| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,997,112 | Δ26,567 bp | [tcyN]–[fliR] | 32 genes [tcyN], tcyL, dcyD, tcyJ, fliZ, fliA, fliC, fliD, fliS, fliT, amyA, yedD, yedE, yedF, yedK, yedL, yedN, intG, fliE, fliF, fliG, fliH, fliI, fliJ, fliK, fliL, fliM, fliN, fliO, fliP, fliQ, [fliR] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1997112 | 2023678 | 26567 | 84 [0] | [0] 85 | [tcyN]–[fliR] | [tcyN],tcyL,dcyD,tcyJ,fliZ,fliA,fliC,fliD,fliS,fliT,amyA,yedD,yedE,yedF,yedK,yedL,yedN,intG,fliE,fliF,fliG,fliH,fliI,fliJ,fliK,fliL,fliM,fliN,fliO,fliP,fliQ,[fliR] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1997111 | 0 (0.000) | 83 (1.150) | 36/68 | 0.1 | 100% | coding (704/753 nt) | tcyN | cystine ABC transporter ATP binding subunit |
| ? | NC_000913 | 2023679 = | 0 (0.000) | intergenic (+1/‑289) | fliR/rcsA | flagellar biosynthesis protein FliR/DNA‑binding transcriptional activator RcsA | |||||
GGCTGATATTATTAGTGAATTGCCATTAATATAATTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTAT > NC_000913/2023645‑2023713 | ttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggt > 1:578101‑M2/35‑35 (MQ=255)ttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggt > 1:2538125‑M2/35‑35 (MQ=255)ttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggt > 1:6935441‑M2/35‑35 (MQ=255)ttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggt < 1:7397838‑M2/1‑1 (MQ=255) ctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTc < 1:1212746‑M2/3‑1 (MQ=255) ctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTc < 1:4092222‑M2/3‑1 (MQ=255) ctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTc < 1:2277220‑M2/3‑1 (MQ=255) ctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTc > 1:1940237‑M2/33‑35 (MQ=255) tcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTcc > 1:7318977‑M2/32‑35 (MQ=255) tcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTcc > 1:5928255‑M2/32‑35 (MQ=255) tcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTcc > 1:1264862‑M2/32‑35 (MQ=255) cgaggaactggggggtgcgaggctgctcggTTCCg < 1:1680014‑M2/5‑1 (MQ=255) gaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGt < 1:2217936‑M2/6‑1 (MQ=255) gaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGt > 1:2255079‑M2/30‑35 (MQ=255) gaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGt > 1:7444713‑M2/30‑35 (MQ=255) gaggaactggcgggggcgaggctgctcggTTCCGt > 1:3430323‑M2/30‑35 (MQ=255) aggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTa > 1:1504064‑M2/29‑35 (MQ=255) aggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTa > 1:6524523‑M2/29‑35 (MQ=255) aggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTa > 1:551734‑M2/29‑35 (MQ=255) aggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTa > 1:6986218‑M2/29‑35 (MQ=255) aggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTa > 1:3219052‑M2/29‑35 (MQ=255) ggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTaa < 1:4965186‑M2/8‑1 (MQ=255) ggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTaa < 1:4447054‑M2/8‑1 (MQ=255) ggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTaa < 1:1057764‑M2/8‑1 (MQ=255) aactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACg > 1:4118610‑M2/26‑35 (MQ=255) aactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACg > 1:5668248‑M2/26‑35 (MQ=255) tggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGttt > 1:527421‑M2/23‑35 (MQ=255) ggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTa < 1:4629475‑M2/14‑1 (MQ=255) ggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTa < 1:672566‑M2/14‑1 (MQ=255) gcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTAt < 1:4376060‑M2/15‑1 (MQ=255) gcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTAt > 1:2336744‑M2/21‑35 (MQ=255) gcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTAt > 1:540085‑M2/21‑35 (MQ=255) gcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTAt < 1:5840451‑M2/15‑1 (MQ=255) gcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTAt > 1:5981982‑M2/21‑35 (MQ=255) gcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTAt < 1:3296168‑M2/15‑1 (MQ=255) cgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATc < 1:6319855‑M2/16‑1 (MQ=255) gggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCa < 1:4565467‑M2/17‑1 (MQ=255) gggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCa < 1:3003164‑M2/17‑1 (MQ=255) gggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCa < 1:6804142‑M2/17‑1 (MQ=255) ggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCAt < 1:2153735‑M2/18‑1 (MQ=255) ggtgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCAt < 1:2453664‑M2/18‑1 (MQ=255) tgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGt > 1:1497179‑M2/16‑35 (MQ=255) tgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGt < 1:6693986‑M2/20‑1 (MQ=255) tgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGt < 1:2893372‑M2/20‑1 (MQ=255) tgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGt < 1:1484589‑M2/20‑1 (MQ=255) tgcgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGt < 1:4366762‑M2/20‑1 (MQ=255) cgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTa < 1:135595‑M2/22‑1 (MQ=255) cgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTa < 1:2446176‑M2/22‑1 (MQ=255) cgaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTa < 1:2353161‑M2/22‑1 (MQ=255) gaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTAt < 1:2257891‑M2/23‑1 (MQ=255) gaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTAt < 1:4084702‑M2/23‑1 (MQ=255) gaggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTAt < 1:5828112‑M2/23‑1 (MQ=255) aggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATc < 1:5116540‑M2/24‑1 (MQ=255) aggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATc > 1:6710216‑M2/12‑35 (MQ=255) aggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATc < 1:5460861‑M2/24‑1 (MQ=255) aggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATc > 1:5463009‑M2/12‑35 (MQ=255) aggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATc < 1:7607961‑M2/24‑1 (MQ=255) ggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATcc < 1:2760763‑M2/25‑1 (MQ=255) ggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATcc > 1:2266003‑M2/11‑35 (MQ=255) ggctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATcc < 1:60942‑M2/25‑1 (MQ=255) gctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCt < 1:5242365‑M2/26‑1 (MQ=255) gctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCt < 1:6340695‑M2/26‑1 (MQ=255) ctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTa < 1:2892945‑M2/27‑1 (MQ=255) ctgctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTa < 1:7463544‑M2/27‑1 (MQ=255) gctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAg < 1:1263768‑M2/29‑1 (MQ=255) gctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAg < 1:1277540‑M2/29‑1 (MQ=255) gctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAg < 1:5560530‑M2/29‑1 (MQ=255) gctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAg < 1:5309939‑M2/29‑1 (MQ=255) gctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAg < 1:43618‑M2/29‑1 (MQ=255) gctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAg < 1:4488104‑M2/29‑1 (MQ=255) ctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAgg > 1:1312376‑M2/6‑35 (MQ=255) ctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAgg > 1:2440456‑M2/6‑35 (MQ=255) ctcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAgg < 1:309601‑M2/30‑1 (MQ=255) tcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGa < 1:7076664‑M2/31‑1 (MQ=255) tcggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGa < 1:6790870‑M2/31‑1 (MQ=255) cggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAt > 1:962184‑M2/4‑35 (MQ=255) ggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAtt < 1:3156416‑M2/33‑1 (MQ=255) gTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTa < 1:298017‑M2/34‑1 (MQ=255) gTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTa > 1:7082886‑M2/2‑35 (MQ=255) gTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTa < 1:3322101‑M2/34‑1 (MQ=255) gTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTa < 1:1565308‑M2/34‑1 (MQ=255) gTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTa < 1:3550015‑M2/34‑1 (MQ=255) gTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTa < 1:2277191‑M2/34‑1 (MQ=255) ttCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTAt < 1:2354292/35‑1 (MQ=255) ttCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTAt < 1:1997147/35‑1 (MQ=255) | GGCTGATATTATTAGTGAATTGCCATTAATATAATTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTAT > NC_000913/2023645‑2023713 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |