| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,997,112 | Δ26,567 bp | [tcyN]–[fliR] | 32 genes [tcyN], tcyL, dcyD, tcyJ, fliZ, fliA, fliC, fliD, fliS, fliT, amyA, yedD, yedE, yedF, yedK, yedL, yedN, intG, fliE, fliF, fliG, fliH, fliI, fliJ, fliK, fliL, fliM, fliN, fliO, fliP, fliQ, [fliR] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1997112 | 2023678 | 26567 | 84 [0] | [0] 85 | [tcyN]–[fliR] | [tcyN],tcyL,dcyD,tcyJ,fliZ,fliA,fliC,fliD,fliS,fliT,amyA,yedD,yedE,yedF,yedK,yedL,yedN,intG,fliE,fliF,fliG,fliH,fliI,fliJ,fliK,fliL,fliM,fliN,fliO,fliP,fliQ,[fliR] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1997111 | 0 (0.000) | 83 (1.150) | 36/68 | 0.1 | 100% | coding (704/753 nt) | tcyN | cystine ABC transporter ATP binding subunit |
| ? | NC_000913 | 2023679 = | 0 (0.000) | intergenic (+1/‑289) | fliR/rcsA | flagellar biosynthesis protein FliR/DNA‑binding transcriptional activator RcsA | |||||
TTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1997078‑1997111‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTA > NC_000913/2023679‑2023712 TTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGT > 1:6935441/1‑35TTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGT > 1:2538125/1‑35TTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGT > 1:578101/1‑35TTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGT < 1:7397838/35‑1 CTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTC < 1:1212746/35‑1 CTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTC < 1:4092222/35‑1 CTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTC < 1:2277220/35‑1 CTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTC > 1:1940237/1‑35 TCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCC > 1:5928255/1‑35 TCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCC > 1:1264862/1‑35 TCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCC > 1:7318977/1‑35 CGAGGAACTGGGGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCG < 1:1680014/35‑1 GAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGT < 1:2217936/35‑1 GAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGT > 1:2255079/1‑35 GAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGT > 1:7444713/1‑35 GAGGAACTGGCGGGGGCGAGGCTGCTCGGTTCCGT > 1:3430323/1‑35 AGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTA > 1:1504064/1‑35 AGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTA > 1:3219052/1‑35 AGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTA > 1:6986218/1‑35 AGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTA > 1:6524523/1‑35 AGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTA > 1:551734/1‑35 GGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAA < 1:4447054/35‑1 GGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAA < 1:1057764/35‑1 GGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAA < 1:4965186/35‑1 AACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACG > 1:4118610/1‑35 AACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACG > 1:5668248/1‑35 TGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTT > 1:527421/1‑35 GGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTA < 1:4629475/35‑1 GGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTA < 1:672566/35‑1 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTAT > 1:5981982/1‑35 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTAT < 1:5840451/35‑1 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTAT < 1:3296168/35‑1 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTAT > 1:540085/1‑35 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTAT > 1:2336744/1‑35 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTAT < 1:4376060/35‑1 CGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATC < 1:6319855/35‑1 GGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCA < 1:3003164/35‑1 GGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCA < 1:6804142/35‑1 GGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCA < 1:4565467/35‑1 GGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCAT < 1:2153735/35‑1 GGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCAT < 1:2453664/35‑1 TGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGT > 1:1497179/1‑35 TGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGT < 1:2893372/35‑1 TGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGT < 1:1484589/35‑1 TGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGT < 1:4366762/35‑1 TGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGT < 1:6693986/35‑1 CGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTA < 1:2353161/35‑1 CGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTA < 1:2446176/35‑1 CGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTA < 1:135595/35‑1 GAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTAT < 1:5828112/35‑1 GAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTAT < 1:2257891/35‑1 GAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTAT < 1:4084702/35‑1 AGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATC < 1:5116540/35‑1 AGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATC < 1:5460861/35‑1 AGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATC > 1:5463009/1‑35 AGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATC > 1:6710216/1‑35 AGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATC < 1:7607961/35‑1 GGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCC > 1:2266003/1‑35 GGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCC < 1:2760763/35‑1 GGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCC < 1:60942/35‑1 GCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCT < 1:5242365/35‑1 GCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCT < 1:6340695/35‑1 CTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTA < 1:7463544/35‑1 CTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTA < 1:2892945/35‑1 GCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAG < 1:43618/35‑1 GCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAG < 1:5309939/35‑1 GCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAG < 1:4488104/35‑1 GCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAG < 1:1263768/35‑1 GCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAG < 1:1277540/35‑1 GCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAG < 1:5560530/35‑1 CTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGG > 1:2440456/1‑35 CTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGG > 1:1312376/1‑35 CTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGG < 1:309601/35‑1 TCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGA < 1:6790870/35‑1 TCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGA < 1:7076664/35‑1 CGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAT > 1:962184/1‑35 GGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATT < 1:3156416/35‑1 GTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTA < 1:298017/35‑1 GTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTA > 1:7082886/1‑35 GTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTA < 1:2277191/35‑1 GTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTA < 1:1565308/35‑1 GTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTA < 1:3322101/35‑1 GTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTA < 1:3550015/35‑1 TTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1997078‑1997111‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTA > NC_000913/2023679‑2023712 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |