < 2:230394/143‑1 TTCTCCGCATTAAACAAG‑TGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTC < 2:478207/143‑1 TCCGCATTAAACAAG‑TGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATG > 1:333137/1‑143 CATTAAACAAG‑TGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAAGTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTG > 1:35446/1‑143 tgAACAAGTTGGTTATTAGATGTAAATCATTTCATTAACATTTAGTTGATTGTTTCCTTTCTTTCTATTTGATTAGGGAAGGTGCTAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAG < 1:250541/141‑1 AACAAG‑TGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTTTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTGATGTTTGAGCCG > 1:570623/1‑143 AAG‑TGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGCAGGTGCGAATAAGCGGGCAAATTCTTCTCGGATGACTAAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTtaccgggtg > 1:65909/1‑134 GGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAAGAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTT < 2:449383/143‑1 ttatctTATGTACAACATTTCATTATTATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTCTTTAATTAGGGAAGGTTCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCT < 1:208208/137‑1 TTAATATATGTAAGACTTTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTTTTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCT < 1:208224/143‑1 AATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCC > 1:491802/1‑143 TAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATG > 2:370550/1‑143 tACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCT < 2:157862/142‑1 AACATGTCATTAACATGAAGTTGAGTGTTGCCTTGCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCT < 1:475802/143‑1 ACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTT < 2:275991/143‑1 ACATTTCATGAACATTAAGTGGAGTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTT < 2:52090/143‑1 ATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAG > 2:35693/1‑143 AGTTGATTGTTGCCTTTTTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGA < 2:691295/143‑1 GTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATGAGCTTATTTAGAC > 2:181023/1‑143 TTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACC > 2:498874/1‑143 TTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTACTTATACC > 1:476405/1‑143 TGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATTAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTC < 1:623130/143‑1 TGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTC > 2:239046/1‑143 GCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGCTGGTGTTTACAGCTGTTGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCG > 1:395181/1‑143 GCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCG < 1:273195/143‑1 TTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCA > 1:145219/1‑143 ATTTAATTACGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCG < 2:144870/143‑1 TTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGT > 2:696078/1‑143 TTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCTCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTT < 2:373086/143‑1 CACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAG‑TGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/1979624‑1979486‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTT > NC_000913/2101749‑2101883 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |