| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,101,397 | Δ36,321 bp | [wbbL]–wza | 34 genes [wbbL], insH‑7, wbbL, wbbK, wbbJ, wbbI, wbbH, glf, rfbX, rfbC, rfbA, rfbD, rfbB, galF, wcaM, wcaL, wcaK, wzxC, wcaJ, cpsG, cpsB, wcaI, gmm, fcl, gmd, wcaF, wcaE, wcaD, wcaC, wcaB, wcaA, wzc, wzb, wza |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2101397 | 2137717 | 36321 | 120 [0] | [0] 120 | [wbbL]–wza | [wbbL],insH‑7,wbbL,wbbK,wbbJ,wbbI,wbbH,glf,rfbX,rfbC,rfbA,rfbD,rfbB,galF,wcaM,wcaL,wcaK,wzxC,wcaJ,cpsG,cpsB,wcaI,gmm,fcl,gmd,wcaF,wcaE,wcaD,wcaC,wcaB,wcaA,wzc,wzb,wza |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2101396 | 0 (0.000) | 116 (1.650) | 49/66 | 0.0 | 100% | pseudogene (349/349 nt) | wbbL | interrupted rhamnosyltransferase WbbL |
| ? | NC_000913 | 2137718 = | 0 (0.000) | intergenic (‑475/‑184) | wza/yegH | outer membrane polysaccharide export protein Wza/inner membrane protein YegH | |||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
AGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/2101362‑2101396‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTT > NC_000913/2137718‑2137751 AGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT > 1:5444925/1‑35 GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATG < 1:5734389/35‑1 GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATG > 1:2073433/1‑35 GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATG > 1:4899734/1‑35 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGT > 1:3519480/1‑35 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGT < 1:2848305/35‑1 TTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTC > 1:373540/1‑35 TTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTC > 1:1520114/1‑35 TATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCT > 1:2916837/1‑35 TATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCT > 1:6037477/1‑35 TATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCT > 1:6720748/1‑35 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC < 1:6834053/35‑1 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC < 1:5295079/35‑1 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC > 1:4663403/1‑35 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC > 1:3017746/1‑35 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC > 1:7714125/1‑35 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC < 1:2486520/35‑1 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC < 1:5630265/35‑1 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC < 1:569403/35‑1 TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCC > 1:6688542/1‑35 TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCC > 1:7574389/1‑35 TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCC > 1:7806474/1‑35 CCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA < 1:1300866/35‑1 CCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA < 1:7537107/35‑1 CCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA < 1:1614862/35‑1 CCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA < 1:789344/35‑1 CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCAC > 1:5503301/1‑35 CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCAC > 1:3002745/1‑35 CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCAC < 1:1830457/35‑1 CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCAC > 1:5248467/1‑35 CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCAC < 1:4294064/35‑1 ATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACA < 1:2550643/35‑1 ATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACA < 1:3980467/35‑1 ATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACA < 1:3980428/35‑1 TGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACAT < 1:3099923/35‑1 TGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACAT < 1:4882559/35‑1 GCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG > 1:5788510/1‑35 GCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG > 1:7682146/1‑35 GCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG < 1:85775/35‑1 GCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG < 1:1444991/35‑1 CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGC > 1:7730052/1‑35 CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGC < 1:6346976/35‑1 CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGC > 1:1999669/1‑35 TTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCG > 1:4543766/1‑35 TTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCG > 1:6504153/1‑35 TATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA > 1:294185/1‑35 TATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA > 1:2864516/1‑35 TATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA > 1:4121418/1‑35 TATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA < 1:3383134/35‑1 TATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA < 1:3365757/35‑1 TATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA > 1:2364409/1‑35 TATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA < 1:6118939/35‑1 ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGAT < 1:4878707/35‑1 TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATA > 1:1557025/1‑35 TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATA > 1:3188984/1‑35 TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATA > 1:1832966/1‑35 TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATA < 1:6907075/35‑1 TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATA < 1:4860808/35‑1 ATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT < 1:7683304/35‑1 ATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT < 1:5843989/35‑1 ATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT < 1:5791531/35‑1 ATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT < 1:4679749/35‑1 ATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT > 1:3413315/1‑35 ATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT > 1:1435596/1‑35 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT > 1:3470353/1‑35 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT < 1:6191666/35‑1 GCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT < 1:1331995/35‑1 GCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT < 1:6260497/35‑1 CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTC > 1:6268567/1‑35 CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTC > 1:3755129/1‑35 TTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCT < 1:1647141/35‑1 TACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTT < 1:5661209/35‑1 ACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTA > 1:4081546/1‑35 CGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAA < 1:5471163/35‑1 CGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAA > 1:5472133/1‑35 GGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAA < 1:2342066/35‑1 GGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAA < 1:3300067/35‑1 GCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAAT < 1:472944/35‑1 GCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAAT < 1:6199767/35‑1 TTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAA < 1:5166027/35‑1 TTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAA < 1:5549400/35‑1 TTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAA < 1:120656/35‑1 TTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAAT < 1:5880208/35‑1 TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATG > 1:1979576/1‑35 TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATG > 1:5069018/1‑35 TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATG > 1:5594710/1‑35 TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATG > 1:4488467/1‑35 ATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGT < 1:3256730/35‑1 ATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGT > 1:5281970/1‑35 ATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGT > 1:6641389/1‑35 TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT > 1:6667168/1‑35 TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT > 1:6618848/1‑35 TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT > 1:5288403/1‑35 TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT > 1:2954835/1‑35 TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT > 1:5645153/1‑35 ATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT < 1:1528769/35‑1 ATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT > 1:5975676/1‑35 ATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT < 1:2480472/35‑1 TGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTT > 1:309884/1‑35 TGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTT > 1:3069358/1‑35 AGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/2101362‑2101396‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTT > NC_000913/2137718‑2137751 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |