| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 687,860 | Δ1,185 bp | IS5‑mediated | insH‑3 | insH‑3 |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 687860 | 689044 | 1185 | 88 [0] | [0] 87 | insH‑3 | insH‑3 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 687859 | 0 (0.000) | 83 (1.170) | 56/96 | 0.0 | 100% | noncoding (1187/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 689045 = | 0 (0.000) | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
TTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/687810‑687859‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATT > NC_000913/689045‑689093 TTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC > 1:3367317/1‑50TTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC > 1:4529213/1‑50 TATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCC > 1:5297167/1‑50 ATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCT > 1:1458459/1‑50 ATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCT > 1:60265/1‑50 ATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCC < 1:2815356/49‑1 ATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCC < 1:5176741/49‑1 TCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTT < 1:5182651/50‑1 CGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCT > 1:951846/1‑48 CGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCT > 1:2097737/1‑48 GTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAG < 1:4044393/50‑1 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TGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGG < 1:3590273/50‑1 TGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTG < 1:1540383/49‑1 CAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGC < 1:3694169/49‑1 AGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCT > 1:2844187/1‑49 GTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAAT > 1:4320155/1‑50 TTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATG > 1:1455904/1‑50 TTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATG < 1:2306137/50‑1 GTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGT < 1:3832420/49‑1 GTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGT > 1:2619303/1‑49 GTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGT > 1:3061929/1‑49 TGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAA < 1:4846982/50‑1 TGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTA < 1:3575251/49‑1 TGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTA > 1:58400/1‑49 TGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTA > 1:4772117/1‑49 TGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTA < 1:52400/49‑1 CCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAG < 1:3461473/50‑1 CCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTA > 1:3938797/1‑47 CTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGA < 1:2196377/50‑1 CTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTA > 1:5483679/1‑46 CTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTA > 1:4726908/1‑46 TGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGA > 1:2595555/1‑49 TGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGA > 1:1298301/1‑49 GTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATA > 1:3003521/1‑50 GTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATA > 1:2899010/1‑50 TTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATA < 1:2167947/49‑1 TTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATA < 1:2912214/49‑1 TTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGAT < 1:2987056/48‑1 TTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGAT < 1:4712155/48‑1 TAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATT > 1:4419903/1‑50 AGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTG > 1:604001/1‑50 GGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGa < 1:4544895/50‑2 GGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCT < 1:2738554/50‑1 GAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTG < 1:1029789/50‑1 GAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTG < 1:824494/50‑1 AAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGT < 1:1680827/50‑1 AAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGT < 1:3436834/50‑1 AAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGT > 1:352709/1‑50 AAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGT > 1:2195880/1‑50 AGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTT < 1:5163151/50‑1 GGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTT < 1:4741639/50‑1 GGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTT < 1:2610512/50‑1 GGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTT < 1:1771006/50‑1 GGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTT < 1:5282330/50‑1 TGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTA > 1:729050/1‑50 TGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTA > 1:5118486/1‑50 CCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATT > 1:3966267/1‑50 CCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATT > 1:4006106/1‑50 CCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATT > 1:2622225/1‑50 TTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/687810‑687859‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATT > NC_000913/689045‑689093 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |