BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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MC JC	NC_000913	1,299,499	Δ1,199 bp		insH21	insH21

Missing coverage evidence...
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*	*	÷	NC_000913	1299499	1300697	1199	143 [0]	[0] 141	insH21	insH21

New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	NC_000913	= 1299498	0 (0.000)	111 (1.740)	39/60	0.0	100%	intergenic (+253/‑33)	ychE/insH21	putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator
*	?	NC_000913	1300698 =	0 (0.000)	111 (1.740)	39/60	0.0	100%	intergenic (+151/‑484)	insH21/oppA	IS5 transposase and trans‑activator/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein

Only 100 of 141 total aligned reads displayed.

GAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAC > NC_000913/1300664‑1300732

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taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaa                                    <  1:4344014‑M2/1‑1 (MQ=255)

taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaa                                    <  1:604042‑M2/1‑1 (MQ=255)

 aattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaat                                   <  1:378960‑M2/2‑1 (MQ=255)

 aattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaat                                   <  1:7741748‑M2/2‑1 (MQ=255)

 aattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaat                                   <  1:2212037‑M2/2‑1 (MQ=255)

 aattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaat                                   <  1:3428911‑M2/2‑1 (MQ=255)

 aattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaat                                   <  1:685220‑M2/2‑1 (MQ=255)

  attccactgcctttggtagaggaaagtgctaaata                                  >  1:4716370‑M2/33‑35 (MQ=255)

  attccactgcctttggtagaggaaagtgctaaata                                  >  1:3373891‑M2/33‑35 (MQ=255)

  attccactgcctttggtagaggaaagtgctaaata                                  >  1:6032874‑M2/33‑35 (MQ=255)

   ttccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataa                                 >  1:5934902‑M2/32‑35 (MQ=255)

   ttccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataa                                 <  1:5386942‑M2/4‑1 (MQ=255)

   ttccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataa                                 <  1:5309748‑M2/4‑1 (MQ=255)

   ttccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataa                                 <  1:1633105‑M2/4‑1 (MQ=255)

   ttccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataa                                 >  1:2093832‑M2/32‑35 (MQ=255)

   ttccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataa                                 >  1:2439545‑M2/32‑35 (MQ=255)

    tccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataat                                >  1:2599452‑M2/31‑35 (MQ=255)

    tccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataat                                >  1:4426957‑M2/31‑35 (MQ=255)

     ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataata                               >  1:3567422‑M2/30‑35 (MQ=255)

     ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataata                               >  1:7123785‑M2/30‑35 (MQ=255)

     ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataata                               >  1:1643046‑M2/30‑35 (MQ=255)

      cactgcctttggtagaggaaagtgctaaataataa                              >  1:116808‑M2/29‑35 (MQ=255)

      cactgcctttggtagaggaaagtgctaaataataa                              >  1:2615440‑M2/29‑35 (MQ=255)

      cactgcctttggtagaggaaagtgctaaataataa                              >  1:4767640‑M2/29‑35 (MQ=255)

      cactgcctttggtagaggaaagtgctaaataataa                              <  1:185678‑M2/7‑1 (MQ=255)

       actgcctttggtagaggaaagtgctaaataataat                             <  1:2552143‑M2/8‑1 (MQ=255)

       actgcctttggtagaggaaagtgctaaataataat                             >  1:7064411‑M2/28‑35 (MQ=255)

        ctgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATc                            <  1:3196583‑M2/9‑1 (MQ=255)

        ctgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATc                            <  1:7819741‑M2/9‑1 (MQ=255)

        ctgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATc                            >  1:7382970‑M2/27‑35 (MQ=255)

        ctgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATc                            <  1:2449914‑M2/9‑1 (MQ=255)

           cctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAAt                         <  1:2729810‑M2/12‑1 (MQ=255)

           cctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAAt                         <  1:2316572‑M2/12‑1 (MQ=255)

            ctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAAtt                        >  1:5127048‑M2/23‑35 (MQ=255)

             tttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTg                       >  1:7770222‑M2/22‑35 (MQ=255)

             tttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTg                       <  1:3929814‑M2/14‑1 (MQ=255)

              ttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGt                      >  1:2846435‑M2/21‑35 (MQ=255)

              ttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGt                      <  1:2130727‑M2/15‑1 (MQ=255)

              ttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGt                      >  1:7298358‑M2/21‑35 (MQ=255)

              ttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGt                      <  1:1996998‑M2/15‑1 (MQ=255)

              ttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGt                      >  1:404970‑M2/21‑35 (MQ=255)

              ttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGt                      <  1:3678348‑M2/15‑1 (MQ=255)

               tggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGtt                     >  1:7114161‑M2/20‑35 (MQ=255)

                ggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTa                    <  1:7398974‑M2/17‑1 (MQ=255)

                ggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTa                    >  1:3593438‑M2/19‑35 (MQ=255)

                ggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTa                    >  1:725350‑M2/19‑35 (MQ=255)

                ggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTa                    >  1:1748302‑M2/19‑35 (MQ=255)

                ggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTa                    <  1:1981976‑M2/17‑1 (MQ=255)

                ggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTa                    >  1:2833824‑M2/19‑35 (MQ=255)

                 gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTaa                   <  1:943224‑M2/18‑1 (MQ=255)

                 gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTaa                   >  1:6523006‑M2/18‑35 (MQ=255)

                 gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTaa                   <  1:1375633‑M2/18‑1 (MQ=255)

                 gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTaa                   >  1:3638473‑M2/18‑35 (MQ=255)

                 gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTaa                   >  1:5156130‑M2/18‑35 (MQ=255)

                 gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTaa                   <  1:2002544‑M2/18‑1 (MQ=255)

                  tagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTaaa                  <  1:6591930‑M2/19‑1 (MQ=255)

                  tagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTaaa                  >  1:5956006‑M2/17‑35 (MQ=255)

                  tagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTaaa                  <  1:180562‑M2/19‑1 (MQ=255)

                  gagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTaaa                  <  1:5303755‑M2/19‑1 (MQ=255)

                   agaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAat                 <  1:7873782‑M2/20‑1 (MQ=255)

                   agaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAat                 <  1:838313‑M2/20‑1 (MQ=255)

                   agaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAat                 <  1:6696476‑M2/20‑1 (MQ=255)

                    gaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAatt                <  1:6419353‑M2/21‑1 (MQ=255)

                     aggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAatta               <  1:3344005‑M2/22‑1 (MQ=255)

                     aggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAatta               <  1:4157092‑M2/22‑1 (MQ=255)

                       gaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAattatt             <  1:6153361‑M2/24‑1 (MQ=255)

                       gaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAattatt             >  1:3449325‑M2/12‑35 (MQ=255)

                       gaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAattatt             <  1:3526997‑M2/24‑1 (MQ=255)

                         aagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATtgt           >  1:4859133‑M2/10‑35 (MQ=255)

                         aagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATtgt           >  1:1860284‑M2/10‑35 (MQ=255)

                          agtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATtgtg          <  1:542593‑M2/27‑1 (MQ=255)

                          agtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATtgtg          <  1:1719369‑M2/27‑1 (MQ=255)

                          agtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATtgtg          >  1:2695132‑M2/9‑35 (MQ=255)

                          agtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATtgtg          <  1:2224389‑M2/27‑1 (MQ=255)

                             gctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAt       <  1:6260131‑M2/30‑1 (MQ=255)

                             gctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAt       <  1:888505‑M2/30‑1 (MQ=255)

                             gctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAt       <  1:476426‑M2/30‑1 (MQ=255)

                              ctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt      <  1:1271544‑M2/31‑1 (MQ=255)

                              ctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt      >  1:5414272‑M2/5‑35 (MQ=255)

                              ctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt      >  1:6558147‑M2/5‑35 (MQ=255)

                              ctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt      >  1:5999157‑M2/5‑35 (MQ=255)

                               taaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAttt     <  1:6443502‑M2/32‑1 (MQ=255)

                               taaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAttt     >  1:2324132‑M2/4‑35 (MQ=255)

                               taaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAttt     <  1:2606624‑M2/32‑1 (MQ=255)

                                 aATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCa   >  1:7503245‑M2/2‑35 (MQ=255)

                                 aATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCa   <  1:114551‑M2/34‑1 (MQ=255)

                                 aATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCa   >  1:4856388‑M2/2‑35 (MQ=255)

                                 aATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCa   <  1:4579469‑M2/34‑1 (MQ=255)

                                 aATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCa   >  1:4576543‑M2/2‑35 (MQ=255)

                                 aATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCa   >  1:282497‑M2/2‑35 (MQ=255)

                                 aATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCa   <  1:1505033‑M2/34‑1 (MQ=255)

                                 aATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCa   <  1:1349948‑M2/34‑1 (MQ=255)

                                  ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCac  >  1:5137025/1‑35 (MQ=255)

                                  ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCac  >  1:7589545/1‑35 (MQ=255)

                                  ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCac  <  1:4409467/35‑1 (MQ=255)

                                  ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCac  <  1:4290299/35‑1 (MQ=255)

                                  ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCac  >  1:3263125/1‑35 (MQ=255)

                                  ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCac  <  1:1282762/35‑1 (MQ=255)

                                  ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCac  <  1:113731/35‑1 (MQ=255)

GAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAC > NC_000913/1300664‑1300732

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 30 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG` `< 39 ≤` `ATCG/ATCG` `< 40 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`