| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,101,397 | Δ36,321 bp | [wbbL]–wza | 34 genes [wbbL], insH‑7, wbbL, wbbK, wbbJ, wbbI, wbbH, glf, rfbX, rfbC, rfbA, rfbD, rfbB, galF, wcaM, wcaL, wcaK, wzxC, wcaJ, cpsG, cpsB, wcaI, gmm, fcl, gmd, wcaF, wcaE, wcaD, wcaC, wcaB, wcaA, wzc, wzb, wza |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2101397 | 2137717 | 36321 | 120 [0] | [0] 120 | [wbbL]–wza | [wbbL],insH‑7,wbbL,wbbK,wbbJ,wbbI,wbbH,glf,rfbX,rfbC,rfbA,rfbD,rfbB,galF,wcaM,wcaL,wcaK,wzxC,wcaJ,cpsG,cpsB,wcaI,gmm,fcl,gmd,wcaF,wcaE,wcaD,wcaC,wcaB,wcaA,wzc,wzb,wza |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2101396 | 0 (0.000) | 116 (1.650) | 49/66 | 0.0 | 100% | pseudogene (349/349 nt) | wbbL | interrupted rhamnosyltransferase WbbL |
| ? | NC_000913 | 2137718 = | 0 (0.000) | intergenic (‑475/‑184) | wza/yegH | outer membrane polysaccharide export protein Wza/inner membrane protein YegH | |||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
AGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATTACGGGTGAAAAACTGATGAAATTCGATCAAAGT > NC_000913/2101362‑2101430 | aGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT > 1:5444925‑M1/1‑35 (MQ=255) gCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATg < 1:5734389‑M1/35‑2 (MQ=255) gCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATg > 1:2073433‑M1/1‑34 (MQ=255) gCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATg > 1:4899734‑M1/1‑34 (MQ=255) cTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgt > 1:3519480‑M1/1‑33 (MQ=255) cTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgt < 1:2848305‑M1/35‑3 (MQ=255) ttATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtc > 1:373540‑M1/1‑32 (MQ=255) ttATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtc > 1:1520114‑M1/1‑32 (MQ=255) tATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtct > 1:2916837‑M1/1‑31 (MQ=255) tATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtct > 1:6037477‑M1/1‑31 (MQ=255) tATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtct > 1:6720748‑M1/1‑31 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctc < 1:6834053‑M1/35‑6 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctc < 1:5295079‑M1/35‑6 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctc > 1:4663403‑M1/1‑30 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctc > 1:3017746‑M1/1‑30 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctc > 1:7714125‑M1/1‑30 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctc < 1:2486520‑M1/35‑6 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctc < 1:5630265‑M1/35‑6 (MQ=255) aTCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctc < 1:569403‑M1/35‑6 (MQ=255) tCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctcc > 1:6688542‑M1/1‑29 (MQ=255) tCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctcc > 1:7574389‑M1/1‑29 (MQ=255) tCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctcc > 1:7806474‑M1/1‑29 (MQ=255) ccATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctcca < 1:1300866‑M1/35‑8 (MQ=255) ccATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctcca < 1:7537107‑M1/35‑8 (MQ=255) ccATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctcca < 1:1614862‑M1/35‑8 (MQ=255) ccATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctcca < 1:789344‑M1/35‑8 (MQ=255) cATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccac > 1:5503301‑M1/1‑27 (MQ=255) cATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccac > 1:3002745‑M1/1‑27 (MQ=255) cATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccac < 1:1830457‑M1/35‑9 (MQ=255) cATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccac > 1:5248467‑M1/1‑27 (MQ=255) cATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccac < 1:4294064‑M1/35‑9 (MQ=255) aTGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccaca < 1:2550643‑M1/35‑10 (MQ=255) aTGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccaca < 1:3980467‑M1/35‑10 (MQ=255) aTGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccaca < 1:3980428‑M1/35‑10 (MQ=255) tGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacat < 1:3099923‑M1/35‑11 (MQ=255) tGCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacat < 1:4882559‑M1/35‑11 (MQ=255) gCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatg > 1:5788510‑M1/1‑24 (MQ=255) gCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatg > 1:7682146‑M1/1‑24 (MQ=255) gCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatg < 1:85775‑M1/35‑12 (MQ=255) gCTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatg < 1:1444991‑M1/35‑12 (MQ=255) cTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgc > 1:7730052‑M1/1‑23 (MQ=255) cTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgc < 1:6346976‑M1/35‑13 (MQ=255) cTTATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgc > 1:1999669‑M1/1‑23 (MQ=255) ttATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcg > 1:4543766‑M1/1‑22 (MQ=255) ttATATGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcg > 1:6504153‑M1/1‑22 (MQ=255) tataTGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcga > 1:294185‑M1/1‑21 (MQ=255) tataTGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcga > 1:2864516‑M1/1‑21 (MQ=255) tataTGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcga > 1:4121418‑M1/1‑21 (MQ=255) tataTGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcga < 1:3383134‑M1/35‑15 (MQ=255) tataTGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcga < 1:3365757‑M1/35‑15 (MQ=255) tataTGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcga > 1:2364409‑M1/1‑21 (MQ=255) tataTGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcga < 1:6118939‑M1/35‑15 (MQ=255) atatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgat < 1:4878707‑M1/35‑16 (MQ=255) tatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgata > 1:1557025‑M1/1‑19 (MQ=255) tatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgata > 1:3188984‑M1/1‑19 (MQ=255) tatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgata > 1:1832966‑M1/1‑19 (MQ=255) tatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgata < 1:6907075‑M1/35‑17 (MQ=255) tatGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgata < 1:4860808‑M1/35‑17 (MQ=255) atGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatat < 1:7683304‑M1/35‑18 (MQ=255) atGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatat < 1:5843989‑M1/35‑18 (MQ=255) atGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatat < 1:5791531‑M1/35‑18 (MQ=255) atGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatat < 1:4679749‑M1/35‑18 (MQ=255) atGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatat > 1:3413315‑M1/1‑18 (MQ=255) atGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatat > 1:1435596‑M1/1‑18 (MQ=255) tGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatt > 1:3470353‑M1/1‑17 (MQ=255) tGCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatt < 1:6191666‑M1/35‑19 (MQ=255) gCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatattt < 1:1331995‑M1/35‑20 (MQ=255) gCTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatattt < 1:6260497‑M1/35‑20 (MQ=255) cTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttc > 1:6268567‑M1/1‑15 (MQ=255) cTTACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttc > 1:3755129‑M1/1‑15 (MQ=255) ttACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttct < 1:1647141‑M1/35‑22 (MQ=255) tACGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttctt < 1:5661209‑M1/35‑23 (MQ=255) aCGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttctta > 1:4081546‑M1/1‑12 (MQ=255) cGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaa < 1:5471163‑M1/35‑25 (MQ=255) cGGCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaa > 1:5472133‑M1/1‑11 (MQ=255) ggCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaa < 1:2342066‑M1/35‑26 (MQ=255) ggCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaa < 1:3300067‑M1/35‑26 (MQ=255) gCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaat < 1:472944‑M1/35‑27 (MQ=255) gCTTTATATgtctccacatgcgatatttcttaaat < 1:6199767‑M1/35‑27 (MQ=255) tttATATgtctccacatgcgatatttcttaaataa < 1:5166027‑M1/35‑29 (MQ=255) tttATATgtctccacatgcgatatttcttaaataa < 1:5549400‑M1/35‑29 (MQ=255) tttATATgtctccacatgcgatatttcttaaataa < 1:120656‑M1/35‑29 (MQ=255) ttATATgtctccacatgcgatatttcttaaataat < 1:5880208‑M1/35‑30 (MQ=255) tataTgtctccacatgcgatatttcttaaataatg > 1:1979576‑M1/1‑5 (MQ=255) tataTgtctccacatgcgatatttcttaaataatg > 1:5069018‑M1/1‑5 (MQ=255) tataTgtctccacatgcgatatttcttaaataatg > 1:5594710‑M1/1‑5 (MQ=255) tataTgtctccacatgcgatatttcttaaataatg > 1:4488467‑M1/1‑5 (MQ=255) atatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgt < 1:3256730‑M1/35‑32 (MQ=255) atatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgt > 1:5281970‑M1/1‑4 (MQ=255) atatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgt > 1:6641389‑M1/1‑4 (MQ=255) tatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtt > 1:6667168‑M1/1‑3 (MQ=255) tatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtt > 1:6618848‑M1/1‑3 (MQ=255) tatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtt > 1:5288403‑M1/1‑3 (MQ=255) tatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtt > 1:2954835‑M1/1‑3 (MQ=255) tatgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtt > 1:5645153‑M1/1‑3 (MQ=255) atgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttt < 1:1528769‑M1/35‑34 (MQ=255) atgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttt > 1:5975676‑M1/1‑2 (MQ=255) atgtctccacatgcgatatttcttaaataatgttt < 1:2480472‑M1/35‑34 (MQ=255) tgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtttt > 1:309884‑M1/1‑1 (MQ=255) tgtctccacatgcgatatttcttaaataatgtttt > 1:3069358‑M1/1‑1 (MQ=255) | AGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATTACGGGTGAAAAACTGATGAAATTCGATCAAAGT > NC_000913/2101362‑2101430 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |