| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,101,397 | Δ36,321 bp | [wbbL]–wza | 34 genes [wbbL], insH‑7, wbbL, wbbK, wbbJ, wbbI, wbbH, glf, rfbX, rfbC, rfbA, rfbD, rfbB, galF, wcaM, wcaL, wcaK, wzxC, wcaJ, cpsG, cpsB, wcaI, gmm, fcl, gmd, wcaF, wcaE, wcaD, wcaC, wcaB, wcaA, wzc, wzb, wza |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2101397 | 2137717 | 36321 | 107 [0] | [0] 105 | [wbbL]–wza | [wbbL],insH‑7,wbbL,wbbK,wbbJ,wbbI,wbbH,glf,rfbX,rfbC,rfbA,rfbD,rfbB,galF,wcaM,wcaL,wcaK,wzxC,wcaJ,cpsG,cpsB,wcaI,gmm,fcl,gmd,wcaF,wcaE,wcaD,wcaC,wcaB,wcaA,wzc,wzb,wza |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2101396 | 0 (0.000) | 104 (1.460) | 66/96 | 0.0 | 100% | pseudogene (349/349 nt) | wbbL | interrupted rhamnosyltransferase WbbL |
| ? | NC_000913 | 2137718 = | 0 (0.000) | intergenic (‑475/‑184) | wza/yegH | outer membrane polysaccharide export protein Wza/inner membrane protein YegH | |||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/2101347‑2101396‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT > NC_000913/2137718‑2137765 TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT > 1:3827475/1‑50 ATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT < 1:1702811/49‑1 TTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATG < 1:2619847/49‑1 TAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTC > 1:3861295/1‑50 AAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTC < 1:130674/49‑1 AAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC > 1:967348/1‑50 AAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCT < 1:715082/49‑1 AAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCT < 1:1546426/49‑1 AAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCT < 1:2174864/49‑1 AGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC > 1:223143/1‑49 GTATAAATAGCTTATCCATTCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA > 1:5368574/1‑50 GTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA > 1:3220731/1‑50 GTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA < 1:3721977/50‑1 GTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA > 1:4567091/1‑50 GTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA > 1:1119349/1‑50 TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACAT < 1:4673087/50‑1 TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACAT > 1:962324/1‑50 TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACA < 1:478152/49‑1 AAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG > 1:5204624/1‑50 AAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG > 1:2175728/1‑50 AAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG > 1:1129942/1‑50 AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGa < 1:733829/50‑2 AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGC < 1:3301240/50‑1 AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG < 1:4102260/49‑1 ATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCG < 1:489902/50‑1 TAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA > 1:4438143/1‑50 TAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA > 1:4315565/1‑50 AGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA > 1:5378879/1‑49 GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATA > 1:2250826/1‑50 GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGAT < 1:2144768/49‑1 GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGAT < 1:337757/49‑1 GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGAT < 1:2592366/49‑1 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT > 1:82461/1‑50 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT > 1:4208323/1‑50 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT > 1:4248793/1‑50 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT < 1:3797613/50‑1 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT > 1:1481199/1‑50 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT > 1:2652894/1‑50 TTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT > 1:5237512/1‑50 TTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT > 1:4303741/1‑50 TTAACCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT > 1:910882/1‑50 TATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT > 1:966028/1‑50 TATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT > 1:1478137/1‑50 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTC > 1:3196304/1‑50 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT < 1:5022039/49‑1 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT < 1:2163370/49‑1 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT < 1:4334796/49‑1 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT < 1:3600832/49‑1 TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCT > 1:3405872/1‑50 TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCT < 1:3718687/50‑1 CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTA < 1:1563699/50‑1 CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTT > 1:2199867/1‑49 CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTT < 1:2624655/49‑1 CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTT > 1:643963/1‑49 ATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAA < 1:4451792/50‑1 TGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAA < 1:4173051/50‑1 GCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAA > 1:3622274/1‑49 GCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAA > 1:1079109/1‑49 CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAAT > 1:3433842/1‑49 CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAAT < 1:4297539/49‑1 CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAAT > 1:3215907/1‑49 TTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAA > 1:1966039/1‑50 ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATG > 1:1078071/1‑50 ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAA < 1:3685786/48‑1 TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGT < 1:5177777/50‑1 TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGT < 1:2536171/50‑1 TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGT < 1:1626370/50‑1 TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATG < 1:754991/49‑1 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT < 1:5552426/50‑1 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT < 1:2702736/50‑1 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT < 1:4091294/50‑1 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT < 1:850550/49‑1 GCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT > 1:4936134/1‑49 CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTA < 1:5574807/50‑1 CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTT < 1:819441/49‑1 TTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTAT > 1:3575452/1‑50 ACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATT < 1:1030619/49‑1 ACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATT < 1:5099499/49‑1 CGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTAT < 1:2902327/50‑1 CGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTA < 1:2959192/49‑1 CGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTA < 1:1017002/49‑1 GGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATT < 1:5356188/50‑1 GGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTAT > 1:5391281/1‑49 GCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTA > 1:3264566/1‑50 GCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTA < 1:1260847/50‑1 CTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAC < 1:5105571/50‑1 TTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAC > 1:4547132/1‑49 TTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCA > 1:2729197/1‑50 TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAC > 1:3709067/1‑50 TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCA < 1:4237854/49‑1 TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACC < 1:3055906/48‑1 ATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACT > 1:2728782/1‑50 ATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAC < 1:4523255/49‑1 TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTT < 1:5481246/50‑1 TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTT > 1:4235338/1‑50 TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTT < 1:2413681/50‑1 ATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT > 1:265389/1‑50 ATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT > 1:4666152/1‑50 ATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT > 1:4956960/1‑50 TGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT < 1:4243998/49‑1 TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/2101347‑2101396‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT > NC_000913/2137718‑2137765 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |