| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,388,889 | Δ9,734 bp | ycjG–[uspE] | ycjG, mpaA, ymjC, ymjD, ycjY, pgrR, mppA, ynaI, insH‑4, ynaJ, [uspE] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1388889 | 1398622 | 9734 | 77 [0] | [0] 78 | ycjG–[uspE] | ycjG,mpaA,ymjC,ymjD,ycjY,pgrR,mppA,ynaI,insH‑4,ynaJ,[uspE] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1388888 | 0 (0.000) | 76 (0.930) | 51/96 | 0.0 | 100% | intergenic (‑77/‑42) | tpx/ycjG | lipid hydroperoxide peroxidase/L‑Ala‑D/L‑Glu epimerase |
| ? | NC_000913 | 1398623 = | 0 (0.000) | intergenic (‑1/+151) | uspE/fnr | universal stress protein with a role cellular motility/DNA‑binding transcriptional dual regulator FNR | |||||
GTCCTGGTTAGGATCGATAACAACGAGCATGTTCTGATACATAGCCATACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGATT > NC_000913/1398575‑1398671 | cgtcacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctatta > 1:3319084‑M2/49‑49 (MQ=255) gtcacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACa < 1:1662327‑M2/3‑1 (MQ=255) tcacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAg < 1:3082793‑M2/4‑1 (MQ=255) cacacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAgg > 1:4488090‑M2/46‑50 (MQ=255) cacctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGt > 1:4221954‑M2/44‑50 (MQ=255) acctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGtc < 1:5424928‑M2/8‑1 (MQ=255) acctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGtc > 1:2300951‑M2/43‑50 (MQ=255) cctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGtct < 1:3495849‑M2/9‑1 (MQ=255) cctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGtct < 1:4256155‑M2/9‑1 (MQ=255) ctagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGtctc < 1:226318‑M2/10‑1 (MQ=255) tagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTcc > 1:1226716‑M2/40‑50 (MQ=255) tagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTcc > 1:6118488‑M2/40‑50 (MQ=255) tagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTcc > 1:79970‑M2/40‑50 (MQ=255) tagtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTcc > 1:5038860‑M2/40‑50 (MQ=255) agtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCt > 1:1536415‑M2/39‑50 (MQ=255) agtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCt > 1:3628419‑M2/39‑50 (MQ=255) gtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCtt < 1:6402552‑M2/13‑1 (MQ=255) gtttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCt > 1:1652969‑M2/38‑49 (MQ=255) tttatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTa < 1:2622244‑M2/14‑1 (MQ=255) tatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTac > 1:1828318‑M2/35‑49 (MQ=255) tatgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTac < 1:4710953‑M2/15‑1 (MQ=255) atgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTacaa > 1:4105278‑M2/34‑50 (MQ=255) atgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTacaa > 1:2760733‑M2/34‑50 (MQ=255) atgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTacaa > 1:670473‑M2/34‑50 (MQ=255) tgctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTacaac < 1:1123016‑M2/18‑1 (MQ=255) gctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTacaac > 1:1804721‑M2/32‑49 (MQ=255) gctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTacaac > 1:60994‑M2/32‑49 (MQ=255) ctaactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTacaaca < 1:6123575‑M2/19‑1 (MQ=255) taactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACaacaac > 1:4324098‑M2/30‑50 (MQ=255) taactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACaacaac > 1:2405295‑M2/30‑50 (MQ=255) taactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACaacaac > 1:2655847‑M2/30‑50 (MQ=255) taactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACaacaac > 1:297415‑M2/30‑50 (MQ=255) aactgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACt > 1:3365519‑M2/29‑50 (MQ=255) actgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACt < 1:77651‑M2/22‑1 (MQ=255) actgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACt < 1:922566‑M2/22‑1 (MQ=255) actgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACt < 1:3003637‑M2/22‑1 (MQ=255) actgtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTg > 1:2918983‑M2/28‑50 (MQ=255) gtcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTc > 1:3491471‑M2/25‑49 (MQ=255) tcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTc < 1:816082‑M2/25‑1 (MQ=255) tcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTc < 1:1655812‑M2/25‑1 (MQ=255) tcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTc < 1:5275117‑M2/25‑1 (MQ=255) tcaataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCa < 1:5583055‑M2/26‑1 (MQ=255) caataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAAc > 1:5785608‑M2/23‑50 (MQ=255) aataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAAc < 1:5887927‑M2/28‑1 (MQ=255) aataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACg > 1:6380903‑M2/22‑50 (MQ=255) aataacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACg > 1:5052669‑M2/22‑50 (MQ=255) taacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACg > 1:2035273‑M2/20‑48 (MQ=255) aacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAg > 1:3143052‑M2/19‑50 (MQ=255) aacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAg > 1:1809050‑M2/19‑50 (MQ=255) aacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAg > 1:4301494‑M2/19‑50 (MQ=255) aacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAg > 1:15857‑M2/19‑50 (MQ=255) aacacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAg > 1:3254899‑M2/19‑50 (MQ=255) acacagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGt > 1:4228095‑M2/18‑50 (MQ=255) acagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGttt > 1:4824710‑M2/16‑50 (MQ=255) cagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTg > 1:1487563‑M2/15‑50 (MQ=255) cagcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTg < 1:2581554‑M2/36‑1 (MQ=255) agcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGt < 1:3489968‑M2/37‑1 (MQ=255) gcaaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGt > 1:1520832‑M2/13‑49 (MQ=255) caaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTaa > 1:3961140‑M2/12‑50 (MQ=255) aaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAAt > 1:1271006‑M2/11‑50 (MQ=255) aaacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAAt < 1:5128897‑M2/40‑1 (MQ=255) aacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAAtt < 1:4585200‑M2/41‑1 (MQ=255) aacgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAAtt < 1:1609245‑M2/41‑1 (MQ=255) acgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAAtt > 1:3446478‑M2/9‑49 (MQ=255) acgctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAAtt > 1:5431154‑M2/9‑49 (MQ=255) gctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTaaa < 1:1603813‑M2/44‑1 (MQ=255) gctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTaa > 1:2645445‑M2/7‑49 (MQ=255) gctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTaa > 1:3443879‑M2/7‑49 (MQ=255) gctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTaa > 1:2341486‑M2/7‑49 (MQ=255) ctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTaaaa < 1:1372771‑M2/45‑1 (MQ=255) ctattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTaa > 1:1795776‑M2/6‑48 (MQ=255) tattACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTaa > 1:1827928‑M2/5‑47 (MQ=255) attACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTaa > 1:73623‑M2/4‑46 (MQ=255) ttACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGa < 1:4620548‑M2/47‑1 (MQ=255) ttACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGa < 1:146081‑M2/47‑1 (MQ=255) ttACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGAt > 1:1775008‑M2/3‑50 (MQ=255) aCAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGAtt < 1:5677823/49‑1 (MQ=255) aCAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGAtt > 1:2235399/1‑49 (MQ=255) | GTCCTGGTTAGGATCGATAACAACGAGCATGTTCTGATACATAGCCATACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGATT > NC_000913/1398575‑1398671 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |