| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,997,112 | Δ26,567 bp | [tcyN]–[fliR] | 32 genes [tcyN], tcyL, dcyD, tcyJ, fliZ, fliA, fliC, fliD, fliS, fliT, amyA, yedD, yedE, yedF, yedK, yedL, yedN, intG, fliE, fliF, fliG, fliH, fliI, fliJ, fliK, fliL, fliM, fliN, fliO, fliP, fliQ, [fliR] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1997112 | 2023678 | 26567 | 84 [0] | [0] 85 | [tcyN]–[fliR] | [tcyN],tcyL,dcyD,tcyJ,fliZ,fliA,fliC,fliD,fliS,fliT,amyA,yedD,yedE,yedF,yedK,yedL,yedN,intG,fliE,fliF,fliG,fliH,fliI,fliJ,fliK,fliL,fliM,fliN,fliO,fliP,fliQ,[fliR] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1997111 | 0 (0.000) | 83 (1.150) | 36/68 | 0.1 | 100% | coding (704/753 nt) | tcyN | cystine ABC transporter ATP binding subunit |
| ? | NC_000913 | 2023679 = | 0 (0.000) | intergenic (+1/‑289) | fliR/rcsA | flagellar biosynthesis protein FliR/DNA‑binding transcriptional activator RcsA | |||||
CTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGGGTCGGCAAATAACGCTTTTGCGGCCCCCTGCTC > NC_000913/1997077‑1997145 | cTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCgg > 1:4211693/1‑35 (MQ=255) ttCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGt > 1:2538125‑M1/1‑34 (MQ=255) ttCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGt > 1:6935441‑M1/1‑34 (MQ=255) ttCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGt > 1:578101‑M1/1‑34 (MQ=255) ttCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGt < 1:7397838‑M1/35‑2 (MQ=255) ctcGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttc < 1:1212746‑M1/35‑4 (MQ=255) ctcGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttc < 1:2277220‑M1/35‑4 (MQ=255) ctcGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttc > 1:1940237‑M1/1‑32 (MQ=255) ctcGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttc < 1:4092222‑M1/35‑4 (MQ=255) tcGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttcc > 1:1264862‑M1/1‑31 (MQ=255) tcGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttcc > 1:5928255‑M1/1‑31 (MQ=255) tcGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttcc > 1:7318977‑M1/1‑31 (MQ=255) cGAGGAACTGGGGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccg < 1:1680014‑M1/35‑6 (MQ=255) gAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgt > 1:7444713‑M1/1‑29 (MQ=255) gAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgt < 1:2217936‑M1/35‑7 (MQ=255) gAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgt > 1:2255079‑M1/1‑29 (MQ=255) gAGGAACTGGCGGGGGCGAGGCTGCTCGGttccgt > 1:3430323‑M1/1‑29 (MQ=255) aGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgta > 1:6524523‑M1/1‑28 (MQ=255) aGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgta > 1:551734‑M1/1‑28 (MQ=255) aGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgta > 1:3219052‑M1/1‑28 (MQ=255) aGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgta > 1:6986218‑M1/1‑28 (MQ=255) aGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgta > 1:1504064‑M1/1‑28 (MQ=255) ggAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaa < 1:1057764‑M1/35‑9 (MQ=255) ggAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaa < 1:4447054‑M1/35‑9 (MQ=255) ggAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaa < 1:4965186‑M1/35‑9 (MQ=255) aaCTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacg > 1:4118610‑M1/1‑25 (MQ=255) aaCTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacg > 1:5668248‑M1/1‑25 (MQ=255) tGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgttt > 1:527421‑M1/1‑22 (MQ=255) ggCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgttta < 1:4629475‑M1/35‑15 (MQ=255) ggCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgttta < 1:672566‑M1/35‑15 (MQ=255) gCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttat < 1:4376060‑M1/35‑16 (MQ=255) gCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttat < 1:3296168‑M1/35‑16 (MQ=255) gCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttat > 1:540085‑M1/1‑20 (MQ=255) gCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttat < 1:5840451‑M1/35‑16 (MQ=255) gCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttat > 1:5981982‑M1/1‑20 (MQ=255) gCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttat > 1:2336744‑M1/1‑20 (MQ=255) cGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatc < 1:6319855‑M1/35‑17 (MQ=255) gggTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatca < 1:6804142‑M1/35‑18 (MQ=255) gggTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatca < 1:3003164‑M1/35‑18 (MQ=255) gggTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatca < 1:4565467‑M1/35‑18 (MQ=255) ggTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcat < 1:2153735‑M1/35‑19 (MQ=255) ggTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcat < 1:2453664‑M1/35‑19 (MQ=255) tGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgt < 1:1484589‑M1/35‑21 (MQ=255) tGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgt < 1:4366762‑M1/35‑21 (MQ=255) tGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgt > 1:1497179‑M1/1‑15 (MQ=255) tGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgt < 1:6693986‑M1/35‑21 (MQ=255) tGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgt < 1:2893372‑M1/35‑21 (MQ=255) cGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgtta < 1:2446176‑M1/35‑23 (MQ=255) cGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgtta < 1:135595‑M1/35‑23 (MQ=255) cGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgtta < 1:2353161‑M1/35‑23 (MQ=255) gAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttat < 1:4084702‑M1/35‑24 (MQ=255) gAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttat < 1:5828112‑M1/35‑24 (MQ=255) gAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttat < 1:2257891‑M1/35‑24 (MQ=255) aGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatc < 1:5460861‑M1/35‑25 (MQ=255) aGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatc < 1:7607961‑M1/35‑25 (MQ=255) aGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatc > 1:5463009‑M1/1‑11 (MQ=255) aGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatc < 1:5116540‑M1/35‑25 (MQ=255) aGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatc > 1:6710216‑M1/1‑11 (MQ=255) ggCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcc < 1:2760763‑M1/35‑26 (MQ=255) ggCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcc > 1:2266003‑M1/1‑10 (MQ=255) ggCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcc < 1:60942‑M1/35‑26 (MQ=255) gctgctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcct < 1:6340695‑M1/35‑27 (MQ=255) gctgctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcct < 1:5242365‑M1/35‑27 (MQ=255) ctgctCGGttccgtaacgtttatcatgttatccta < 1:2892945‑M1/35‑28 (MQ=255) ctgctCGGttccgtaacgtttatcatgttatccta < 1:7463544‑M1/35‑28 (MQ=255) gctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaag < 1:43618‑M1/35‑30 (MQ=255) gctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaag < 1:5309939‑M1/35‑30 (MQ=255) gctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaag < 1:4488104‑M1/35‑30 (MQ=255) gctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaag < 1:1263768‑M1/35‑30 (MQ=255) gctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaag < 1:1277540‑M1/35‑30 (MQ=255) gctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaag < 1:5560530‑M1/35‑30 (MQ=255) ctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaagg > 1:2440456‑M1/1‑5 (MQ=255) ctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaagg > 1:1312376‑M1/1‑5 (MQ=255) ctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaagg < 1:309601‑M1/35‑31 (MQ=255) tCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaagga < 1:6790870‑M1/35‑32 (MQ=255) tCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaagga < 1:7076664‑M1/35‑32 (MQ=255) cGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggat > 1:962184‑M1/1‑3 (MQ=255) ggttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggatt < 1:3156416‑M1/35‑34 (MQ=255) gttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggatta < 1:298017‑M1/35‑35 (MQ=255) gttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggatta > 1:7082886‑M1/1‑1 (MQ=255) gttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggatta < 1:2277191‑M1/35‑35 (MQ=255) gttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggatta < 1:1565308‑M1/35‑35 (MQ=255) gttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggatta < 1:3322101‑M1/35‑35 (MQ=255) gttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggatta < 1:3550015‑M1/35‑35 (MQ=255) | CTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGGGTCGGCAAATAACGCTTTTGCGGCCCCCTGCTC > NC_000913/1997077‑1997145 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |