| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,101,397 | Δ36,321 bp | [wbbL]–wza | 34 genes [wbbL], insH‑7, wbbL, wbbK, wbbJ, wbbI, wbbH, glf, rfbX, rfbC, rfbA, rfbD, rfbB, galF, wcaM, wcaL, wcaK, wzxC, wcaJ, cpsG, cpsB, wcaI, gmm, fcl, gmd, wcaF, wcaE, wcaD, wcaC, wcaB, wcaA, wzc, wzb, wza |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2101397 | 2137717 | 36321 | 120 [0] | [0] 120 | [wbbL]–wza | [wbbL],insH‑7,wbbL,wbbK,wbbJ,wbbI,wbbH,glf,rfbX,rfbC,rfbA,rfbD,rfbB,galF,wcaM,wcaL,wcaK,wzxC,wcaJ,cpsG,cpsB,wcaI,gmm,fcl,gmd,wcaF,wcaE,wcaD,wcaC,wcaB,wcaA,wzc,wzb,wza |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2101396 | 0 (0.000) | 116 (1.650) | 49/66 | 0.0 | 100% | pseudogene (349/349 nt) | wbbL | interrupted rhamnosyltransferase WbbL |
| ? | NC_000913 | 2137718 = | 0 (0.000) | intergenic (‑475/‑184) | wza/yegH | outer membrane polysaccharide export protein Wza/inner membrane protein YegH | |||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
GGAGTTTCTTTAGGTTGACAATATTTAATATAGTGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTA > NC_000913/2137684‑2137752 | gcttatccatgcttatatgcttacggctttatatg < 1:5734389‑M2/1‑1 (MQ=255)gcttatccatgcttatatgcttacggctttatatg > 1:2073433‑M2/35‑35 (MQ=255)gcttatccatgcttatatgcttacggctttatatg > 1:4899734‑M2/35‑35 (MQ=255) cttatccatgcttatatgcttacggctttatatGt < 1:2848305‑M2/2‑1 (MQ=255) cttatccatgcttatatgcttacggctttatatGt > 1:3519480‑M2/34‑35 (MQ=255) ttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtc > 1:373540‑M2/33‑35 (MQ=255) ttatccatgcttatatgcttacggctttatatGtc > 1:1520114‑M2/33‑35 (MQ=255) tatccatgcttatatgcttacggctttatatGtct > 1:6720748‑M2/32‑35 (MQ=255) tatccatgcttatatgcttacggctttatatGtct > 1:6037477‑M2/32‑35 (MQ=255) tatccatgcttatatgcttacggctttatatGtct > 1:2916837‑M2/32‑35 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGtctc > 1:4663403‑M2/31‑35 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGtctc > 1:3017746‑M2/31‑35 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGtctc < 1:5630265‑M2/5‑1 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGtctc < 1:6834053‑M2/5‑1 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGtctc > 1:7714125‑M2/31‑35 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGtctc < 1:2486520‑M2/5‑1 (MQ=255) atccatgcttatatgcttacggctttatatGtctc < 1:569403‑M2/5‑1 (MQ=255) tccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTcc > 1:7574389‑M2/30‑35 (MQ=255) tccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTcc > 1:6688542‑M2/30‑35 (MQ=255) tccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTcc > 1:7806474‑M2/30‑35 (MQ=255) ccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCca < 1:1300866‑M2/7‑1 (MQ=255) ccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCca < 1:7537107‑M2/7‑1 (MQ=255) ccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCca < 1:789344‑M2/7‑1 (MQ=255) ccatgcttatatgcttacggctttatatGTCTCca < 1:1614862‑M2/7‑1 (MQ=255) catgcttatatgcttacggctttatatGTCTCcac < 1:1830457‑M2/8‑1 (MQ=255) catgcttatatgcttacggctttatatGTCTCcac > 1:5503301‑M2/28‑35 (MQ=255) catgcttatatgcttacggctttatatGTCTCcac > 1:3002745‑M2/28‑35 (MQ=255) catgcttatatgcttacggctttatatGTCTCcac > 1:5248467‑M2/28‑35 (MQ=255) catgcttatatgcttacggctttatatGTCTCcac > 1:5081953‑M2/28‑35 (MQ=255) catgcttatatgcttacggctttatatGTCTCcac < 1:4294064‑M2/8‑1 (MQ=255) atgcttatatgcttacggctttatatGTCTCcaca < 1:2550643‑M2/9‑1 (MQ=255) atgcttatatgcttacggctttatatGTCTCcaca < 1:3980428‑M2/9‑1 (MQ=255) atgcttatatgcttacggctttatatGTCTCcaca < 1:3980467‑M2/9‑1 (MQ=255) tgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACAt < 1:3099923‑M2/10‑1 (MQ=255) tgcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACAt < 1:4882559‑M2/10‑1 (MQ=255) gcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATg < 1:85775‑M2/11‑1 (MQ=255) gcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATg > 1:7682146‑M2/25‑35 (MQ=255) gcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATg < 1:534647‑M2/11‑1 (MQ=255) gcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATg > 1:5788510‑M2/25‑35 (MQ=255) gcttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATg < 1:1444991‑M2/11‑1 (MQ=255) cttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGc > 1:1999669‑M2/24‑35 (MQ=255) cttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGc > 1:7730052‑M2/24‑35 (MQ=255) cttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGc < 1:6346976‑M2/12‑1 (MQ=255) ttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCg > 1:6504153‑M2/23‑35 (MQ=255) ttatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCg > 1:4543766‑M2/23‑35 (MQ=255) tatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGa > 1:294185‑M2/22‑35 (MQ=255) tatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGa < 1:6118939‑M2/14‑1 (MQ=255) tatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGa < 1:3365757‑M2/14‑1 (MQ=255) tatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGa > 1:2364409‑M2/22‑35 (MQ=255) tatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGa < 1:3383134‑M2/14‑1 (MQ=255) tatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGa > 1:4121418‑M2/22‑35 (MQ=255) tatatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGa > 1:2864516‑M2/22‑35 (MQ=255) atatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGat > 1:4848865‑M2/21‑35 (MQ=255) atatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGat < 1:4878707‑M2/15‑1 (MQ=255) tatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGata > 1:1557025‑M2/20‑35 (MQ=255) tatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGata > 1:1832966‑M2/20‑35 (MQ=255) tatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGata > 1:3188984‑M2/20‑35 (MQ=255) tatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGata < 1:6907075‑M2/16‑1 (MQ=255) tatgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGata < 1:4860808‑M2/16‑1 (MQ=255) atgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGatat < 1:4679749‑M2/17‑1 (MQ=255) atgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGatat < 1:5843989‑M2/17‑1 (MQ=255) atgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGatat < 1:5791531‑M2/17‑1 (MQ=255) atgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGatat < 1:7683304‑M2/17‑1 (MQ=255) atgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGatat > 1:3413315‑M2/19‑35 (MQ=255) atgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGatat > 1:1435596‑M2/19‑35 (MQ=255) tgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATAtt > 1:3470353‑M2/18‑35 (MQ=255) tgcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATAtt < 1:6191666‑M2/18‑1 (MQ=255) gcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATAttt < 1:1331995‑M2/19‑1 (MQ=255) gcttacggctttatatGTCTCCACATGCGATAttt < 1:6260497‑M2/19‑1 (MQ=255) cttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTc > 1:3755129‑M2/16‑35 (MQ=255) cttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTc > 1:6268567‑M2/16‑35 (MQ=255) ttacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCt < 1:1647141‑M2/21‑1 (MQ=255) tacggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCtt < 1:5661209‑M2/22‑1 (MQ=255) acggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTa > 1:4081546‑M2/13‑35 (MQ=255) cggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTaa > 1:5472133‑M2/12‑35 (MQ=255) cggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTaa < 1:5471163‑M2/24‑1 (MQ=255) ggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTaaa < 1:3300067‑M2/25‑1 (MQ=255) ggctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTaaa < 1:2342066‑M2/25‑1 (MQ=255) gctttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaat < 1:6199767‑M2/26‑1 (MQ=255) tttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaataa < 1:120656‑M2/28‑1 (MQ=255) tttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaataa < 1:5166027‑M2/28‑1 (MQ=255) tttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaataa < 1:5549400‑M2/28‑1 (MQ=255) ttatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAaataat < 1:5880208‑M2/29‑1 (MQ=255) tatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATg > 1:5594710‑M2/6‑35 (MQ=255) tatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATg > 1:4422536‑M2/6‑35 (MQ=255) tatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATg > 1:4488467‑M2/6‑35 (MQ=255) tatatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATg > 1:1979576‑M2/6‑35 (MQ=255) atatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGt > 1:5281970‑M2/5‑35 (MQ=255) atatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGt > 1:6641389‑M2/5‑35 (MQ=255) atatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGt < 1:3256730‑M2/31‑1 (MQ=255) tatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGtt > 1:5645153‑M2/4‑35 (MQ=255) tatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGtt > 1:2954835‑M2/4‑35 (MQ=255) tatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGtt > 1:6667168‑M2/4‑35 (MQ=255) tatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGtt > 1:6618848‑M2/4‑35 (MQ=255) tatGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGtt > 1:5288403‑M2/4‑35 (MQ=255) atGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGttt > 1:5975676‑M2/3‑35 (MQ=255) atGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGttt < 1:1528769‑M2/33‑1 (MQ=255) atGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGttt < 1:2480472‑M2/33‑1 (MQ=255) tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGtttt > 1:309884‑M2/2‑35 (MQ=255) tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGtttt > 1:3069358‑M2/2‑35 (MQ=255) | GGAGTTTCTTTAGGTTGACAATATTTAATATAGTGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTA > NC_000913/2137684‑2137752 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |